世界上没有无缘无故的爱。斯大林援助盛世才是出于苏联利益的考虑，盛世才对此心知肚明。1940年，盛世才和苏联政府代表签订了为期50年的《新苏租界条约》，苏联在新疆获得了不受当地政府干预的种种特权，并攫取了新疆的矿产资源。盛世才后来承认：“1940年之密约签订，事实上苏联有其政治上之阴谋，苏方欲余在新独立。”
1941年，苏德战争爆发。战争初期，德军占据优势，苏联大片国土沦陷。盛世才感到苏联恐怕是指望不上了。身为老牌投机主义者，他望风使舵，转而把希望放在蒋介石身上，他给蒋介石的“投名状”正是反苏反共。
1942年3月，盛世才精心策划，炮制了“四·一二阴谋暴动案”，诬蔑中共党员陈潭秋、毛泽民和苏联驻迪化总领事、军事顾问等人是暴动案的策动组织者，随即把新疆各地的共产党人调至迪化集中控制起来。9月，盛世才不仅扣押了陈潭秋、毛泽民等20多名中共主要干部，还把120多名中共党员及其家属全部软禁。陈潭秋、毛泽民等人被投入监狱后，遭受酷刑，并在1943年9月被秘密杀害。此外，盛世才还采取种种措施，迫使苏联势力全部撤出新疆。盛世才的“变脸”给了蒋介石绝佳的机会。早就想控制新疆的蒋介石于1943年派出7万余人进驻新疆。
盛世才的背叛让斯大林十分愤怒。1943年5月，联共（布）中央政治局会议专门讨论了如何推翻盛世才。会议决定成立“民族复兴小组”，在新疆少数民族中培养力量。在苏联的支持下，于1944年成立了“东土耳其斯坦共和国”，苏联顾问为莫合森。就这样，在蒋介石和苏联的双重压力下，盛世才于1944年被迫离开新疆，出任南京国民政府农林部部长，结束了对新疆长达11年的统治。
1945年8月，日本投降后，斯大林推动了国共重庆谈判，在新疆也推动了“民族军”与国民党政府的谈判。在当时的大环境下，苏联不允许新疆有分裂政权，所以每当谈判陷入低谷时，都是苏联出面压制了独立派的分离主张，并强行把独立派的首领艾力汗·吐烈等人秘密押送出疆。1946年7月1日，新疆联合政府成立，张治中为新疆省主席，阿合买提江和包尔汉为副主席。新疆的局势暂时稳定下来。
