在《孔子和今文学》中，蒙文通对董仲舒之今文经学作了较为严厉的批评，认为今文经学是变质了的儒学。蒙文通以往在作《儒学五论》时，即其经学第三变时，对西汉今文经学曾给以较高评价，认为“先汉经说”“优于孟、荀”，定“百世楷模”，不仅是子史之中心，而且亦是中国文化之中心，充分肯定西汉今文经学的历史地位。而此时作《孔子和今文学》时，则对西汉今文经学提出较为严厉的批判，认为董仲舒将儒学的“革命”改为“改制”，把井田改为限田，又于“禅让”说未能坚持，把儒家限制君权、与封建专制君主不相容的思想打了折扣，而与君权妥协了。因此，蒙文通认为“今文学从此也就变质了”，儒学被董仲舒、公孙弘之流修改与曲解之后，成为变了质的儒学，所以被专制帝王所接受并加以利用。进而，今文经学分为讲微言大义、阴阳五行、谶纬的内学，和讲“分文析字，烦言碎辞”章句训诂的外学，今文大义也就从此湮没了。更有甚者，到了后来，今文经学成为御用品，实不足道。
蒙文通批评董仲舒放弃了今文经学的斗争性，因而对专制君主没有危害反而有益。所以认为董仲舒的儒学是妥协的、让步的，由此能被汉武帝接受并加以推崇。然而在董仲舒的思想里，仍有对封建统治者权力加以限制和约束的成分，这是对儒家政治理想的继承和在新形势下的发挥。董仲舒提出天遣说和“有道伐无道”的思想。天遣说是董仲舒提出的对君主的失道行为加以约束的一种思想，他认为，天是一种超人间的支配力量，君权乃由天授，天生民以立君，天与人事有着必然的联系。指出：“国家将有失道之败，而天乃先出灾害以遣告之。”即上天对统治者，经常通过自然界的灾异变化来进行谴责，以示警告，使其改正错误，符合天意。天遣说把本不相干的自然灾变与社会人事混为一谈，虽不是一种科学的理论，但在当时君权至上的时代，以天灾来警告统治者的失职行为，在君权之上树立起天的权威，至少是对封建君主的一种约束。董仲舒还继承了孟子“闻诛一夫纣矣，未闻弑君也”的盛赞汤武讨伐桀纣的思想，提出“有道伐无道”的变革史观。他认为，历史的变革，起支配作用的是道，有道之圣人伐无道之暴君，由此推动了历史的变革和发展，并将此称之为天理。强调“有道伐无道”，凡无道之君被有道之人所取代，这就是天理，即天经地义的事，其所从来已久，而不仅仅是汤、武所为。也就是说，道是历史发展的最高原则，社会变革的动因在于统治者是否有道。正因为夏桀王和殷纣王无道，被汤王和武王革其命；秦始皇无道，被汉所取代，完成了改朝换代和易姓革命。董仲舒不同意把汤武革命称为“不义”的观点，他主张以对民的态度来区分圣君和暴君，认为残害民众的桀、纣是“残贼”、“一夫”，人人可得而诛之。汤、武讨伐之，是有道伐无道，这即是天理，是顺天应人之举。从董仲舒的观点中可以看出，他以是否有道作为评判历史人物的标准，而不是以是否居于君主之位作为是非的标准。这与孟子盛赞汤武讨伐桀纣、荀子“从道不从君”的思想比较接近，是对“汤武革命”说的继承和发展，体现了儒家道统思想限制封建君权的基本出发点，也由此形成了中国历史上君、道二元对立的政治格局。从董仲舒的天遣说和“有道伐无道”的思想不难看出，他对封建君权还是要加以限制的。蒙文通先生对董仲舒的批评，有可议之处。蒙文通认为，董仲舒变素王为王鲁，变革命为改制，变井田为限田，以取媚于武帝，搅乱了今文学思想。汉武帝之所以能够接受董仲舒的建议而表彰六经独尊儒术，并不是偶然的。并认为把董仲舒作为论述西汉今文学的代表是不妥当的。甚至认为董仲舒“变节”，导致学术阵营的混乱，更增加了后人对西汉今文经学了解的困难。认定董仲舒的今文经说是变质了的儒学，这与他本人先前对西汉今文经学的较高评价形成对照。体现了蒙文通经学思想至晚年的又一变。
综上所述，蒙文通的经学思想承廖平而来并加以发展，前后共有若干次变化。第一变是倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古，将其师廖平所说的以燕、赵学为古文经学的观点改为梁、赵之学为古文经学，推本邹鲁之学为正学，而认为齐、晋派及受其影响的汉人之今、古文经学有“离失道本”的偏差，其代表作是发表于1930年的《经学抉原》。第二变是提出破弃今、古家法，而宗周秦儒学之旨，通过剖析今、古文经学家所依据的典籍，上追晚周儒学之旨，这是他超越两汉，向先秦讲论思想的体现，其代表作是发表于1933年的《井研廖季平师与近代今文学》和《井研廖师与汉代今古文学》。第三变是提出汉代经学尤其是“先汉经说”乃融会百家之学，出入“六经”，综其旨要于儒家而创立的新儒学。认为汉代新儒学不仅超越诸子学，而且其学有优于孟、荀之处，发展了先秦儒学，并认为“先汉经说”不仅是子史之中心，而且亦是中国文化之中心，充分肯定西汉今文经学的历史地位。其代表作是发表于1944年的《儒学五论》及《儒学五论题辞》，《儒学五论》中的《儒家政治思想之发展》是其重要著述。在《儒家政治思想之发展》里，蒙文通盛赞作为齐学的《齐诗》学，并引纬书以证《齐诗》之“五际”、“四始”说，认为今文学的“革命”说的理论依据在西汉今文《齐诗》学的“五际”说中就可找到。不难看出，蒙文通经学思想的第三变已与其早期超越两汉，向先秦讲论的思想以及崇鲁学、薄齐学的观点有不同。随时间的推移蒙文通的经学思想到后来又发生了某些变化，即在晚年对西汉今文经学提出较为严厉的批评，认为董仲舒之今文经学乃变了质的儒学，因为董仲舒将儒学的“革命”改为“改制”，把井田改为限田，又于“禅让”说未能坚持，把儒家限制君权、与封建专制君主不相容的思想打了折扣，而与君权妥协了。所以被专制帝王所接受并加以利用。今文大义也就从此湮没了。到了后来，今文经学成为御用品，不足为道。
质言之，蒙文通的经学思想大致经历了从早期超越两汉，向先秦讲论，破弃今、古家法，宗先秦儒学之旨，到中期充分肯定西汉今文经学，认为它是中国文化之中心，再到晚年批评董仲舒之今文经学是变了质的儒学的演变过程。
综观蒙文通经学思想的形成发展及其若干次变化，可以看出其经学思想还是比较深刻而富于创见的。他继承廖平又不囿于师说，提出自己的新见解，加进了不少在廖平之后随时代变迁而阐发的新思想，为经学研究作出了自己的贡献。一般说，蒙文通对古文经学的批评多于今文经学，对清代今文经学的批评多于对汉代今文经学的批评，于汉代今文经学的批评，集中在对董仲舒今文经学的批评上。然而蒙文通的经学思想在某些方面仍然存在着一些可议之处，需进一步研究和深入探讨。但他对经学作了充分的肯定，指出经学是两千年来中国学术、文化的中心，为中华民族的最高法典，整个民族的思想行为、政治风习均以经学为指导。它的宏伟力量和深广影响远非诸子、史学和文艺学所能比拟。主张把经学作为统一整体来进行研究，反对人为地将经学这种综合性的学问分门别类地割裂开来，使得经学对中国文化的指导作用大大降低。蒙文通强调，经学既然作为一个整体，就有它的研究对象，它非史学、非哲学、非文学，是在文、史、哲之上，超越文、史、哲，对中国社会和中国文化起指导作用的学问。这体现出蒙文通治经学的指导思想，乃在于客观地肯定经学对中国文化和中国学术的重要性、指导意义和价值。由此体现出蒙文通经学在中国经学史上占有重要地位，为中国经学的发展作出了突出贡献。
