西藏与祖国内地关系源远流长
生活在青藏高原的藏民族还处在原始氏族部落时代，便与中原地区的民族有交流往来。七世纪初叶，名王松赞干布（弃宗弄赞）继承父亲朗日论赞的事业，统一了西藏高原，正式建立了吐蕃王朝。因唐朝繁荣强盛，驰名中外，吐蕃王朝和唐朝通过王室间的通婚，成了亲密的舅甥。公元641年，唐太宗以宗室女文成公主嫁给松赞干布。公元710年，唐中宗以养女金城公主嫁给吐蕃赞普赤德祖丹。赤德祖丹在给唐朝的上表中说：“外甥是先皇帝舅宿亲，又蒙降金城公主，遂和同一家，天下百姓，普皆安乐。”[1]这生动地说明了唐朝与吐蕃亲如一家的政治关系与民族关系。
由于通婚，两位公主的大批随从官员、工匠，久居西藏，与藏族相融洽。随带的大批工艺典籍、日常生活用品和粮食、蔬菜等农作物种子，对发展西藏经济、文化起了重大的推动作用。文成公主深受藏族人民的崇敬和爱戴，他们给文成公主起了一个藏名错益白母（意为莲花），表示美丽而纯洁。为了纪念文成公主，在雍布拉康、昌珠寺、大昭寺、小昭寺和布达拉宫等许多宫殿和寺庙内都供有文成公主的塑像。藏族人民日常生活中许多重要事物，据说都是文成公主时代由内地传入西藏。直到今天，藏族人民中间仍然广泛流传着许多有关公主的动人故事和诗歌。[2]
吐蕃王朝崩溃之后，西藏长期陷于分裂割据局面。此时中国内地也处于五代十国的封建割据时期，但是割据与混乱并不曾割断汉藏两族的密切来往。内地由于宋朝的建立而实现了统一，宋朝与西藏的各个地方政权之间仍然保持着政治、经济和文化等方面的密切关系。秦凤路沿边的一些藏族向宋朝入贡并“献地内附”。西凉府一带的折逋氏历代首领都由宋朝任命，授予封号。藏族各割据势力中最为强大的角厮罗，执政凡50年始终和宋朝保持着极为密切的关系。他的子孙继承者董毡等，世世代代都由宋朝任命官职。[3]宋朝与西藏各个地方政权使臣来往频繁，尤其是汉藏两族的贸易往来更为突出，西藏的马和珠宝等特产输入内地，汉地的茶叶、布帛等物大量运到西藏。通过贸易，汉藏人民之间的友好关系得到进一步发展。
十三世纪初，蒙古各部落在成吉思汗统治下在北方兴起。从1209年到1279年间，成吉思汗及其后继者先后灭掉了西夏、金和南宋，统一了中国，把各族人民统一到强大的中央政权之下。公元1206年，蒙古军队首次进入藏北地区，一部分西藏地方的首领集合各级官吏，决定向蒙古臣服。随后成吉思汗的孙子阔端与西藏地方更有实力的萨迦派宗教首领们作了进一步磋商，这时的蒙古汗王已经充分认识到吐蕃地区的战略地位所具有的重要性。1253年萨迦班智达·贡噶坚赞在阔端的召请下，携侄子八思巴赴甘肃武威，代表西藏与蒙古汗王达成了协议。[4]西藏地方接受蒙古皇帝所规定的地方行政制度的基本办法，包括接受元朝委派的萨迦派税吏、武官和文官管理西藏的一切事务；西藏的在职诸官吏，仍留居原职不变，但须造册开列官吏之名、各地俗众人数及所应纳贡之数目等。从此，西藏归入元朝版图，使西藏百年来的割据混乱状态得以结束，统一于元朝中央管理之下。[5]
元朝初创之时，成吉思汗及其子孙视天下为家族私产，将吐蕃之地分封诸王为封地。1260年阴历三月元世祖忽必烈称汗以后，全面改革蒙古国旧制。
忽必烈从元朝在吐蕃根基已稳的现实出发，在西藏地方废除分封制，建政立制。忽必烈在中央设立总制院，管理全国的佛教事务和藏族居民政权事务，封萨迦派宗教领袖八思巴为国师，同时授予其全国佛教领袖的头衔和管理藏族地区事务的权力，西藏地方出现了政教合一的新政体。西藏地方“设官分职而领之于帝师”，“帅臣之下，亦必僧俗并用，军民通摄”。[6]忽必烈还委托八思巴创制蒙古新字。八思巴携以藏文字母为基础的新字来京，忽必烈即将新字颁行天下，这就是后人所说的“八思巴文”。八思巴以后，历代帝师都是由元朝皇帝任命，作为中央朝廷的一员命官，执行朝廷的命令，管理政事。
1288年，忽必烈下令改总制院为宣政院，凡吐蕃地区的重大事务，如重要机构的设立、军事措施的制定等都由宣政院决定。秩从一品将宣政院的地位与中书省、枢密院、御史台平级。[7]根据唐朝末年以来原吐蕃王国辖地分裂成为几大部分、互不统属的情况，在宣政院下分设吐蕃等处宣慰使司都元帅府，管理西北藏族地区；吐蕃等路宣慰使司都元帅府，管理西南藏族地区；乌思藏、纳里·速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，管理卫、藏、阿里等地。元朝三次清查吐蕃户口，根据户数确定贡赋数量，在前、后藏设立十三万户府，统一管理地方军民政教事务。万户长作为一名基层官吏，也由朝廷直接委任。同时元代将刑法、天文历法颁行西藏，并在各藏族地区设驿站、军站，派军队驻扎在各战略要地。[8]
1368年，朱元璋凭借农民起义，推翻元朝，建立明朝。明朝统治的近三百年间，继元朝实施对西藏地方的管理，进一步加强了西藏地方和明朝中央政府的关系。明朝中央先后取消了元朝宣政院统管下的藏族地区三个“宣慰使司都元帅府”，推行军卫管理并由中央控制的军政体制。1373年，明朝设立州卫指挥使司，管理西北藏族地区；设立朵甘卫指挥使司，管理今西藏昌都地区，四川阿坝、甘孜地区，青海玉树、果洛地区；设立乌思藏指挥使司，管理前后藏地区。明朝循旧俗，按不同等级，授予各种官职，使其“尊朝廷之法，抚安一方”。[9]卫指挥使（正职）由中央派遣，藏族官员任副职，管理当地藏族事务，督领各土司下属的土军、汉藏族官员参治，军政合一。后来随着形势的发展，藏区行政建制又有所变化，但明王朝治藏总的指导思想没有变化，就是将其纳入整个国家的边疆管理体制之内，把内地的，特别是云南、贵州、四川、湖北、广西等少数民族地区的军事管理制度，同样地施行到西藏。
明代继承元朝在西藏采取的政教合一体制，对教派仍然采取扶持、笼络的政策，但一改元朝只推崇萨迦一个教派的政策，而是对具有实力的政教首领和教派领袖，都进行加封，即“多封众建，尚用僧徒”。其目的在于分散各教派的权力，使他们互相牵制，无法独擅大权，以利于明朝中央对藏区的监督和控制。明朝先后封授予了重要的“王”和“法王”，任免法王以下的各级僧俗官员。在对藏族地区僧俗首领的封授中，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王，封萨迦派首领为大乘法王，封格鲁派高僧释迦也失为西天佛子（宣德年间加封为大慈法王）以及封帕竹、萨迦、止贡首领为阐化、辅教、阐教、护教、赞善等王最为重要。[10]其中除大宝法王、大乘法王和大慈法王无一定驻地外，其他阐化王、赞善王、护教王、阐教王、辅教王等五人各有封地，分别统辖一定地区，都直接受明朝朝廷的管辖，统一于明朝。这些受封的宗教领袖与僧俗官员，按新辖户口，年年纳马，作为向明朝政府必须缴纳的贡赋。同时，由政府主持茶马交易。宋朝以来茶马互市，此时形成了一种制度，并在西藏各地设立驿站，居民需贡纳驿马，充当驿夫。
在明代，西藏地方政府和明朝中央政府的关系不断加强，使臣来往不绝，西藏地方的僧俗官吏入京朝贡、请封，有的在朝廷任职。据当时统计，在十五世纪五十年代，西藏到朝廷进贡人数每年大约有300人。到了六十年代，每年多达3000～4000人。[11]为了便于明朝使臣及时到达藏族地区颁布诏敕，也便于各部僧俗头人、使者入京朝贡，明成祖一再下令恢复或新建藏族地区至内地驿站。从明成祖永乐五年（公元1407年）至永乐十二年（公元1414年），在中央政府和阐化王的共同努力下，修通了从雅州至乌思藏的驿站。这样，除了以前由甘肃到乌思藏的旧有驿站外，又开辟了一条新的捷径。
明朝末年的崇德七年（公元1642年），崇信黄教的蒙古和硕特部（清厄鲁特蒙古四部之一，原居乌鲁木齐一带，明末迁徒游牧于青海，主要分布在青海地区）首领顾实汗[12]的力量进入西藏，与西藏黄教首领五世达赖阿旺罗桑嘉措、四世班禅罗桑却吉坚赞合作，击败了黄教几世纪以来的主要敌人噶玛噶举和它的支持者藏巴汗政权，成为青（今青海）、康（今昌都地区）、藏地区的最高统治者。出于政治上的原因，这位蒙古军事首领把最高的宗教权力转让给与他合作的黄帽系的达赖喇嘛，这使得黄教占有超过红教的优势，确立了黄教在西藏宗教界的最高地位。顾实汗认识到清朝势力方兴未艾的趋势，即采取了接纳清朝以其靠山的政策，西藏通过蒙古和清王朝发生了联系。在第悉藏巴汗政权灭亡之前，汗王顾实汗与五世达赖阿旺罗桑嘉措、四世班禅罗桑却吉坚赞商议，共同派伊拉古克三呼图克图（藏传佛教大喇嘛的封号）、戴青悼尔济等，万里迢迢首途盛京（今沈阳），为西藏与清朝交往之始。[13]伊拉古克三呼图克图一行到盛京，皇太极亲自到宫门欢迎，给予了隆重的接待和优厚的赏赐。8个月后，崇德八年（公元1643年）阴历五月，藏使离开盛京，清太宗皇太极派察干格隆等为使，随藏使一同赴藏。[14]
1644年，清朝政府代替了明朝政府，西藏地方同中央的关系进一步加强。1645年，顾实汗派其子多尔济·达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。[15]自此以后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教领袖几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强与中央政权的政治联系，顺治九年（公元1652年），五世达赖阿旺罗桑嘉措率领藏官随从3000人来北京朝见。顺治帝亲自到南苑猎场迎接，设宴隆重款待，赏给金银、珠宝、玉器等大量礼品。达赖喇嘛向清帝贡献马匹与方物，顺治帝一一收纳。达赖留京期间，应邀两次进宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列佛事活动。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。[16]达赖因水土不服，要求归藏。顺治帝批准，仍命和硕承泽亲王硕塞等率八旗官兵护送到代噶（今内蒙凉城）地方。[17]顺治十年（公元1653年）阴历四月，清帝封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”，并赐金册金印。金册之文，是用满、蒙、汉、藏四种文字书写。达赖喇嘛的封号使得新兴的地方政权通过中央的认可得以巩固。在册封五世达赖的同年，清朝又派官员到西藏册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，授予满、蒙、汉三体写成的金册、金印，让其“作朕屏辅，辑乃封圻”，[18]也就是代表清朝皇帝治理好他所管辖的藏族地区。清朝对达赖及顾实汗的册封，明确规定了西藏同清朝在政治上的隶属关系，以和平的途径将西藏纳入到清朝的版图，使之成为中国不可分割的重要组成部分。
第一次派兵
清朝政府在治理西藏的方略上文武兼备，着力极多。清朝之初的几代皇帝无一不对西藏给予特殊关注，从多方面加强了对西藏地方的治理，其治藏政绩也明显优于元朝和明朝中央政府。在清一代，没有任何一个地区像西藏一样，使清政府不惜兴师动众，用兵频繁，而且不远万里，跋山涉水，重兵入藏。这在历代王朝统治西藏过程中也是比较罕见的。不仅表明了清王朝对西藏拥有主权，也显示了清王朝维护国家统一的实力和决心。
从康熙五十七年（公元1718年）第一次出兵西藏，至乾隆五十六年（公元1791年）第五次出兵西藏，73年间，清政府共出兵西藏五次。其中，两次驱逐准噶尔，一次平定西藏内乱，两次击退廓尔喀人入侵。[19]五次出兵虽然内容不一，但对于安定西藏，保卫边疆，具有十分重要的意义。
顾实汗与五世达赖联合治藏
和硕特顾实汗入据西藏以后，采取了一系列措施，以巩固他与达赖对藏区的联合统治。
1642年正月，顾实汗攻克当时西藏政治中心日喀则城，藏巴汗被俘。为了和硕特在西藏的统治利益，顾实汗除了政治上限制五世达赖外，在宗教和经济方面却给予全力支持。他效法元朝忽必烈对帝师八思巴的供奉，将卫藏十三万户献给五世达赖喇嘛，[20]并把攻破日喀则时获得的大量财物献给达赖。
接着，又下令将前后藏的税收献给五世达赖作为黄教寺院宗教活动费用。[21]阴历三月，他将五世达赖请到此地，举行隆重的献礼仪式。顾实汗特意安排曾代表明代中央政府承认的帕竹政权实施统治达130年之久的仁蚌家族的后代仁蚌巴·阿旺久典参加献礼大典，并向五世达赖喇嘛敬献礼品，意在表明五世达赖喇嘛所代表的格鲁派政权已合法地继承了帕竹地方政权的“正统”统治地位，使格鲁派的政权名正言顺。
史籍记载，对于是否借助和硕特蒙古解决西藏问题，是否承认顾实汗的统治地位上，五世达赖喇嘛的态度经历了几次变化。早在1636年顾实汗来拉萨了解西藏的情况，与格鲁派上层共商大计时，他对格鲁派上层提出的借顾实汗的兵力消灭西藏外围的却图汗、白利土司等极为赞同，但对借助顾实汗的武力解决西藏本土问题慎之又慎。他这一主导思想在日后是否支持顾实汗进攻藏巴汗的问题上表现得尤为突出。战事一开始，五世达赖喇嘛一直处于被动配合的地位，日喀则堡垒久攻不下，顾实汗伤亡惨重，情势对蒙古军大为不利。
当战争进入关键时刻，格鲁派已无退路，五世达赖才一改初衷，下决心配合顾实汗消灭藏巴汗。战争结束后，在顾实汗去留问题上，五世达赖喇嘛审时度势，认为在大局刚刚稳定的情况下，以格鲁派自身的实力，还不足以左右西藏局势。[22]在五世达赖喇嘛的极力斡旋下，保证了政权的平稳过渡，避免了西藏地方由于外族的统治而再次陷入动荡和危机。
五世达赖掌权之后，把西藏社会的政权中心从后藏日喀则迁移到拉萨。[23]随着政治中心的迁移，新兴政权在顾实汗的支持下建立起哲蚌甘丹颇章政权，委任积极主张顾实汗进藏的索南绕丹为甘丹颇章政府的最高执政官——第巴[24]具体主持西藏地方行政的日常事务。
顾实汗深知自己是以保护格鲁派的名义进驻西藏的，抛弃了格鲁派这面旗帜，就等于放弃了自己的统治基础。取得了西藏地方政权以后，他一直采取极为强硬的措施，意在彻底打击噶玛噶举派的势力，摧毁藏巴汗的宗教基础，同时扶植格鲁派成为全藏的首席教派。凡是对黄教进行过迫害和摧残的教派及其所属的贵族的土地和农奴，悉被没收。其中一部分赐给黄教的大小寺院，一部分赐给拥护黄教或对黄教有过贡献的贵族，一部分留作政府直接掌管的财产。这就使西藏的寺院、贵族及地方政府三大领主得到了初步的完善和发展，剥夺了黄教反对者们的经济权利，以巩固黄教的独尊地位。顾实汗还强迫许多压迫、排斥过黄教的其他教派改入黄教，在噶玛噶举等教派僧人的手上打上印记并交给格鲁派寺院管理。顾实汗在占领日喀则后，下令拆除了藏巴汗为挟制札什伦布寺、在附近修建的噶玛噶举派新寺院札什日伦，把其中的木料全部运到拉萨，用以替换大昭寺走廊的旧木料，将其中的佛像等则运到布达拉宫的南杰札仓（藏传佛教僧众学习经典之学校）。[25]
顾实汗还设法平衡黄教领袖间的地位和权力。札什伦布寺座主、四世班禅罗桑却吉坚赞是黄教中颇有影响的又一领袖人物，有很高的威望和一定的势力，五世达赖喇嘛年幼时，格鲁派的许多内外重大事务都是由他来决策。在顾实汗进藏过程中，他与五世达赖及索南绕丹共同策划，起过主谋作用。1645年，顾实汗授予罗桑却吉坚赞“班禅博克多”的尊号。从此，黄教第二大活佛系统——班禅系统正式确立。罗桑却吉坚赞死后，班禅系统活佛转世制度便正式开始。同时，顾实汗将后藏地区封给了四世班禅，作为其供养地，为班禅系统建立了一个强大的势力范围。[26]
噶玛噶举派被顾实汗赶下台以后，长期不甘心失败，召集自己的信徒和施主们一再暴动。拉萨东南部工布地区噶举派喇嘛焚毁当地黄教的曾吉大寺，烧死黄教喇嘛500余人。后藏噶茶、松热林二人起兵占领了后藏南木林宗，后藏哲古坚赞娃起兵占领了后藏仁本宗。[27]班禅向拉萨告急，蒙藏联军支应不暇，只好向青海大本营求援。被激怒的顾实汗誓言消灭噶玛噶举，处死了藏巴汗。随着青海蒙古兵进藏、噶玛巴师徒逃往丽江和藏巴汗的死亡，旧政权灰飞烟灭。[28]顾实汗在平定西藏各地叛乱之后，大部分蒙古骑兵退回青海游牧，但在西藏仍留了8个旗的兵力，在拉萨北部达木（今当雄）草原驻扎放牧。顾实汗本人带了一部分军队，开始驻扎在日喀则宗，后来移驻拉萨。西藏反对势力的活动，给蒙藏僧俗贵族联盟延长了寿命，在相当长的时间内，双方保持着密切友好的关系。
在以顾实汗为首的和硕特蒙古建立对西藏的统治之后，五世达赖以其杰出的才能，利用顾实汗极力倡导黄教的有利条件，对西藏佛教和政治方面进行了许多有益建树。首先，他命令第巴扩建布达拉宫，增修白宫，并移驻布达拉宫，使之成为西藏佛教的统治中心。其次，扩大了自宗喀巴以来的大昭寺默郎木大会[29]规模，借以扩大黄教的影响，征募财富；利用清朝带来的大量赐物，在前后藏建立了十三座大寺，培养大批僧人；他还规定完善了寺院制度，给整个藏区所有黄教寺院规定常年居住的僧人数，由西藏地方政府按僧人数拨给一定数量的田庄和农奴，作为供养寺院的依所；制定了严格的僧规、寺院的组织机构，以及僧官的任免制度、学经制度、僧侣戒律等。五世达赖把甘丹颇章政权的政务交给第巴办理，而他自己则把主要精力投入到宗教事务和经学上。他命令首任第巴索南绕丹在改造藏巴汗时期的十六条法律的基础上，削删制定出新的十三条法律，以维护甘丹颇章政权的统治。[30]五世达赖采取的措施，是在和硕特控制的政治空隙中发展和加强了西藏地方势力，提高了自己的政治地位。
拉藏汗与桑结嘉措的战争
顺治十一年（公元1654年），顾实汗在拉萨病逝，他的儿子和孙子相继嗣位，继承了护法之责。他们的威望远不及顾实汗，在藏也没有什么大的建树，但他们从不愿放弃在西藏的特殊权力和特殊地位。
此前经过顾实汗、达延汗和达赖汗等和硕特汗王的经营，后藏复辟势力已经完全溃败，格鲁派在西藏的地位由此稳固。尽管和硕特蒙古和黄教的联合在达延汗时期尚未出现明显的裂缝，两个统治集团仍能和平相处，但由于此时作为联盟的基础——共同的敌人早已不存在了，联盟的意义也随着黄教的日盛而消失。对以达赖喇嘛为首的寺院领主及其支持者来说，蒙古和硕特人已经完成了历史使命，蒙藏贵族联盟遂由亲密而趋于瓦解，双方对西藏实权的争夺日趋激烈，此时的西藏已是“山雨欲来风满楼”。
藏贵族对蒙古汗的夺权活动，在1671年达赖汗继位前后已开始。1668年初，顾实汗之子达延汗去世后，由其六弟达赖巴图尔行使汗位。[31]是年阴历五月，第巴陈列嘉措去世，由于没有汗，按照汗廷的惯例，第巴之位也空悬了一年。但蒙古汗位久虚，第巴不能不设，于是1669年阴历八月五世达赖乘机任命多桑图道为第巴。达赖汗于1671年即位后只好予以承认。第巴是汗廷最重要的官职，管理西藏的行政事务，以前一直由蒙古汗王选定和任命。任命第巴之权的旁落，是汗权的一大损失，也是双方斗争公开化的开始。[32]
1679年，五世达赖又以其才学兼备的弟子桑结嘉措接任第巴，管理西藏政务。桑结嘉措是藏族史上著名学者和政治家，从小受到五世达赖的宠爱、培养，博学多才，精通“五明”，在历史、文学、医学、天文历算等方面对发展藏族文化作出了卓越的贡献。[33]桑结嘉措在任第巴最初的几年里，与蒙古汗王表面上还能协作。
藏族早在吐蕃武力强盛时，有较为严密的军事建制。为征兵制，三丁抽一，五丁抽二，七丁抽三。十人为什，十什为牌，十牌为寨，五寨至十寨为沟，沟则直属土官。战时，以战死为荣，对懦弱败阵者头系狐尾以示侮辱，为社会所唾弃，故吐蕃之强皆依其军事力量。吐蕃分裂后，军事活动多为部落间的纠纷。元、明以后，因藏众信佛教日深，武力遂不如吐蕃时。[34]
为了增强地方军事力量，第巴桑结嘉措参照吐蕃政权建制和藏巴汗时期的“定”、“措”制，将西藏地方军队分为四大部，以红、黄、蓝、白四种颜色作为各大部军旗颜色。以40至45人为一“定”，24定为一“措”，全西藏共设四个措。部队为军民兼用，每年冬、夏两季集中训练两次。士兵平时登记在册，各自在家务农；遇有战事，集结为伍，执行作战任务。[35]
康熙二十一年（公元1682年），五世达赖阿旺罗桑嘉措去世之后，桑结嘉措与蒙古贵族之间的矛盾激化。此时正值西藏与拉达克战争之际，前线指挥是和硕特蒙古贵族，如果蒙古贵族获悉五世达赖圆寂对桑结嘉措掌权是不利的。为了安定时局，维护自己的权势和统治地位，防止蒙古汗王随时可能发生的夺权事件，第巴桑结嘉措秘不发丧，选择了与五世达赖相貌酷似的帕崩寺喇嘛江阳扎巴，令他穿上达赖的服装，坐在布达拉宫的宝座上，对外宣布五世达赖“入定”，一切事物全由第巴自己处理，独揽大权，匿丧事长达15年之久。
第巴桑结嘉措感到和硕特蒙古人驻兵西藏，事事受到干涉牵制，想将顾实汗子孙逐出西藏，乃借助准噶尔蒙古首领噶尔丹的力量，打击和削弱和硕特蒙古汗王在西藏的势力。
噶尔丹本为一喇嘛，曾经在西藏色拉寺学经，与桑结嘉措是同窗好友。他在五世达赖喇嘛的支持下，还俗返回新疆，杀其兄子篡夺汗位，雄霸天山南北并向外扩张，迫使康熙御驾亲征。噶尔丹和桑结嘉措常有信使往来，与桑结嘉措勾结，进攻青海，使顾实汗子孙所统治的青海和硕特部受到很大损失，顾实汗子孙在西藏的统治威望也大大降低。当噶尔丹与清军交战时，清廷遣使赴藏，请五世达赖说服噶尔丹降清。第巴桑结嘉措表面上以达赖名义按清廷旨意办理，并上书请求清政府封自己为藏王，实际上却暗中支持噶尔丹与清军交战。
桑结嘉措在与蒙古贵族争权中与反叛清朝的势力联盟，势必受到追究。
康熙三十五年，康熙帝亲征准噶尔，获得桑结嘉措与噶尔丹来往信件，并从俘虏的西藏人口中得知五世达赖已去世多年的消息，乃致书第巴桑结嘉措严厉责问。[36]桑结嘉措对康熙皇帝的责问一一作了辩解，并上奏达赖喇嘛转世灵童已经15岁，准备第二年坐床，在此之前请朝廷保密。当时清朝对西藏采取因俗而治、因势利导、以不生事为贵的政策，只好承认既成事实，不仅为他保密，还承认了达赖喇嘛转世灵童的合法性。[37]
康熙三十六年（公元1697年），第巴桑结嘉措公布五世达赖之丧，同时宣布自己择定的仓央嘉措为转世灵童，正式坐床，称六世达赖。这件事引起和硕特蒙古在西藏的汗王拉藏汗（顾实汗之孙）强烈不满。他精明能干，继位后并没有像第巴桑结嘉措设想的那样满足于徒有虚名的汗号。[38]拉藏汗认为这是第巴桑结嘉措玩弄阴谋，扶植傀儡，排挤自己在西藏的势力。新立的六世达赖仓央嘉措虽才华出众，却十分厌倦布达拉宫里清教徒式的禁欲生活，不是虔敬的佛教徒。拉藏汗视仓央嘉措为假达赖，向清廷上报他“行为不端”。蒙藏统治阶级争权夺利斗争到了公开化程度，彼此制造事端，尖锐地对立起来。1703年拉萨传昭大法会期间，拉藏汗借题杀了桑结嘉措的几个亲信，挑起事端。[39]在这种情况下，第巴桑结嘉措萌生了谋杀拉藏汗之念。拉藏汗被下毒，经治疗好转，到达木疗养。
康熙四十三年（公元1704年），拉藏汗率兵从其在藏北的驻地进军拉萨，幸三大寺（甘丹、哲蚌、色拉）的代表和安多地区的高僧、拉藏汗的经师嘉木样协巴（甘南拉卜楞寺的创立者，即为该寺嘉木样一世活佛）等努力调解，达成协议。规定拉藏汗撤回青海，第巴桑结嘉措退位，由他的儿子继任第巴，双方脱离接触，但矛盾并未解决。双方相持一年之后，康熙四十四年（公元1705年），拉萨传昭大法会期间战端又起。嘉木样协巴及三大寺上层僧侣再度调停，双方在五世达赖灵塔前达成协议，决定拉藏汗退回青海，桑结嘉措退回山南，以脱离正面接触的办法来缓和矛盾。其实双方都没有遵从的意图，都把协议作为自己的缓兵之计。拉藏汗假装返回青海，但到喀喇河[40]后便停下来，积蓄力量，准备与桑结嘉措决一死战。桑结嘉措也未退出拉萨，而是在拉萨城内调兵遣将，积极备战。
1705年阴历六月，拉藏汗突然率军进攻拉萨，使桑结嘉措措手不及，黄教领袖五世班禅和三大寺又进行紧急调停，决定桑结嘉措居住贡噶寺，而把政治权力交给拉藏汗。[41]由于他们的矛盾已不可调和，调停遭到失败。拉藏汗从藏北达木带领三路军队分别从果拉（在拉萨北，今称彭波果拉山）、盖莫昌（拉萨东拉萨河畔）及堆垅（拉萨西之堆垅河畔）三地攻打拉萨，双方主力在拉萨城以北的果拉山口展开了决定性的一战。桑结嘉措统率的藏族民兵挡不住拉藏汗蒙古骑兵的凌厉攻势，死伤众多，全线崩溃。拉藏汗占领拉萨，桑结嘉措兵败后逃往贡噶被擒，送至拉藏汗的王妃才旺甲茂军前。拉藏汗的这位王妃毫不手软，在擒获桑结嘉措的当天（即1705年阴历七月十七日），在堆垅的襄孜地方将他杀死。[42]
拉藏汗执杀第巴桑结嘉措以后，积极同清朝修好。当年，拉藏汗向清廷陈奏事变缘由。清廷对拉藏汗表示赞赏，康熙四十五年十二月（公元1707年初）封其为“翊法恭顺汗”。康熙帝对第巴桑结嘉措操纵西藏实权早就忧虑已久，但限于客观条件又无可奈何。拉藏汗除掉桑结嘉措，恢复汗权的举动，正合康熙之意，清廷又一次正式承认和硕特汗在西藏的统治地位。在清廷的支持下，拉藏汗宣布废除仓央嘉措的圣职，解送北京。[43]
拉藏汗对仓央嘉措的草率处置，不仅引起了西藏上层贵族的反对，也引起了西藏各界、各阶层的普遍反感。拉藏汗把自己的对立面扩大到忠于达赖喇嘛的一切信徒。后来，仓央嘉措在解经青海的途中去世。[44]仓央嘉措深受西藏人民爱戴。他们认为他违反教规是受到神的启示，来检验他们的忠诚。据说，仓央嘉措在临死前请求近侍中的朋友们告诉西藏人民，他们应该在他所写的诗文中寻找新的转世化身。
拉藏汗将仓央嘉措解京时，康熙令他寻找真达赖喇嘛。拉藏汗没有沿袭寻找灵童的传统方式，独断专横，在藏中立年已25岁的僧人益西嘉措为六世达赖，并请五世班禅罗桑益西为之剃度（关于益西嘉措的身世，一说他是拉藏汗的私生子，一说他为乞丐之子）。这种做法更加激怒了西藏人民，他们始终未认可益西嘉措，视为假达赖喇嘛。青海众台吉也不相信，而根据仓央嘉措的一首四行诗：“羽毛洁白的仙鹤，请把翅膀借给我，不到远处的地方，到理塘去去就回。”另立里塘的幼童格桑嘉措为六世达赖喇嘛。
清政府为缓和青、藏双方的争执，推迟了对新达赖喇嘛的册封，命格桑嘉措暂住西宁塔尔寺主持教务，[45]并于康熙四十八年（公元1709年）派特使图岗藏主仆近千人前往迎接灵童。[46]同时，派侍郎赫寿去西藏，协同拉藏汗办理事务。还封五世班禅罗桑益西为“班禅·额尔德尼”，赐金印、金册，令其协助拉藏汗管理西藏政教事务。“班禅·额尔德尼”的封号从此正式确定下来。尽管如此，西藏存在着一股反对拉藏汗的强大潜流，局势并未就此缓和。康熙四十四年至五十五年，拉藏汗一人统治西藏12年，已经衰老，能否有充足力量继续控制全藏成了问题。赫寿到藏一住一年多（于公元1711年初返回），此时他还秉命绘制了西藏地图。这一举措是日后清廷设置驻藏大臣长期驻藏的先声。
准噶尔与和硕特的战争
在拉藏汗的权力地位面临激烈挑战之时，蒙古准噶尔部首领策旺阿拉布坦也力图在西藏谋取权力，构成对和硕特蒙古汗王统治西藏的潜在威胁。策旺阿拉布坦一直在窥伺着西藏事务的演变——桑结嘉措被杀，部下逃往新疆并向策旺阿拉布坦求援。来自西藏的求援给了策旺阿拉布坦入侵的机会。
策旺阿拉布坦为僧格之子，在噶尔丹杀其弟索诺木阿拉布坦夺取汗位之际得以逃脱。噶尔丹败亡时，策旺阿拉布坦遂自立为准噶尔汗，开始以各种手段巩固和加强自己的权力，并极力寻找机会扩大权势。[47]策旺阿拉布坦吸取了噶尔丹向蒙古扩张最后为清朝消灭的教训，把矛头指向西藏，力图利用拉藏汗在藏权力地位的动摇，把西藏控制在自己手里，掌握合法的为众蒙古一致推崇的达赖喇嘛，挟持达赖以号令蒙古诸部。
准噶尔策旺阿拉布坦与拉藏汗、青海众台吉[48]属厄鲁特蒙古三个支系，之间的关系相当复杂。准噶尔部同他们双方都有婚姻关系。策旺阿拉布坦先是娶拉藏汗的姐姐为第三夫人，而后又主动提出亲上加亲，将养女博托洛克嫁给拉藏汗的儿子丹衷，并许以十万银两的嫁妆，以联姻迷惑拉藏汗。另一方面，却暗地里同三大寺的喇嘛取得联系，表示要推翻拉藏汗的统治和废掉其所立的“假达赖喇嘛”，迎请格桑嘉措到拉萨坐床，使三大寺喇嘛迅速倒向他一边，这导致了拉藏汗的一些大臣和侍从的连锁反应。
经过一系列准备后，策旺阿拉布坦遂于康熙五十五年（公元1716年）派他的表弟策零敦多布为首的5名僚属（阿喇木札巴吹木伯勒、托布齐、喀喇泌都噶尔、萨音查克）率领精兵6000人，号称万兵，[49]以护送女儿、女婿归藏省亲的名义，秘密向西藏进发。同时，又派一支300人组成的小分队前往青海突袭塔尔寺，企图劫持格桑嘉措，以号召人心。
策零敦多布是闻名准噶尔的名将，曾在西藏寺院中获有学位。他多年征战哈萨克、布鲁特和布哈拉人，积累了丰富的作战经验。“最喜欢的座位就是马鞍。他的床就是盖马的围毯，盾牌、剑、箭及箭袋是他最松软的枕头。”[50]策零进藏选择了一条极为艰难的行军路线。他们从新疆叶尔羌（今新疆莎车）“徒步绕戈壁，逾和阗南境昆仑山”，“涉险冒瘴，昼伏夜行”，新辟闻所未闻之路，于康熙五十六年（公元1717年）阴历七月七日突至藏北纳克产（今西藏奇林错东南、加林错东北）地区，抢掠当地一部人众，经藏北腾格里湖直趋拉萨。[51]
策零采用了阴险毒辣的谋略使拉藏汗失去了警惕。1717年阴历六月，策零以拉藏汗儿子的名义给拉藏汗写了一封信，信中请他到汗王夏宫所在地——拉萨以北的达木与他见面。那时，拉藏汗正在西藏山南沃卡温泉沐浴疗养，见信思儿心切，带着少数卫兵前往达木，他没有意识到策零敦多布的军队已设下了层层埋伏。当拉藏汗接近埋伏圈时，他的小儿子偶然风闻了这一阴谋，骑马疾驰赶去告诉他的父亲。拉藏汗大吃一惊，迅速逮捕了他怀疑与这一事件有关的一些随员，并部署其卫队进行反击。拉藏汗在与策零敦多布的第一回合的战斗中取胜。[52]拉藏汗用这一胜利赢得的时间巩固达木的防御工事，仓促集结前后藏、塔工等地的军队，在达木一带狙击进犯之敌。双方交战数阵，互有较大的损失。
此时策零仍等待那支奔袭青海塔尔寺的队伍前来会合，然而这支图谋劫持达赖喇嘛的突击队却被防范严密的清军歼灭。不能以护送达赖喇嘛为名进入拉萨，便不能得到格鲁派的支持，策零敦多布只得铤而走险，[53]狡诈地宣传他们已经接到真正的达赖喇嘛，将送到拉萨，以此涣散拉藏汗的军心。由于蒙藏联军多系临时招募，且受准噶尔人的挑拨，蒙藏将领不和，两族士兵矛盾更深，叛变时有发生，战斗力大为削弱。勉强支持了两个多月后，猛将代本欧荣巴及绷唐巴二人被杀，颇罗鼐负伤，终未能阻挡住准噶尔军。拉藏汗不得已于1717年阴历十月八日驰还拉萨，一面向清朝奏报：“臣现在率兵守护招地（指拉萨），土伯特兵少……恳求皇上圣鉴，速发救兵。”[54]一面命蒙藏军队坚守拉萨，等待清朝派兵救援。
策零敦多布于阴历十月二十八日夜围攻拉萨。虽然拉萨城高沟深，易守难攻，但是准噶尔军得到那些不满拉藏汗的僧俗人众配合。梯子从城墙上降落下来，供攻城士兵可以攀梯爬上城堡。秘密的同情者在预定的时间打开了城北及城东大门，拉萨城很快就被攻破。[55]拉藏汗逃进布达拉宫，决定分路突围。拉藏汗带数名亲信，从布达拉宫城墙东面突围而去，下山后被准噶尔士兵发现。如果拉藏汗的马不是因受惊吓而把他掀下马的话，他可能成功地逃脱了。此时他孤立无援，与追赶者短兵相接，为大批准噶尔兵包围乱刃杀死。他所立的达赖益西嘉错也被废，囚禁于札克布里庙（药王山庙）。[56]拉藏汗的妻子、幼子等被俘，连同金银财物、寺庙的贵重器物等，均被洗劫一空，运往伊犁。和硕特蒙古顾实汗及其子孙在西藏的七十多年统治到此结束。
准噶尔军占领拉萨后，抢劫三日，拉萨古城经历了一场空前的浩劫。据当时的目击者——意大利传教士德斯得利的记述：“策零敦多布一踏入王宫，就下令洗劫拉萨。那些加入他的部队的僧人，就是最为贪婪和残忍的强盗。他们拿着武器，闯进民房，连同伙的家也不放过，还冲进寺庙，进行洗劫，抢掠庙宇积存和藏匿的财物，他们还不满足，再三闯入民房，不管男女老少，把一些人予以污辱和毒打，把另一些人背绑着吊到梁上折磨，逼使他们讲出财富理藏的地方。这种洗劫连续两昼夜，直到每件有价值的东西都被取走为止”。[57]
准噶尔军对前后藏不服从的寺院和地方还派兵烧杀抢劫，明令民众不得信奉宁玛派，并将宁玛派的曲科杰寺、敏珠林寺等著名寺院夷为平地，从寺院住持到活佛格杀勿论。
清军兵败喀喇河
清朝对于准噶尔侵扰西藏的情况，只收到拉藏汗在拉萨之战前写来的一道奏章，其后事态的发展，清朝都一无所知。直到拉藏汗次子苏尔扎之妻从准噶尔解送去伊犁途中逃脱，向青海柴达木当地清朝官员报告拉萨发生的事变，清朝才知道拉藏汗已经被杀，西藏陷入了一片灾难和混乱之中。
为了维护西藏地方的安宁，康熙帝决定立即派兵进藏，于1718年阴历二月十三日发布谕旨，命侍卫大臣色楞率部2400人征剿策零敦多布。[58]
这是清朝建国以来第一次在西藏用兵。议政大臣向康熙提出：所派色楞等攻取西藏，“数少力弱”，应将驻守西宁的额伦特将军（原任湖广总督）所辖的绿营兵2000人调出同赴西藏；同时额伦特等部“备夺青海之众”，即令“随后助威”；还有噶顺、古木两处，原无兵驻扎，应令都统胡锡图率所部1000人到此驻扎。可是此时作为色楞后援的总督额伦特不愿把麾下兵士分出一部分交给色楞指挥。他提出两路进藏设想：据查勘，自西宁进藏有三条路，一为珠尔垦，一为库尔塞，一为拜图。除珠尔垦路狭难行，其余两路均可进兵。应令色楞自率所部及青海之兵，从一路前进；他自率绿营兵2000人，以及藏兵、青海兵共万人，亦从一路前进。如策零一路迎战我军，则我另一路可以从容进藏；策零若两路迎战，势必军力分散，我军攻灭不难。康熙对此方案未置可否。当时额伦特率领的军队多由青海当地兵组成，比八旗兵差些。康熙最初认为一支地方部队就足够了，没有必要把保卫天朝的精锐部队调来。[59]在调兵同时，令四川总督年羹尧负责督运粮草军需，并派护军统领温普带兵进驻打箭炉。
康熙五十七年（1718年）阴历四月，额伦特、色楞等人率官兵出兵西宁。由于对西藏的地理、气候及有关情况缺乏必要的了解，进军前的准备也不充分。清军统帅们对进兵西藏种种艰险估计不足，对策零率领的准噶尔军队的战斗力没有足够重视，认为清军一支小部队就可以将其打败。[60]侍卫大臣色楞平时与总督额伦特不和，部队分两路，各率一路。四川提督康泰也奉命与总督额伦特相约而行，率领所属1000人经打箭炉，奔察木多（今昌都）。
阴历五月十三日，色楞与侍读学士查礼浑率军2500人已达穆鲁乌苏（蒙古语，今通天河，为金沙江上游，导源于巴颜喀拉山）。额伦特写信给色楞，认为应遣人把准噶尔之兵诱来，徐图前进。色楞抢功心切，急于进兵，密奏朝廷说：“准噶尔残害西藏，彼处人民悬望我师，如望云霓，岂能刻缓！况闻准噶尔兵众散处无纪。伊等伎俩，不过暮夜袭营、偷盗马匹而已。臣所统兵丁二千有余，器械坚锐，马肥饷足……正当乘此机会，剿灭贼人，收复藏地。”[61]康熙轻信了色楞的意见，认为准噶尔军队远路冲雪而来，士卒冻馁，驼马倒毙，除病死阵亡以外，其所剩几千人，不过是乌合之众而已，同意色楞继续进兵，并行文催促额伦特等尽快进兵策应。[62]阴历七月十一日，色楞撇下追来的额伦特，率军自穆鲁乌苏启程，用了8天时间进入西藏境内。总督额伦特率领1200人迅速追赶，于阴历七月六日也渡过穆鲁乌苏河，至阴历七月二十四日，尚未追上色楞所部，无法会师。[63]
当清朝军队分道入藏进剿的消息传来，策零敦多布在喀喇河一带集结了准噶尔和藏军组成的优势兵力。为了引诱清军深入，策零分军迎战。阴历七月十六日晨，额伦特部于齐诺郭尔安营处，首次与策零部接战，经一场激战，准噶尔兵佯败屡屡退却。色楞也发来奏报：阴历七月二十一日于喀喇乌斯地方同敌军发生战斗，将其击败。[64]阴历七月二十八日，额伦特带400名士兵渡过喀喇河与色楞会师，准备渡河占领狼腊岭，然后进至达木地方。第二天，二将与准噶尔交锋，但军令不统一。阴历八月五日，额伦特后继部队赶到，策零在喀喇河岸留有伏兵，顿时四起，截住清兵。额伦特等料知已完全陷于准噶尔军早已设置好的包围圈，只能率兵猛扑。但这次的敌军都是精锐，与前时接战大不相同。额伦特不能前进，只得退后，不料后面联络官又到，报告准噶尔军绕出后路，将土司杨如松解送的粮饷截夺去了，杨如松冲围逃出。清军闻知军饷被劫，不战自乱，额伦特、色楞两人极力弹压，勉强镇定。翻山越岭、长途跋涉而疲惫不堪的数千名清军，想冲出策零数万人的重围是没有希望了。
额伦特命令全军在被包围的营盘周围垒起了石头墙，以抵挡准噶尔和藏军的进攻，等待大部队增援。策零围而不攻，不许粮秣进入。喀喇河地方天寒草薄，两军相持到阴历九月，四面楚歌的清军粮尽矢竭，额伦特“犹力战”，死于阵中，色楞被捕亦被害。[65]德斯得利描绘了这场战争最后一幕的悲惨情景：当吃完所有的牲口后，可怜的清军饿得被迫吃饿死了的同伴的尸体。迫于这样极端困难的处境，清军派出一些西藏喇嘛，乞求准噶尔人允许他们平安地走出营地。准噶尔人同意了，但条件是必须放下武器。这些可怜的人们空手离开了营地并弱到无法逃生，他们全被没有信义的敌人杀害。[66]
四川提督康泰经打箭炉进入藏地，但未能与额伦特会师，在拉西附近被黑帽喇嘛诱杀。所部死伤惨重，所剩500多人被准噶尔军队截获。清朝首次进军西藏，全军覆没。
第二次派兵
康熙命胤祯领军出征
这是康熙登基五十年来空前未有的大败，急报入京，立即引起举朝震惊。朝野惊骇之余，深感耻辱。对被俘遣送回的官兵，廷臣甚至主张“为官者即行查明正法，为兵丁者，各送回原籍”。对此康熙帝坚决反对，“此次进剿官兵，有功无罪耳”。[67]同时全力做好善后抚恤事宜，令派往西宁的皇十四子胤祯亲自前往吊唁额伦特，为阵亡官兵大作道场，胤祯为奠酒，康熙帝以一种特殊的方式承担了失败的责任。[68]当时，从朝中大臣到青海蒙古王公，都认为西藏距内地路途过于遥远，加以山川阻隔，不宜用兵。但是康熙帝明白如果任由西藏被准噶尔占据，西南、西北各省都不得安宁。他力排众议，于1719年命皇十四子胤祯为抚远大将军，驻节西宁，指挥进藏平叛的各路清军。
胤祯出师，康熙高度重视。出发前，他亲往堂子行祭告礼，出师这一天，登太和殿向胤祯授大将军敕印。胤祯乘马出天安门，诸王及二品以上文武官员都到德胜门军营送行。根据康熙的命令，依照王纛式样，用正黄旗纛，并指定宗室16人，随皇十四子前往效力。尔后，胤祯率师向青海进发。[69]
达赖喇嘛的身份举足轻重。在出兵前夕的阴历二月，皇十四子胤祯由众大臣和3000名士兵簇拥着，浩浩荡荡来到塔尔寺。快到塔尔寺札仓时，皇十四子下马步行，喇嘛相迎于大经堂前门。皇十四子会见了达赖喇嘛的父亲，对康熙皇帝的计划进行了一番解释。是年，阴历三月二十日，皇十四子带来了康熙册封格桑嘉措为“弘法觉众第六辈达赖喇嘛”的金印（当时，未承认仓央嘉措为六世达赖）。[70]达赖喇嘛及参加接见的青海各部首领都表示赞同康熙皇帝的计划，并请求让一支当地人组成的军队扩编到清军中去。[71]
1719年阴历四月，胤祯派都统旺乌哩率军进驻青海索罗木地方。同时，派出使者瑚毕图等，以抚远大将军的名义携带书信入藏，面致准部策零敦多布。阴历九月下旬，使者返回西宁，将他们一行在前后藏侦察到的情况上报。据瑚毕图说，盘踞拉萨的策零敦多布不承认拉藏汗所拥立且受过清政府册封的达赖益西嘉措。对于西宁的灵童，因未接到其主人准部首领策旺阿拉布坦的指示，也不能表示态度，而西藏的广大僧俗人等一直向往崇信西宁的灵童。康熙帝得知后，更坚定了承认青海灵童、取藏必胜的信心。
但事情发展仍有曲折。1719年阴历十二月，奉旨从青海前线调回北京议事的4名将领即延信、楚宗、策旺诺尔布、常授，与议政大臣、九卿等共同商议进藏事宜，不知是否慑于上次北路入藏的失利，他们共同议奏：“惟行看守。”皇帝大不以为然，独排众议，断自一心，提出不但大军要进藏，以后还要留驻一两千名军士。大臣们当然不能违抗上意，结果几天后，大臣们遵旨复议，拟定出北南两路进军方案。[72]
清政府这次出兵吸取了第一次出兵失败的教训，军事上作了充分准备和周密部署，其规模也相当庞大，总兵力不下2万人。大军进藏，则必须在后方粮秣马匹基地同前锋所至地点的交通线上设立台站，以保障供应畅通而不被敌人阻断；与青海蒙古各部的关系必须协调以取得支持。办理这些事情都需要时间，所以清廷决定当年暂不进兵。清廷从康熙五十八年九月下旬至五十九年正月下旬，用了整整四个月的工夫才把军队部署、进藏指挥确定下来。
康熙命清军兵分数路入藏。以平逆将军延信（肃亲王豪格的孙子）、固原提督马继伯、山东登州总兵李麟率领陕、甘官兵从西宁进兵。同时，由延信护送达赖喇嘛灵童入藏，是为北路。年羹尧坐镇四川，先派都统法喇，后改派征西将军噶尔弼等率领四川、云南、湖北、浙江等地官兵，由打箭炉进兵，是为南路。又派靖逆将军富宁安率3000人马进抵乌鲁木齐一线，另派兵4000人，令散秩大臣阿喇衲统领，攻取吐鲁番，其军事目的是防止准噶尔向西藏增兵。与此同时，拉藏汗旧部康济鼐和颇罗鼐占据阿里，进兵后藏，向拉萨进军，配合清军的军事行动。[73]除上述各路兵力外，青海蒙古各汗王贝勒、云南丽江等处土司之兵也随征效力。
策零占据西藏期间，在拉萨成立了一个新政权，由4个藏族领袖人物组成向准噶尔人负责的代理执政班子。为首的是70多岁的第巴（摄政）达克咱，其次为札什则巴、隆布鼐二噶伦（政务大臣）以及噶伦兼代本[74]阿尔布巴。当得知清军分路进藏，策零亲自率领一支军队迎战北路清军，另派遣3000余人抵挡南路清军。
北路清军于阴历四月二十二日自西宁缓缓进兵西藏。这一路是清军入藏的主力。七世达赖格桑嘉措随同延信的军队从青海启程去西藏，皇十四子胤祯还特地护送了一段。七世达赖喇嘛和清军每到一地，都有沿途的蒙古族、藏族人民前来迎送，奉献礼物，对达赖喇嘛表示敬意。阴历六月十三日，大军越过巴颜喀喇山，遇见大雪，冻死人畜甚多。加上途中有当地人抢掠马匹，牲畜损失较大，同时因一路高原反应（当地人称之为瘴疠），兵士病卒者也不少。这一行人到达噶玛塘（今青海贵德县境内）时，噶伦兼代本阿尔布巴从拉萨逃出到清军营投诚。大军获得关于西藏统治者内部第一手可信的情报。阿尔布巴还带来昌都地区硕般多、洛隆等宗4名使者携禀文归附。[75]在大军抵穆鲁乌苏之前的20天内，阿尔布巴每天都回答清军统帅有关西藏及准噶尔形势的询问。他建议时已届夏末，喀喇河、达木地势高，天气渐寒，应速行军。[76]
北路清军要同青海蒙古诸王公组成联军。胤祯到了穆鲁乌苏后，一直等待延信，而延信同青海蒙古诸部阴历七月九日才到大营会合。平逆将军延信召集蒙古诸部陆续到来用去不少时间。这一大批顾实汗的子孙，多年来已经习惯于各行其是、互不统属，畜群牧场的频繁纠纷使伯侄兄弟间的关系十分紧张，他们似乎把这类同族间的冲突看得比进军西藏更为重要。阴历七月十七日至二十四日，大军渡过穆鲁乌苏河，犹有青海左翼军未到。清军大队人马在金沙江上游休整，胤祯主持了一个告别宴会，然后他返回西宁。
噶尔弼率先开进拉萨
南路清军规模小于北路。征西将军噶尔弼副将、四川永宁协副将岳钟琪（字东美，号容斋）年方34岁，素有胆略。[77]先前在法喇麾下，还在北路军行动之前，即率兵先至里塘，缚诛抗拒不逊的3名头人，就地正法处死，杀散“助逆番兵”3000余众，“其余部落，皆纳清降”。接着，兵不血刃，迅速招抚了巴塘、乍丫等地，西抵察木多。
南路大军由噶尔弼统帅入藏，岳钟琪领亲兵于阴历六月自察木多西进前头开路。他探听到准噶尔军正四处调兵欲扼守三巴桥，以阻止清军进藏。三巴桥又名嘉裕桥，架在怒江之上，为入藏第一要地，若准军断桥守隘，据险自守，清军势难飞越。岳钟琪先发制人，选派30名通晓藏语的敢死之士，换上藏装，黑夜偷袭准噶尔营地，攻下了洛隆三巴桥。准噶尔部兵来夺三巴桥，头目是先前杀死康泰的黑帽喇嘛，有万夫不当之勇。岳钟琪率兵出营，潜掘陷坑，上用树枝、青草等盖住，令兵士带了钩索，伏在陷坑四周。黑帽喇嘛仗着勇力飞奔前来，岳钟琪出兵对敌，诱黑帽喇嘛至陷坑旁。黑帽喇嘛轻敌，只知道上前追杀，不料脚下有坑，一脚踏空，坠入坑内。黑帽喇嘛受擒，余众不战自降。[78]
于是迤西的硕般多、打笼宗以及龙布、结树边噶等地的藏族头人纷纷来投奔。阴历七月，岳钟琪收拉里（今嘉黎）。噶尔弼接到军报，连夜行军赶到拉里会合岳钟琪，正准备鼓行疾进，接到大将军檄文，命令等待青海方面军齐头并进。噶尔弼踌躇未决，在拉里住了一段时间。岳钟琪私下向噶尔弼建议，军队久久停顿，恐损斗志，工布地区藏兵较能战斗，先派人去招抚，可能转向清方。噶尔弼乃遣千总赵儒、藏族头人济果尔持檄前往，不到10天，工布头目3人、兵2000余名诣营归附。岳钟琪又劝噶尔弼说，我们只带两个月粮饷，大部队从察木多西进到这里，已过了40多天，如果再等待青海军，粮饷饷用尽，进退失据，极为不利。倒不如现在乘势疾进，十天半月可抵达拉萨，出其不意，容易荡平。噶尔弼仍然顾虑重重，打算召集麾下将官商议。岳钟琪说，势在必行，不用议论，明日即可出发，并愿以身殉此役，噶尔弼才下了决心。[79]
阴历八月初六，南路军自拉里开拔西进，噶尔弼分一部兵马，截策零饷道，大部队次日抵墨竹工卡，墨竹工卡呼图克图主动献地归降。在西藏准部政权中任事的第巴达克咱正调集两三千名藏军抵御，及闻清军已下墨竹工卡，全军不战自溃，达克咱逃回他的老家桑鸢。于是噶尔弼又派遣千总赵儒与工布第巴济古前往晓喻西藏第巴达克咱速来归顺。面对清军南路节节胜利，第巴达克咱无奈只得投降清军。达克咱掉转枪口，本来从拉萨调集粮秣运至哈喇乌苏供应准军，现则断绝供应，并用自己的印信札传示各地藏军放弃抵抗，还传令民间汇集船只至拉萨河运送南路清军。在他的大力帮助下，阴历八月二十二日噶尔弼大军渡过拉萨河。阴历八月二十三日把全军分为3队，在西藏第巴达克咱引领下，开进了拉萨城。由于策零在拉萨没有设防，清军成功地控制了拉萨城，并召集拉萨大小第巴及三大寺众喇嘛，宣谕了“圣主广施法教，救护图伯特部落众民”之意。拉萨城僧俗各界纷纷欢悦，举掌叩首。噶尔弼占领拉萨后，将隐藏在三大寺的准噶尔喇嘛100多人全部抓起来，并将5个头目斩首。[80]噶尔弼争到首功，及时上报，受到褒奖。
延信击败策零
送别皇十四子胤祯后，阴历八月初，平逆将军延信护送灵童自穆鲁乌苏河南下，以青海蒙古为先锋，率北路部队继续前进。
从青海入藏，路途较近，但所经之地气候恶劣，十分艰险，粮秣补给困难，同时准噶尔部将绝大部分军队布置在北路抵抗。面对强悍善战的策零敦多布，延信汲取上次色楞失败的教训，加之达赖喇嘛灵童在军中，行进缓慢。每日驻营，将军之营居中，次则达赖喇嘛，满、汉各营从外圈围。四角安置炮4尊，周围安子母炮180尊。四面卡子之兵皆挖小坑，点牛粪火作烽火警。担任暸哨的尖兵，白天走得很远，到黄昏才撤回至围护兵之外的二三里地，坐听风声。又将围护兵丁分成三拨，每夜两拨人马在营外围护，每10名作一队，都是手牵战马，营外支更。余一拨人马在营内支更，各备一马，其余马匹白天则放牧在围护之外，夜里则放牧于围护之内。延信驻营警戒加强巡逻，以防准部偷袭及偷盗马匹，后来雍正帝也称延信带兵是个能手。[81]
阴历八月十五日，北路大军扎营于薄克河畔。半夜策零军队突然袭击了清军营盘，猛烈攻击清军的扇形战区。他们认为那是达赖喇嘛的宿营地，企图把达赖喇嘛抢夺到手，用他作为人质，但是未能得逞，杀伤数百名清军后撤走。清军主力克制不前，等待准噶尔人精疲力竭。阴历八月二十日在齐暖郭尔、二十二日在楚马拉，清军又连续遭到准噶尔军队的袭击。第四个晚上，清军不再坐等准噶尔人的攻击。当黄昏迫近之时，他们的营帐及尖顶的中帐里灯火通明，表明有人把守，但事实上根本就无人守卫。与此同时，清军在夜幕的掩护下已组成了三支分遣队。第一支分遣队留下来监护达赖喇嘛；第二支分遣队占领了一个阵地，从正面迎击敌人；第三支分遣队则悄悄开拔迂回到准噶尔人的背后。根据预定的信号，这几支分遣队同时袭击了准噶尔人。准噶尔人渐渐意识到这些军队与他们以前的对手大不相同。[82]
此时，汉蒙军队护送七世达赖进藏的消息传遍西藏各地，噶尔弼一路已占领拉萨，切断准噶尔军队的供应线，对准噶尔军队形成了东西夹击之势。侵藏的准噶尔军惊惶不安，无心恋战，策零放弃了攻打青海一路清军的计划。策零想退回拉萨，又被清军截住，进退两难，遂遣散了军中的藏兵，分两路逃窜。一路经喀喇河，另一路走阿里。阿里、后藏两地总管康济鼐的部队得知情况后，立即追击途经阿里的准噶尔军，夺回了被抢劫的金银珠宝和文物，以及被挟持的西藏官员。[83]策零率准军主力翻越昆仑山，逃回伊犁。一路上又冻又饿，部队死了大半，回到准噶尔只剩下不到1000人。
准噶尔军逃跑后，延信将大军留驻于达木草原放牧。他亲自率1600名轻骑，护送达赖喇嘛向拉萨进发。在达木与热振寺之间的羊热山口，受到西藏许多贵族如隆布鼐、札尔鼐等人和一些寺院代表的欢迎。到达拉萨以北的伦珠宗时，甘丹赤巴根敦彭错和卸任的甘丹赤巴赤苏·洛桑达结等人前来迎接。到达拉萨郊区时，七世达赖喇嘛又受到拉萨上层人士的欢迎。
1720年阴历九月十五日，新达赖格桑嘉措由众人簇拥着从甘丹曲果出发前往布达拉宫，在那里举行坐床典礼。康熙帝特派人前往祝贺，并赐哈达和一万两白银，拉萨沉浸在巨大的欢乐之中。众喇嘛与百姓，“见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器，合掌跪云：自准噶尔贼兵，占据土伯特地方（即西藏）以来，父子离散，夫妇离别，掳掠诸物，以至冻馁，种种扰害，难以尽述，以为此生不能再见天日。今圣主遣师击败贼兵，拯救土伯特人众，我等得脱患难，仍前永享升平乐业之福。……纷纷叩陈，出于至诚”。[84]清朝的用兵，影响深远。康熙为此写了《平定西藏碑文》，立碑于布达拉宫门口。碑文回顾自太宗以来，班禅·额尔德尼、达赖喇嘛和顾实汗及其子孙与清朝的紧密关系，揭露策旺阿拉布坦“名为兴法，而实灭之”的罪行，阐明清政府进兵西藏、敕封六世达赖安置禅榻，是为了重新振兴法教、抚绥土伯特僧俗人民各安生产。碑文最后说：
“爱纪斯文，立石西藏，俾中外知达赖喇嘛等三朝恭顺之诚，诸部落累世崇奉法教之意。朕之此举所以除逆抚顺，绥众兴教云尔。”[85]这时，清朝中央在西藏人民中的威望和地位达到了前所未有的高度。
此后，清政府拒绝了有野心的青海蒙古首领罗布藏丹津（顾实汗之孙）提出恢复和硕特部在藏管理权的要求，实行清朝对西藏的直接统治。清朝对在“逐准保藏”战争中有功的藏族官员授予职衔，工布地方的第巴阿尔布巴、阿里地方的第巴康济鼐授为贝子，第巴隆布鼐为辅国公。[86]
康济鼐是西藏唯一坚决抵抗准部且得到成功的拉藏汉旧臣，出生于后藏年楚河流域颇拉贵族之家，在拉藏汗时期崭露头角。其人特点是知恩必报，赤胆忠心。拉藏汗十分信赖这位年轻军官，特赏萨迦的一处庄园给他。当准噶尔人突袭西藏时，他追随主人从达木一直抵抗到拉萨，负伤被俘，遭到鞭刑。幸有投靠准噶尔的达孜瓦出面说情，方才获释出狱。延信等到达拉萨后，康济鼐鼐率兵300人到拉萨驻扎，延信接见他并向大将军禀报他的功劳。清政府废除西藏地方政府中总揽大权的第巴职位，建立了由僧俗贵族联合掌政的噶伦制。朝廷论功行赏，任命贡献最大的康济鼐为首席噶伦，阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为噶伦（以后又升任颇罗鼐为噶伦），组成西藏地方政府。[87]把西藏上层人物纳入到朝廷命官的序列，加速西藏与中央的一体化进程。
清朝第二次用兵后即决定在西藏开始驻兵防守。据抚远大将军胤祯的提请，在拉萨留驻扎萨克蒙古兵500人、额附阿宝所部500人、察哈尔兵500人、云南兵300人、四川兵1200人，共3000人。后经调整，总数为3500人，委任策旺诺布管辖。为了严防准噶尔再度侵扰西藏，清廷在通往准噶尔的道路、要隘设置卡伦，在由四川通往西藏的道路上设置台站塘汛，分兵驻守。不过鉴于西藏政局很快趋向稳定，仅一年左右，除在察木多等处留1000名兵丁驻防之外，其余驻藏兵丁均奉命内撤，这是清朝在西藏派驻官兵的开始。[88]
第三次派兵
平定噶伦间内证
颇罗鼐在康济鼐为首的新政府里工作十分卖力。雍正元年（公元1723年），青海和硕特王罗布藏丹津妄图恢复其先人在西藏的霸业，遭到了清廷的拒绝，于是拘禁清廷驻西宁官员常寿，威胁青海各台吉，在巴尔海会盟公开叛乱。罗布藏丹津自称“达赖浑台吉”，妄图独占青海，与新疆准噶尔部策旺阿拉布坦相约作乱。他煽动不明真相的远近游牧百姓及僧侣20余万，同时骚动进犯西宁，[89]战火一度烧到了青藏交界。为迅速平息叛乱，防止叛军窜扰西藏，清廷一方面令川陕总督年羹尧为抚远大将军驻扎西宁，以四川提督岳钟琪为奋威将军参办军务，进行武装讨伐，另一方面又派驻察木多总兵官周瑛进兵入藏，堵住罗布藏丹津可能来藏的要道。颇罗鼐领兵前往藏北，配合朝廷大军剿灭罗布藏丹津之乱，从青海蒙古人手中收复了喀喇乌苏、玉树等地。罗布藏丹津乱事平定后，雍正三年（公元1725年）阴历七月二十九日，周瑛驻拉萨官兵全部撤回。
雍正四年（公元1726年），副都统鄂齐、学士班第带随行亲丁79人入藏宣布谕旨，对以康济鼐为首的西藏地方政府的积极配合予以表彰，并赐给赏物。鄂齐等到藏后，在西藏停留时间很短，只有一个多月，中间去了后藏一次。他发现众噶伦间严重不和，分裂成两个相互敌对的派别。阿尔布巴和达赖喇嘛是表兄弟。七世达赖格桑嘉措之父索南达结是个喜欢干涉政务的人，他作为后台与阿尔布巴、隆布鼐、札尔鼐互通信息，联合反对首席噶伦康济鼐。鄂齐向雍正帝密陈西藏形势说：西藏首领办事之人互相不睦，达赖喇嘛年纪尚幼，未免有偏向伊父索南达结之处，康济鼐为人尚好，但恃伊勋绩，轻视众噶伦，为众所恨。阿尔布巴赋性阴险，行事异于康济鼐。而索南达结因娶隆布鼐二女，三人合为一党，若挑唆达赖喇嘛与康济鼐不睦，必至争竞生事。同时，噶伦甚多，反增烦扰，隆布鼐行止妄乱，扎尔鼐庸懦无能，应将此二人以噶伦原街解任，则阿尔布巴无人协助，自然势孤，无作乱之人矣。[90]
雍正帝觉察到西藏上层统治集团内部随时可能发生争权夺利的武装冲突，为和解两派之争，雍正五年（公元1727年）正月，清政府派内阁大学士僧格和副都统玛腊进藏，命七世达赖、康济鼐、阿尔布巴三人“和衷办事”。在僧格、玛腊还未到达拉萨之前，这两个敌对派别及其整个政府中党羽间的紧张关系不断恶化。颇罗鼐与康济鼐在宗教事务上发生了争执，颇罗鼐告退，担任地方职务，把康济鼐独自一人留在了敌人中间。康济鼐与阿尔布巴、隆布鼐争夺统治权的内讧愈演愈烈。阴历六月十五日，康济鼐派人去达木征集马匹准备迎接两位进藏清廷大臣之用，并没有预感到危险迫近。过了3天，噶伦阿尔布巴等人抢先挑起事端，趁康济鼐在大昭寺内开会之际，派刺客罗桑顿珠等一拥而上，抓住康济鼐的发辫，殴打致死，仆人及其家中的两位尼姑也惨遭杀害。[91]僧格、玛腊直到阴历七月十一日在旅途上遇见达赖喇嘛的差人后，才知道发生在20多天前的这一重大事变。[92]僧格、玛腊身边只有颜清如、梁万福2名武官带的30名士兵，到达拉萨后无法控制局势，仅能守护达赖喇嘛。
这一事件使雍正认识到“大臣进藏料理，不可不带兵前往”。雍正自从西藏撤军，深知对藏中的控制力削弱了。阿尔布巴叛乱发生后，他认为这是一个弥补前咎的机会：“当趁此机，先将西藏事宜料理清楚，以为边防久远之计。”[93]当时云贵总督鄂尔泰对出兵持保留态度，希望雍正以抚为上，剿杀次之，羁縻为上，驾驭次之。雍正没有听取他的意见，表示一定要发兵，而且不惜费用。[94]遂命令左都御史查郎阿为正帅，护军统领迈禄、西宁镇总兵官周开捷副之，率领满族官兵8400余人，从青海进兵，是为北路。命散秩大夫周瑛率川兵4000余人，自甘孜进藏，并命云南鹤丽镇总兵官南天祥率滇军3000人，从云南进藏，是为南路。北南两路大军共同用兵平乱。
当时颇罗鼐因其夫人病重正在后藏江孜庄园家中，他闻讯阿尔布巴发难后，曾迅速地逃往西藏边界，因为他认定自己也在被暗杀之列。为了自保也为给老友报仇，他迅速集结起后藏、阿里的藏军，并联合了康济鼐之兄噶西鼐，占领了日喀则，往讨阿尔布巴，这使他赢得了“人王颇罗鼐”的称号。在清大军未至拉萨前，颇罗鼐率后藏、阿里之军7000人从后藏走羊八井、澎波一线，披坚执锐，一路斩关夺隘，雍正六年（公元1728年）阴历五月，一鼓作气攻入拉萨。在三大寺僧众的帮助下，擒获了阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等三噶伦，平定了内乱。[95]
南路川、滇军队进军较北路迅速。公元1728年阴历六月十三日周瑛、南天祥抵达察木多，很快接到了颇罗鼐已在十七八天前攻入拉萨的消息。此时，准备入藏的川滇官兵已汇集察木多，周瑛决定只带1500人兼程去拉萨。阴历七月十八日，周瑛抵达墨竹工卡河口。这次周瑛汲取了康熙时南路噶尔弼军抢先进入拉萨引起麻烦的教训，在这里停留，等候北路的查郎阿到来会师。阴历八月一日，查郎阿、迈禄、周瑛等率官兵齐抵拉萨。由于颇罗鼐早已取胜，清军未发一矢，未伤一人，顺利到达目的地。查郎阿和僧格、玛腊一起，审判了阿尔布巴、隆布鼐、札尔鼐3人，阿尔布巴供认谋杀康济鼐是实。阴历九月三十日，阿尔布巴、隆布鼐、札尔鼐三位噶伦和阿尔布巴之子及干将17人，以叛逆作乱罪被处死，另有部分罪责较轻者，押往内地受审。[96]
为了削弱西藏地方僧俗农奴主的力量，按照雍正皇帝的旨意，将康定、理塘、巴塘划归四川，中甸、阿墩子、维西等地划归云南管辖，将后藏拉孜、昂仁、彭措林3个宗赠给班禅直接管辖。清廷为巩固在西藏的统治，正式派驻西藏办事大臣办理前后藏事务，设立了驻藏大臣一正一副，正职称“办事大臣”，副职为“帮办大臣”，一方面可以商议办事，另一方面分别替换，始终保持有一个比较熟悉情况的大臣驻藏，以加强对西藏的管理。设两名驻藏大臣的制度从此一直延续到清朝结束，历时85年，从未间断。第一任驻藏大臣是僧格和玛腊。这时驻藏大臣重要任务是管理清军，稳定藏中政局。与乾隆后期定的驻藏大臣同达赖共同管理藏中事务制度有所不同，但它却是这一制度的发端。[97]
阿尔布巴叛乱的同年，准噶尔的策旺阿拉布坦去世，子噶尔丹策零继立，扬言要干涉藏中事务。雍正下令严防。准噶尔进藏有三条道路，一为西路，由叶尔羌至拉里，这条道路到前藏迂远，藏中易于准备；一为东路，走喀喇河，然需经过青海，通行不便；一为中路，经腾格里湖，到西藏最为便捷。因此驻藏部队每年夏天到腾格里湖驻防，冬天因大雪封山而撤离。达赖喇嘛为藏人、蒙人所信仰，然而也成为蒙、藏贵族争夺的对象，利用他为掌权的工具。雍正怕噶尔丹策零入藏劫持达赖，就把七世达赖迁到他的家乡打箭炉的噶达（今四川康定西边），用几十万两银子建造规模雄壮的惠远寺，供他居住。[98]之后又把他迁移到泰宁寺（今康定西北），并派兵千余人护卫，以防止准噶尔的劫持。直到1734年，准噶尔向清朝求和，定界息兵后，才护送七世达赖喇嘛返回拉萨。其间，达赖喇嘛之父索南达结曾赴京觐见皇帝，而在京未被问罪，反受封辅国公，平安回到达赖喇嘛身边，但朝廷已明令其不再干预政治。这种规定后来成为定制。[99]
清廷第三次出兵西藏的大军共6420名到达拉萨，其中青海方面陕军4920名，四川方面川军1500名，其余留于沿途各站。雍正鉴于上次撤兵后控制削弱，留驻藏川、陕清军2000人分驻前后藏，归驻藏大臣指挥，又留滇清军1000人，驻察木多作为声援。[100]后来准噶尔求和后，将驻前后藏清军2000人裁至500人，察木多驻兵也从1000人减为500人，其余的均撤回。所留500兵，规定三年一换。这种驻兵轮换制度一直保持到清朝末年。[101]
珠尔默特那木札勒事件
清政府考虑到西藏的具体情况和颇罗鼐在这次事件中的态度，奖赏了颇罗鼐的军兵，并命颇罗鼐兼管前后藏的政务。颇罗鼐在中央重用之下无人掣肘，以藏人独理藏事，成为继顾实汗、拉藏汗以后藏人中唯一跻身于藏王地位者。
颇罗鼐掌权后，为医治战争创伤，安定社会秩序，解决生产凋零、民不聊生、经济拮据的困窘，增强地方自身的防御作战能力等，做了许多有益的事情。在政治方面，调整了政府官员，增强了世俗贵族势力，削弱了噶伦的势力，减少了噶伦间的争权摩擦；在军事方面，颇罗鼐在清朝驻藏军队的指导下，在拉萨北郊兴建扎什兵营，分期操练由骑兵、步兵组成的藏军。自此，西藏有了一支兵械较齐备、且较为训练有素的军队，于西藏通往准噶尔部各条道路上“严设卡伦，准噶尔自是不敢窥藏”，维护了西藏边境的安宁；在宗教方面，尊重各教派，对各教派都给予经济帮助，减少了教派斗争；在经济方面，清查差税账目，减免和调整农奴差税，取消了拖欠政府而又无法偿还的债务。[102]他还整顿驿站，保证政令文书的传递。同时按照乾隆皇帝的安排，接待了准噶尔部经批准前来熬茶礼佛的使团。此外，他对以往为前藏三噶伦助阵的拉萨三大寺不仅不予报复，反而为之调拨了庄园和属民，对建筑予以维修，并组织工匠完成了六世达赖喇嘛开启的刻印《甘珠尔》的工作。颇罗鼐执政的20年间，遵奉清朝中央的领导，“实心效力”，西藏地方呈现出前所未有的安定与繁荣，深得清廷的信赖和器重。乾隆四年，清朝晋封颇罗鼐为“郡王”，赋予其西藏地方的最高行政权力，地位超过了清王朝初年的第巴。
公元十八世纪中叶，西藏部分僧俗官吏、贵族嫉恨和反对颇罗鼐长期当权。乾隆十一年（公元1746年），达赖拉章索本（拉章，意为佛宫；索本，为达赖喇嘛饮食高级侍从）堪布[103]达克巴达颜指使秘书仓吉，以咒术诅咒颇罗鼐。颇罗鼐疑为从前阿尔布巴等人谋杀康济鼐原有之宿仇，此事必定与七世达赖格桑嘉措有关。尽管达赖予以否认，但颇罗鼐不肯轻了此事，一定要追查到底。自此他与达赖喇嘛之间关系不和，产生矛盾和裂痕。[104]乾隆十二年（公元1747年），颇罗鼐暴卒，清朝特派大臣致祭。其长子珠尔默特策布登因有腿疾，被封为阿里公，掌管阿里地区的兵马和地方事务。次子珠尔默特那木札勒承袭封郡王，总领西藏事务。
乾隆帝对新郡王是有所期待、有所信任的。前此，在金川战争进行中，他曾想将来胜利后，把金川交给西藏珠尔默特那木札勒管辖。[105]但是和其父颇罗鼐相反，很多文献都称珠尔默特那木札勒执政后，性情暴躁，独断专行。他素不信奉达赖喇嘛。颇罗鼐的暴卒使他疑心与达赖喇嘛有牵连，拒绝七世达赖喇嘛格桑嘉措为其父吊奠诵经，后经驻藏大臣傅清劝导，“旋即悔过，愿请达赖喇嘛吊祭”。[106]乾隆十三年（公元1748年），珠尔默特那木札勒以防御准噶尔军为名，将藏兵集结在喀喇乌苏一带训练，图谋不轨。他的一举一动为驻藏大臣查悉及时奏报，清廷接报后，认为珠尔默特那木札勒终必生事。
乾隆十四年（公元1749年），纪山接替傅清的继任者拉布敦出任驻藏大臣。纪山第一次驻藏在乾隆三至六年，在此期间，颇罗鼐受封郡王，他同颇罗鼐家族关系颇好。此后调任四川巡抚任上轻率开战瞻对、金川两役，获罪降职第二次驻藏。受人轻视是官场炎凉之常态，珠尔默特那木札勒不以礼遇，久不出见，进而想给驻藏大臣制造困难。[107]后来又转为极端恭敬纪山，称之为叔，跪地请安。纪山向清廷建议，把驻后藏阿里的珠尔默特策布登调至拉萨，与珠尔默特那木札勒共同管理西藏事务。乾隆十五年（公元1750年），珠尔默特那木札勒先发制人，暗中挑起事端，诬告其兄珠尔默特策布登谋反聚兵攻取果弼奈地方，借机杀害其驻守阿里的兄长及其下属头目等人，夺取了阿里地区的管辖权。随后，又诬告第巴布隆赞谋反，查抄其家宅、田产，分给亲信党羽，黜革、抄没、杀害颇罗鼐旧人甚多，以致众怨激愤，陷驻藏大臣纪山于无可奈何之地。[108]
乾隆认为驻藏大臣纪山“办事妥协，见识甚谬”，不堪胜任，便又派了傅清入藏更换纪山，同时恐怕一个人势力孤单，又派了左都御史拉布敦协同驻藏。[109]这时，清廷擒获了珠尔默特那木札勒派往准噶尔的使者，“得其逆书并馈献诸物”。清廷忍无可忍，乃密令新任驻藏大臣傅清：“珠尔默特那木札勒乖戾诡谲，留之终必生事。或乘伊与兄构兵，令四川总督策楞等带兵助战为名，相机擒戮；或俟明年章嘉呼图克图赴藏熬茶，遣川督带兵护送至彼，俟间歼除。二者孰为便利？傅清至藏可察看情形，熟筹具奏。”[110]傅清带着乾隆密谕，与另一位驻藏大臣拉布敦先后赶到拉萨。
此时，珠尔默特那木札勒叛迹日渐猖獗。他敌视驻藏大臣，阻断驿传军书，先令朝廷迅速撤回所有驻军，声言其余士兵“若不知机早回，必尽行诛灭”。[111]接着，他调动部兵，搬运炮位，欲于1750年阴历十月二十五日动手杀钦差大臣，阴谋叛清自立，分裂祖国。[112]
为减少开支，驻藏清军大部已在1733年撤回内地，仅留百余人护卫驻藏大臣，拉萨形势非常危急，时间甚为紧迫。两位驻藏大臣商议，与其束手待毙，坐视叛乱蔓延，不如先发制人，诱杀珠尔默特那木札勒，冒险一击。乾隆十五年（公元1750年）阴历十一月，二大臣以“有圣旨召珠尔默特那木札勒议事”为名，将刚从外地回到拉萨的珠尔墨特那木札勒请到驻藏大臣衙门。珠尔默特那木木札勒并不疑心势单力薄的驻藏大臣会怎么样，闻召前往，既不生疑，更无防备。傅清面不改色，止众于楼下，随上者四五人。拉布敦假意捧出圣旨，在珠尔默特那木札勒跪下听旨时，由傅清用刀从后面将其砍倒，事先埋伏的人拥出一顿乱棍，珠尔默特那木札勒当场毙命。[113]
珠尔默特那木札勒的党羽罗布藏扎什于室门外听见格斗声，知祸发，跳窗逃出，通知其女婿第巴拉布坦等聚集人马，手持刀枪，包围了驻藏大臣驻地冲赛康。傅清和拉布敦与数倍于己的叛乱分子展开了激烈的搏斗，坚守良久。围攻者堆积柴薪放火焚烧。傅清手刃四五名攀援登楼者，身被三伤，最后力竭自刎以殉。拉布敦挥泪久战之，挟刀跳楼杀数敌，多处负伤，杀得肠子从伤口流出满地，最终战死。[114]叛乱者虽杀死驻藏大臣及随从100多人，但珠尔默特那木札勒已死，群龙无首，只抢了驻藏大臣衙门的库银8500余两后就作鸟兽散。原在珠尔默特那木札勒控制下的七世达赖喇嘛这时候恢复了权力，将珠尔默特那木札勒的党羽罗布札什等捉拿归案，被劫银两也追回大半，随即平定了拉萨局面。
珠尔默特那木札勒事件传到清廷，乾隆急令四川总督策楞、提督岳钟琪率川兵5000名入藏平叛。得知事态迅速平息后，谕令提督岳钟琪等5000兵不必入藏，但仍派处理西藏事务的四川总督策楞带领精兵800名入藏，处理善后事宜。策楞代表清中央政府处置了叛乱首要分子，嘉奖了七世达赖和有功人员，肯定驻藏大臣傅清和拉布敦的决策。为纪念两位大臣，清中央政府在傅清、拉布敦殉难的地点——被烧毁的驻藏大臣衙署地址上，建立了“双忠祠”。[115]由于珠尔默特那木札勒生前“肆虐逞威”，使“番众人人怨恨”，因此，傅清和拉布敦为民除害而殉职的事迹，深受藏族人民的尊敬。据福康安后来说，事过四十余年后，他仍看到“双忠祠”前，藏民“岁时奔走，香火不绝”的情景。[116]
四川总督策楞、钦差大臣兆惠、驻藏大臣纳穆札尔等会同七世达赖喇嘛等人遵照乾隆帝的旨意，提出了《西藏善后章程》十三条。乾隆帝从这次事件中深刻认识到西藏政事不可令一人专擅。以达赖为首的西藏宗教势力因其共同利益而在平叛事件中和清朝政府立场一致，达赖喇嘛真心倚重和拥护清政府，他们之间的关系也更加密切。乾隆帝决定以此平叛为契机，改革西藏地方行政体制，废除郡王独理专擅西藏政务的制度，任命达赖喇嘛领导噶厦[117]管理西藏的政务。设立噶伦四人，一僧三俗，均为三品官，这是僧人出任噶伦的开始。自此，正式确立了由格鲁派统治西藏的政教合一制度。达赖喇嘛过去在藏仅具有最高宗教地位，只是“领导天下释教”，并无最高政治地位，这次，他成了既有最高宗教地位，又有最高政治地位的西藏地方统治者。
鉴于傅清、拉布敦被杀，身边竟无兵可资抵御，以及准部窜藏滋事，图谋藏地，清政府将驻藏兵额恢复到雍正初年的1500名，于后藏设代本三人，前藏增设代本一人。同时还把原属珠尔默特那木札勒管辖的藏北三十九族和达木蒙古划归驻藏大臣直接管理。[118]《西藏善后章程》十三条是确立西藏地方政治体制的第一份正式文件，它体现了清朝中央顾及西藏地方特点的管辖原则。它的制定和实行，为西藏带来了数十年的社会安定。
第四次派兵
六世班禅朝觐与廓尔喀入侵
乾隆四十五年（公元1780年），正值乾隆帝七十大寿。当时清朝的统治正值全盛时期，国家空前的统一，为患新疆、蒙古、青海地区多年的准噶尔势力已经基本被消灭。在这样一种背景下，六世班禅班丹益西早在两年前就表示要亲赴热河为皇帝祝寿，这令乾隆皇帝非常高兴。乾隆皇帝对其接待规格空前之高，钦命在避暑山庄附近仿造班禅所居的日喀则札什伦布寺，建造“须弥福寿之庙”，作为六世班禅的行宫。自六世班禅由后藏日喀则动身开始，便圣旨频传，令驻藏大臣留保随行护送。陕甘总督依圣旨，在六世班禅所经地区充分准备马匹、骡子、羊只及白面、茶叶、酥油等，所经寺院打扫干净，所经河流准备船只，巨细不遗。六世班禅一行一路受到各地官民的欢迎，乾隆特派皇六子提前出京至蒙古代噶地方迎接班禅。乾隆本人也做了功课，学习日常藏语，用于见面时的问候和一般交谈。1780年阴历七月二十日，六世班禅于承德热河避暑山庄万树园觐见乾隆。祝寿期间，班禅率领众呼图克图等为乾隆诵经祝福。
阴历九月二日，六世班禅在皇帝回塞之后来到北京，居住当年五世达赖喇嘛来京所居的黄寺，受到北京僧众百姓的盛大欢迎，从热河到北京，满朝重臣和蒙古王公无不前来朝拜。班禅在京得到乾隆叠加赏赐和满汉大臣及内外蒙古大公的馈赠，据载约数十万金，还有宝冠、璎珞、念珠、晶玉之钵、镂金袈裟等珍品宝物“不可胜计”。[119]1780年阴历十月二十九日，六世班禅准备返藏时，突然染上西藏人最惧怕的天花，高烧不退。乾隆即遣御医诊视，其花豆已见苗，乾隆又亲临探视。忽于阴历十一月二日圆寂。乾隆帝不胜悼惜，专门派理藩院尚书博清额、乾清门侍卫伊噜勒图等率兵，与六世班禅的随从僧侣，护送其骸骨返回札什伦布寺，所有珍贵礼品一并带回。喜庆变悲悼，乾隆大恸，御笔所书《写寿班禅圣僧并赞》，刻成碑文，矗立在北京黄寺。
当皇室的重赏和王公馈赠的珍宝数十万金运抵后藏，时任札什伦布寺总管是班禅的兄长仲巴呼图克图。他得了这种意外财帛，一古脑收入私囊，不但没有布施寺院，分给将士，连自己的阿弟也分文不给。仲巴呼图克图属藏传佛教格鲁派，为班禅治理札什伦布寺事务。六世班禅其弟是噶玛噶举派红帽系第十辈活佛沙玛尔巴（法名却朱嘉措），教派既不相同，又涉及钱财之争，失势的一方极为愤懑，便以朝圣为名出走廓尔喀。沙玛尔巴与廓尔喀国王、贵族素有交往，得其尊信，极言后藏富庶，拥有大批从北京带来的财富，廓尔喀贵族对此垂涎三尺。沙玛尔巴又对西藏虚实了若指掌，称后藏兵政腐败，不堪一击，教唆廓尔喀人去抢夺那些财富。[120]他的挑唆，撩拨了廓尔喀人的抢掠欲望，从而埋下战争的种子。
廓尔喀即今尼泊尔，与后藏地域毗连，是佛教创始人释迦牟尼的诞生地，很早以前即和中国进行经济、文化交流。东晋义熙二年（公元406年），中国名僧法显西行求经，曾到过尼泊尔，所著《佛国说》中对当时的尼泊尔有所记载。法显回国后，又和从尼泊尔来的僧人佛驮陀罗一起在建康（南京）道场翻译梵文经典。元代，元世祖忽必烈请尼泊尔建筑家在北京建造的白塔，至今耸立在阜成门内。[121]最早统治尼泊尔的是尼瓦族，即中国官方所记载的巴勒布人，于十三世纪建立玛拉王朝。十八世纪前，廓尔喀只是尼泊尔二十四部中的一个部落。乾隆三十四年（公元1769年），廓尔喀部堀起，普里特维·纳拉扬登上廓尔喀王位，乘尼泊尔内讧先后征服了巴勒布各部，大力扩展尼疆界，廓尔喀族成为尼泊尔统治民族，结束原有的玛拉王朝，建立了新的廓尔喀王朝。清乾隆五十四年（公元1789年）前，清代官书将尼泊尔书作巴勒布，或作科尔喀，乾隆五十七年以后，始一律书作廓尔喀。[122]
廓尔喀地小人众，军兵勇敢善斗，十八世纪以来其势正盛。纳拉扬死后其子普拉塔普·辛哈继续扩张西部领土。辛哈去世，幼子继位，其叔巴都尔萨野摄政，统一了整个西尼泊尔，迁都阳布（今加德满都）。因英国侵略势力已进入印度、不丹、锡金，廓尔喀在南亚次大陆已无角逐的余地，于是西藏便成为廓尔喀凯觎的目标。西藏与廓尔喀因地缘关系，自古以来交往频繁，有相当多的群众信仰藏传佛教。廓尔喀需要西藏食盐，西藏需要廓尔喀的大米、谷物等，两地之间在经济上有密切交往。乾隆五十三年（公元1788年）阴历六月，廓尔喀借口后藏边境聂拉木地方税官增加了对廓尔喀商人的课税数目，派头目苏尔巴尔达布率兵7000人在沙玛尔巴的仆人噶玛却金引导下出兵西藏，以迅雷不及掩耳之势先后占领了济咙（今吉隆东南）、聂拉木、协噶尔（今定日）等三个宗，阴历七月进而围攻协噶尔、宗喀（今吉隆）。[123]济咙宗本热布隆巴被廓尔喀人抓去。
廓尔喀入侵的另一个理由，声称是因为货币纠纷。当时西藏地处深山高原，交通不便，清朝通用货币不能在此流通。大概因为巴勒布铸币技术较精之故，十六世纪以来，西藏即将纯银运入巴勒布，委托代铸面上有巴勒布王及徽记的货币，运回供内外贸易用。阳布河谷三部玛拉诸王用其他金属掺入铸造，藉此牟取厚利，年久币质薄劣。廓尔喀王巴勒提那兰统一三部后，拟另铸纯币，要求西藏以一新币抵二旧币使用，与拉萨交涉。[124]西藏的答复是，先将藏内通行的货币全数收回后，才能使用新钱，且新钱与旧钱相同。这当然不为廓尔喀所接受，当银钱升值谈判失败后，战争便是廓尔喀采用的途径了。[125]
清军进藏
廓尔喀入侵西藏，使清廷感到意外和震惊。当时，西藏的防务极为薄弱。前藏驻有绿营兵360名，藏兵800名；后藏驻有绿营兵150名，藏兵400名；分散驻防的有藏兵200名，达木兵（蒙古兵）200名。驻藏大臣庆麟与达赖喇嘛、噶伦等商议，急速抽调了1200名士兵赶到聂拉木、济咙一线堵截，终因装备和人数悬寡未能阻止。廓尔喀军所到之处，西藏守军纷纷溃败，唯有协噶尔进行了顽强的抵抗。藏政府派出噶伦玉陀巴·扎什端珠布及前后藏代本三员带兵来援，从阴历七月中旬到阴历八月下旬，激战两次，彼此伤损不多。[126]两位驻藏大臣遂火速上奏朝廷，请求支援。
西藏是乾隆朝积极经略的领域，如何能因“蕞尔小邦”廓尔喀的入侵而弃置。乾隆帝在接到庆麟的告急后，决计出兵驱除入侵的廓尔喀军，命驻藏大臣庆麟主持前藏地区的防御；命四川总督李世杰、四川提督成德，调兵3000人，由成德统领，驰赴后藏，并命尚在热河的成都将军鄂辉、总兵张芝元速返四川，火速入藏与成德共同指挥作战。[127]这是清朝对西藏的第四次用兵。为了保证作战军队粮草，乾隆帝特地写了诏谕，译成藏文，寄交驻藏大臣庆麟，遍行晓谕，号召藏民积极参加抗击廓尔喀入侵的斗争，出卖粮食给清军，禁止囤积居奇。同时，乾隆还命令以清政府的名义，向廓尔喀提出严重抗议，责令廓尔喀迅速退兵。所拟檄文，经译成廓尔喀文后，发往西藏，并选派能员速交廓尔喀头目。
因藏兵为数甚少，又不甚得力，四川总督李世杰接到朝廷谕旨后，于1788年阴历七月十九日从成都抽调满兵500名，交佛智统领；又抽调绿营兵1300名，屯练兵1200名，俱交提督成德、总兵穆克登阿率领，并命副将那苏图、署军标副将札尔杭阿、候补副将哈丰阿、游击张维等自阴历七月二十二日起，由打箭炉出发，取道巴塘、里塘、察木多驰赴后藏。[128]由于进藏清军急需军粮，清廷一方面暂拨达赖、班禅库存，于藏内买粮，一方面由四川总督李世杰驻节打箭炉，督催运解粮饷。
乾隆五十三年（1788年）阴历七月二十二日，四川提督成德带领第一批川兵1000人从成都出发，兼程趱行，阴历九月二十二日抵拉萨。阴历十月八日，成德带官兵约900名偕首席噶伦丹津班珠尔抵达日喀则札什伦布寺。是时，藏中正在私自议和，且天气已寒冷，成德在日喀则驻留了近一个月，成德亟欲进攻，其麾下将官中有人认为敌情未晓，后援迟来，当地粮秣供应困难，战事必将持久，拟阻止成德进军，叫丹津班珠尔出面谏劝并设法息战调停。丹津班珠尔未从，旋奉命去前线第哩浪古（今定日浪果）协助噶伦扎什端珠布防。[129]
由于战地遥远，情报迟延与不准确造成的困难往往影响军事部署。战事初起，驻藏大臣风风火火向皇帝奏报的军情十分严重。隔了半个月，前线又传来战报，说巴勒布军队在协噶尔遭到打击，藏兵900名竟打退了巴勒布军队数千人。其实这类战报大多是前线将领夸大其词，虚报战功，廓尔喀军并未遭到有力的抵抗，他们之所以在协噶尔停留不进，是因为西藏地方当局正在派人谈判议和。乾隆帝被这类虚假消息骗过，产生了错觉，以为用当地藏兵即足以抵御外侮。他一度命令四川停止派兵，甚至考虑把已经出发的成德所率一千先锋部队中途撤回，造成军事部署的混乱。不久这种想法被事实所粉碎，紧接而来的情报是巴勒布兵已增至一万多人，围攻协噶尔。当时防守协噶尔等处的藏兵共有2000余名，有战斗能力的不及半数，其余都是老幼残弱，未经训练，不知纪律。藏兵作战时，乘骑马匹，背负弓箭枪刀。但因山脊草枯，缺乏饲料，马匹疲瘦倒毙。从协噶尔至第哩浪古都是荒山野径，绝少人烟，自第哩浪古至聂拉木、宗喀、济咙等处，多系山道沟桥，层岩乱石，这就是廓尔喀兵俱系步行、并无马匹的主要原因。廓尔喀武装入侵后藏，目的在于抢掠，当乾隆派遣援军抵藏时，入侵者已向边境地区退兵。
阴历十一月五日，成都将军鄂辉驰抵拉萨。约在此时，拉萨接到守萨喀的后藏代本巴载来信意在与廓尔喀讲和，班第达即转禀达赖喇嘛。阴历十一月六日，成德行抵第哩浪古时，因大雪封山而停止前进。阴历十一月二十一日，鄂辉从军中挑出健壮而善于登陟士兵200名，同四川松潘镇总兵张芝元、副将哈丰哈所带金川藏区屯练300名作为尖兵先行，大部队随后紧跟。阴历十二月九日，鄂辉抵达第哩浪古，与成德会合。此时，麾下有满汉兵和四川杂谷、金川藏区屯练等官兵1300余名，加上后续第三批由总兵穆克登阿所带的兵士400名，则后藏有清军1700名，另有当地精壮可用的藏兵1000名，所需要的给养物资，数额巨大，须藏中及时接济。北京久不得成德的报告，乾隆帝焦急万分，于阴历十二月十七日、二十三日发两诏给前方，谓设若运粮不继，藏地不敷采买，或暂为撤兵，或另筹良策。[130]
成德停留第哩浪古期间，屡次遣人探寻路径，觅得一小道，可绕山而进。成德即亲率官兵由第哩浪古迤北倚山傍涧从积雪稍薄地方蜿蜒前进，至阴历十二月二十六日始抵工达拉山麓。[131]
鄂辉刚离拉萨，钦差大臣、御前侍卫理藩院侍郎巴忠于阴历十一月二十八日到达。巴忠曾任驻藏大臣衙门笔帖式，熟悉藏情，精通藏语。乾隆帝深感西藏事态严重，文书迟滞，消息阻隔，特命他在督率军队外，还要查明启衅原因并了解多年来驻藏大臣与藏政府行政作为，迅速上报。巴忠即与达赖、班禅、噶伦等见面，遵从帝旨调查启衅原因。交谈中，达赖喇嘛认为应行进剿为宜。巴忠回答，待面见鄂辉、成德再相机酌办。巴忠在拉萨仅8天，武断地把召衅的罪名加在已故的首席噶伦索诺木旺扎尔身上。巴忠即去后藏，复查出聂木拉第巴桑干对当地巴勒布贸易人等私增加倍课税，说他以此激成事端且临战不能守，遂依西藏律例，给予桑干刺字发配桑昂曲宗烟瘴地方的处分。
乾隆五十四年（公元1789年）阴历一月十三日，鄂辉、成德率领官兵绕道履险，齐抵宗喀，未见敌踪。廓尔喀兵在宗喀抢占月余之后，怕遇大雪，困在藏境，先已撤回。宗喀在两山夹峙之中，地势低洼，仅有喇嘛寺1座，官寨1所，碉寨10间，其余藏人都在山坡搭架黑帐房游牧散居。自廓尔喀入寇后，藏人迁往拉子、札什伦布等处躲避，因此，当官兵收复宗喀时，已成一片荒山。鄂辉派人于险要处修砌堡寨，并派藏兵驻守。[132]因春雨绵绵，难以进取，官兵只好在宗喀暂住。阴历二月以后，天气渐晴，鄂辉统兵向济咙、聂木拉推进。乾隆五十四年（公元1789年）阴历二月二十八日，巴忠抵达济咙军营，与鄂辉、成德会商一切善后事宜。阴历三月，鄂辉等率清军“收复”失地，官兵收复济咙后乘势直趋聂拉木，廓尔喀兵亦已撤走。因廓尔喀兵已先自行退回，故未遇任何抵抗，遂将失地逐一收回。
议和活动
在廓尔喀入侵之初，六世班禅大哥仲巴呼图克图与红教喇嘛萨迦呼图克图即派人到前线与廓尔喀谈判。[133]首先入藏的提督成德闻知八世达赖喇嘛家族也已暗派代表前往廓尔喀营地与廓尔喀讲和，他开始时不以议和为然。成德赶到拉萨和达赖喇嘛商议后，便将派出代表追回。
鄂辉、巴忠到西藏后，廓尔喀人通过六世班禅弟弟红帽喇嘛沙玛尔巴活佛请求讲和。严酷的环境对前线将领的思想情绪产生了重大影响。鄂辉、巴忠见征剿廓尔喀很不容易，从四川到达西藏喜马拉雅山区，紧急行军已有3个月，官兵们精疲力竭。摆在眼前的是一片冰雪世界，没有可栖身的房屋，缺少御寒的衣装，吃的是不惯食用的糌粑（青稞麦炒熟后磨成的面，藏族的主食），满、汉士兵水土不服，不习惯高原作战。且山路峻险，行进艰难，用兵数千里之遥，粮草弹药枪炮兵械的运输十分困难。现在廓尔喀兵已经回国，连敌人的踪影也找不到，清军却困在冰天雪地的喜马拉雅山上，担心交通断绝，粮饷不继，官兵上下都盼望赶快撤兵。故迁就和局，将就了事。成德在将领中是坚决主战者，后来在第二次廓藏战争期间即在岁末严寒中行军，围歼聂拉木的廓军。但此次驻留协噶尔一带长达9个月，从未与廓军交战，主要考虑前锋深入敌境，后方设站补续兵力粮草困难很大，一有挫折则损国威，所以也附和巴忠。[134]
巴忠、鄂辉、成德等人商议后，装聋作哑默认了西藏当局暗中达成的交易，不向皇帝奏报。当仲巴私派的议和代表从廓尔喀返回，鄂辉、成德在边境军营接见他们。接着，鄂辉、成德派总兵张芝元、穆克登阿，噶厦派噶伦丹津班珠尔及班禅之父巴勒丹登珠布，一同与廓尔喀使者谈判。在清朝官吏眼中，他们不是和小邦平等议和，而是派人“传唤”。鄂辉、成德奏报：“该头目等一闻传唤，自必匍匐来营，输诚归服。”[135]
1789年阴历六月，西藏与廓尔喀双方达成议和协议：西藏答允给廓尔喀付赎金300秤银子（合纹银9600两），分3年付清，作为廓尔喀退回所占聂拉木、济咙、宗喀等西藏领地“地租”赔偿，[136]并写了一张字据。廓尔喀方面答允退还所占领的四个宗，同时派人赴京进贡，表示归顺。巴忠等人未交一兵，用“地租”买回了被占领土，却隐瞒实情，向乾隆皇帝谎报，将这一非常屈辱的让步说成是巨大的成功，称廓尔喀已归顺退兵，乾隆信以为真。
皇帝早就风闻西藏地方当局有议和的倾向，他坚决反对西藏的任何人未经授权与外国人交涉。他担心西藏地方官员、喇嘛畏怯妥协心理，却没有想到自己派出的大臣、将领们也是同样心理，成为这次糊涂谈判、草草议和的幕后支持者、促成者。乾隆本来的方针是要对入侵者痛加打击，但是前线的情况出于皇帝的意料之外，喜马拉雅山高险峭，大雪封冻，部队无法行动，清军停留在边境上劳师糜饷，株守无功，敌军已退往山南，打仗已不可能，亦无必要，反复思之，批准了巴忠等人的奏请。[137]
皇帝既已批准撤兵，于是阴历六月以后，形势转为在藏大臣、将军们办理撤兵、议定善后章程，同时积极敦促廓尔喀进表入贡。清军调整西藏的防务，加强札什伦布等地防兵，于宗喀宗、聂拉木、吉隆宗等要地修砌卡碉。阴历六月上旬，鄂辉、成德委派守备严廷良随阴历六月六日廓方来人去巴勒布首都阳布，在距都城三四十里处，受到廓尔喀王子、王叔的欢迎，入都城又见到红帽喇嘛沙玛尔巴活佛，款待甚周。阴历六月十三日，王子、王叔派两名大头人及次要头目随从共22人，携带前年禀请驻藏大臣转呈皇上的原奏稿、礼品11种，随严廷良启程，阴历七月十五日到札什伦布寺，鄂辉、成德传见，阴历七月二十九日抵拉萨。阴历八月九日，成德带领廓尔喀使团自拉萨启程晋京，鄂辉随后于阴历八月十三日离藏。阴历九月，廓方参与缔结密约的噶登玛萨海、达萨尔·哈哩乌巴第哇为首包括红帽喇嘛等10余人，谒求达赖喇嘛审阅廓藏所缔和约，达赖喇嘛分别给予嘉奖。廓藏第一次战争遂以喜剧场面结束，而达赖喇嘛并未向中央奏明缔约一事。[138]
1790年正月，乾隆帝赐廓尔喀使臣宴，封廓尔喀王子拉特纳巴都尔为廓尔喀国王，封其叔巴都尔萨野为公爵，[139]升鄂辉为四川总督，成德为成都将军，巴忠也予以晋升一级。清军此次出兵虽未交战，已耗费军饷百余万两白银。
第五次派兵
廓尔喀再次入侵
关于赎金的承诺本为权宜之计，交了首付款廓尔喀兵退走以后，西藏方面在支付“赎地”银问题上又发生分歧，于是对廓尔喀采取拖延抵赖的手段。廓尔喀几次派人入藏讨取“赎地”银，均被八世达赖喇嘛强白嘉措和噶厦拒付。噶厦遣使与廓尔喀谈判，噶伦丹增班珠尔硬着头皮要求“撤回合同”，遭到廓尔喀拒绝。1791年阴历七月七日，廓尔喀以西藏方面爽约为由第二次入侵西藏。廓军1000余人进攻聂拉木，藏军败退，前去边界议和的西藏噶伦丹津班珠尔等被廓军诱胁扣留。随后18000名廓尔喀军队士兵占领了聂拉木，兵分三路，迅速向前推进，一由聂拉木至第哩浪古，一由济咙进攻宗喀。在短短的十几天内占领了协噶尔、第哩浪古、济咙等宗，挫败前来迎敌的达木蒙古兵。另一路由廓军将领玛木萨野从聂拉木绕道向萨迦挺进，阴历八月十六日汉、藏、达木蒙古兵防御萨迦，力战失利，萨迦陷落，战火逼近札什伦布寺。[140]
班禅所居后藏札什伦布寺西南，左有曲多江巩，右有彭措岭，沿途高山绝壁，向称天险。“是时藏汉官兵，若分两路，一路扼曲多江巩遏其前，一路绕赴彭错岭截其后，则廓尔喀深入无援，可不战溃也。”[141]就札什伦布寺而言，也负山面江，有险可守，大喇嘛仲巴呼图克图所辖僧人数千，亦可固守待援。然而，驰抵日喀则的驻藏大臣保泰惊慌失措，得悉廓军前锋离札什伦布只有4天路程，命仲巴呼图克图留守，他自己护送只有9岁的七世班禅丹巴尼玛，并携带皇帝所赐前辈的玉印金印及珠宝细软物件撤离，经羊八井一路移到拉萨。[142]
主持留守的仲巴呼图克图放弃职守，也携细软及班禅喇嘛所余贵重物件，装载233捆，先期逃出。上层喇嘛以济仲喇嘛领头在吉祥天母班典拉姆像前占卦，写“战”、“不战”纸条两张，团入糌粑内，放入瓷盘，拈出的是“不战”，众心遂溃。于是寺内3000喇嘛全无斗志，尽撤堵御，纷纷逃散，寺中只剩下9人。[143]阴历八月二十一日，廓尔喀将军玛木萨野率军顺利进入札什伦布寺。廓尔喀人洗劫了札什伦布寺，将寺内塔上镶嵌的绿松石、珊瑚、金塔顶、金册印等抢走，金银佛像抢去大半，并将金银财宝、粮食等悉数载走。只有驻守日喀则的都司徐南鹏率领的120名精兵，坚守日喀则宗堡，与廓尔喀人交战，保住了城堡。
1791年阴历八月二十二日这天，乾隆皇帝正在从热河避暑山庄赴围场的途中，接到保泰关于廓尔喀入侵的紧急报告，即将这折子令时在避暑山庄护驾的理藩院左侍郎巴忠阅看。次日，巴忠告之军机大臣此事是他们以往办理不善的结果，祈将他革职或降职，赶去藏地效力赎罪，未得乾隆帝答复。当晚，巴忠突然畏罪投河自尽。[144]乾隆帝得知从前有贿和情况及赔偿等事后，大为震怒，鄂辉、成德将罪责推给巴忠一人。
阴历八月二十五日，保泰护送班禅行抵拉萨。廓尔喀扬言要分兵三路直趋拉萨，驻藏大臣保泰与雅满泰“心慌胆落”，屡次飞催内地速派官兵入藏。
保泰与雅满泰两位驻藏大臣准备将整个西藏弃之不顾，谒见达赖，请达赖、班禅移至四川泰宁或青海西宁。[145]达赖喇嘛认为布达拉宫位于山顶，地势险峻，四面都设有垛口，可以固守，若移泰宁居住，前藏地区的僧俗民众必致惊散，故拒绝迁移。达赖喇嘛的言行，不仅稳定了西藏尤其是拉萨地区的民心，而且鼓舞了士气。[146]两位驻藏大臣因前藏兵力极薄，来援川军路远，形势危殆，断言达赖、班禅决不可仍居此处，再次奏请达赖、班禅移至泰宁或西宁。乾隆帝闻之，两次下谕严厉斥责，以保泰与雅满泰其所为无异“开门揖盗”，将其革职留任效力赎罪，而对达赖喇嘛的坚定不移，殊加赞赏，并将达赖喇嘛的从弟罗布藏根敦札克巴，解除羁留管束，放归西藏。
四川援军进藏
乾隆经过反复考虑，为求一劳永逸解决边患，遂决心对廓尔喀大张挞伐。乾隆在谕旨中指出入藏征讨廊尔喀势在必行的原因：“此事初起之时……并非必欲大办”，但廓尔喀“竟敢扰至札什伦布，肆行抢掠，若不痛加歼戮，使其无所忌惮，势必为得尺之计，渐至侵及前藏，即察木多、巴塘、里塘一带，亦必受其煽惑，日久渐成边患。且此时仅以和息了事，将来大兵撤后，倘贼匪复来滋事，后藏距川省辽远，鞭长莫及，断无屡劳兵力远涉剿办之理。”[147]此时，鄂辉正任四川总督，乾隆以鄂辉距西藏较近，命令鄂辉、成德带兵先行入藏，给他们立功的机会，以补前次进藏行军不利、贻误战机之过。同时，命代办大学士吏部尚书、年逾70的孙士毅接任四川总督。孙士毅熟悉军事，后来负责川藏一路后勤供应立了大功。
成德和总兵穆克登阿于乾隆五十六年（公元1791年）阴历八月带兵启程，阴历八月三十日行抵打箭炉。阴历九月六日，鄂辉不等孙士毅来接任，即与总兵张芝元率军也离开成都，前去打箭炉。阴历九月十六日，乾隆命乾清门侍卫额尔登保等5人由川赴藏，在鄂辉、成德麾下领队。鄂辉、成德所带兵士共约3000人，大多是藏族屯练，分批西进。因自打箭炉至后藏，路途遥远，又时值秋天，高原上雪花飘飘，有些路段乌拉（大多用牛支）供应不足，效率过低，官兵前进迟缓。
在统帅人选上，乾隆鉴于以往用兵的教训，几经斟酌，以鄂辉资望与能力，难胜来春统兵重任，最后确定由时任两广总督的福康安担任。乾隆五十六年（公元1791年）阴历十一月二日，乾隆正式任命福康安为将军，督办西藏军事，任命在平定台湾战役中任福康安副手的海兰察、台斐英阿等5人为参赞大臣，[148]带领军机处章京4员、巴图鲁侍卫章京百员，随福康安之后起身。他们与此前从满州调集的骁勇善战的索伦达斡尔兵2000名，分批取道青海入藏。
乾隆帝求战心切，再三催促，而四川方面行军依然迟滞，震怒之下，于阴历十一月十日将鄂辉、成德降职。鄂辉革去四川总督，领副都统衔，驻藏办事；成德也革去成都将军，领副都统衔，在领队大臣上行走，听候福康安差遣。[149]以贵戚福建水师提督奎林（福康安堂兄弟）为成都将军（奎林在赴藏途中病死于江卡），山东巡抚惠龄补四川总督，俱驰驿赴藏，先在参赞大臣上行走，协助福康安用兵。鄂辉奏报朝廷，请求调动四川及西南两路地方武装前往西藏增援。清政府先是从金川调集土屯兵5000人，后又调川兵3000人，前后共用兵17000人，并藏内官兵3000人。[150]
从四川入藏的清军因鄂辉、成德受到降职处分，不敢再有怠慢，加快了行军的速度。成德于阴历十月二十六日到拉萨，鄂辉于阴历十一月十四日到拉萨，途中用了2个月。鄂辉到前藏3天之后，成德即带兵去后藏，而鄂辉留拉萨办理驻藏大臣事务。鄂辉于阴历十一月二十八日遵旨处决了在廓尔喀人快到札什伦布寺时以占卜惑众放弃抵抗的札寺大喇嘛仲巴呼图克图。阴历十二月七日，新任驻藏大臣舒濂再度莅藏。九日，会同鄂辉审讯被廓尔喀掳走了3个月得释回来的第穆活佛的近侍扎萨克喇嘛噶勒桑丹结，将其供词及尚被廓尔喀羁押的噶伦丹津班珠尔托他带给达赖喇嘛、众噶伦的信件，一齐上报。乾隆阅毕，极为愤怒。此后，鄂辉同总兵张芝元带领屯练兵500名接续成德去后藏。舒濂在藏不满10天，阴历十二月十六日即病故，乾隆帝同意鄂辉提议，由乾清门侍卫额尔登保代办前藏一切事务。[151]
成德于阴历十一月二十五日至江孜，得知定结经几度易手，廓军终于月初撤出，但济咙、聂拉木、绒辖（协噶尔境内）尚未收复。阴历十二月一日，成德抵达后藏日喀则，查看札什伦布寺劫后情况，见宝物颇有损失，而僧俗等渐次复业。成德与穆克登阿率领满、汉屯士兵1000余名，从协噶尔进抵第哩浪古勘探地形及敌军分布，择定南下向聂拉木推进。
阴历十二月二十八日，在距聂拉木30里地的帕甲岭，成德率领的清军与廓尔喀军交了火。成德从西北、穆克登阿由西南进攻，乘夜急进，天明齐抵寨脚，廓军猝不及防。游击张占魁领兵奋勇杀入，并用火弹抛入山寨，烧死廓军甚多。经一夜激战，清军攻克帕甲岭，杀死廓军200人，生擒7人。这是几年来清军第一次同廓尔喀军交锋。帕甲岭之战的胜利，使成德的革职处分因而得到宽免。[152]
次年（公元1792年）正月初一，清军开始进攻聂拉木，初二攻下聂拉木的东边寨房。初九，鄂辉、张芝元率后军赶到，参加攻坚廓军固守的西边寨房。清军抛掷火弹烧毁了廓军所有粮食，断绝其水源，但围困20余日仍未果，乃派兵从东、西南两面挖地道。东面为大石所阻，清军仅从西南将廓寨墙角挖进10余米深，随即密运火药40包至地道安放，至午时火燃药发，西面墙垣、寨屋立刻荡然无存，廓军尸骨俱飞，半成灰烬，仅存西北房屋数层。清军乘势上房，抛入火弹，廓军四散逃窜，清军奋力追杀，全歼聂木拉守军，俘获大头人咱玛达尔阿尔曾萨野，收复聂拉木。[153]围攻中，四川藏族屯练及土司兵尤其奋勇出力。时守此寨的廓军仅百余名，成德等率军围攻，竟费时1个月攻下，可见廓尔喀人抵抗顽强。鄂辉、成德虽然得胜却没有受到嘉奖，反而因行动迟缓且事后请求重赏，被皇帝谴责为无能畏怯、恬不知耻。[154]廓尔喀国王拉特纳巴都尔见势不妙，便写信给鄂辉、成德，说廓尔喀出兵是因为西藏不履行条约，廓尔喀无意与清朝作对，请求讲和。乾隆对此持强硬态度。
统帅福康安驰抵拉萨
福康安在京接到乾隆圣旨，命他昼夜行军40天内到达西藏。[155]自青海西宁进藏比由四川打箭炉进藏，路程近了20多天，可以迅速抵达西藏，早些知道前方情况，但气候条件极为恶劣。福康安接旨立即带领官弃跟役约30人经山西、青海入藏。
公元1791年阴历十一月二十六日福康安行抵西宁，阴历十二月一日于西宁启程，轻装取道前进。在青海方面，陕甘总督勒保等受命在福康安未到之先，将应用的马匹、驼只、锣锅、帐房、口粮、柴薪等项，设法筹办妥当，并安设台站，雇佣当地熟悉地形者作为向导备用。乾隆又命令青海方面将扎萨克马匹按每名士兵给马匹三匹之数备齐分发骑用。康熙年间清军进藏，多是在夏季八月启程，天气暖和。此次进藏时值隆冬，自当噶尔、东廓尔一带经过阿什罕、喀尔噶图、贺尔差、吉口各台，地势渐高，沿途许多地段，路径崎岖，雪山层叠，冰雪很厚，马草都被大雪覆盖，牧草缺乏，中途马匹倒毙很多。在黄河发源之地，数百里内溪涧交错，泉水甚多，远近高下竟无路径，且乱石纵横，马足倾滑，行走艰难。阴历十二月二十八日过巴颜喀拉，山势甚高，福康安虽年富力强，但仍人行寸步即喘，头晕目眩，肌肤浮肿。[156]尽管客观条件如此，福康安仍下令部队每天凌晨3点出发，晚上7点安营，快速前进。乾隆五十七年（公元1792年）阴历一月二十日，福康安驰抵拉萨。
从西宁到拉萨共计4600里，实不下5000里，西藏喇嘛平日行走，至少需120天至130天，但福康安此次行走，除前后耽延11天外，强行军39天抵达拉萨。乾隆闻讯御制诗章以表扬这次行军：
……
然以隆冬行，草枯雪过膝。
未免跋涉艰，兼之山气逼。
先是有烦言，胥恐行难必。
予以亦为之虑，率弗安晨夕。
将军持意坚，辛苦所弗恤。[157]
其后，沿着这条路，海兰察等带领巴图鲁侍卫分3队自西宁于1791年阴历十二月二十六日前后出发，海兰察中途减从，只带50人于次年阴历二月十日到拉萨。乌什哈达带1000名索伦官兵于1792年阴历一月二十七日到阴历二月十日从西宁分5批出发，中途由岱森保先领300名急行，到藏约三月下旬，大概路上用了2个月，其余陆续到达约在闰四月中旬，因遇上大风雪，路上耗时则近3个月。
福康安进入藏境后，接见达赖喇嘛遣来迎接的高级官员，逐一询问廓尔喀两次滋事的缘由，并札询鄂辉、成德，令将先后情节据实答复，至藏后复遍加访察，问及曾参与和谈的人员，将所得材料上报。
保证粮草弹药的运输，事关重大。乾隆帝下谕：“粮运为军营首务，台站乌拉最关系要”。福康安也牢牢抓住这决定胜败的关键环节。福康安在拉萨停留了27天。阴历一月二十三日福康安于布达拉宫会见达赖喇嘛、班禅·额尔德尼等，恪依诏书传达，凭借他的地位威望及大军将到的声势，达赖喇嘛等感佩皇帝的训诫，表示服从。八世达赖喇嘛及摄政、众噶伦等一同表示：“抵藏官兵所需马匹、驮畜、口粮、运送等，诚愿竭力筹措……至大军进兵廓尔喀，一应引路等，均有随军代本、定本效力，不另行指派，恳请允准。其口粮除由达赖喇嘛内库、札什伦布、萨迦寺及贵族、僧俗官员倾囊以供外，属民则只留年内口粮、种子，余下尽数征收，共备齐粮9万石，正予炒磨。”[158]八世达赖喇嘛等不仅这样说，而且也是这样做的。达赖喇嘛从自己的库存中取出大量的财物支持进藏剿廓的清军，仅一次就花去银子8000余两。[159]
福康安于阴历二月底到达后藏，因大雪封山，他并不立即派兵收复失地，而是休整部队，等待各路入藏人马到齐。他最依恃的是生长于东北高寒之地、擅长骑射的索伦达斡尔军，此外当数习惯高山作战的四川藏族屯练和藏族土司兵，只是这后一部分军士因刚刚徒步走到后藏，相当疲惫。在此期间，抓紧军火储备。自廓尔喀入侵以来，藏内原先储藏的铅丸、火药即将用完，新运的军火尚未到藏，虽已屡次遣人持令严催，但因沿途乌拉（服差役的人）短少，山高路远，连日大雪阻隔道路，不能按期到藏。福康安详加访问，查得前藏南界工布地方出产硝磺，边坝、洛隆、桑阿曲、作岗四处现产铅斤，立即安排就近筹办火药、铅斤。又查明布达拉等处现存火药2438斤、铅子28000斤，达赖喇嘛情愿一并交来，听候运送军营应用，从而做好战前各种准备。[160]受命操办军需粮饷的四川总督孙士毅，在成都、雅州、邛州等处，拨碾米数万石，陆续运往打箭炉、察木多，以接济西藏兵食。青海地区的蒙古王公也积极支持大军的后勤供应。清朝对西藏的第五次用兵，后勤工作极为繁重，由国库支付军费1052万两白银，占当时全国税收总数的四分之一。[161]
乾隆五十七年（公元1792年）阴历三月十五日，乾隆任命福康安为大将军，节制各路兵马，收复失地，严惩廓尔喀。这是罕有的崇贵军衔，俾其等列威严在一般外省驻防将军之上。在此之前，乾隆帝弘历进行了两征金川、平准定回、用兵安南、缅甸及台湾等9次大战，傅恒、兆惠、阿桂、明瑞等统帅，皆只授将军或经略大臣，没有授大将军的，在这之后，也无人再获此衔。在西藏地方，清朝中央又做了一些人事调整，因为拉萨这时无大臣驻守，乾隆认为鄂辉办事软弱，成德遇事粗疏，特派细心的和琳（宠臣和绅之弟）担任驻藏大臣，接办藏务，配合大军进剿。命鄂辉俟福康安到前线后即回拉萨，往来前藏与后藏边界之间督办粮运乌拉事务，成德则随福康安驱逐济咙的廓军。后来成德仍回第哩浪古，等候福康安大军到来，未急于前进。
清军收复济咙
乾隆五十七年（公元1792年）闰四月初，清军准备就绪。阴历四月十八日，福康安与海兰察、惠龄离开日喀则，驰赴拉孜督促军粮运往宗喀。阴历二十五日自拉孜动身，阴历二十七日抵达第哩浪古，时成德带兵驻在此地。福康安命成德率一部为偏师配合，自率主力经绒辖攻擦木，尔后与成德会攻济咙。又命藏军自帕里向宗木进攻，收复失地。又传檄布鲁克巴（不丹）、哲孟雄（锡金）、甲噶尔（印度）之王，出兵助战，以牵制廓军。[162]
阴历四月二十七日，福康安指挥大军自第哩郎古秘密向前推进，开始反击廓尔喀。阴历五月六日，清军主力至擦木地方遇廓军，即乘阴雨连夜兵分5队，进攻廓尔喀建立的军事要塞擦木。
此地险峻，两山夹峙，中亘山梁，廓军在山梁最高处，暸望甚远，前后石碉堡两座，大河环绕山梁，三面临河筑石墙，高约二丈，仅北面留门，唯有一条通道。福康安督率台裴英阿、德楞泰等往来截杀、指示攻剿。以海兰察带领一队由正路直攻，哲森保、翁果尔海等带领两队从东、西两山进至廓军营寨左右山梁堵截，墨尔根保等率队绕道袭击廓军侧背，惠龄等率队在后面接应。福康安担心廓军知觉，仰攻更为费力，督令各队疾速登山，潜至寨墙外，直前攻扑。
清军踏肩登墙，先开寨门，官兵蜂拥而入，廓尔喀军据险拒守，拼死抵抗。清军枪箭齐发，密集如雨。击毙廓尔喀兵一百余名，遂克前座碉寨。其后座石碉堡更坚固，里外墙垣两层，都是用石块堆砌，上留枪眼，密排木椿鹿砦，地势更险要。廓军见前面碉堡已失，东、西山梁上4队清军已围截严密，无从逃逸，躲藏在碉堡内不出，放枪投石，拼死固守。福康安命西面官兵先发起猛攻，廓军都撤到西面抵抗，东面官兵乘虚将东面墙脚石块尽力撬开，立刻倒塌了一个缺口，清军奋勇争先，短兵相接，杀死廓军头目3名，兵丁90余名，生擒18名。福康安率军打了第一个胜仗。[163]
第二日，清军主力到玛噶尔辖尔甲，廓军官兵自济咙来迎战。该处山梁陡峻，后倚峭壁，山前都是茂密的森林，有多条小路。清军正在查探路径时，廓军300余人从树林里悄悄地前进至山麓潜伏。清军前队官兵发现，巴图鲁侍卫、章京等立即分路下压。廓军突出袭杀，拼命力扑，虽阵亡数十人，仍前仆后继。福康安见廓军来势凶猛，绕至半山埋伏，留一路诱廓军上山，他带兵由横腰冲出，枪箭齐发。海兰察身先士卒，冲入敌阵，所乘马匹中枪仍奋勇冲杀。廓军抵挡不住，仓皇溃逃。清军直追过帮杏地方，距济咙不远，所剩廓军不过20余名逃回官寨。[164]
清军乘胜前进，阴历五月九日抵达济咙，福康安等侦看济咙道路地形。济咙官寨原在山岗上用石头砌成，高大宽厚，廓军又在周围叠石为垒，高达两丈，周围碉卡林立，可互相援应，共成犄角之势，山下喇嘛寺也有廓军占据。福康安决定分路攻取，使其处处受制，彼此不能相顾，尔后合力歼灭官寨之敌。遂派巴颜泰等攻西北临河碉堡，桑吉斯塔尔等攻东北石砌碉堡，哲森保等攻东南山梁上碉堡，蒙兴保等攻山下喇嘛寺，阿满泰等攻官寨，海兰察率骑兵在两翼防止廓军逃走，惠龄部为预备队，策应各路。[165]
阴历五月十日凌晨3点，各路军同时进攻，哲森保等抢上东南山梁，廓军在碉堡内死守，清军奋勇攻围，廓军开始拼命杀出。海兰察率骑兵侧应，与御前侍卫斐英阿等带索伦兵往来冲击，杀死廓兵多名，清军将山梁迅速占领，蒙兴保等也同时攻下喇嘛寺。巴颜泰等进至临河碉堡下方，遭到廓军顽强抵御，便将攻克山梁的部队撤下赶来协攻，并用炮轰击碉座，炸塌一角，廓军纷纷跳入大河，登岸逃跑者均被索伦骑兵截杀。桑吉斯塔尔等带兵攻石砌碉堡，久攻不下，乃抛入火弹焚烧上面二层，下层廓军仍向外放枪，直至日暮终于烧塌，碉内廓军除两名冒火窜出被俘外，其余全部被烧死。进攻官寨的阿满泰等也是屡攻未能得手，便焚烧寨下房屋，清军乘势进攻，廓军退至寨内，放枪投石，顽强抵抗。福康安复令各路兵马全部撤至官寨合力进攻，并于临河碉座和石砌碉座大石上设炮，对官寨炮眼和瞭望窗口进行轰击。另令清军攀梯登墙，将官寨外石垒拆毁。午后天降大雨，清军冒雨攻围，直至天黑，雨越来越大，清军仍未休息，连夜进攻，至午夜将官寨东北角攻破，攻克济咙。[166]廓尔喀兵从西南山崖滚下山逃窜，都被清军截杀精光。这一战，击毙廓尔喀兵647名，俘虏198名。
由成德、岱森保等带清兵3000名，从聂拉木一路偏师牵缀敌人。阴历五月十二日发兵，经过措克沙阿地方，与廓军在德亲鼎山交战。岱森保派额尔古塔尔甲勒木带兵由夹河两面山梁前进，自率主力由正路前进，占住德亲鼎山，从山坡压下，攻破廓军头座石卡。廓军在第二、三座石卡内开枪抵抗，被清军枪炮击毙多人，将两座石卡攻克，进入下木萨桥。额尔古塔尔甲勒木等分路进攻，廓军着力抗拒，岱森保等催兵向前进攻，方才纷纷逃窜。清军尽力追赶，杀死廓军头目1名、士兵数十名，俘虏7名，其余廓军向廓尔喀境内逃窜。[167]
逾浮桥攻入廓境
清军收复济咙后，整顿兵力，阴历五月十三日启程前进，开始世界历史上罕见的一次横穿喜马拉雅山的大规模行军，随后的几次作战即在此自然条件极为恶劣的世界屋脊上进行。
福康安后来在奏折里写道：济咙往西“两面高山夹峙，石崖壁立，府临大河，缘山一线窄径，乱石崎岖，步步陡折，并有大石直勘高至丈余者。其两崖高峻不相连属处所，横架独木偏桥，攀藤而过，几无置足之地。是日正值大雨，泥泞滑溜，尤属难行，人马均有倾跌落崖者”。[168]
济咙西南80里的热索桥是通往廓尔喀的重要关口，是木板浮搭桥，其河自东向西流，过桥即廓尔喀地界。廓军于大河的北岸三四里外索拉山上设石卡一座，南岸临河设大石卡两座，严密防守。阴历五月十四日，福康安率军猛攻北岸石卡，廓兵抵挡不住，弃卡而逃，清军紧追不舍。北岸廓军刚登上桥，南岸廓军见清军勇猛，仓促撤去桥板，桥上廓军俱坠河淹死。清军一到，一面伐木预备搭桥，一面施放枪炮隔河射击，无奈河面宽阔，水深流急，廓军持险据守，阻河抗拒，枪声不断。福康安见北岸山境极其狭窄，兵力无法展开，将部队暂撤。
1792年阴历五月十五日，福康安、海兰察率军与廓尔喀人隔河相持，从正面佯攻，暗遣阿满泰、哲森保等带一队兵马沿一条偏僻小路翻过两座大山，偷偷到了热索桥上游六七里地，当即砍伐大树扎为木筏渡河登山，绕到廓尔喀军营后面，疾驰猛攻守军。廓军只在正路防御，一见清军从后方杀出，慌忙出卡抵御。福康安乘机统兵搭桥，两路夹攻。廓尔喀兵见前后受敌，纷纷溃乱，抛弃枪、刀仓皇逃窜。由于道路既窄又险，拥挤不堪，廓军自相践踏，滚跌落河。清军奋勇追杀直至廓尔喀色达木地方，已过热索桥30余里。
到阴历五月中旬，福康安率军已收复被廓尔喀侵占的地方，将入侵的廓尔喀人全部驱逐出境。廓尔喀国王拉特纳巴都尔将上年（公元1791年）在聂拉木俘虏过去的兵丁王刚、第巴瑭迈及丹津班珠尔跟役多尔济诺布、第巴跟役果几4人送回，并附一封求和信，声言诱惑廓兵劫掠后藏之事皆由沙玛尔巴唆使，沙玛尔巴业已于十五日服毒自杀，恳请大皇帝施恩赦宥。廓尔喀写信求和遭到福康安的拒绝，仍命大军向前推进。[169]
1792年阴历五月十七日，清军进至密里顶地方，日翻数重大山，山路越来越难走。福康安派乌什哈达、张芝元督兵一边修路，一边前进。十八日行抵旺噶尔地方，沿途山势险峻，自西藏流出的玛尔臧大河傍山南注，人行走在大河的东面，依山沿河一路没有平地可用以扎营，大帅、将领、士卒都在石岩下露宿。因为沿途没有可供廓军驻足据守之处，所以深入廓尔喀境内一百六七十里没有见到廓军。福康安担心廓军在隐僻的地方设下埋伏，派兵秘密加以侦探，查得旺噶尔西南协布噜一带地方有廓军驻扎，随后于十九日前往察看地形。
此处道路前方有一道横河，水深流急，自东而来汇注入玛尔臧大河，与热索桥地形相似，而且山势更为险峻，原有的桥连桥墩已被廓尔喀拆毁。河的北岸是个较低的山坡，地名旺堆，河的南岸是个很高的山坡，地名协布噜克玛。
廓尔喀在南岸高处修建木城，城外围筑石墙，堵截正路，又在木城西南一里的多协布噜临河地方筑卡据守。隔河对岸也修建了石卡，又有廓尔喀山寨几座，地名克堆寨，位于协布噜克玛山以东30余里，高据横河上游。各寨子内驻扎了很多廓尔喀士兵。
二十日，福康安带兵到旺堆砍伐大树准备搭桥。廓军居高临下在木城内施放排枪，桥不能搭起。福康安随后派兵在山上用炮轰击木城，打死多人，廓军仍不退却，木城石墙随破随修，抵抗十分坚决。二十一日清军再次向旺堆方面攻击，仍不能搭桥渡河。福康安见廓军占据有利地形，一时难以攻克，决定先将克堆寨攻破，夺取上游，从东面山上压下，同时另派台斐英阿等带兵迂回至旺噶尔搭桥渡过玛尔臧大河，由萨木那翻山直至协布噜对岸进攻廓军石卡。
二十二日，惠龄率额尔登保等仍由正路进攻，牵制廓军。福康安、海兰察率主力进攻克堆山寨。因沿横河东上无路可通，随即翻过伯尔噶臧兴三重大山，于二十三日黎明绕至横河上游北岸。此时克堆各寨的廓尔喀人都在南岸隔河抵御，他们拥有很多的枪炮。该处河道宽阔，河水很深，又加上连日大雨，山洪暴发，波浪滔滔，原有的桥座和两岸搭桥基址都被廓尔喀人拆毁贻尽。恰巧南岸有一株巨大的枯树倒入河中，相离三丈左右可接至北岸。福康安督令清军另外砍伐大木头，接至枯树的树梢，意欲借此搭成过河桥。清军奋勇直前，无奈廓军枪声不断，清军无暇将木头捆扎牢固，加之河水奔腾湍急，水力很大，刚将大木头接上即被漂走，如此十余次未能搭设成功。
傍晚大雨，福康安佯令清军撤退，埋伏在树林里，等候至半夜廓军都各自回到山寨，即赶紧接扎大木头，清军经这一木桥过了河。
福康安遥望克堆寨在两山中间的石岗之上，地势很高，易守难攻，仅有一条小路可通，路中有几处火光，是廓军瞪望卡隘。福康安令桑吉斯塔尔守桥，另分兵三路，鄂尼保等绕上廓军山寨的后山梁，哲森保等前往接应为一路；阿满泰等顺山进攻为一路；海兰察率一队人马绕上对面山梁下压进攻为一路。
阴历五月二十四日黎明，战斗打响。廓军见清兵全部已渡河，出乎其意料之外，心惊胆落，抵御不住，纷纷溃散乱窜。各路清军尽力追剿，杀死廓军300余名，焚毁廓军山寨5座，杀向协布噜克玛。此时台斐英阿这一路清军也由萨木那翻山，从西面夹击协布噜克玛。协布噜克玛及协布噜驻守的廓军，见清军从各路杀到，放弃木城、石卡逃奔，途中被清军追赶杀死200余名。惠龄率领从正路进攻旺堆的清军，也抓住这个机会，乘势搭桥过河，占领了旺堆廓军石卡，追赶杀死廓兵几十名。[170]
东觉战役
从协布11噜至东觉需经过噶多。噶多距协布11噜约有100里，是个交通要道，有多条山路相通。自噶多正路至作木古拉巴载山梁20余里，山下又有横河一道，隔河对面大山就是东觉，为廓尔喀境内险要之地，有重兵把守。自噶多间道东南翻山至雅尔赛拉、博尔东拉一带大山，也有廓军驻扎，与正路互为犄角。福康安与海兰察等商议，东觉一路由福康安率兵攻打，雅尔赛拉、博尔东拉一路由海兰察带兵攻剿，两路兵马同时于阴历六月三日启程。
福康安一路先到达作木古拉巴载山梁，远远望见隔河东觉山顶廓军山寨、军营很多，半山腰以下面对横河都修筑了木城、石卡，堵截了正路，廓军守备严密，清军难以渡河。此处山势异常险峻，两崖壁立，从山上俯视横河仅如一条带子。福康安探得横河上游噶多普大山河水稍浅，虽对岸也多石碉、石卡，防守很严，然而噶多普山上巨石林立，树木茂密，可供军队藏身。福康安留下台斐英阿等驻扎作木古拉巴载山梁，暂缓下山进攻，仍用大炮昼夜轰击，使廓军不得休息，自己则率领清军主力悄悄地潜往噶多普。
绕行两日，阴历六月五日黎明，福康安下至噶多普半山腰。临河石卡内的廓军一见清军，抢先冲出石卡放枪抵御，清军匍匐前进。阴历六月六日清军行至山脚游水渡过横河，一面剿杀，一面夺取了靠近河边的石碉、石卡。随即催兵直攻山上第一座木城，四川藏族屯练兵数人鼓勇先登，被廓军砍伤，清军并未退却，攀援继上，迅速攻克。第二座、第三座木城的廓军随即都涌到树林里集合，吹号呐喊，居高临下反扑而来，木城两旁石卡里的廓军也杀出助阵。清兵毫不退却，分别接住各股廓军，双方搅杀在一起，不能开枪，唯有用弓箭、刀矛将廓军全部歼灭。山顶营寨里的廓军闻讯急速赶来救援，行至半山腰被清军拦住截杀。
台斐英阿等在作木古拉巴载山梁上连日用炮轰击，打死廓军红衣、绿衣头目及士兵多名，得知大队清军已由噶多普渡河得胜的消息，也立即乘势由正路下山搭桥过河，奋勇合攻。前后将廓尔喀山寨、军营、石碉、木城、石卡40余处全部攻克，追赶20余里，抓获廓军大头目1名、士兵76名，杀死小头目和小军官7名、士兵400余名，滚下山崖落入河中的廓军不计其数。
海兰察一路绕行雅尔赛拉，前往博尔东拉。该处山势险峻，树林茂密，全无路径，清军冒着雨雪日夜兼程疾进，至博尔东拉前山，远远可见廓尔喀人木城3座、石卡7处，很占地形优势。海兰察不惊动廓军，于阴历六月六日黎明悄悄地绕过廓军守备阵地登上山顶，正准备率军压下，廓尔喀兵已蜂拥而来，进攻势头很猛，与清兵迎头冲突。海兰察带领巴图鲁侍卫及索伦兵奋勇冲杀，枪箭全无虚发，从清晨到中午，往返厮杀10余次。前冲的廓军被击退，后面的廓军纷纷接应，拼命向前，与清军短兵相接，被清军杀得尸横遍野。杀死廓军大头目1名、小头目2名、士兵200余名，将木城、石卡全行拆毁。清军整队前进，行至玛木拉又遇到埋伏的廓军堵截去路。海兰察率军上前迎战，又杀死伏兵100余名，由博尔东拉山梁赶下，与福康安会合一处，尽力搜捕，沿途杀死、俘获很多廓军。
阴历六月九日，福康安率清军追赶至雍鸦地方，对面噶勒拉山梁上有接应的廓军据险防守。本应即日进攻，因清军连续8个昼夜登山涉险、打仗追逐，许多将士鞋袜破损，只好赤脚行军，被石棱擦伤、蚂蟥叮咬，双脚早已又肿又痛，必须休息几天。同时这个季节，廓尔喀的气候多为阴雨天，每日只有上午约两个小时放晴，一过中午，山地云雾四合，大雨倾盆，山顶天气寒冷，到了夜里下雨皆变成下雪。清军夜里登山，遇到十多米高的石崖，需攀援树枝才能越过山崖，一经雨雪，山路更是溜滑难行。随身携带的弓箭跌折断了不少，帐幕等难以携带，糌粑等口粮又已经吃完，后勤供应跟不上，不得不稍事休息，整顿后方可进兵。[171]
成德、岱森保此路清军偏师于阴历五月中旬进入廓尔喀境内。因廓尔喀人焚毁桥梁，道路不通，只好一面派察灵阿带领部分将士由正路搭桥修道前进，一面另行探寻小路，于阴历五月十六日率主力由哈那衰木山翻山绕道前往扎木。一路都是悬崖窄路，行走十分艰难。二十一日行进至山顶，探得东山另有一条小路，经帮喇嘛寺可通扎木，特分派阿尼雅布带领一支小部队由东山进攻，约定大队人马到扎木时一起发起总攻。成德、岱森保由俄玛措山前进，先攻克廓尔喀石卡2处，乘胜夺取了果果萨喇嘛寺、忻喇嘛寺，行抵扎木，廓军开枪抵御。阿尼雅布也从东山压下攻克帮喇嘛寺，前来会合，两面夹攻，遂将扎木攻克，歼灭廓军170余名。此时察灵阿由正路前进快到阿阳固桥，距离扎木还有10余里。该处廓军正准备据河阻击抵御，清军大部队已绕道至扎木的消息传来，守军十分慌乱，岱森保即乘势从后面杀来，察灵阿又冲过桥追击，前后夹击，共击毙廓军40余名，其余都投河淹死。
阴历五月二十六日，侦察得知前方铁索桥有廓军驻守，成德带兵行进在树林里悄悄向目标靠近，突然袭击夺取了大河东岸廓军石卡，立即在东山上开枪放炮，乘着暗夜夺取铁索桥。二十七日黎明，又夺取了西岸廓军石卡，歼灭廓军20余名，其余的廓军都仓皇出逃。阴历六月三日，清军兵分三路，成德由正路前进，岱森保由果达哩山梁前进，永德由交柰山梁前进，齐至多洛卡会合，夺取了廓军石卡，追至峨赖巴地方。成德率军由江各波迈山梁直趋陇冈，两面夹击，占领陇冈。阴历六月十日，兵分两路直扑廓军利底大寨。利底是廓尔喀的险要之地，廓军居高临下，占得地形优势。清军进攻时，倾盆大雨昼夜不止，山高路滑，只好整顿兵力，再相机进攻。[172]
堆补木一帕朗古战役
清军的凌厉攻势使廓尔喀一片惊慌。廓尔喀国王拉特纳巴都尔派大头人噶布党普都尔帮哩等4人，随从20余人，将被俘兵丁卢献麟、冯大成及丹津班珠尔、札什敦珠布，聂拉木营官聂堆，及跟役丹津堪觉等14人，济咙被掠居民10人，全部送还。阴历六月二十五日到达清军雍鸦大营，头人们带来廓王子给福康安、成德的禀文，再次认罪乞和，要求停止进攻。福康安答复来使，如能遵奉以下几点，方准代奏投诚：第一，因雍鸦地方狭窄，不能驻扎多兵，须廓尔喀将噶勒拉、堆补木、甲尔古拉、集木集各处山上拒守人员全部撤回，将山梁让出；第二，国王拉特纳巴都尔及王叔巴都尔萨野应亲自前来投降；第三，应将沙玛尔巴的尸体及其妻儿仆人等全部送出；第四，送回被抢掠的札什伦布金银珍宝等物件；第五，丹津班珠尔等私议的合同，全是廓部落与沙玛尔巴诱迫所立，即应缴出，不得再提西藏给予银两的事情。[173]廓尔喀国王答应其中4项条件，唯婉言谢绝亲往投降。
福康安等在雍鸦休整了24天，考虑秋天即到，须在大雪封山之前结束战事，遂决定继续进攻，福康安率大军向廓尔喀国都阳布逼近。
自藏地边界进入廓尔喀境内数百里，大山均东西走向，清军每次战胜廓军都是绕道到东山顶，从上往下攻，高屋建瓴，势如破竹。而过了雍鸦以南，噶勒拉、堆补木、甲尔古拉、集木集等大山都是南北走向，异常陡峻。堆补木与甲尔古拉两山之间，隔着一条横河，清军须夺桥过河，步步仰攻。福康安与海兰察查看地形后，于阴历七月二日发动堆补木一帕朗古战役。这是清军反击廓尔喀最艰难的也是最后的一场战役。
福康安率清军主力于当日清晨由中路前进，翻越雍鸦大山，直至噶勒拉山麓，摆出上山的架势，引诱驻扎噶勒拉山顶的廓军下压。另派额尔登保等从左一路进攻，珠尔杭阿等从右一路进攻，乘着夜色从树林里悄无声息地摸上山。
噶勒拉山顶有廓军木城两座，廓军自恃山险，从高处冲下，来势凶猛。已上山埋伏的左右两路清军乘机分别冲向东西廓军石卡，廓尔喀人没有料到清军突然袭击，惊慌失措，两处关卡全被清军夺取。山顶冲下的廓军行至半山，见山上山下全是清军，惊惧异常，慌忙逃回木城。清军跟踪追上，廓军在木城开枪、投石，坚决抵抗。
木城是将一根根竖立的大木用竹蔑、藤条扎缚，异常坚固。乾清门侍卫墨尔根保、侍卫图尔岱、参将张占魁攀援杀入木城中弹阵亡，清军并不退却，抛入火弹，焚烧木城内草棚、帐房，攻克木城两座，又连克石卡2处，歼灭廓军头目5名、廓兵300余名，清军乘胜追击几十里。
此时已临近半夜，福康安等本拟稍为休息，但考虑到前方堆补木山下帕朗古地方就是横河，现有廓军据守帕朗古大桥，如不尽快夺取该桥，廓军沿河东上，即可绕到清军后方抄袭，所以连夜分兵两路。派珠尔杭阿等由横河上游进攻集木集，阿满泰等由帕朗古攻夺桥梁，进攻甲尔古拉。
清军越山至堆补木山口象巴宗地方，又攻克石卡4处、木城2座，歼灭廓军100余名，其余廓军纷纷奔逃。堆补木山下帕朗古前方有一条从东北向西南流入特尔苏里大河（济咙河下游）的急流。它流经堆补木山与甲尔古拉——集木集山之间，清人也习称为横河。河上有座大桥，廓军据守大桥，并于北南两岸砌筑石卡。跨河越过甲尔古拉山至廓尔喀都城阳布仅一日路程，约65里。廓尔喀人重兵守卫，分别驻扎在堆补木与甲尔古拉——集木集北南两边山上，互为犄角。河南岸即甲尔古拉大山与集木集大山，两山相连，山梁自东（集木集山）至西（甲尔古拉山）横长七八十里，其上廓军据险排列木城、碉堡、石卡，不下几十处，并在甲尔古拉山脚修筑木栅一道，长数里，守御极为坚固。
福康安因连战连胜，成功在望，而骄满疏忽大意。他错误地认为“势如破竹，旦夕可奏功”。[174]福康安亲自带领士卒前冲，海兰察自请带队驻守河边立营，阻截北岸堆补木廓军。
清军从北岸高地上用大炮向山下帕朗古等地轰击，从早晨至中午，枪炮声不绝，战况极其惨烈。山脚的廓尔喀兵抵御不住，逃遁过帕朗古大桥，并以排枪数层交替射击，以掩护其兵丁拆桥。阿满泰等清军将领奋不顾身，直前争夺，阿满泰冲在前头，中枪落水身亡。清军仗着锐气一拥过桥夺取廓军南岸阵地，歼灭廓军头目3名、兵士100余名。
福康安督率两路清军奋勇前进，时值大雨倾注，山崖险滑，直上20余里，将近木城，山势更陡。清军仰攻，遭到廓尔喀军伏击。山上木石如雨点般地砸下，清军找不到巨石、密林藏身，抵挡不住，且战且退。甲尔古尔廓军下扑，集木集山梁上廓军从傍抄出接应，欲夺回帕朗古大桥断绝清军退路。而横河与特尔苏里大河汇合处的大河西岸又有一支廓军隔河放枪助攻，三路廓尔喀兵合计不下八千人。福康安陷入重围，率台斐英阿、张芝元、德楞泰等往来冲杀，双方互有伤亡。幸亏海兰察率领后队未曾前进，当即奋勇杀敌，御前侍卫额勒登保据守帕朗古大桥力战，救回福康安。鏖战两日一夜，廓尔喀军始退。这一战清军攻克噶勒拉、堆补木两座大山，4座大木城，11座石卡，斩13名廓军头目、600余名士兵。清军统领御前侍卫斐英阿，二等侍卫英贵、索伦佐领棍德以及阿满泰、墨尔根保、张占魁等将领阵亡，损失巨大。[175]
受降撤军
此时廓尔喀王子外逃毗邻印度的边境，留守国都的王叔巴都尔萨野因清兵勇猛，连战连胜，自己失地数百里，难以继续交战，便连忙派遣使者赶赴印度乞求救援。当时印度已成为英国的殖民地，英印总督考伦华理斯给廓尔喀国王写信，表示英国不能向廓尔喀提供军事援助，理由是英国公司多年来经由海上同中国皇帝的臣民保持着范围广泛的商业关系，并在中国皇帝的领地设有商馆，如派军援助廓尔喀不仅违反英国政府的总方针，而且也与东印度公司同中国皇帝长期以来所建立的联系相矛盾。[176]廓尔喀人久等不见英军，见清军逼近阳布河谷，害怕清军再次进攻，一改傲慢态度，派代表到福康安军前乞降。为了表示诚意，廓尔喀送回1789年与西藏签订的条约（即西藏允诺给廓尔喀三年内赔偿900秤白银的文据），送回从札什伦布寺抢掠的贵重物品，包括清康熙册封五世班禅的12页金册以及沙玛尔巴骨殖及其妻儿仆人等，并写信保证永不犯藏。
清军自擦木、帮杏、济咙、热索桥、协布鲁、东觉、帕朗古前后七战，皆获全胜，共击毙廓军头目20余名、兵士近4000名，生摛官兵200余名。但是面对强悍的廓尔喀人，也付出很大的代价，伤亡不小，战斗力受到影响。乾隆皇帝在发兵前夕，曾谕令大军必须直捣阳布，歼灭廓尔喀，将其领土分赏给锡金、不丹。[177]清军之所以未能按原计划攻占廓尔喀国都阳布，有一个很大的原因——运输和给养方面的困难。根据《卫藏通志》所载：自哜咙至廓尔喀境内约700里的道路，系行走于喜马拉雅山腰，牲畜根本不能驮载，完全靠人力背运，清军在后藏集中民夫万余人，担任背运。廓尔喀人在撤退之时，沿途实行清野空舍，甚至房屋都是自己放火烧的，清军深入廓境益深，则给养补给越加困难。加上当地节气较早，天气骤冷，寒气逼人，如遇大雪封山，军队补给线将会遇到无法克服的困难。于是福康安上奏皇帝批准，停止进攻。接着，中廓签订了一项条约，按照条款：廓尔喀必须归还占领的西藏土地；承认是中国的藩属；如果廓藏发生争执，必须报告清政府；准许廓尔喀人在中国内地和西藏地区进行贸易；廓尔喀遭受外来侵略时，中国给予援助；廓尔喀每隔五年进京朝贡一次，以示臣服。此战中方大获全胜，中廓边境始得安宁。
福康安接受了廓尔喀国王的投降，廓王即派大臣携大批牛、羊、猪、酒、米、果，前来慰劳清军。清乾隆五十七年（公元1792年）阴历八月二十一日，清军主力开始从帕朗古凯旋班师，二十六日成德偏师由利底撤军。[178]
1792年阴历九月四日，福康安率全军撤回济咙，并派穆克登阿摩崖纪功，勘定了边界。阴历十月三日，福康安、惠龄到达日喀则，已从拉萨返回日喀则的七世班禅热烈欢迎这支部队，与福康安在札什伦布寺会晤，对其率军驱逐入侵的廓尔喀军、收复后藏全部土地表示感激。福康安交还一度被廓尔喀掠走的皇帝赐给前辈班禅的金册，班禅当即特行跪接。在福康安离开之日，班禅先至10里之外送行，又跪请圣安。[179]阴历十月十五日，福康安返抵拉萨，八世达赖喇嘛破例亲率僧徒前往拉萨以西10多里处甲木参罗布登庙等候迎接。在与福康安见面谈话时，达赖喇嘛感仰恩惠，形于辞色。[180]
乾隆帝在处理廓尔喀侵藏事件过程中，有功必赏，有过必罚。首先惩罚战争祸首。沙玛尔巴虽然已经畏罪自杀，但他在两次廓尔喀入侵西藏的战争中，挟私利推波助澜，使西藏蒙受了巨大的损失。所以，乾隆帝降旨将沙玛尔巴的骨殖分挂前后藏及康区各大寺院，以儆后来不顾国家民族利益的叛国者。乾隆帝还特诏禁止红帽系活佛系统的转世，元代以来受到扶持并发展的噶玛噶举派红帽系至此绝嗣。对立下大功的福康安、海兰察等分别予以嘉奖，对阵亡将士给予抚恤。[181]
整顿藏务
廓尔喀两次入侵西藏，西藏地方当局在侵略者面前表现软弱无力，不能有效抵御，暴露出各项制度废弃、官吏贪污舞弊等种种问题，而且有些事情还发生在达赖喇嘛和班禅的家属身上。而驻藏大臣权力职责不明，只想在自己的任期内平安无事，顺利回京任他职，不肯用心办事，以致放弃自己的职守，听任噶伦等把持专断。因此，乾隆皇帝谕示福康安在藏之时，对西藏政务进行一次较为彻底的整顿，并且制定处理善后的章程，以便永远遵循。
1792年冬，福康安、惠龄、孙士毅、和琳4大员会同达赖、班禅方面的负责官员，共同议定了章程，经过清廷乾隆帝审定后，形成了1793年正式颁布的著名《钦定藏内善后章程》二十九条。
《钦定藏内善后章程》对西藏的政治制度和宗教制度作了明文规定，以法律的形式固定下来。其主要内容有：一、达赖喇嘛、班禅·额尔德尼等各黄教大活佛的转世，须有驻藏大臣监督履行“金瓶掣签”手续，方能认定，以防弄假作弊。二、驻藏大臣监督办理西藏事务，与达赖班禅地位相等，共同协商处理政事。噶伦以下官员及活佛隶属于驻藏大臣。官员缺额时，除噶伦、代本须呈请皇帝批准外，其余均由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选任命。这些官员的升迁、赏罚，须报驻藏大臣批准。三、建立定额为3000名的西藏地方常备军，分驻拉萨、日喀则各1000名，江孜、定日各500名。四、有关西藏对外交涉事宜，统由驻藏大臣全权处理。达赖、班禅与各藩属拄来行文，必须由驻藏大臣查验。凡边界重大事件，必须按驻藏大臣指示办理。外国侨商旅藏须持有驻藏大臣发给的执照。五、西藏地方的赋税和政府的收支，统归驻藏大臣审核与合理安排。西藏的税收、乌拉等差役必须由达赖喇嘛和驻藏大臣盖印按票派用，一律不得私派乌拉。总之，“一切事权俱由驻藏大臣管理”。[182]
《钦定藏内善后章程》集中表明了一个关键的问题，即明确规定了西藏是清朝中央政府直接管辖的一个地区，虽然它在某些方面拥有较大的自治权。《钦定藏内善后章程》的颁行，加强了清朝对西藏地方的管理，在一定程度上削弱了西藏地方上层的势力，巩固了清朝中央对西藏地方的控制。
福康安在拉萨停留了4个月，于布达拉山前康熙帝碑侧建立了乾隆帝撰写《十全记》满汉蒙藏四体字碑。福康安回内地前，参加这次战争的汉、满、蒙等民族官兵捐出战利品和为皇帝及达赖喇嘛祝寿用的白银700两，[183]在拉萨的磨盘山建造了三庄严文殊庙和汉地战神关公庙。在西藏高原的战斗十分艰苦，许多人因水土不服而病死。海兰察得病回北京，不久病逝。高级将吏如驻藏大臣舒廉、参赞大臣奎林（福康安堂兄）、乾清门头等侍卫哲森保、总兵张芝元等均病死西藏。福康安自己回程时也病倒巴塘多日。
驱逐廓尔喀入侵的胜利，有力地保卫了西藏地方的安全，也加强了西藏地方与中央政府之间的联系。1798年，八世达赖喇嘛在布达拉宫三界殊胜寝殿特设室供奉乾隆肖像。次年，乾隆帝驾崩。达赖喇嘛莅临肖像前叩拜，然后至法会。两位驻藏大臣和噶伦、代本等汉藏官员身着白衣至肖像前叩拜。一切仪式结束后，上表嘉庆皇帝，安慰不要过度悲伤，表奏了诵经超荐情况。之后，又派堪布进京吊唁。[184]
直到清朝末年，清廷对西藏地方的统属关系一直未改变。朝廷颁布的各项治藏法典、规章仍然有效地在西藏地方实行着。驻藏大臣仍然不断地被清廷派往西藏，同达赖喇嘛、班禅·额尔德尼一道治理着西藏地方。充分的历史事实说明，中国中央政府700多年来一直在西藏行使着国家主权，西藏是中国不可分割的一部分。西藏从未独立过，虽然凯觑中国西南这大片国土者大有人在。
注释：
[1]《旧唐书》卷196，“吐蕃列传”上；引自北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，3页。
[2]《西藏自治区概况》编写组：《西藏自治区概况》，西藏人民出版社1984年12月版，101～104页。
[3]恰白·次旦平措等：《西藏通史》汉译本，西藏古籍出版社1996年版，306～329页。
[4]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，41～42页。
[5]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，24页。
[6]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，46页。
[7]《元史》，卷87，百官志；引自《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，47页。
[8]《西藏自治区概况》编写组：《西藏自治区概况》，西藏人民出版社1984年12月版，112页。
[9]《明太祖实录》，卷79；引自《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，54页。
[10]邓锐龄、陈庆英、张云、祝启元：《元以来西藏地方与中央政府关系研究》，中国藏学出版社2005年12月版，233页。
[11]《西藏自治区概况》编写组：《西藏自治区概况》，西藏人民出版社1984年12月版，117页。
[12]又译固始汗。本名图鲁拜琥，为成吉思汗之弟哈布图哈萨尔十九世孙，哈龙诺颜洪果尔第四子。祖父博贝密尔咱、父哈尼诺颜洪果尔世为厄鲁特汗。
[13]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，88～89页。
[14]《清太宗实录》，卷63，1～2页；卷64，19～23页。
[15]《清世祖实录》，卷22。
[16]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，89页。
[17]《清世祖实录》，卷70，20页。
[18]《清世祖实录》，卷74，19页。
[19]周爱明、袁莎莎：《金钥匙·十七条协议》，鹭江出版社2004年12月版，470～471页。
[20]阿旺罗桑嘉措著、陈庆英等译：《五世达赖喇嘛传》（上），中国藏学出版社2006年版，136页。
[21]王辅仁、陈庆英：《蒙藏民族关系史略》，中国社会科学出版社1985年10月版，116页。
[22]阿旺罗桑嘉措著、陈庆英等译：《五世达赖喇嘛传》（上），中国藏学出版社2006年版，127～133页。
[23]次仁央宗：《西藏贵族世家》，中国藏学出版社2005年11月版，19页。
[24]第巴，又称第斯或第司，本义为“部落酋长”。第巴一词到了清代已经起了变化，其职权是总揽西藏政务，受命于和硕特汗王和达赖。清在平息了准噶尔之乱后，始废第巴执政之制。其后引申为头人。
[25]马林：《论五世达赖喇嘛与固始汗的联合统治》，载《青海民族研究》2001年第2期，24页。
[26]赵学东：《蒙古和硕特部统治西藏述论》，载《西藏民族学报》1988年第4期，46页。
[27]牙含章：《达赖喇嘛传》，华文出版社2001年版，34页。
[28]马丽华：《风化成典：西藏文史故事十五讲》，中国藏学出版社2009年3月版，265页。
[29]即传昭大法会又称为祈愿大法会或莫朗钦波节，于藏历元月初三或初四到二十五日在拉萨举行，是西藏最大的宗教节日。此节日是格鲁派创始人宗喀巴大师于1409年在拉萨举行的祈祷大会而延续下来的。在这期间西藏三大寺僧众及各地佛教徒集中在拉萨大昭寺祈祷，进行辩经，考藏传佛教最高学位——格西。
[30]赵学东：《蒙古和硕特部统治西藏述论》，载《西藏民族学报》1988年第4期，46页。
[31]赵学东：《蒙古和硕特部统治西藏述论》，载《西藏民族学报》1988年第4期，46页。
[32]乌云毕力格：《1705年西藏事变的真相》，载《中国藏学》2008年第3期，83页。
[33]《西藏自治区概况》编写组：《西藏自治区概况》，西藏人民出版社1984年12月版，119页。
[34]李凤珍：《略述清代藏军》，载《藏学研究论丛》，西藏人民出版社1995年12月版，40页。
[35]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，119页。
[36]《清圣祖实录》，卷174，879～884页。
[37]乌云毕力格：《1705年西藏事变的真相》，载《中国藏学》2008年第3期，83页。
[38]唐明英：《第巴桑结嘉措对和硕特汗王的斗争》，载《西藏民族学院学报》1986年第3期，84页。
[39]王尧：《第巴桑结嘉措杂谈》，载《清史研究集》第1辑，1980年出版。
[40]喀喇一词在我国西北少数民族语中广泛用于山川河流、城市名等等，都与黑色有关，喀喇河即黑河，即今那曲。
[41]赵学东：《蒙古和硕特部统治西藏述论》，载《西北民族学报》1988年第4期，50页。
[42]松巴堪布：《青海史》，青海人民出版社1982年出版，19～20页。
[43]乌云毕力格：《1705年西藏事变的真相》，载《中国藏学》2008年第3期，91页。
[44]关于仓央嘉措的死和下落，说法不一。魏源说：“谋执献京师，行至青海病死。”《圣武记》卷5，《国朝抚绥西藏记》上；德斯得利则说，是在解送途中拉藏汗派人杀死的。《西藏纪事》第10章；但据法尊说，仓央嘉措“行至青海地界时……大师乃弃舍民位，决然遁去，周游印度、尼泊尔、康、藏、甘、青、蒙古等处”。《西藏民族政教史》，卷6，10页。
[45]《清圣祖实录》，卷263，587页。
[46]次仁央宗：《西藏贵族世家》，中国藏学出版社2005年11月版，17页。
[47]顾祖成：《明清治藏史要》，西藏人民出版社1999年12月版，130页。
[48]清对蒙古贵族封爵名。位次辅国公，分四等，自一等台吉至四等台吉，相当于一品官到四品官。
[49]《康熙朝满文朱批奏折全译》，1231页。
[50]（美）约翰·麦格雷格：《西藏探险》，西藏人民出版社1985年版，73页。
[51]萧一山：《清代通史》第二册，华东师范大学出版社2005年10月版；腾格里湖，藏语里又叫纳木湖。腾格里，蒙古语天的意思，湖接后藏，方圆千里。
[52]（美）约翰·麦格雷格：《西藏探险》，西藏人民出版社1985年版，73页。
[53]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，437页。
[54]《清圣祖实录》，卷277，16页。
[55]（美）约翰·麦格雷格：《西藏探险》，西藏人民出版社1985年版，74页。
[56]吴丰培：《清代藏事辑要》，卷1，西藏人民出版社1983年版，69页。
[57]（意大利）德斯得利：《西藏纪事》，伦敦，1932，第12章。
[58]《清圣祖实录》，卷277，718页。
[59]《清圣祖实录》，卷278，10～13页。
[60]《清圣祖实录》，卷278，10～13页。
[61]《康熙朝满文朱批奏折全译》，1303页。
[62]《清圣祖实录》，卷279，14页。
[63]《清圣祖实录》，卷280，5页。
[64]《清圣祖实录》，卷281，3页。
[65]《清圣祖实录》，卷281，13～14页。
[66]（意大利）德斯得利：《西藏纪事》，伦敦，1932，第12章。
[67]《康熙朝满文朱批奏折全译》，中国社会科学出版社1996年版，1656页。
[68]赵珍：《论康熙末年清军两次入藏的战略选择》，载《清史研究》2002年第4期，98页。
[69]冯尔康：《雍正传》，生活·读书·生活三联书店1999年12月版，38～39页。
[70]恰白·次旦平措等：《西藏通史》汉译本，西藏古籍出版社1996年版，661～665页。
[71]（美）约翰·麦格雷格著、向红笳译：《西藏探险》，西藏人民出版社1997年1月版，82页。
[72]《清实录》，康熙五十八年十二月辛酉条。
[73]《康熙朝满文朱批奏折全译》，中国社会科学出版社1996年版，1457页。
[74]清代西藏地方军职名，位居四品，相当于团长。
[75]周毓华、彭陟焱、王玉玲：《简明藏族史教程》，民族出版社2005年9月版，172页。
[76]陈金钟：《阿尔布巴阐述平定准噶尔之战》，载《中国藏学》1989年第4期，109页。
[77]杰敦：《清代名将岳钟琪与藏区》，载《康定民族师范专科学校学报》2008年第6期，1页。
[78]蔡东落：《清史演义》，江苏人民出版社1980年7月版，236～237页。
[79]邓锐龄：《1720年清军进人西藏的经过》，载《民族研究》2000年第1期，90页。
[80]《卫藏通志·西藏志》，西藏人民出版社1982年版，348～350页。
[81]《雍正朝满文朱批奏折全译》下册，黄山书社1998年12月版，1448页。
[82]（美）约翰·麦格雷格著、向红笳译：《西藏探险》，西藏人民出版社1997年1月版，85页。
[83]色新·洛桑顿珠：《色新巴家族简史》，载《西藏文史资料选辑》第12辑，民族出版社1990年8月版，28页。
[84]《清圣祖实录》，卷291，4页。
[85]《清圣祖实录》，卷291，9月丁已条。
[86]《清圣祖实录》，卷291，11～12页。
[87]吴丰培、曾国庆：《清朝驻藏大臣制度的建立与沿革》，中国藏学出版社1991年8月版，7页。
[88]冯智：《清代治藏军事制度的历史评价》，载《西藏大学学报》2007年第4期，44页。
[89]魏源：《圣武记》，卷3，56页。
[90]《清世宗实录》，卷52，29页。
[91]色新·洛桑顿珠：《色新巴家简史》，载《西藏文史资料选辑》第12辑，民族出版社1990年8月版，31页。
[92]邓锐龄：《岳钟琪与西藏问题》，载《中国藏学》2004年第3期，62页。
[93]中国藏学研究中心：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第2册，中国藏学出版社1994年版，397页。
[94]《掌故丛编》第4辑，《鄂尔泰奏折·论西藏事宜折一》。
[95]吴丰培、曾国庆：《清朝驻藏大臣制度的建立与沿革》，中国藏学出版社1991年8月版，10页。
[96]《清世宗实录》，卷73，《清史列传》，卷16，查郎阿传。
[97]牙含章：《达赖喇嘛传》，华文出版社2007年1月版，48页。
[98]《清世宗诗文集》卷16，《惠远庙碑文》。
[99]次仁央宗：《西藏贵族世家》，中国藏学出版社2005年11月版，21页。
[100]《清世宗实录》，卷75，119～120页。
[101]周毓华、彭陟焱、王玉玲：《简明藏族史教程》，民族出版社2005年9月版，175页。
[102]褚俊杰、熊文彬、王维强、冯晓平：《民族知识丛书——藏族》，民族出版社1995年1月版，40页。
[103]原为藏传佛教中住持授戒者之称号，相当于汉佛教寺院中的方丈。其后藏僧学习经典的学校住持者，皆称堪布。又为西藏地方政府僧官系统之职称，如达赖、班禅之高级侍从，亦称堪布。
[104]国庆：《驻藏大臣傅清、拉布敦和珠尔默特那木札勒》，载《中国西藏》1998年第6期，44页。
[105]邓锐龄：《1750年珠尔默特那木札勒事件的再思考》，载《中国藏学》2006年第2期，121页。
[106]《清高宗实录》，卷286，27页。
[107]邓锐龄：《1750年珠尔默特那木札勒事件的再思考》，载《中国藏学》2006年第2期，122页。
[108]国庆：《驻藏大臣傅清、拉布敦和珠尔默特那木札勒》，载《中国西藏》1998年第6期，45页。
[109]《清高宗实录》，卷351，6页。
[110]丁实存：《清代驻藏大臣考》，蒙藏委员会1943年版，41页。
[111]邓锐龄：《1750年珠尔默特那木札勒事件的再思考》，载《中国藏学》2006年第2期，126页。
[112]吴丰培：《清朝驻藏大臣制度的建立与沿革》，中国藏学出版社1991年8月版，102～103页。
[113]国庆：《驻藏大臣傅清、拉布敦和珠尔默特那木札勒》，载《中国西藏》1998年第6期，45页。
[114]福康安：《前藏迤东双忠祠碑记》，载《西藏奏疏·附西藏碑文》，中国藏学出版社2006年12月版，205～206页。
[115]吴丰培、曾国庆：《清朝驻藏大臣制度的建立与沿革》，中国藏学出版社1985年5月版，24页。
[116]国庆：《驻藏大臣傅清、拉布敦和珠尔默特那木札勒》，载《中国西藏》1998年第6期，45页。
[117]达赖、摄政以下的政府行政机构，藏语称“噶厦”。“噶”是命令的意思，“厦”是房屋的意思，“噶厦”就是发号施令的地方。
[118]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，103～108页。
[119]《清史稿》，卷525，“藩部”。
[120]中国藏学研究中心：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第3册，中国藏学出版社1994年版，744～750页。
[121]戴逸：《简明清史》（下），人民出版社2004年3月版，208页。
[122]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，2页。
[123]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，445页。
[124]邓锐龄：《第一次廓藏战争（1788－1789）中的议和潜流》，载《中国藏学》2007年第1期，39页。
[125]冯明珠：《中英交涉与川藏边情》，中国藏学出版社2007年12月版，33页。
[126]邓锐龄：《第一次廓藏战争（1788－1789）中的议和潜流》，载《中国藏学》2007年第1期，39页。
[127]《清高宗实录》，卷1309，654～655页。
[128]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，22～26页。
[129]邓锐龄：《第一次廓藏战争（1788－1789）中的议和潜流》，载《中国藏学》2007年第1期，40～41页。
[130]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，196～202页。
[131]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，231页。
[132]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，248页。
[133]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，445页。
[134]邓锐龄：《第一次廓藏战争（1788－1789）中的议和潜流》，载《中国藏学》2007年第1期，48页。
[135]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，272页。
[136]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，446页。
[137]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定巴勒布纪略》，中国藏学出版社2006年5月版，269～276页。
[138]邓锐龄：《第一次廓藏战争（1788－1789）中的议和潜流》，载《中国藏学》2007年第1期，48页。
[139]中国藏学研究中心：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第2册，中国藏学出版社1994年版，657～658页。
[140]萧一山：《清代通史》第2册，华东师范大学出版社2005年10月版，109页。
[141]萧一山：《清代通史》第2册，华东师范大学出版社2005年10月版，109～110页。
[142]萧一山：《清代通史》第2册，华东师范大学出版社2005年10月版，110页。
[143]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，264～265页。
[144]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，5页。
[145]《清高宗实录》，卷1389，651页。
[146]星全成：《八世达赖喇嘛与平定廓尔喀侵扰西藏》，载《青海民族研究》2005年第4期，115页。
[147]《清高宗实录》，卷1389，650～652页。
[148]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，171页。
[149]松筠：《卫藏通志》，卷13，360页。
[150]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，446页。
[151]邓锐龄：《乾隆朝第二次廓尔喀之役（1791－1792）》，载《中国藏学》2007第4期，38页。
[152]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，326～327页。
[153]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，367～368页。
[154]邓锐龄：《乾隆朝第二次廓尔喀之役（1791－1792）》，载《中国藏学》2007年第4期，39页。
[155]邓锐龄：《乾隆朝第二次廓尔喀之役（1791－1792）》，载《中国藏学》2007年第4期，173页。
[156]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，309～310页。
[157]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，6页。
[158]中国藏学研究中心：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第2册，中国藏学出版社1994年版，681页。
[159]星全成：《八世达赖喇嘛与平定廓尔喀侵扰西藏》，载《青海民族研究》2005年第4期，115页。
[160]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，382～383页。
[161]牙含章：《达赖喇嘛传》，华文出版社2001年1月版，59页。
[162]张其勤：《清代藏事辑要》，278页；《清高宗实录》，卷1408，833～837页。
[163]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，517518页。
[164]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，522～523页。
[165]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，525～526页。
[166]西藏自治区地方志编纂委员会：《西藏自治区地方志·军事志》，中国藏学出版社2007年1月版，447页。
[167]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2007年1月版，540～542页。
[168]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2007年1月版，540页。
[169]邓锐龄、陈庆英、张云、祝启源：《元以来西藏地方与中央政府关系研究》，中国藏学出版社2005年12月版，559页。
[170]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，546～548页。
[171]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，554～557页。
[172]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，559～560页，580～581页。
[173]中国藏学研究中心：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第3册，中国藏学出版社1994年版，744～750页。
[174]魏源：《圣武记》，卷5，中华书局1984年版，234～238页。
[175]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，606～610页。
[176]高鸿志：《英国与18世纪后期的中尼战争》，载《中国边疆史地研究》1998年第4期，105页。
[177]冯明珠：《中英西藏交涉与川藏边情》，中国藏学出版社2007年12月版，52页。
[178]牙含章：《达赖喇嘛传》，华文出版社2007年1月版，60页。
[179]中国藏学研究中心：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第3册，中国藏学出版社1994年版，768～771页。
[180]（清）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，689～690页，694～695页。
[181]（意大利）方略馆编、季垣垣点校：《钦定廓尔喀纪略》，中国藏学出版社2006年12月版，632～633页，795～796页。
[182]北京大学历史系等：《西藏地方历史资料选辑》，生活·读书·新知三联书店1973年4月版，129～137页。
[183]陈庆英：《历辈达赖喇嘛生平形象历史》，中国藏学出版社2006年版，426页。
[184]陈庆英：《历辈达赖喇嘛生平形象历史》，中国藏学出版社2006年版，427页。
