捷报传到赫图阿拉城，黄太吉大喜过望，亲自撰文祭告努尔哈赤，以慰其父在天之灵。
皇太极认为皮岛虽是区区一岛，但攻克之意义远在占领重城要地之上，所以下令对诸将士从优奖励。鳌拜以首功晋爵三等男，赐号“巴图鲁”。
后来，到了松锦会战。
锦州是明朝在辽西地区的军事重镇，当时辽东已经失陷，锦州的地位更加突出。锦州城之南为松山城，锦州西南为杏山城，杏山西南是塔山城，锦州西二百里为另一重镇宁远。
这些要塞重镇构成了明朝在关外的军事防御体系。而清军要想入主中原，必须先取宁，锦等城。明清双方争夺锦州的战争于是不可避免。
鳌拜从郑亲王济尔哈朗进围锦州，明蓟辽总督洪承畴率领十三万大军来援，于八月初进至松山，与锦州守军祖大寿部遥相呼应，大放火器，猛攻清军。
在明军猛烈炮火的攻势下，济尔哈朗指挥的清军右翼失利。武英郡王阿济格派遣精锐护军前来增援，其时鳌拜率领镶黄旗护卫军纛，路遇明军骑兵，于是迎头而上，击败对方。
鳌拜这时又不待军令，果断决定乘胜追击，打到明军步兵阵地之前，遂令部下将士下马步战，再败明军。鳌拜冲锋陷阵，五战皆捷，因功晋爵一等梅勒章京。
八月，黄太吉亲率大军西援锦州之师，洪承畴指挥明军分路突围，总兵吴三桂，王朴，唐通等人率军沿海边撤退。
清军从锦州大路至塔山大路沿途截杀，鳌拜与阿济格，尼堪等率部排列至海截击之，明军大败而溃。
松锦会战，这可是关系明，清双方的生死存亡。
自此以后，明朝势力更衰，败局已定。
次年六月，鳌拜升为护军统领，成为八旗将领中具有较高地位的人物。
松锦大捷奠定了清军入关夺取全国统治权的基础。入关前后的鳌拜，依旧战功赫赫，升迁频频。
后来吴三桂冲冠一怒为红颜，将八旗铁骑引入了中原。
入关以后，鳌拜主要的任务是追击农民军。
鳌拜随靖远大将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。李自成被迫放弃西安，退往湖广。
阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。
六月，李自成于湖北九宫山遇害，大顺军瓦解，清军前后共陷河南、湖广、江西、南京等地六十三城。
后来，打垮了李自成，清军开始对付大西军。
鳌拜随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军，清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。
两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲，大西军抵挡不住而溃败，张献忠也于此役中被杀。清军击破大西军营垒一百三十余处，斩首数万级，获马骡牲畜数万余匹。
打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。
大西军余部在孙可望、李定国率领下退往云贵地区，继续抗清，击破大西军，鳌拜实居首功。
鳌拜不仅是战场上的一员骁将，也是黄太吉忠心耿耿的心腹，要不然也不会是康熙的辅政大臣之一。
后来，黄太吉逝世，满洲亲贵在帝位继承上出现矛盾。
黄太吉长子肃亲王豪格与皇太极之弟多尔衮争立，黄太吉生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。
双方争持不下，形势极其严峻，一旦这个时候，满清贵族也是出现了内乱，整个必然是烽烟四起，纷纷反抗满清的统治，恐怕大清再也坐不住中原王朝的皇位了。
这个时候的鳌拜是镶黄旗护军统领，可谓是手握重兵，因为这个原因，他成为这场皇位之争中的核心人物之一。他与两黄旗的其他大臣索尼、谭泰等八人会集于豪格府邸，“共立盟誓，愿死生一处”，密谋拥立肃亲王为帝。
鉴于当时紧张的局面，鳌拜等严加戒备，密令兵丁守卫门禁，以防不测。
代善于崇政殿召集会议讨论继承人选，鳌拜于当天清晨与两黄旗大臣盟誓于大清门，坚决拥立先帝，也就是黄太吉之子，并命两旗精锐护军全副武装环卫崇政殿，作好了不惜兵戎相见的准备。
当会议之中争论不休时，鳌拜与效忠于皇太极的一批将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下！”
实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不作出让步，提出拥立皇太极第九子，也就是才六岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折衷方案最终为双方所接受。
多尔衮摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。
鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，也遭到残酷打击。在多尔衮摄政期间，鳌拜受到的大迫害主要有三次。
第一次发生在顺治初年。顺治元年，鳌拜随英亲王阿济格征讨退守陕西的李自成大顺军，立有大功。顺治二年八月，阿济格因为没有及时奉旨班师，而且谎报战功，受到处罚。
阿济格是顺治帝的叔父，为人粗暴，藐视小皇帝，私下呼为“孺子”。
清廷谕令正黄旗固山额真谭泰会同护军统领鳌拜召集部众，将阿济格“称上为孺子”之语传示晓谕。谭泰顾及英亲王情面，没有照办。
鳌拜也因听从了谭泰之言未奉行谕旨，结果不仅征讨李自成的军功不准议叙，还被罚银一百两。
后来谭泰又与索尼相仇，互相攻击，鳌拜因庇护索尼再次获罪，几被革职。
第二次发生在顺治五年，当年二月，征讨张献忠大西军的豪格大军凯旋回京，参领希尔良因冒功邀赏一事遭到处罚，鳌拜也以勘察不实而被议处“应革职，罚银一百两”。
三月，贝子屯齐告发郑亲王济尔哈朗当年拥立肃亲王豪格、后又包庇豪格的种种罪状。
鳌拜诸人谋立肃亲王之事也被同时告发。
多尔衮借此事兴起大狱，严讯诸人。
