在经学与史学区分问题上，蒙文通以周代的旧典为史学，而以秦以来儒者的理想为经学，认为这也是今、古学之所由分判的界线。他说：“有周之旧典焉，所谓史学者也；有秦以来儒者之理想焉，所谓经学者，实哲学也，此今古学所由判也。”指出古学即旧典，即史学，今学即经学，即哲学，它们之间有史实和理想之分。即今文学的理想与史学之史迹有别，这在蒙文通的学术思想中有明确体现。如他考察汉代经师所讲的井田、辟雍、封禅、巡狩、明堂等各种制度，清理出哪些制度是历史的陈迹，哪些制度是寄寓的理想，然后分析理想制度所体现的思想实质，以探讨今文学家的思想。在蒙文通所作《儒家政治思想之发展》和《孔子和今文学》的著述里，通过分析井田、辟雍、封禅、巡狩、明堂等几项制度，对经学之理想与史学之史实之间的区别作了探讨和分析。
关于井田制，蒙文通盛赞包括董仲舒在内的今文学家所说的井田制是一种经济平等思想的反映，而与周代的种族歧视和秦代的豪强兼并完全不同。但认为今文学家所谓的井田制度与《孟子》、《周官》所记载的井田制度不同，在今文学家理想的井田制度下，民可自由离开土地，不受约束。而四海之内，不为天子；分疆列土，也不为诸侯，均是为了民。体现出今文学的重民思想。尽管今文学理想的井田制度很美好，但它却不是历史的陈迹，这反映了经与史的区别所在。
关于辟雍，蒙文通以辟雍为学校，指出历史的史实是，周代的种族歧视很严重，教育制度也不平等，而今文学理想的教育则与之不同。既然如此，那么，今文学所讲的那种贵贱平等、全国平等的教育制度绝不可能是周代的史实，只不过是今文学家的理想而已。这种不分贵贱、平等受教育的理想制度与周代史实之间的区别，正是经、史之间的区别。
关于禅让，蒙文通通过记述今文学关于封禅的思想，指出其易姓而王须封禅，向上天报告。封是受命，禅是以传贤人。主张王位乃天之所予，须有德如尧舜者居之，以禅让解释封禅，体现了今文学封禅以选天子的理想。汉代提出禅让说的今文学者敢于让皇帝退位，这是有进步意义的。但历史的事实是，禹死后，其子启夺位自立。此后，将王位让与贤者的禅让制度，为父子相及的王位传承制度所替代。并且汉代的统治者不容有人提出禅让，蒙文通指出汉代今文学者眭孟、盖宽饶等就是为提倡禅让而殉道的。这也体现了经学理想与史实之间、乃至与现实的矛盾。
关于巡狩，蒙文通认为，巡狩的本义乃“巡所守也”，并不涉及黜陟诸侯之事，后来今文学赋予了巡狩以黜陟诸侯之义，而主张选贤任能。蒙文通指出，尽管《白虎通》还有以功德来黜陟升迁诸侯的办法，但这些黜陟的办法，都没有任何史实为依据，只不过是今文学家的理想而已，与《孟子》等书所载关于巡狩的史实不符。这也体现了今文学的理想与史学之史实之间的区别。
关于明堂，蒙文通以明堂为大学，指出明堂大学有周代之明堂大学与今文学所设想的明堂大学的区别。蒙文通盛赞赵绾、王臧以明堂而死，河间献王以明堂而废，认为这正显示出明堂制度含有与统治者不能相容的政治意义。这个与统治者不能相容的政治意义就体现在，今文学理想的明堂大学是议政的场所，可议论国政，而周代的明堂大学只不过是贵族子弟的学校。这也是经学之理想与史学之史实之间的区别。
蒙文通从各个方面对经学与史学的区分作了探讨，认为经学与史学是有区别的，经学非史学所能取代，不应以西方学科的分类把经学归于史学等学科，强调经学是两千年来中国学术、文化的中心。经学作为一个整体，有它的研究对象，它非史学，亦非哲学和文学。史学、哲学、文学均不能代替经学。经学超越了诸子、史学和文艺学等，它对中国文化、中华民族精神具有重要的指导意义。
（二）经史的联系，六经据旧史以为本
在经学与史学关系问题上，蒙文通除主张经史分途，批评六经皆史之说外，也认为经、史有着一定的联系，六经据旧史以为本，邹鲁之言史与儒家经学相关，三晋史学转化为经学之古文学，这体现了经史之间的联系。
蒙文通认为，经史之间的联系表现在，周代之学有三：旧史、鲁人六艺、诸子百家。孔子删定六经，即是据旧史以为本。他说：
《庄子·天下篇》称：“其明而在数度者，旧法世传之史，尚多有之；其在《诗》、《书》、《礼》、《乐》者，邹鲁之士、搢绅先生多能明之。其数散于天下而设于中国者，百家之学时或称而道之。”是周季之学，类别有三：旧史为一系，鲁人六艺为一系，诸子百家为一系。……孔子制作《春秋》，既求观于《周史记》，又求百二十国宝书，此尤列国之史，燦然具在之证。荀卿亦谓：“三代虽亡，治法犹存。”故孔子曰：“吾犹及史之阙文也。”三古列国之书既存于世，则孔子之删定六经，实据旧史以为本。
蒙文通引《庄子·天下篇》所言，指出先秦时期的学术有旧史一系、邹鲁的《诗》、《书》、《礼》、《乐》等六艺一系，以及诸子百家之学一系。《庄子·天下篇》在某种程度上对先秦学术加以概括总结，所言有一定道理。蒙文通认为，在周代的三系学问中，鲁人之六艺有对旧史汲取的成分，孔子制作《春秋》时，就求观于《周史记》和列国之史书。列国之书具在而存于世，孔子在删定六经时，实依据旧史以为本。经典从旧史中考订出，可见经史是不脱离的。就六经的删定，实据旧史以为本而言，蒙文通指出：“中国则所尚者儒学，儒以六经为依归，六经皆古史也。”这体现了经史的联系。蒙文通具体考察了孔子是如何据旧史而定六经，并加以增删损益，以体现其道和微言大义。经孔子整理的六经，就与以往之旧史大不同了。他说：“未定之六籍，亦犹齐、楚旧法世传之史耳，巫史优为之；删定之书，则大义微言，燦然明备，唯七十子之徒、邹鲁之士、搢绅先生能言之。子曰：‘齐一变至于鲁，鲁一变至于道。’孔子固据鲁以述文，亦变鲁以协道，此孟子之所以赞孔子为贤于尧、舜，生民以来未有者也。”一方面，经、史是联系的，六经据旧史以为本，没有旧史，六经也难以删定；另一方面，六经又是在旧史基础上的深化发展，赋予了儒家之道的内涵。即“孔子固据鲁以述文，亦变鲁以协道”。也就是说，孔子既依据鲁史以述文，删定六经；又改变了旧史的原貌，使据旧史而删定的六经成为载道之书。蒙文通指出，未经孔子删定前的六经，不过是齐、楚旧法世传之史而已，但经孔子删定后的六经，则大义微言备具于其中，唯有儒学之士能言之。这又与旧史不同了。既看到了经史的联系，又看到了经史的区别。
经史的联系还表现在，邹鲁之言史与儒家经学相关。蒙文通认为，就史说而言，有邹鲁之言史、三晋之言史和南方之言史三方史说之异。而其中的邹鲁之言史，则合于六经，表现出经学与史学的联系。他说：
三方史说互异，即本孟子书可推而见之。……今以孟子之说为宗，以上合六经，而邹鲁之言史者莫之能异也。以韩非为宗，以上合《汲冢纪年》，而三晋之言史者莫之能异也。……而据陆氏所言，则庄书雅与《山海经》相合，则以屈原、庄子为宗，以上合《山海经》，则南方之言古史者亦莫之能异也。此论明，则三方之史不同，定可知之也。
不仅三方学术有异，而且三方史说也有不同：以孟子为宗，合于六经者，乃邹鲁之言史；以韩非为宗，合于《汲冢纪年》者，为三晋之言史；以屈原、庄子为宗，合于《山海经》者，为南方之言史。三方之史说有异，而邹鲁之史说则与六经相合，并是以孟子为宗，可见邹鲁之史说与邹鲁之经学是相互联系的。虽然三晋之史说比于邹鲁六艺，有根本之不同。但三晋之史学后来转化为古文经学，就古文经学是经学之一派而言，三晋之史学也与经学相联系。蒙文通认为，古文学依据三晋学而立，来自晋学，“古文学据三晋学而立者也” ，晋学的特点是以史学为其正宗，三晋史学转化为经学之古文学，这也是经学与史学相联系的表现。
质言之，蒙文通论经史之关系，虽也讲经史的联系，但以重视经史的区分为主。由此他主张经史分途，批评六经皆史之说。在此基础上，蒙文通认为研究经学不能只研究六经，而要从研究传记、经说中发掘其有价值的思想；不把六艺经传当作史料看待，而要从六艺经传中寻得出道来。如果只研究经典本身而不及道，那只是史料学及古文献学，而于经学的思想意蕴有所未及。
