顾宪成对王阳明以己心为判断是非的标准虽有指摘，但尚赞许其破除外在偶像、高扬自我意识的精神。他反对最力的，是阳明四句教中“无善无恶心之体”一句。他在《东林会约》“知本”一条的解释中，即详论“无善无恶”之非，后来又就这个问题与泰州后学管志道（字东溟）往复辩诘。可以说，辨无善无恶之非，是顾宪成一生学术活动中非常重要的方面，申斥无善无恶的文字，在《小心斋札记》、《泾皋藏稿》、《商语》中随处可见。《证性编》则专辨无善无恶。顾宪成为什么对性之善恶问题倾注如此大的心力，终生辩诘不遗余力？这是因为，在他看来，性之善恶问题是儒家学说的立足点，性善论一破，种种弊病皆将从中生出。顾宪成指出：
阳明先生曰：“无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。”其立言岂不最精密哉？而犹不免于弊，何也？本体功夫，原来合一。夫既无善无恶矣，且得为善去恶乎？夫既为善去恶矣，且得无善无恶乎？然则本体功夫一乎，二乎？将无自相矛盾耶？是故无善无恶之说伸，则为善去恶之说必屈。为善去恶之说屈，则其以亲义序别信为土苴，以学问思辨行为桎梏，一切藐而不事者必伸。虽圣人复起，亦无如之何矣。尚可得而为救正耶？阳明之揭良知，真足以唤醒人心，一破俗学之陋，而独其所标性宗一言，难于瞒心附和，反复寻求，实是合不来，说不去，而其流弊又甚大耳。（《东林会约》）
顾宪成之意，心之体即性，故性善。性是本体，一切功夫，皆须作用于本体，亦皆须从本体中生发，否则功夫必是外在的。功夫外在，是造成小人乡愿的根本原因。孟子尽心知性说，其前提是性善。先天心体如无善恶可言，后天为善去恶功夫何处用？而为善去恶功夫，不过是对于先天之善的长养扩充与收摄保聚。性善说是他的本体功夫合一论的逻辑出发点。所以《东林会约》第一条即知本，知本即“识性”，识性即知性善。顾宪成辨性善，着重于批驳性无善无恶说理论上的弊病和它产生的恶果。顾宪成把批驳性无善无恶列入《会约》，就是把这个问题作为东林学派思想理论的一个重要方面。他提出，如果信从无善无恶说，则为善去恶的功夫为多余；为善去恶为多余，则《中庸》所谓大本达道、《大学》所谓学问思辨行皆无用。抛弃这些实地修养功夫，则非薄礼法、藐视圣贤之事必然难免。同时，佛教以无善无恶为本来面目，道家以“无”为最高范畴，倡无善无恶，正所以伸佛道二家之说。顾宪成说：无善无恶四字，上之收了一种高旷的人，下之收了一种机巧的人，惟有中行收他不得，只是此种人最少。就是说，狂放不羁的人以无善无恶为借口，愈行其狂放不羁；投机取巧的人以无善无恶为借口，更加不择手段。顾宪成把善定义为“天理之精”，把恶定义为“人欲做主”。无善则恶，无恶则善，人性不可能既不善又不恶。
顾宪成进一步指出，无善无恶之“无”，有两种方式：一是离有而无，一是即有而无。离有而无，有无为对待，有无截然二分。离有而无，无是绝对的空无，无是本体。如离有而无，则善为有，为客形而不屑，于是开一玄妙法门。如即有而无，则有无为一，有与无无区别，如此将以恶为善，开一巧妙法门。玄妙法门其流弊在虚玄不实，堕于谈玄说空。巧妙法门则文奸言，泯善恶，堕于顽钝无耻。故无善无恶之论难以成立，顾宪成论证他这一思想说：
性善之说只是破个“恶”字，无善无恶之说并要破个“善”字，却曰“无善无恶谓之至善”，到底这善字又破不得也。只觉多了这一转，却落在意见议论中。于是有俊根者就此翻出无限奇特，张皇门户；有滑根者就此讨出无限方便，决破藩篱。始见以无善无恶为极透语，今乃知其为极险语也。（《证性编·罪言上》）
就是说，性善是儒家哲学的根本，善字一破，功夫与本体无关，高者堕于虚玄，落于意见议论，卑者堕于顽钝，落于废规矩绳墨。以其皆有离开儒家修身立本的危险，故说无善无恶是“极险语”。顾宪成又说：
谓之无善，则恶矣，却又曰无恶；谓之无恶，则善矣，却又说无善。只此两转，多少曲折，多少含蓄，一切笼罩包裹、假借弥缝、逃匿周罗、推移迁就、回护闪烁，哪件不从这里播弄出来？阳明先生曰“无善无恶谓之至善”，苟究极流弊，虽曰“无善无恶谓之至恶”亦宜。（《证性编·罪言上》）
顾宪成此语，将无善无恶推至自律道德的反面来论其流弊。他的目的是要说明，性善是自律道德赖以成立的基础。无此基础，则无自律道德。而道德之谓道德，就在它所依据的是某种先天原则，而不是后天的经验。假如否定这种原则，善的纯粹性、它与恶的对峙壁垒就会丧失，笼罩包裹、假借弥缝等就会借之以售。这对儒家人格修养是一种亵渎。顾宪成反复辩“无善无恶”之非，着眼点即在此。
顾宪成对历史上有代表性的性论作了分析，他说：“无善无不善，识神也，非性也。有善有不善，气禀也，非性也。可以为善可以为不善，习染也，非性也。”（《证性编·罪言下》）意思是，无善无恶的，不是“性”，而是人的认识功能。物之青黄蓝白就视其为青黄蓝白，方圆短长就视其为方圆短长，它本身没有固定不变的性质，因而不能对它的作用对象添加什么。有的人善有的人恶，这是由于他们禀气有清浊厚薄的不同，禀气不同而有的刚柔缓急，皆可为善恶。“可以为善可以为不善”，指人后天的可塑性，人因习染不同而有的善恶结果。顾宪成认为，以上这些说法严格说都不能叫做性。性指人之所以为人的本质，人之区别与其他生物族类的先天标准。这在他就是性善。这个善不同于后天的具体的善，而是一种先天的逻辑规定。顾宪成把人性规定为先天的，这就提高了道德自律的高严性，把后天经验性的具体善恶统统排斥在人的本质规定之外，防止它们混滥了人之所以为人的根本标准。
顾宪成由此极力反对王阳明“无善无恶者理之静，有善有恶者气之动”的说法，他说：
阳明先生曰：“无善无恶者理之静，有善有恶者气之动。循理便是善，动气便是恶。”此以有无当善恶也。又曰：“圣人之无善无恶只是无有作好，无有作恶。”此亦以好恶当善恶也。以有无当善恶似觉看深了一层，以好恶当善恶似觉看浅了一层，却于善恶本来面目并不曾道及。（《证性编·罪言上》）
这里是说，“理之静”、“气之动”是理的表现形式，并非对性本身的价值判断。“循理便是善，动气便是恶”之“善恶”，是对后天行为路向所作的判断，非先天本有的标准。“无有作好，无有作恶”，即不起意，也 讨究之中，走入上文所说之高者虚玄，故说“看深了一层”。以好恶当善恶，取消了性的先天性、高严性，而代之以旋起旋灭之意，可引发上文所谓“卑者顽钝”，故说“看浅了一层”。从这里可以看出，顾宪成认为“无善无恶心之体”根本上是错的，他不像王门弟子那样回护遮拦，以证“无善无恶”说与“性善”说不矛盾。比如，刘宗周、黄宗羲就曾认为，王阳明四句教首句是说心中本无善念恶念，非谓性本身无善恶。
至善是心之本体“乃阳明定论”。刘宗周、黄宗羲所说固是阳明本意，但顾宪成认为阳明后学并未如此理解阳明四句教，故生出种种弊端。批评阳明“无善无恶心之体”一句，实际上是在批评王门后学所据的“阳明本意”。他反复指斥的高者虚玄，卑者顽钝，就是阳明弟子中两种最主要的错误，他是由批评这些错误而溯源至阳明四句教的。
顾宪成还与泰州后学管东溟就统体之善与散殊之善、太极与无极的关系进行辩论。这个辩论也与“无善无恶”相关。管东溟将善区分为统体之善和散殊之善。统体之善即善的一般，善的总体，因此也即“至善”，散殊之善是具体道德规范，如仁义礼智等。管东溟认为，统体之善不同于散殊之善，二者是互不联系的。心之体是至善，统体之善，它不能有具体善恶。所以“无善无恶心之体”是可以成立的。顾宪成则以朱熹的理一分殊来解释二者的关系，认为统体之善即散殊之善。善是总名，此总名必有仁义礼智等分殊之名，无仁义礼智即无至善，至善即表现于仁义礼智等分殊之善中。仁义礼智不是至善的分割，仁义礼智即分别为善的全体。他用《中庸》“大德敦化，小德川流”来论证统体之善和散殊之善的关系：“一指其统体而言，所谓大德敦化也；一指其散殊而言，所谓小德川流也。仁义礼智既列四名，便属散殊……且统体之善，即散殊之善也，何曾余却一毫；散殊之善即统体之善也，何曾欠却一毫。今以其为散殊也，不得等于体统，因别而名之，颇已过于分析矣。”（《证性编·质疑下》）
顾宪成与管东溟关于统体之善和散殊之善的辩论，目的仍在于证明王阳明“无善无恶心之体”一句是不正确的。这一点在他指出他与阳明分歧的关节点时也曾点出：
予之所谓善乃本体之善，阳明之所谓无善之善乃名相方隅之善也。其剖析精矣。虽然，名相方隅之善毕竟从何而来？若从性外来，即一切出于安排造作，不得谓之善。若从性中来，即一切皆吾心所固有，不得谓之无矣。《中庸》曰：“喜怒哀乐之未发谓之中，发而皆中节谓之和。”中，本体之善也；和，名相方隅之善也。总来只是一个。（《证性编·罪言上》）
顾宪成这里认为所谓本体即性，本体之善即性善；具体的善不自外来，而是性这一总体之善的表现；喜怒哀乐未发之中是本体之善，发而皆中节是具体的善；未发之中是性，发而皆中节是性在具体时空条件中的“宜”。他的目的还是要论证，心体含本然之善。“无善无恶心之体”不能成立。
顾宪成反对“无善无恶心之体”，意在将道德修养推至心之本体——性上，不在后天所发之意念上立根基。他尝说：
学者学以求尽乎其心也。心本有善无恶，故圣贤之教人也，惟曰为善去恶。为善因其有而有之，去恶因其无而无之也。本体如是，功夫如是，其致一而已矣。今以无善无恶语心，以为善去恶语格物，似已不免判而两歧。若曰意有善有恶，即为善去恶。但从意上检点，是又所谓舍源而寻流也。况乎所重在四无，则所轻在四有，究亦不能抗而并行。（《证性编·质疑下》）
为善去恶，必在先天本有之性体上立基，必以性善为出发点。故为善是因性中本有而充扩之，去恶是因性中本无而去除之。这样在性体上立基，本体功夫皆不出一性字。若以无善无恶论心，则所谓为善去恶功夫与先天本体歧而为二。而在后天所起之意念上为善去恶，则有舍源而寻流之患。
