同治七年十一月二日。中山岛（冲绳岛）首里城。
三日前首里城墙终被轰塌，却仍有近千名萨摩藩籍兵丁退守城中，依托街道房屋逐次抵抗，大清新军火炮优势顿减，如今只能采取逐屋争夺的方式。
好在有数千琉球本地兵丁加入新军，熟悉地形，再者首里城中居民也不堪做萨摩藩的人肉盾牌，纷纷主动提供线报，配合大清新军行动，首里城中的清剿行动得以顺利推进。战后清点人员伤亡情况：萨摩藩籍兵丁除三百余人投降外，两千余人全被歼灭；北洋和南洋新军战死八百余人，受伤五百余人；而首里府平民伤亡据不完全统计，共发现近六千具平民尸体，包括两千名妇女儿童。
十一月九日，首里城萨摩藩武士盘踞的最后一个据点被轰平，首里城宣告光复。余程万随后派人汇报福帅：今收复琉球首里城，随时恭候福帅前来检阅！
因尚有近两千名萨摩藩籍兵丁隐匿在冲绳岛上，清剿行动还将继续。首里城以北由北洋新军清剿。首里城以南由南洋新军负责清剿。余程万特命组成混合作战营，由陆九师老兵带琉球新兵共同作战。另发布通告，鼓励广大民众自行剿匪：抓获一名萨摩藩籍武士赏银二十两，打死一名赏银十两。提供有效线索者，按每缉拿或消灭一人，赏银一两。
因此中山岛南部的剿匪行动更加顺畅。半月功夫，数百平方公里内任何可疑人员都被挖了出来。当然，如有杀良冒功者，一律打入死囚营或就地处理。
根据多名被俘萨摩藩籍武士的口供，在集中营的位置有两个万人坑，一个是琉球王室成员埋葬地，另外一个是华族人的埋葬地。在集中关押地原址深挖之后，果然发现两个万人坑，里面填埋有上万具尸骨，埋藏数日已深度腐烂，且大多残缺不全。震怒之余，余程万命人带三百名萨摩藩籍俘虏集体下跪。当看到小山一般的尸骨时，那些英勇的萨摩藩籍俘虏惊恐不已，纷纷低头求饶。如只是两军交锋伤亡倒也罢了，但对平民的杀戮实在是无法容忍，余程万冒着被南洋陆军军纪处理的风险（擅杀俘虏给予记大过，甚至开除军籍处理），决定拿这三百俘虏开刀，以祭奠那逝去的一万多名华族亡灵！
“任何时候，那些屠杀华族平民的刽子手都不能逃避或免除责任，即便入地三尺也要挖出来，让他遗臭万年！”
而中山岛存活下来的当地民众知道万人坑的事件后，对萨摩藩再无好感：两千名琉球王室宗亲，不论男女老幼皆遭毒手，是可忍孰不可忍！大撤退之前还敢斩杀大量琉球王室成员和华族无辜民众，这不是找死的节奏吗？纷纷请战杀到萨摩藩去，为死去的家族成员复仇！
余程万安抚众人道：“国恨家仇不能不报，我会向大清南院执政福帅请示下一步行动！在这之前，希望诸位能配合大清官兵安葬逝者，将战乱毁坏的家园先清理建设起来，俗话说君子报仇十年不晚，我向诸位保证，说用不了十年，只等福帅下令，即刻杀向萨摩藩，为无辜的死难者复仇！”
南洋和北洋陆军继续中山岛上清剿行动，而南洋和北洋两支水师已移师奄美大岛，厉兵秣马随时北上参战。
十一月十四日，福州提督府。
福康安收到南洋水师陈绍宽、肖劲光、余程万、孙仁等将领的联合战报：
甲十一月九日，南洋新军偕同北洋新军克复琉球中山岛首里府。攻取首里府之战南洋新军战死四百余人，受伤三百余人；歼灭萨摩藩顽敌三千，俘虏两百人。琉球防卫队已就地解散。
乙陆九师新招募琉球兵力五千人，现人员总计九千人（含作战受伤护理人员）。现师长余程万率陆九师沿首里府南下，开展中山岛残余萨摩藩武士清剿行动，预计十一月底即可收尾。
丙新一师目前驻扎在宫古岛，宫古和八重山剿匪行动已结束。
丁南洋水师除在宫古岛、八重山水域留下五艘舰艇巡防外，肖劲光率领南洋水师第一分队在中山岛驻防；陈绍宽率领南洋水师第二舰艇分队，协同北洋水师在奄美大岛驻防，巡防奄美大岛至萨摩藩外海水域。
戊根据萨摩藩俘虏供述和现场挖掘，发现万人坑两个，据多方查证，分别是两千名琉球王室宗亲和一万余华族人被坑杀，包括近五千名妇女儿童。
庚众将士现已厉兵秣马，是否对萨摩藩展开攻击行动，请福帅指示。
“福帅，现中山岛不日即将拿下，老佛爷交待的琉球光复大业完成，是否可召诸师回营。再者，卑职收到密报，英吉利人现在孟加拉集结，有东侵我缅邦之图谋，而荷兰人在婆罗洲也在向我兰芳共和国和婆罗洲特区渗透，和当地土著首领交好，这些隐患不得不防啊。”蒋百里说道。
“蒋大人，萨摩藩现可是完好无损，仍虎视眈眈随时可挥师南下。萨摩藩一日不除，则琉球便一日不得安宁。至于英吉利和荷兰图谋渗透之事，可通过外事徐图之。”袁宗宝说道。
“袁大人，萨摩藩水师可说是十折七八，就像老虎被拔掉牙齿，再怎么咆哮也伤不了人喽！”蒋百里不遑多让道。
“两位大人所言不虚，萨摩藩也好，英吉利、荷兰也罢，一时三刻倒成不了腋下之患，再者此事须周密谋划，来日方长。两位命诸将协助地方加强戒备便是。诸位为光复琉球之谋划多日，难道不想去宫古、中山和奄美大岛看看吗？”福康安笑道。
“福帅此番前往中山岛甚好！”袁宗宝说道：“福帅亲临琉球，一来激励我南洋众将士，再接再厉；二来恩施泽第，安抚琉球百姓，安居乐业发展民生；三则威震东瀛萨摩藩，挫其士气。此举甚妙！”
“袁大人溜须拍马功夫见长，老夫自愧不如！”蒋百里笑道。
“好，依两位大人之意，我们三日后启程前往宫古、中山、奄美各岛巡视一番。”福康安说道：“蒋大人，知会北院十五阿哥是否有意同行，待琉球群岛巡视过后即可前往京师，向老佛爷祝寿。”
