先生生当鼎革，自以先世为明世臣，存亡与共。甲申后崎岖岭表，备尝险阻，既知事之不可为，乃退而著书。窜伏祁永涟邵山中，流离困若。……当是时，海内硕儒，北有容城（孙奇逢），西有盩厔（李二曲），东南则崑山、余姚（顾炎武、黄宗羲）。先生刻苦似二曲，贞晦过夏峰，多闻博学、志节皎然，不愧顾黄两先生。顾诸君子肥遁自甘，声名益炳。虽隐逸之荐，鸿博之征，皆以死拒。而公卿交口，天子动容，其志易白，其书易行。先生窜身猺峒，绝迹人间，席棘饴荼，声影不出林莽，门人故旧又无一有气力者为之推挽。殁后四十年遗书散佚，后生小子至不能举其名姓，可哀也。（《船山全书》第十六册，第411页）
这段极为沉痛的话，可以说是王夫之晚年生活的实录，也是对他和他的著作之所以湮没无闻的真实说明。王夫之的学术有一个根本特点，这就是“致广大而尽精微”。贯彻于他的全部著述活动中的一个基本方法就是哲学思辨和实证考察的结合。这一方法是由他作为伟大哲学家的高度思辨能力和作为杰出学者的精严的科学精神相结合而得到的。王夫之的治学方法可用他在《老子衍》自序中的一句话来概括，这就是“入其垒，袭其辎，暴其恃，而见其瑕矣。见其瑕而后道可使复也”。
入其垒就是深入堂奥，对有代表性的中国古代典籍进行深入的细致的研究。袭其辎侧重于哲学思辨。因为实证考察是把研究对象确定在具体事物上，对具体事物的研究侧重于其性质、数量、空间上的广延和时间上的绵延等可用感官把握，可以相对精确地刻画其性质和规律的那些方面。哲学思辨则离开对具体事物的外在形态的考察而深入到它之所以如此的原因、它从逻辑上说应该具有的性质、它和其他事物的关系以及它的价值和意义这些方面。对事物的这些方面的思辨考察要靠思考者的哲学素养，思考者对见闻之外的那些东西的把握能力，思考者对事物的价值和意义的觉解。这都是把外在之物变为为我之物，把被我认识变为被我阐释。所以哲学思辨主要侧重于“袭其辎”。
王夫之的实证考察和哲学思辨相结合的方法在他对经学的处理上最鲜明地表现出来。王夫之的著作，划在经部的共有22种155卷。涉及《周易》、《诗经》、《尚书》、《礼记》、《春秋》、《四书》等。如关于《周易》有《周易内传》、《周易外传》、《周易稗疏》、《周易考异》、《周易大象解》、《周易内传发例》。其中《周易稗疏》解释《周易》经传字句的意思，《周易考异》辨正文字异同，属于实证考察类。《四库全书》提要对《周易稗疏》的评论颇能道出它的实证特点：“大旨不信京房之术，于先天诸图、纬书杂说皆排之甚力，而亦不空谈玄妙，附会老庄之旨，故言必征实，义必切理。”《周易内传》、《周易外传》、《周易大象解》、《周易内传发例》则属哲学发挥。而发挥程度亦有深浅广狭之别。如《周易内传》主要就《周易》本身的义理进行发挥，而《周易外传》则借易理发挥他关于宇宙人生等根本问题的见解。《周易内传》强调发挥易理不能违背《周易》本来的意思，反对任意解释《周易》。《周易内传发例》曾说：“世之言易者曰：易者意也，惟人之意而易在。呜呼！安得此大乱之言而称之哉！”
（《船山全书》第一册，第650页）
认为对易的发挥应在易理之内，应有一定的规范。而《周易外传》的发挥则要灵活得多，随文生解，不为体例所限。言易理，亦言他物他理。对《周易》的阐发贯彻了实证研究与思辨发挥并举的方法。
其他诸经莫不仿此例。如《尚书》，疏通字句者有《书经稗疏》，发挥义理者有《尚书引义》。《诗经》，疏通字句者有《诗经稗疏》、《诗经考异》，发挥义理者有《诗广传》。《四书》，疏通文字者有《四书稗疏》、《四书考异》，发挥义理者有《四书训义》、《读四书大全说》。这都清楚地说明，王夫之是把实证地研究和思辨地阐发结合起来的。他的“入其垒”不是浅尝辄止，或据其一隅，而是登堂入室，全面占有。他的“袭其辎”也不是简单地拿来就用，而是经过咀嚼、研磨、消化，变为自己学养的有机组成部分。如后人评其《四书训义》：“阐邹鲁之弘旨，畅濂洛之精义，明汉唐之故训，扫末学之糠秕。……旁搜远绍，浩瀚宏深，取精百家，折衷一是。”（《四书训义》刘人熙序）旁搜远绍，皆为我所用，取精百家，而折中在我。这都是对他的“袭其辎”的绝好说明。
“暴其恃，见其瑕，复其道”也贯彻在王夫之的全部学术活动中。“暴其恃”者，追寻其原因，展示其根据，在展示中其瑕瑜优劣尽现眼前。“见其瑕”而后道可复，因为道是全体，是价值理想，是至善至美的最高原理。“暴其恃”是极为重要的环节。粗心之将，入其垒，袭其辎，搴旗斩将掠地陷城而功毕。良将必讨求敌何以失之我何以得之，作为后来战胜攻取的资借。“暴其恃”是思想活动的重要环节。它对哲学活动尤其重要，或者说，它就是哲学所要做的全部工作。因为哲学有别于其他活动的一个本质特点，就是它严格说是一个由前提到结论的推导、论证过程，或由一个结果推导它的原因和根据的活动。当然哲学所由以出发的前提常常不是自明的公理，而是自己的设定。所以现代哲学家金岳霖把哲学定义为“一个说得出道理的成见”（引自陈寅恪：《冯友兰〈中国哲学史〉审查报告》）。哲学既可由一“成见”按逻辑规则说出它的道理，亦可由其说出的道理逆推其“成见”。王夫之的“暴其恃”，就是一个由结果追寻原因，或说由说出来的道理逆推其根据的活动。上述《四书训义》序在谈到《训义》的特点时说：“船山《训义》发紫阳之微言大义，并其所以至此者而亦传之，学者得入其门焉。自有讲义以来未之或能先也。”（《船山全书》第八册，第976页）
“其所以至此者”就是“恃”，就是一个结论、一个义理的原因和根据。朱熹的《四书章句集注》已经对得出这一结论的根据作了说明，而王夫之在朱熹说明的地方，给了他为什么作出这样的说明的解释。“并其所以至此者而亦传之”，就是“暴其恃”。不止四书，王夫之的所有著作都是“暴其恃”的工作。王夫之不同于他人的是，他把这个方面自觉地作为他的哲学活动的主要功能来运用，并且他运用这个方法得出了迥出常人的收获。如《尚书》注疏，古往今来多矣。而王夫之《书经稗疏》能自出手眼，自标新义。《四库全书总目提要》对此评论说：“其诠释名物，多出新意，虽醇驳相半，而纰缪者极缪纰，精核者亦极精核，不以瑕掩瑜也。”
（《船山全书》第二册，第227页）
王夫之的史论著作尤其自觉运用这种方法，他论治乱兴亡，不在迹上，多原其治乱之由而立论，故能发前人所未发。
“暴其恃”即展示其所以成立的根据，“见其瑕”即显示其弱点。“暴其恃”多自正面立论，“见其瑕”与之相反，多自反面立论。“暴其恃”与“见其瑕”实际是一个活动的两个方面，“暴其恃”即所以“见其瑕”，而其瑕既显，其恃不言自明。王夫之之见其瑕，有几个特点，其一是瑕瑜共存基础上的见其瑕。与两一统一的思维相关，王夫之在对中国哲学史上有影响的学派或人物进行批评，指摘他们的缺点时，总是与赞扬他们的优点连在一起，比如他对《老子》的评论：
世移道丧，覆败接武。守文而流伪窃，昧几而为祸先；治天下者生事扰民以自敝，取天下者力竭智尽而敝其民。使测老子之几，以俟其自复，则有瘥也。文、景踵起而迄升平，张子房、孙公和（原为仲和，依校注改为公和，公和为晋孙登字）异尚而远危殆，用是物也。较之释氏之荒远苛酷，究于离披缠棘，轻物理于一掷，而仅取欢于光怪者，岂不贤乎？司马迁曰：“老聃无为自化，清静自正”，近之矣。若“犹龙”之叹，云出仲尼之徒者，吾何取焉。（《老子衍》自序，第3页）
意为，老子既有知白守黑权谋机变的一面，又有天道循环静观其复的一面；既有离尘出世，远绝物欲的一面，又有见几而作，明哲保身的一面。如能明老子之几，取天下者就可以不必耗神费力而徒劳无益；功臣将相就可以急流勇退，免遭杀身之祸。老庄道家虽与佛教同被视为出世之教，但老子的简易直接、能为世用比起佛教的繁琐怪戾、贱物尊心来说，还是要好一点。司马迁赞扬老子“无为自化，清静自正”的确是抓住了老子宗旨，但庄子赞叹老子“犹龙”，则过头了。
其二，见瑕是为了复道。在王夫之看来，天与道是最高的价值，是万物最后的归趣，但万物之合于道是一个过程。这个过程，就自然来说，是万物各依其性、各循其则而后和宇宙整体协调整合的过程。每一物都有其本性，此物之性会与彼物之性发生矛盾，事物发展的最后结果是矛盾的解决，这一解决的过程是充满斗争的。瑕即事物自身的不完善或与环境的不协调。事物与周围环境在斗争中获得和谐，共同参与大化运行，最后达到道的圆满的过程，是一个见瑕而复道的过程。就价值之物来说，道是在善与恶的搏斗中成就的。道是善的积累，恶是善战胜攻取之资。在大化运行中，历史选择了合理的存在，众多合理的事物的积累与升华就是道。善的胜利是道的胜利，善的毁灭也是道的毁灭，因为这种毁灭在毁灭的过程中证明自己是善，并在与恶的更高一级的搏战中成为价值积淀。这种积淀就是纯的过程。纯以瑕为基础。所以，王夫之认为“天者，合往古来今而成纯者也”。这里天是一个价值原则，是善的积淀和提纯。
王夫之的“致广大而尽精微”的学术特点是在对经学的反省与总结中表现出来的。他曾自撰石船山下湘西草堂楹联：“六经责我开生面，七尺从天乞活埋。”从天乞活埋者，自贞其理想，自完其事业，然后俟命！六经之开生面，即摆脱明代经学极敝，以理学代经学的局面，同时不局限于汉儒的经学模式，把经学和理学结合起来，通过经学发挥理学。这一途径，标志着理学的转向，预示着清代学术的开端。与黄宗羲相比，黄宗羲是明代学术的总结者，王夫之是整个理学的总结者，整个中国古代学术的总结者。王夫之自认是担当了这一重任的，并相信他的学术会由后人从各个方面去理解。但他又告诫人们，只有在全面把握他的著作和他所处的时代特点，且在具备了对他所代表的整个时代的学术进行反思和总结的条件的时候，理解才是可能的。这就是他《自题画像》诗中“龟于朽后随人卜，梦未圆时莫浪猜”一句的微言大义。
