蒋介石于1960年连任第三届总统后，蒋经国晋升为二级上将，具体职任是“国家安全会议副秘书长”、“行政院政务委员”、“国家退除役官兵辅导会主委”、中央常委等。
这时，大陆正处于经济上的非常困难时期，同时又与苏联关系日益恶化。至1962年后，中苏已公开决裂。这给蒋本人带来极大兴奋。1962年5月，他下令征收“国防临时特别捐”，同时北投的政工干校开设临时战地政务班，为“收复”大陆准备干部。国民党的八届五中全会通过了“光复大陆指导纲领”。积极准备反攻大陆。并不断接见外国记者，申明反攻计划，他说：“我可独立反攻，苏俄不会干预。……国军一旦开始反攻，三、五年内底定全国。”同时广东沿海有一百七十二人先后于惠阳等地登陆被获。蒋这种兴奋和计划，当然不难理解，但他要反攻大陆却仍是毫无希望的。因为在大陆上，蒋介石的形象实在不好，人们对他的记忆也当然很坏，因而他当时在大陆已成了过时的，被人遗忘的历史人物了。然而他自己并不这样认为，故而大动干戈，蠢蠢欲动，准备卷土重来。
但美国年轻的总统肯尼迪立即于同年8月对蒋提出警告，他指出“国军如对大陆采取军事行动，那等于自杀”，并指出蒋氏如反攻大陆是违反《中美协防条约》的。美国反对蒋反攻大陆，蒋就无法反攻，因汽油、弹药、零件的补给，台湾仅有两三个月的储存，只要美国不补给军火汽油，蒋便无法打仗。于是蒋又停止征收“特别捐”，反攻大陆的戏，刚一开场，又悄然收场了。
蒋氏为与美国进一步修好，便于1963年又派其长子经国上将访美。蒋经国以政务委员身份于9月访美，公开声明的是会谈“中美双方”共同关切的问题。
蒋经国于十年以前曾经访美，但1957年蒋经国为对美国报复，导演了“五·二四”反美事件，和美国关系一直不那么融洽，或者说有些芥蒂。这次访美，也有为接班而求美方谅解之意。美国方面，也有了解台湾未来当家人的必要。小蒋访美活动，美国未事声张，一直采取低调姿态，既无公报，也无共同声明，但这次访问缓解了小蒋和美国的关系，可以说已为美国所谅解。
接着，蒋介石便开始为其长子接班而重新组织政府班底。他先于11月召开九全大会，为改组内阁作准备，然后提名严家淦财长为行政院长。陈诚本来病魔缠身，便于九届一中全会后提出辞兼院长职。蒋接受后，给假一月。由严继任。
据《联合报》介绍，严氏政绩卓著，颇有才干。但社会舆论并不谓然。严家淦，字静波，江苏省苏州人，1905年生。上海圣约翰大学毕业。1938年出任福建省建设厅厅长。任中举办小型水电站和修建道路。1939年，改任福建省财政厅厅长，创立“田赋征实制”后推行全国，对抗战中的粮食供应作出了重大贡献。1945年初，调任重庆任战时生产局采办处长，具体办理美国租借法案和中英、中加两个借款案物资之事。
1945年抗战胜利后，奉命代表经济部和战时生产局，首批飞抵南京，在何应钦手下协助办理受降事宜。同年12月24日，又奉命赴台北，任长官公署交通处长，兼交通部特派员。1946年，任“公署财政处长”，兼台行董事长，筹建台省金融机构和体制。1947年，台湾省政府成立时，任“省府委员兼财政厅长”，主持台省币制改革，并于稳定物价中获特殊成绩。
1950年初任“经济部长”，兼“美援委员会副主任委员”。同年3月，又改任“财政部长”，推行现代预算制度。1955年，继俞鸿钧任“台省主席”，兼“省保安司令”。并兼任“行政院经济安定委员会主任委员”和“国军退除役官兵就业辅导委员会主任委员”。1963年当选为中央常委。
严待人接物，以宽和忍让为座右铭。凡事他认为“退一步想，易地而处”，就会消除争执，化干戈为玉帛。他对部署的要求是“公而忘私”或“先公后私”。他认为能“先公后私”，“易地而处”的人，一定生活得愉快，并对个人，对国家，一定有所贡献。
实际上，严是一个循规蹈矩、八面玲珑和唯唯诺诺的老好人，凡事不敢做主，或频频请示，或推下级研究。才具自不出众。他当行政院长，说老实话是不合格的。但蒋之所以选中他，显然是因他既听话、不会大权旁落，又可以为经国开道。利用他作为过渡阶梯，将经国扶上要津，然后再叫他让出位子来。所以台省说严是个“好人”，但“不是好官；是好国民，不是好公仆”。
严被提名任行政院长后，怕立法院通不过，便逐门作揖求助。其实，有蒋点头，谁敢不依！蒋不是李宗仁，严家淦也成不了居正第二。
严上任后，即提名蒋经国任国防部副部长（部长俞大维）。俞部长也是个不贪权力、不问人事的人，经国出任俞的副手，当然就是代俞主持国防部。经国又是政务委员，在内阁中和俞同位，更是取代俞职的有利条件。蒋经国又嫁女与俞的儿子，和俞成了儿女亲家，关系更密了一层。这使俞可以更愉快地辞职和提名蒋经国继任其职。至1964年1月13日，蒋介石照准俞辞国防部长职，遂升蒋经国出任国防部长。所以蒋安排俞大维为国防部长时，也是早在为蒋经国代俞做准备。此乃欲升其子，先升陪衬之谓也。
1964年2月，“副总统”陈诚逝世，蒋经国的对手完全清除了。这在蒋氏父子是个理想的事情。从此以后，台湾政治生活便完全由蒋氏父子控制了，也没有任何人可以以元老资格来对抗蒋经国了。
1965年9月，蒋经国以国防部长身份访美，这是第三次访美了。这次访美，是应美国国防部长麦克那马拉的邀请。总统是约翰逊。访美的本意，仍是向美国修好，为未来掌权台湾做准备。
这一年，大陆爆炸原子弹成功。
1966年3月，台湾又要进行“总统”选举。当然蒋连任第四任总统是没有问题的，问题是“副总统”。“副总统”的人选当然只能是严家淦。3月6日，蒋于九届三中全会上宣言，要提拔新进，并恳切期望总统候选人人选另择，让他专心做党务工作和军事工作。这当然不是蒋的心里话，他不过是在放试探气球，而且此时台岛也无人可以胜任此职。当然也决无任何一个傻瓜敢于充当总统候选人。
在投票前夕，蒋又举行全体“国代”的便餐招待会。会中又说了许多冠冕堂皇的话。他说：“我本来希望国民党同志不要提名我为候选人，因为才德兼备，对国家人民有贡献的老同志很多。但是，最后大家仍然推我，我感到很惶恐。我今年已经八十岁，再连一任，还不能反攻，怎对得起国家？”又说：“此次国民大会乃是反攻前的最后一次会议。”这完全是发空炮，自我安慰。最后又对民、青两党客气了一番，他说：“此外，我本来希望民、青两党亦能提出总统、副总统候选人，可是他们很客气。一党提名，未始不是一种缺憾。”他仍想以民主政治的面目出现，表示他不愿一党专政，希望其他党派也可以竞选总统。其实他对民、青两党不提名候选人是很欣赏的。
然后，蒋又私下向张群表示，愿张做副总统候选人。张群最知蒋氏之心，赶快推说年事已高，建议以七十岁以下的人任副总统最适宜。但蒋仍是发张群、孙科、何应钦、严家淦四张照片备用，认真演戏。
最后，蒋在三中全会提名严家淦为副总统候选人。并对与会者说：“严家淦同志的长处，正是我的短处；我的短处，也正是严家淦同志长处”。这两句话，很有意思，这正是蒋所要求的。投票开始后，严以七十三比七十二获选为国民党候选人。
但国民大会对严家淦却不客气，不少代表要严答复福利条件，否则传出空气，选举将出现“难产”。投票结果是发票一千四百一十七张，收回一千四百一十六张，严得票七百八十二张。这说明国民大会中和国民党内有暗中反对蒋介石的反对派，只是不敢公开。但不管如何，严已当选副总统。蒋死严继后，天下就是蒋经国的了。
这时蒋已为蒋经国的接班准备就绪。
