时间回到一个月前，由于布鲁斯·班纳的不小心，将一滴血滴入了饮料瓶中，暴露了他的位置。使得罗斯将军找到了他的位置，派遣一对以埃米尔·布朗斯基为首的特种兵前来抓捕他，虽然被正要赶去纽约治疗的班纳提前发现，但是最后班纳还是没有能够逃脱，因为被一群小混混耽误了时间。
不得已，班纳化身为绿巨人，将小混混通通杀掉，和前来抓捕他的士兵小队战斗了起来，轻松的干掉了特种兵小队，特种兵小队的枪械对浩克完全没有效果。浩克逃了出去，士兵小队也只剩下埃米尔一个人。
班纳身为物理学博士，有七种博士证书的人，一次意外受到伽马射线的照射，变成了名为浩克的绿色怪物，它充满愤怒，越是愤怒力量就越是强大。罗斯将军一直致力于超级士兵的研究，他发现了浩克，想要拿它做实验，研究出强大的超级士兵。
他追逐浩克，抓捕他，可是每一次都没能如愿，都会被浩克逃走。这次班纳找到治愈变身浩克的病，他是要潜回纽约寻找化名蓝先生的塞谬尔·史登博士，到纽约却意外的被他的前女朋友贝蒂·罗斯发现，贝蒂·罗斯是罗斯将军的女儿，班纳自然而然的被罗斯将军发现了行踪，在大学城被罗斯围住了。
大学城不远是娜塔莎和鹰眼在监视，上次弗瑞就是发现了老人喝了沾有浩克血液的饮料变的发狂，弗瑞才调娜塔莎去调查，这次他们跟踪班纳一直到大学城。由于军方和神盾局互不统属，他们也只是接到监视的命令。而弗瑞正在和罗斯将军进行交涉。
“将军，听说你那里出了点麻烦，需不需要我来帮忙。”弗瑞还是那张面无表情的脸。
“不用了，弗瑞，浩克是我们的，我会处理好一切事情的。”罗斯拒绝了弗瑞帮忙的决定，他知道，如果让弗瑞帮忙，浩克就不再归军方所有了。
由于罗斯将军的拒绝，神盾局没能介入，剧情还是按照原来的走，最后因为大雨的关系，还是被浩克带着贝蒂逃走了。班纳是来纽约找蓝先生治愈浩克的，他并没有走远，而是在第二天又返回了纽约。班纳要去格邦学院去找蓝先生。班纳给蓝先生所发的信息被神盾局后勤部发现，又被罗斯将军所知晓。
在班纳找到蓝先生的时候，身为兵王的埃米尔完成了罗斯将军的超级士兵药剂注射，并且跟随军队向着格邦学院而来，目标就是正在想办法除去浩克的班纳博士，而弗瑞也派来了娜塔莎和鹰眼跟随着军队向着学院而来。
罗斯将军到来的时候，浩克已经被蓝先生的药剂压制在班纳体内，蓝先生向班纳介绍了自己对浩克血清的研究，班纳坚持让蓝先生销毁一切实验物品，可惜未能如愿，就被军队抓获。
而埃米尔·布朗斯基想要浩克般的力量，他强制蓝博士为自己注射绿巨人血清，但是注射绿巨人血清的埃米尔并没有变成绿巨人，他变成了狂暴的黄色巨人憎恶，憎恶在街上大肆破坏，罗斯将军的军队被杀的七零八落。
弗瑞了解到了情况，另娜塔莎和鹰眼出手对付憎恶，并且联系到托尼，希望他能够出手。托尼没有犹豫，当即穿上战衣向着战场飞了过来。而娜塔莎已经和憎恶大战在一起，娜塔莎虽然吃下强身丹，但是其程度也只相当于筑基三四层的人，完全不是憎恶的对手，全靠着灵活的身躯在周旋。
但是憎恶之前也是兵王，娜塔莎的周旋对它没太大的用处，攻击对憎恶造成的伤害微乎其微，在远处的鹰眼虽然能造成一点伤害，也是稍稍阻碍憎恶的行动。但是这也够了，托尼已经赶了过来。托尼的马克i并没有研发完全，现在穿的只是马克序号系列的战衣。
娜塔莎纠缠被憎恶看破，憎恶卖了一个破绽将娜塔莎一脚踢出很远，撞烂了三辆汽车。重伤出局，而鹰眼被一辆汽车砸翻在地，憎恶举起另一辆汽车准备砸向鹰眼，被赶来的托尼一个手炮打爆，救下了鹰眼。“你们没事吧，看来情况不妙啊。这怪物哪里来的”？
“我是不行了，强化的身体也没法和它比，他是军方的实验品。下面就交给你了。”娜塔莎拖着受伤的身体去旁边修养了。
“好吧，你们去修养吧，我让他尝尝我的厉害。”托尼看着冲过来的憎恶，抬手就是一炮，可惜被闪了过去，来到托尼身前，一拳将托尼打翻在地，在地上犁了长长的一道沟。
“好吧，我小看你了。”说完从新飞了起来，托尼没用浮游炮，而是靠着自身的素质和战衣的性能在和憎恶游斗。
这时候，从天上掉下来一个人，将路面砸出一个大坑，将托尼吓了一条，以失神又被憎恶打了出去。这时候，绿色的浩克从坑里爬了出来，拦住了去追赶托尼的憎恶。浩克和憎恶大战在了一起，但是浩克现在并没有憎恶强，被憎恶扔了出去。
托尼起来，将被打坏了的战衣脱下。看着被打飞的浩克，“好吧，又来一个怪物，还是失去理智的”。心念一动念动浮游炮浮在托尼身前，一炮将憎恶的打飞，身上打了个大洞。却转眼被修复了。这时候浩克也回神了，再次冲向憎恶，还随手丢了半个汽车砸向托尼，被浮游炮打烂，没有对托尼造成伤害。
“看来另一个也不是帮手，需要一并清除吗？”托尼在耳边问弗瑞。
“不要打另一个绿大个，那是官方指定要的人，它现在是没有理智的，你想办法把它弄晕就好儿了。”弗瑞这个任务有些难度。
“好吧，我尽量。”说完对着憎恶又是一炮。憎恶吃痛，丢一个汽车过来，被托尼闪开，浩克趁机给憎恶一拳，打的憎恶一晃，憎恶反手两拳，将浩克打倒。又抱起路边的电杆砸向托尼，被换了一套新战衣的托尼闪开，反手给它一手炮，浮游炮也回了一炮。
这边三人打的火热，弗瑞也正和罗斯将军讨价还价。弗瑞想要浩克，而罗斯坚持浩克属于军方的，就是不松口。
“将军，经过这次事件，你认为你能把这件事情压下去，你的职位能不能保证还不一定，浩克交给我们，我帮你压下一些责任。”弗瑞严肃的说
“这就不用你们神盾局操心了，我自己会摆平这件事情。浩克永远是属于军方的，你不要想了。”浩克是罗斯将军一生的目标，自然不肯放弃浩克。
这时候，托尼三人战场中间光芒一闪，出现一个人影，抓住憎恶踢向浩克的脚，轻松的将憎恶扔了出去，将路边两栋大楼砸穿，反手一拳，打在浩克脑袋上，将浩克打晕了过去。而托尼看到这个身影，也停止了攻击。
弗瑞看到来人，向着罗斯将军说道，“我们不用争吵了，现在谁都做不了主了”。
