蒙古人的信仰喇嘛教，已见第三篇下第四章第二节；但是到明朝，喇嘛教又另开了一个新派。喇嘛教的入西藏，事在七四七年。唐玄宗天宝六年。其初祖，名巴特玛撤巴斡。见《蒙古源流考》。从此以后，喇嘛教的势力，日盛一日，竟兼握西藏政教两权（吐蕃赞普的统系，也不知绝于何时）。推原其故：则吐蕃本不是什么统一的国家；当从印度侵入的勃窣野氏《唐书》吐蕃赞普的姓。强盛的时候，暂时能统一青海西藏高原。到后来衰弱了，各地方的酋长，自然要现出独立的形势。而当这时候，喇嘛教既已盛行：（1）诸喇嘛自然有篡部酋之位的；（2）诸部酋也一定有入教为喇嘛的；（3）诸喇嘛也自然有直接辖众的机会；不知不觉之间，政教两权，就自然混合了。从蒙古征服西藏以来，极其崇信僧侣。喇嘛的势力，自然更加增长。西藏政教的所以合一，就是政权所以从部酋而移入于喇嘛之手，史无可考；以上是我据臆见推想的话。
喇嘛教是佛教中的“密宗”。这密宗，是要讲究“显神通”的；和西藏人民信仰的性质相合，所以易于盛行。但是到后来，就弄得只剩了迷信，别无所谓教义。甚至以“吞刀吐火”，诳诱流俗，发生出许多弊病来。于是黄教乘之而起。黄教的始祖宗喀巴，以一四一七年，明成祖永乐十五年。生于西宁卫。入雪山修苦行。别创一教。以旧教衣尚红色，就黄其衣冠以示别。所以人称他为“黄教”，而称旧派为“红教”。红教不禁娶妻，所以法王能生子袭衣钵。黄教却不然。于是宗喀巴遗言：他的两大弟子达赖、班禅，世世以“呼毕勒罕”，译言转生。济度众生。宗喀巴以一四七九年明宪宗成化十五年。示寂。达赖一世敦根珠巴，本来是吐蕃王室之裔，世为藏王；舍位出家，传宗喀巴衣钵；所以兼有了西藏政教之权。二世根敦错，始置“弟巴”等官，以理政务；而自己专理教务，三世锁南坚错，始得蒙古诸部尊信。一五七九年，明神宗万历七年。俺答和他的孙儿子黄台吉入藏，迎接锁南坚错到青海漠南去布教。锁南坚错劝俺答勿得好杀。俺答也劝他交通中原。于是从甘州贻书张居正，请入贡。居正以闻，许之。是为中国和黄教交通之始。四世云丹坚错便是俺答的曾孙。教义直推行到漠北。漠北因离西藏较远，就自奉宗喀巴第三大弟子哲布尊丹巴的后身，居于库伦。这便是现在外蒙的所谓活佛了。五世罗卜坚错，其教并行于满洲。袁崇焕和满人相拒的时候，就有喇嘛往来其间。崇焕也利用他，做传达国书等事情。一六五一年，崇祯十年。太宗始因卫拉特的使者，贻书达赖、班禅。达赖、班禅，也覆书报使。一六五二年，清世祖顺治九年。清世祖就把达赖迎接到京城，封为西天大善自在佛。于是清朝人利用喇嘛教以抚绥蒙藏的机缄又开。从宗喀巴降生以后，到此，凡二百三十六年，喇嘛教的势力，可谓极磅礴郁积之势。而其和蒙藏两高原民族的关系，也可谓复杂极了。
蒙古的侵入青海，起于一五○九年。明武宗正德四年。其酋长名亦不剌、阿尔秃厮。后阿尔秃厮为明朝所攻，遁去。而亦不剌和他的党羽卜儿孩，仍相继据有其地，役属番人。一五五九年，明世宗嘉靖二十八年。俺答和他的两个儿子宾兔、丙兔，袭取其地。留宾兔、丙兔守之，自此青海地方，为套部所有。漠南和西藏的交通，大为方便。这也是喇嘛教盛行于蒙古的原因。
天山南路，在元时，均属察合台后王，明初既定甘肃，于其西设安定，汉婼羌国地。阿端、曲先、酒泉县西南。罕东在安西县境。诸卫，均隶西宁。又设赤斤、在嘉峪关西三百四十里。沙州唐朝时沙州。二卫，隶肃州。再向西，就是哈密卫。新疆的哈密县。后来土鲁番强，新疆的吐鲁番县。哈密为其所并。并据罕东、赤斤。而曲先、安定二卫，则为亦不剌、阿尔秃斯所破。自是甘肃无复屏蔽，边患颇深。当这时候，分王天山南路各城的，还都是察合台的后裔。到后来，回教徒和卓木的后裔得势，而形势又一变。和卓木是回教教主摩诃末的后裔。当帖木儿强盛时，见下篇第二章第一节。也极其相信回教。于是回教教徒，多聚集撒马儿罕和卓木以教主之后，尤是尊重。和卓木有两个儿子：长名加利宴，次名伊撒克。加利宴之后为白山宗。伊撒克之后为黑山宗。迁居到喀什噶尔，也极得人民信奉。其后遂渐代察合尔后王，握有南路政教之权。这是近世天山南路回教兴盛的一因。然而当这时候，蒙藏的交通既开，天山南路，介居其间，自不得不发生关系。而天山北路，又来了一个野心勃勃的卫拉特，其波澜就愈扩而愈大了。
