百济王子扶余忠胜、扶余忠志率领自己的兵众及倭军、耽罗国使投降，只有主帅迟受信占据的任存城还未被攻克。
当初，苏定方灭亡百济，主将沙吒相如、黑齿常之纠集溃卒，凭借险要地势接应鬼室福信。白江口之战后，二人投降唐军。
刘仁轨展示诚意，让他们攻取任存城来证明自己的真诚，又为其补充军械、粮草。孙仁师认为此举可能会招致他们反叛。
刘仁轨说：“我观察沙吒相如、黑齿常之真诚并有谋略，乘机立功，还怀疑什么？”
沙吒相如等最终攻克了任存城，迟受信独自逃往高句丽，百济的残余势力被全部消灭。孙仁师等人班师回朝，朝廷令刘仁轨率军留镇百济。
百济两次遭受战乱，境内受到严重的破坏，刘仁轨命令对死者进行掩埋祭奠。
他重新登记户籍，设置官署属吏，开辟道路，建设村庄，修复堤坝塘堰，救济贫困人家，鼓励农业生产，替他们建立土地神庙，百济的民众都安居下来。
守军于是垦种土地，筹划平定高句丽。
刘仁愿回到京城，高宗慰问他说。
“你本是武将，但这次写来的奏表文书，都合乎礼仪，这是怎么做到的？”
刘仁愿回答说：“都是刘仁轨的手笔，不是我能写出来的。”
高宗赞赏刘仁轨，破格提拔他六级官阶，正式任命他为带方州刺史，并在长安奖赏一处住宅，加赐其家属。高宗特派使者送去盖有御印的文书，对刘仁轨进行表彰。
在太宗贞观、高宗永徽年间，朝廷都特派使者慰问祭奠阵亡的将士，有的还把赠授的官职爵位转授给他的后辈担任。
显庆以后，奖赏出征将士的事几乎不复存在。到平百济、围平壤时，有功的人完全没有甄别任用。州县征募兵役，人们不愿当兵出征，身体健壮、家境富裕的人，用财物到官府打通关节，都可以逃避征调。
招募到的人都愚弱贫困，缺乏斗志。刘仁轨全面论述了不计功行赏的弊病，要求朝廷对出征将士给予慰劳奖赏，以便鼓舞士气。
刘仁轨还呈递奏表，建议任用扶余隆，令其安抚百济民众。高宗对他的建议表示同意，并授扶余隆为熊津都督。
当时，刘仁愿任卑列道总管，高宗令他接替刘仁轨驻守百济，然后二人再一起回国。
刘仁轨说：“皇上巡视各地，还要筹划平定高丽。眼下正值农忙季节，如果官兵全被接替，新来的人不熟悉情况，万一这里发生变故，谁能保卫？不如留下原来的部队收割完毕之后，分批派他们回国。我应当留下，还不能离开。”
刘仁愿不同意，说：“我只知道执行诏令。”
刘仁轨说：“不对。如果对国家有利，知道该做就没有不做的，这是臣下应守的节操。”
于是向朝廷陈述利害关系，请求留守百济。高宗同意，并因此认为刘仁愿不忠。
麟德二年，高宗到泰山封禅时，刘仁轨带领新罗、百济、儋罗、倭国这四个属国的酋长奔赴泰山参加祭典集会。高宗非常高兴，擢升刘仁轨为大司宪兼知政事。
乾封元年六月，刘仁轨迁右相，兼检校太子左中护。根据前后战功，高宗封刘仁轨为乐城县男。
总章元年，刘仁轨出任熊津道安抚大使兼浿江道总管，作为司空李勣的副手，协助其攻灭高句丽。
次年，唐军回师，刘仁轨乞老归养，高宗加授其为金紫光禄大夫，允其致仕。
咸亨元年，刘仁轨复出，被任命为陇州刺史。
咸亨三年，刘仁轨入朝为太子左庶子。十二月，升任同中书门下三品，并监修国史。
咸亨四年三月，因“许敬宗等所记多不实”，高宗令刘仁轨等改修国史。
咸亨五年，任鸡林道大总管，东征新罗。刘仁轨率唐军横渡瓠芦河，攻克新罗重镇七重城。以功进封为乐城县公，他的儿子以及侄子中有三个人被授予上柱国头衔，乡里为此感到光荣，把他的故居称为“乐城乡三柱里”。
次年，刘仁轨入朝为尚书左仆射、同中书门下三品兼太子宾客、监修国史，仍旧主持政务。
仪凤二年五月，吐蕃进犯扶州临河镇，唐军兵败，朝廷任命刘仁轨为洮河道行军镇守大使，以图取吐蕃，“於是始有久戍之役”。
刘仁轨的建议屡遭中书令李敬玄反对，他因此怀恨在心。刘仁轨明知李敬玄不是将才，但是因为一心想报复李敬玄，所以上奏道：“西边镇守的重任，非李敬玄不可。”
李敬玄推辞不掉。次年九月，李敬玄在青海之战中兵败，被贬为衡州刺史。
永隆二年，刘仁轨兼任太子太傅。
不久后，他上疏请求致仕。高宗同意他辞去尚书左仆射之职，仍以太子太傅之衔知政事。
永淳元年，高宗游幸东都洛阳，留皇太子李显在长安处理军政事务，令刘仁轨与裴炎、薛元超辅佐太子。
次年八月，李显奉诏赶赴洛阳，由唐昌郡王李重福继任留守，刘仁轨任副留守。
弘道元年十二月，高宗驾崩，皇太后武则天执政，加授刘仁轨为特进。
光宅元年二月，李重照被废，刘仁轨又被任命为尚书左仆射、同中书门下三品，专任西京留守，独自主持长安的留守事务。
武则天特意写信给刘仁轨，将其与留守关中的西汉名臣萧何并称。刘仁轨却以年老体弱为由而上疏推辞，请求免除自己的留守之任。他还乘机陈述西汉吕后乱政败亡之事，以申明对武则天的讽谏之意。
武则天得诏后，派侄子武承嗣专程前往长安慰问刘仁轨，向其解释道.
“今日因皇帝正在守丧不能开口发布政令，眇身我（武则天）暂时代替他处置政事。劳您从远处劝诫，又上表声称年老多病要辞职，内多责备抱怨，使我忧虑不安进退无据。你又说‘吕后被后代耻笑，吕禄、吕产给汉朝带来灾难’，比喻实在深刻，使我欣慰和惭愧交集。您忠贞的操守，终始不变；劲直的气节，古今罕比。开始时听到这种话，怎能不感到迷惘；静而深思，足为借鉴。而且宰相之位，是百官的楷模，何况您是先朝旧臣，为远近所注目。希望您以匡正补救国事为怀，不要以年迈为由请求退休。”
不久，朝廷进封刘仁轨为乐城郡公。
垂拱元年（685年），刘仁轨遵从新令，改任文昌左相、同凤阁鸾台三品。
历史上，在公元685年，正月二十二日（3月2日），刘仁轨逝世，享年八十四岁。武则天为其辍朝三日，命在京官员依次到他家中吊祭，追赠开府仪同三司、并州大都督，陪葬乾陵，赐其家实封三百户。
唐中宗李显重新即位后，因为刘仁轨是“春宫旧僚”，追赠他为太尉。唐玄宗开元（713年—741年）年间，经刘仁轨之孙、秘书少监刘冕申请，玄宗下诏为刘仁轨立碑，并赐谥“文献”。
天宝六载（747年）正月十二日，刘仁轨与尚书右仆射褚遂良、司徒高季辅一同配享唐高宗庙廷。
而此时的刘仁轨还并没有去世。
李行周陪同刘仁轨一起阅兵，只看见兵甲林立，战阵如山，好久没有体验过这种生活了。
刘仁轨长长的呼出了一口气，他已经垂垂老矣，能再次进入兵营，自然是感慨万分。
刘仁轨虽然是文人出身，但是他一生都没有离开军队。
龙朔元年（661年），刘仁轨为检校带方州刺史，会合新罗兵，大破百济军于熊津江口，解百济府城镇将刘仁愿之围。
次年，与刘仁愿共败百济于熊津东。在孤军无援之际，说服部众，坚守观变，伺机拔数栅，并攻取要塞真岘城。
龙朔三年，率水军于白江口击败援救百济的倭军，焚其舟400艘。百济平后，刘仁轨奉命留镇百济。他修屯田，训士卒，以图攻取高句丽。
乾封三年，辅佐司空李勣灭亡高句丽。咸亨五年，率军攻新罗。次年，破其要镇七重城；又遣靺鞨军渡海，攻新罗南境，杀获甚众。
仪凤二年，又任洮河道行军镇守大使，以防御吐蕃。
英雄当持三尺青锋，死当马革裹尸还。
刘仁轨看到台下的士兵们，精神瞬间恢复过来了。
“将士们，左武卫威武！”
显庆五年。左武卫大将军苏定方平定百济。战后，刘仁愿被任为都护，并率领左武卫驻扎在新罗。
此后十余年间，左武卫一直都是在刘仁轨的统帅下。
刘仁轨走上演武台，拔出自己的长剑，振臂高呼。
他的话并不多，但是却是那么的震撼人心。
“大将军，威武！”
“大将军，威武！”
.......
台下的士兵附和着，他们举着长枪声嘶力竭的呐喊着，整个左武卫都被这股声浪吞没了。
李行周这次是真的服了，刘仁轨果然是个天生的军人，只一个简单的动作，便引起如此效应。
李行周很清楚，有了刘仁轨，左武卫真的会成为复兴李氏的中坚力量。
刘仁轨将剑放回剑鞘，双手平举，等士兵们安静下来后，大声笑道。
“今天刘某很高兴，没想到离开左武卫这么多年，大家居然还如此拥戴我，刘某再此感谢各位兄弟厚爱了。另外，今天给大家介绍一个人！”
此时的刘仁轨已经八十余岁了，而且已经是大唐一等一的权臣、重臣。
但是说起话来，依旧带着点行伍之气。
仅仅两三句话的功夫，就让自己与左武卫之间的隔阂全没了。
“李学士，上台来！”
