与此同时，又传来了沙俄政府强迫外蒙傀儡当局签订《俄蒙协约》以及附约《商务专条》的消息。沙俄早就对中国长城以北广大领土怀有侵略野心，处心积虑要把这些地方并入俄国版图。武昌起义爆发后，清朝倾注全力于南方，沙皇政府见有机可乘，便一手导演了外蒙“独立”的丑剧，指使一伙蒙奸成立了所谓“大蒙古国”，策动他们窜扰和进犯乌里雅苏台、满洲里、科布多等地。1912年11月3日签订的《俄蒙协约》规定，俄国将支持外蒙傀儡当局“不让中国军队进入蒙古”，剥夺“华人移植蒙境的各项权利”；所附《商务专条》规定，俄国人在蒙古全境享有自由居住、自由往来、租地、买地、修建房屋、经营工商矿林渔等业的权利，俄国人对外蒙的进出口货物全部免纳捐税。这是一个阴谋把外蒙从中国分裂出去、变蒙古为沙俄殖民地的条约。消息传出后，举国愤激。抗议的怒潮立即席卷各地。而民主党这时则企图乘机拥梁启超上台组阁。
形势的演变，使章太炎对许多问题不得不重新思索。
10月，章太炎曾赴东北奉天、长春、哈尔滨等处考察，对于那里“日俄经营，不遗余力”，而“当事者”却“颟顸阘茸，熟视而无睹”有强烈的感受。漠北的严重危机，更使他痛心。他代表北京报界为“《俄蒙协约》，丧失国权”专门上书袁世凯，提出了严厉的质询：“漠北不守，则塞外危。塞外危，则长城以南亦无宁宇。壤地丧失，日蹙百里，其异于前清政府者安在？”他在另一文中，还痛斥当局“弃地千里，秘不示人”，外交总长梁如浩害怕受到人们查问与追究，竟弃职潜逃天津，系既丧国土，又损国人。文中写道：“政府劝人维持现状已数月矣，而现状之破坏，不破坏于人民之奋激，乃政府自以姑息诡秘之策破坏之。”不久以前，章太炎还鼓吹过：“此存亡危急之顷，国土之保全为重，民权之发达为轻……宜请大总统暂以便宜行事。”他还公开提出过实行所谓“民主开明专制”，说：“外患日逼，而内讧不已，政府疲于调和，政治习于敷衍，日暮呻吟，奄奄垂毙。……必须以至果之决心，行至严之政令，大刀阔斧，斩此纠纷。”相比之下，他对袁世凯统治的看法在这两三个月中，显然已经有了重要的变化。
原立宪党、保皇党人和旧官僚这时的政治动向，也引起了他的警惕。他对民主党企图拥戴梁启超组阁，直接进行了抨击，指出：“今之发议欲攻内阁者，非所谓民主党耶？此党本立宪党旧团。”其中一些人武昌起义后，“曾欲乞援日本以平内乱”，“使此曹汉奸得志，视今之内阁将愈不逮”。他并指出：“方今蟊贼内讧，所忧非专在蒙古也。以游宴奔走为能，以秘密运动为美，各部衙门，贿赂公行……循此不变，虽蒙古内顺，岂有异清之季世乎？”而循审经脉，“今之锢病，发原在于前清之季，而立宪党为罪魁”。因为立宪党人从来就不反对“权归肺腑，阶级显分”，“亲贵用事，实立宪党为之厉阶”。结论当然是毫无疑问的：“如此辈者，其不可使间代执政，明矣！”
正是在这一情况下，章太炎发出“愤激之言”，倡导成立所谓“中央革命党”，宣言“肉食者不去，则不能逮远谋；害群者不除，则不能固自体”，将矛头转向袁世凯政府内部和“旧时君主立宪党及近时宗社党人”。不多天，嫌“中央革命党”过于刺激，他就改为发起所谓“根本改革团”，并正式提出了《发起根本改革团意见书》。
《发起根本改革团意见书》明确提出，政治革命的任务尚未完成，必须坚持将政治革命进行下去。“所谓政治革命者，非谓政体形式之变迁，易君主为民主，改专制为立宪也；亦非以今为假共和而欲有所改更也。民之所望在实利，不在空权；士之所希在善政，不在徒法。”中国的政治现实表明，形式上虽然从帝制改成了民国，民众却未真正获得实利，善政也并未出现。他责问道：“成蒙古之叛乱者谁乎？受僚吏之贿赂者谁乎？朋党比周、瓮遏才俊者谁乎？伴食岩廊、废事不治者谁乎？若今之国务员可以幸存，亡国之祸尚将酷于前清之末。”但是，仅仅更换几个国务总长，并不能使这一严酷状况改变。“若徒易人受事，旧染不除，亦与改组时等耳。”正因为如此，《发起根本改革团意见书》断言：“非举政治革命，大治贪墨，以正刑书，大选贤良，以持钧石，镮首赭衣者遍于阁部，封轺聘币者逮于细微，不足以惩方来而荡旧污。”
所谓“根本改革团”，就是以推进这里所说的“政治革命”为其主要职责。“革命小成，力未及于政治则乱；革命大成，力已及于政治则治。”基于此，“根本改革团者，以武昌起义、南北共和，既成种族革命之业，而政治革命完美目的尚未达到。行百里者，顿挫于五十，与吾侪始念悬殊，故不得不继续进行，竟伸初志。”
章太炎所鼓吹的这个“政治革命”，其实并没有多少惊人的内容。“政治革命”的具体进行，仍然指望于袁世凯。根本改革，落到实处，只不过是“请大总统淘汰阁员，任用良吏，总揽大权，屏绝浮议”等等。然而，所有这些，却又反映了他对袁世凯统治的失望和不满，因为袁世凯并没有如他原来所期望的那样使国家领土得以保全，使举国统一得以维护，使完全共和得以实现。他就《俄蒙协约》、民主党活动以及整个政治局面提出的种种责难，可以说是对袁世凯统治第一次系统而全面的公开批评。在袁世凯眼中，他已成了一个惹麻烦的人，留在北京，尤其碍手碍脚。袁世凯的长子袁克定是时曾致书章太炎，托言讨论佛法，说：“夫人人皆有佛性，则人人可作如来。然人人可作如来，而人人未有佛性。则法施不如财施，明矣。”据《瑜伽师地论》，法施，“谓无倒说法，称理说法，劝修学处”；而财施，则“谓以上妙清净如法财物而行惠施，调伏悭吝垢而行惠施，调伏积藏垢而行惠施”。这段话译成白话，就是直言不讳地宣称，搞政治不是靠讲真理，而是看谁手中有钱，谁肯花钱。而这正是袁世凯用以维持与加强其统治的一个法宝或秘诀。章太炎原先一相情愿地加在袁世凯头上的灵光圈突然消失了，露出的却是一个赤裸裸的市侩政客的原形。章太炎觉得受了侮辱，也尝到了幻灭的痛苦。所以，他提出，要辞去高等顾问，离京南归。
章太炎与袁世凯政治上的分歧与裂痕，这时他们都已明显地察觉到了。章太炎想避地他去，但还没有对袁世凯放弃全部幻想；袁世凯对章太炎常常无所顾忌地指斥批评已感到头痛，但又不想让他就此脱离自己的掌心。在这一情况下，袁世凯便派遣王赓来游说章太炎，要委派他去做位于北京近郊通县、专管漕粮收贮的仓场总督，为章太炎所拒绝。因章太炎不久前刚刚游历过东北，鉴于边疆危机日益深重，曾多次建议在东三省赶紧采取有效措施，以谋抵制，袁世凯便决定任命章氏为东三省筹边使，但是，借口“现在外交问题多未解决，若张旗响鼓，遣使筹边，不免招人疑忌”，讲明只发给他委任状，而不发布正式委任令。章太炎以为，去东三省既可离开北京，又可在东北独立地施展自己的一番抱负，便答应了。
然而，这位筹边使刚一出马，就处处受到掣肘。他原定12月27日离京赴任，动身前夕，传来消息：“奉天省议会反对章太炎之任命。”理由是“章氏不娴军事”。章太炎经一番踌躇，将行期推迟到1913年1月3日，方才携带一名调查员、一名书记员和一名庶务员赴任。筹边使署设在长春旧道署衙门，“僚属财十人耳，既鲜事，经费亦少”。据报载，时袁世凯仅拨开办费一万元，每月经费仅两千元，“所有秘书参随各员之公费，均在其内”，而其时袁世凯对梁启超一个人，就“月馈三千”。一无人，二无钱，三更无权。东北各省自都督以下各级官吏，从一开始就没有把这个筹边使放在眼中，根本不买他的账。奉天、吉林两省都督还专门就筹边使权力范围一事电询袁世凯，袁复电说：“该使不过筹办边陲实业，所有一切内政、外交、行政，不在其权限内。惟该使系由中央委任，应受上级之待遇。”在这种情况下，这位筹边使究竟能够有什么作为，也就可想而知了。
处境是如此困难，章太炎还挣扎着想有所作为。他不避严寒，履冰踏雪，到各处巡视，进行筹划。他精心拟就一份发展东北经济的计划书，建议首先设立东三省银行，以解决经营所需的资金困难，增强同到处泛滥的俄国纸币的竞争能力；同时，立即着手开浚辽河，开凿松花江与辽河之间的运河，以便利东北物产运输，增强同俄、日控制下的铁路运输竞争的能力。他认为：“财用既周，交通既便，一切实业不待官吏为之兴办，而人民自惠然肯来，不待贤智为之提倡，而愚贱亦欣心鼓舞。”各种资本主义实业便可发展起来。他在计划书中写道：“炳麟本革命党人，从前所以出入生死者，只为政令之苛残，民生之憔悴耳。今者持节临边，期偿始愿。”表明他是认真而严肃地对待筹边事业的。
为了取得袁世凯政治上及财政上的支持，使筹边不致成为空谈，1月27日，他赶回北京，“面谒大总统，痛陈东省官吏之庸碌无能，且到处遇事掣肘各情”。可是，他从袁世凯那里连口头的允诺也没有得到。相反，倒有参议员在国会中对任命章太炎为筹边使的合法性提出了质询。他们除去指责这一任命未经国会批准外，还指责章太炎在《俄蒙协约》签订后，曾历数政府罪恶，反对中央，以此要求立即取消章太炎的这项任命。章太炎本想返京取得支持，不料碰了一个大钉子，其懊丧自不必说。然而，他还不死心，2月中旬，又离京赶往长春，并带去两名工程技术人员，准备立即着手对拟议中开凿的运河进行实地测量。他曾刊登了一则启事，说：“官于一方，即于一方人民情同休戚，负贩乞儿皆吾肺腑……惟贪污官吏有似殷顽，本革命之初心，自不能与之浮沉上下。所自愧者，志有余而权不足，乃无以对二千万人民也。”这篇启事泄露了他内心真正的苦闷与痛楚。
章太炎正在为“奉职亦不获称，困辱随之”而苦恼的时候，从上海传来了他的老朋友、国民党代理理事长宋教仁在上海火车站被刺身死的消息。
在这之前，1912年12月，举行了第一次国会选举。由同盟会联合统一共和党、国民共进会、国民公党、共和实进会等几个小党组成的国民党在参众两院都获得大胜，取得了远远超过其他党派的多数席位。孙中山是国民党的领袖，而被孙中山委任为代理理事长的宋教仁则是国民党中最为活跃的政治活动家与组织家，一心向往实现资产阶级共和制度下的政党政治，对于选举的结果非常满意，跃跃欲试，企图以多数党的资格出来组阁，建成一个可以与袁世凯进行政治较量的内阁政府，甚至可以利用议会中的多数席位，决定正式总统的人选。对于袁世凯来说，宋教仁构成了真正的威胁。3月20日晚10时3刻宋教仁在进入上海火车站准备乘车北上时，突然遭到狙击，22日逝世。23日和24日，凶犯武士英、应夔丞被捕获，从他们家中抄获的大量秘密函电表明，这场暗杀案的元凶与主谋正是身为临时大总统的袁世凯与身为国务总理的赵秉钧。
消息传来，章太炎的震惊是不用说的。一得到宋教仁被刺杀的消息，他就指出：“宋案恐有人主使，法吏鞠囚，须水落石出。愿认真监督，无任委蛇。”他并致电上海《神州日报》社，指出：“共和党与同盟会一时虽有小嫌，百年宜思大义。”告诫他们不可因过去的成见而对宋案采取错误的态度。对袁世凯，他则就催索筹边经费的题目打去一个电报，电文不过十个字：“只管推宕，不要你的钱了。”
随着宋案真相渐次披露，章太炎终于看到了自己指望借助袁世凯之力完成“政治革命”的荒诞。他开始意识到革命党人重新联合起来的必要，并看到了这是完成“政治革命”的真正可靠的力量。面对着“亡国大夫，恣其势焰，毒痡海内，祸重丘山”的严峻情势，他呼吁共和党中的“老于革命者”、“革命健儿”同国民党中的“真革命党”复交和合。他说：“今欲纠合党会以谋进取，惟取各党中革命人材，纠合为一，辅以学士清流，介以良吏善贾，则上不失奋厉之精神，下不失健全之体格，而国事庶有瘳矣。”“舍此之外，无可望者。”为了就宋案发生以后的形势与对策同孙中山、黄兴等人进行磋商，章太炎借口南下了解与法商进行借款谈判的情形，于4月17日从长春赶回上海。
剑骑临边塞，风尘起大荒。
回头望北极，轩翮欲南翔。
墨袂哀元后，黄金换议郎。
殷顽殊未尽，何以慰三殇？
“既壹郁无与语，时假声均以寄悲愤。”这首题为《癸丑长春筹边》的五言近体诗，正反映了他南归途中欲语无词、欲哭无泪的抑郁与悲愤。
