1913年4月，在加利福尼亚州议会通过了一项旨在禁止日本人在该州拥有土地的法案后，爆发了第一次危机。在日本，人们举行了反美示威。在美、日两国的极端民族主义的媒体的推波助澜下，人们担心战争一触即发。最高军事计划机构——陆海军联合委员会制定了保卫菲律宾的作战方案，并提议将亚洲海军中队驻在上海的五艘老式巡洋舰立即撤往马尼拉，以防万一。丹尼尔斯的作战助理布雷德利·菲斯克少将也火上浇油，给海军部长一份秘密备忘录，罗斯福也得到一份副本。在备忘录中，菲斯克少将警告说，日本人可能发动突然袭击。
“战争不仅可能爆发，而且十之八九会爆发。”他在备忘录中写道。丹尼尔斯确信调动军舰不仅会刺激日本人，而且也起不了什么作用，因而拒绝了菲斯克的建议。威尔逊总统也同意丹尼尔斯的做法，并且下令联合委员会不要再为此事召开会议。风暴自行平息下来，可是富兰克林·罗斯福坚定不移地站在激进派一边，深信不采纳联合委员会的建议的决定是个严重错误。他在写给马汉上将的信中，对将军舰留在长江的决定深表不满。他说：“为将这些舰只调回基地，我已尽了最大限度的努力。”
在1914年4月英国和墨西哥之间爆发的那场危机中，罗斯福在公开言论中采取的态度就远不是那么克制了。约四年前，墨西哥的年迈的独裁者波菲里奥·迪亚斯被一场革命赶下了台。在往后充满暴力的混乱局面中，铁腕人物维克多利亚诺·韦尔塔夺得了全国的领导权。威尔逊宣布美国希望“墨西哥建立有条理的、正义的民主政府”，拒绝承认“不能进行对话”的韦尔塔。美国海军的一个中队在加勒比海墨西哥沿岸摆开了架势，以保护美国公民的生命财产。当时约有四万名美国人居住在墨西哥，美国在墨西哥的投资约10亿美元。4月9日，几名非武装的美国水兵在坦皮科登岸，准备装运业经采购的一批供应品，被墨西哥人作为人质抓获。尽管这些水兵很快就被释放出来，哈里·梅奥海军少将却擅自要求墨西哥就此公开道歉，并以21响礼炮向美国国旗致敬。墨西哥方面很快就对此事表示歉意，但韦尔塔却不愿向美国国旗致敬，除非美国人也向墨西哥国旗表示敬意。梅奥不同意这样做。
局势很快就恶化了。威尔逊反对塔夫脱时期所谓“美元外交”的做法，想与拉美各国改善关系，但以“有条理的、公正的法治进程”作为拉美各国自治的条件。为达到打倒韦尔塔的目的，威尔逊要求国会采取“确保国旗尊严的必要行动”。国会尚未授权采取行动，总统就接到消息说，一艘给韦尔塔运送大量武器的德国船已驶抵维拉克鲁斯海面。4月21日在总统的命令下800名水兵及海军陆战队队员登陆，企图夺取海关及那艘德国船。第二天，又有3000人登陆，但遇到顽强抵抗。当海军一个旅的兵力控制了维拉克鲁斯市区时，已有126名墨西哥人和19名美国人阵亡。“在美国西部，主张打一仗的情绪就像燎原烈火一般。”罗斯福说，“一般看法认为，既然美国终于采取了军事行动，就应该毫不妥协地战斗到底。”
正当罗斯福在海军部的工作顺利展开的时候，欧洲战云密布，震惊全球的第一次世界大战爆发了。1914年夏天大战爆发后，美国没有马上参战。美国政府决定等到交战各国在战争中斗的两败俱伤的情况下，坐收渔翁之利，从而夺取世界霸权。1914年8月4日威尔逊在发表了美国“中立”的声明。8月19日，他发表了《告美国人民书》，要美国人民“在思想上和行动上同样做到不偏不倚”。美国用所谓“中立”的虚伪面纱巧妙地掩饰了它坐收渔人之利的政策。
罗斯福认为德国对西半球怀有帝国主义野心，因而一直保持戒心，所以几乎从战争一开始他就采取了亲协约国的立场。他为英国部队登陆、阻止德国向比利时的挺进而兴高采烈。一天，罗斯福与英国大使塞西尔·赖斯爵士在大都会俱乐部共进午餐时，发现德国大使约翰·冯·伯恩斯托夫坐在邻近的一张餐桌旁，试图偷听他们的谈话。罗斯福说：“我完全清楚，要按我的主张办事，我就不那么中立。”罗斯福的这番话与威尔逊总统的主张是背道而驰的。
1915年5月7日，英国丘纳德轮船公司的“露西塔尼亚”号客轮在爱尔兰附近海域被德国鱼雷击沉，使1195人葬身海底，激起了美国人民对德国的仇恨。但是，威尔逊为了不卷入战争，只发表了一个措辞不太严厉的声明。为此，西奥多和富兰克林这两个罗斯福对此都十分不满，他们竭力主张要针锋相对。当时美国舆论分成两派，一派拥护西奥多·罗斯福，呼吁靠战争捍卫美国的荣誉，使世界免遭德国的主宰；另一派愿意为和平作出任何牺牲。站在中间的则是威尔逊总统，他希望寻找有利时机，为美国统治集团捞取最大的利益。
到了1916年冬天，协约国的处境变得岌岌可危，德国人的气焰越发嚣张。富兰克林·罗斯福前去拜见总统，请求他为了美国的安全，下令把舰队从关塔那摩调回，作好战争准备。威尔逊听完了他的意见，斩钉截铁地说：“很遗憾，罗斯福先生，我不允许这么做。”
“但我们已经到了战争的边缘，”罗斯福喊了起来，“我们可等不得啊！”
威尔逊的下巴伸得很长，他说：“不，我不愿意调舰队北上。我们必须让世界舆论说出，美国在被迫参战以前，没有做任何一件给战争火上浇油的事情。”
当时，整个美国在战争与和平问题上闹得不可开交，但绝大多数美国人主张有备无患。富兰克林·罗斯福为了建立一支强大的海军，不遗余力地进行工作。他四处游说，再次要求增加3万名海军现役人员，并建立一支20万人的海军后备队和民兵。在群众舆论和形势的逼迫下，威尔逊向国会提出了扩军备战的计划，建议：增加陆军；扩大舰队和增加海军人员，建造商船、军舰；建立咨询委员会，以开发国内一切经济资源。根据威尔逊的建议，国会通过了1916年造舰计划，规定在3年内建造26艘各种不同类型军舰，总价值约5亿~6亿美元。1916年6月3日，国会批准了国防法，规定增加常备军和国民警卫队，在各大专院校内设立预备军官训练团。
美国政府在进行了一系列参战准备工作之后，伺机参战。1917年初，在德国宣布恢复无限制潜艇战之后，协约国与中立国的船只遭受惨重损失。150艘德国潜艇，肆无忌惮，横冲直撞。1月份击沉商船181艘，2月份259艘，3月份325艘，4月份达423艘。丘吉尔当时发出哀叹：“爱尔兰西南的巨大海运线，正变成英国船舶的真正葬身之所。”美国“孟菲斯市”号、“伊利诺斯”号和“维吉伦提斯”号等10多艘船只也在没有任何警告的情况下被德国潜艇击沉。在美国统治集团中又一次掀起了反德声浪。美国参议院和众议院根据威尔逊的提议，分别于4月4日和6日通过了对德宣战决议。12月7日，美国又对奥匈帝国宣战。
美国的参战，进一步打击了德奥集团，使整个军事形势向着有利于协约国方面转变。从美国向德国正式宣战之日起，罗斯福就立即着手执行动员海军的任务。他连续派出鱼雷艇前往英国，协同英国舰队在欧洲海面作战。1917年6月5日，34艘美国驱逐舰从昆斯敦出发，参与大西洋上的反潜艇战。随后，又有6艘战斗舰加入北海方面的英国海军，另有3艘开赴爱尔兰沿海。美国在布加勒斯特、直布罗陀、亚速尔群岛等地，都建立了专用的海军基地，以供美国的巡洋舰，潜水艇及其他舰船使用。至于陆军，宣战时，美军只有30万人。为了解决兵力不足的问题，从1917年5月18日开始实行义务兵役制，逐步动员了275万人加入正规军。除义务兵外，在国民警卫队、海军和海军陆战队中，还有志愿人员。到大战结束时，美国陆军差不多达到475万人，海军达到50万人。
为了制止威胁最大的德国潜水艇，早在参战前，罗斯福就在酝酿一个富有想象力的计划。为什么非要在行无踪迹的汪洋大海捕捉这些机械鲨鱼呢？难道就不能把它们阻拦在巢穴里吗？这个计划要求在从奥克尼岛到挪威的北海咽喉处布下一道水雷网。经过与海军官兵的精心研究，他们发明了一种“布朗潜水炮”，它使北海水雷网的计划变得切实可行，因为靠蛛蜘网一样四面散开的致命的天线，每颗水雷的能爆区域就大得多了。只要船碰到一根铜丝，大炮就响了。布朗的这一发明，大大鼓舞了美国及其盟国海军的士气。北海水雷网于1918年春夏季布下，每颗水雷内装有300磅黄色炸药。这道用高能炸药建造的波动长城，可以把德国潜艇部队拒之于公海之外。这在摧毁德国海军的士气方面起了有力的作用，使他们一蹶不振，从此再也神气不起来了。
指挥一场现代化的战争决非易事，为了增加实战经验，富兰克林·罗斯福决心到前线作一番视察。他说：“在华盛顿的每个海军部的头头，都应该亲自去看一看战争的进程，不然的话，就像一个在黑暗中下棋的棋手。”1918年6月9日，罗斯福乘坐一艘新下水服役的驱逐舰“戴尔”号，横渡大西洋，先后访问了英国、法国、意大利和比利时。7月31日，罗斯福渡过英吉利海峡到了敦刻尔克，在那里头一次见到了战争所造成的破坏。这座小镇三年间几乎每夜都遭到轰炸，这里连一所完整的房屋也没有。在凡尔登要塞，罗斯福碰上了德军炮火的轰击。1916年，这里有近50万人在战争中死亡。在已被夷为平地的弗勒希村，罗斯福一行停下来想拍张照片，结果遭到德军炮火的猛烈袭击。战争对人民生命财产所造成的重大损失，给他留下了终生难忘的印象。
最后，罗斯福到比利时的协约国占领区匆匆转了一趟，会见了比利时国王艾伯特，目睹了驱逐舰同一艘德国潜艇在沿海的一场战斗，并又一次遭到敌军炮火的轰击。尽管罗斯福精力充沛，但由于活动安排太紧、劳累过度而病倒了，发烧达华氏102度（1华氏度=5、公开，下同），后来又导致肺炎。9月8日他只好乘船回国。病愈后他立即提交了一份考察报告，建议对海军在国外的活动，进行大规模的改革。海军部长丹尼尔斯称罗斯福这一报告，“简明扼要，发人深思”。罗斯福再不能满足于办公室工作了，他要求总统接受自己的辞呈。但要实现他从军立战功的梦想已为时太晚了。威尔逊告诉罗斯福，战争即将结束。
大战给美国带来了巨额利润，大战结束时，美国的国外投资额达70亿美元。借战争的机会，美国从战前的债务国变为世界上20个国家的债权国，其中英国欠美国44亿美元的债款。同时，美国也掌握了巨额的黄金储备，加强了它在资本主义世界金融市场上的控制地位，成了首屈一指的“暴发户”。大战期间，美国商船吨位增加了10倍，不但满足了海上运输的需要，而且为海军的发展创造了条件。同时，战争也使罗斯福这样一位资产阶级领导人受到了锻炼，为他日后进入白宫，特别是为他在第二次世界大战中充当三军总司令，创造了有利条件。
