在当时最高人民法院收回死刑核准权的大背景下，这起死刑案件二审开庭尤其令人关注。在庭审举证时，出现了令人意外的一幕，检方主动将6840万元贪污数额“缩水”到6100万余元。原因是经过笔迹鉴定，11张取款单竟然不是章蓉填写，也就无法认定这些钱进了杨彦明的腰包。除了这11笔，检察官在法庭上又指出多笔被认定为贪污的款项与一审事实不符。
对于这个死刑案件，检方显示出了相当的慎重，他们在二审中鉴定了经过章蓉认可的全部400多张取款凭条，并重新计算贪污数额，最终推翻了之前的认定。“我感谢检察官实事求是，令人钦佩。”一直默不作声的杨彦明也感到了意外。而杨彦明的辩护律师钱列阳立即抓住了这一点，在法庭上接连发难：“这完全说明一审认定事实不清，我们要求全部账目由专业人员重新审计。”
“尽管一审认定数额不准，但我们认为一审认定基本事实清楚，证据确实充分，并不影响死刑的量刑。”
最后辩论时，检察官直接提出了坚持死刑的量刑建议。这招致辩方的强烈反应：“在事实存有疑点的情况下，判处死刑不慎重。而且对于经济罪犯不适用死刑是国际司法界所认同的，也符合我国‘少杀、慎杀’的刑事政策……”钱列阳的长篇辩护，最终被审判长打断。杀，还是不杀，杨彦明将等待最后的裁判。
经过认真审理，2006年5月9日，北京市高级人民法院判决认定：一审法院判决认定原审被告人杨彦明犯贪污罪、挪用公款罪；章蓉犯国有公司人员失职罪的部分事实不清，证据不足。裁定撤销北京市第一中级人民法院一审刑事判决，发回北京市第一中级人民法院重新审理。
一审重审，杨彦明与助手庭上博弈
北京市高级人民法院将案件发回北京市第一中级人民法院重审，其中的主要原因是，检方指控的杨彦明贪污的数额，几乎全部来自章蓉一手转交，而章蓉取款完全没有账目记录。因为杨彦明的贪污行为基本上只有他和章蓉两人知道。每次指使章蓉去取钱，杨彦明只是说“要用钱”，章蓉也曾问过这些钱的去向，但杨彦明只是回答“不用你管”。
由于没有记录，杨彦明准确的贪污金额就很难确认。尽管章蓉曾在2000年前后记过一本流水账，但被杨彦明发现后要求其当面销毁。在一审时，杨彦明仿佛虱子多了不怕咬，对受贿金额根本不争辩，每次都说：“章蓉说多少就是多少。”但是，检方考虑了各种庭审中可能出现的意外，必须拿出准确的证据才能让杨彦明低头。
法院将此案退回检方补充侦查之后，再重新向法院提起公诉。这给检方的起诉增加了非常大的难度，为了确定准确的涉案金额，一审重审时北京市检察院的检察官从营业部中搬回了264本账册，逐页查找章蓉的取款记录，并逐一核对笔迹，这一工作耗时将近10个月。尽管如此缜密，但还是有些取款行为无法确认，导致各次审查金额都有所不同。
2008年5月，再次坐在北京市第一中级人民法院的法庭上，杨彦明面对着的是法院刑二庭另一个合议庭的成员，而检方也派出了精干的检察官出庭指控。北京市人民检察院第一分院向杨彦明提起四项指控：其中第一项指控为贪污6536万元，另外三项指控分别为贪污376万元、挪用公款2480万元、挪用公款60万元。
而在2005年8月的一审中，检方对杨彦明的第一项指控为贪污6840万元；在杨彦明提起上诉后，检方指控数额变为6536万元。
在一审过程中，杨彦明对检方提起的四项指控都进行了辩解，而重审时，却只对6536万元的指控认为证据不足，对其他三项指控并不持异议。显然，这是杨彦明与律师采取的保命策略，毕竟，其他三项指控都不是致命的。
在对6536万元的贪污指控辩护时，杨彦明一改往日对贪污数额统统承认的状态，把巨额款项往其助理章蓉身上推。以往杨彦明被问及贪污数额时都说“章蓉说多少就是多少”，但这次检察院核减了11份取款凭条，给杨彦明提供了自我辩护的利器，他不紧不慢地说：“我认为章蓉把6536万余元交给我的指控，缺乏必要的财务证据支持，仅凭章蓉的证言不足以证明事实全貌。既然检察院已经查出了这11张取款凭证的签字不是章蓉的，这些款项就不可能到我手上，那么其他凭证是不是也有人假冒章蓉的笔迹。其次，现在这6536万元的贪污指控，是章蓉说给我多少就认可多少，实际上我没有收到那么多的钱，有没有章蓉取了钱没有给我的可能呢？我想，这个可能是存在的。”
由于杨彦明不承认6536万元的贪污指控，检察官询问道：“那你认为你收到了多少呢？”
“大约一两千万吧，也可能多一些，但绝没有到6536万元这么多。”杨彦明不紧不慢地说。
针对杨彦明的辩解，检方提供了证人证言。中国银河证券望京西园营业部的一位副总经理作证称，“河北安国石佛信用社通过他给营业部投入1亿多资金委托投资。但杨总没有说资金运作情况，我也没问。2002年起安国石佛信用社的人找我要钱，杨总一直说还不了。”这位副总还说，2004年4月初，杨彦明约见他和章蓉时：“河北安国石佛信用社的钱亏损了6000万。章蓉当时说她做的工作都是按杨彦明的安排做的。杨彦明也承认都是他安排的，责任由他承担。”中国银河证券望京西园营业部理财中心主任也证明，杨彦明曾指令他修改过河北安国石佛信用社等多个账户的电脑交易记录。
在法庭上，章蓉也把责任完全推到了杨彦明身上，她在法庭上坚称，河北安国石佛信用社的资金分散到营业部的多个账户内，杨彦明说需要运作资金，让她提取现金，她先后提款6000余万元全部交给了杨彦明。
章蓉说：“1999年的时候，杨彦明让我从那些账户里提现金交给他，他拿出去运作。但这些现金多数有去无回。在无法收回公款后，杨彦明让我销毁了流水账，又指使员工修改电脑操作记录。”
在对6536万元的贪污数额辩护之后，赃款去向依然成为庭审最大的焦点。与前两次庭审时一样，杨彦明依然拒绝交代赃款去向。
在法庭上，杨彦明的辩护律师钱列阳认为，6536万元的贪污赃款中的相当部分是被杨彦明用来行贿。钱列阳的观点得到了很多在场者的认同，但这只是一种猜测，并没有什么证据支持。钱列阳提出，因为赃款去向不明，所以存在对杨彦明用赃款行贿的合理怀疑，为了保留查处特大受贿案的线索，有必要留杨彦明一命。钱列阳认为，对于向谁行贿，杨彦明自然心知肚明，但是究竟是些什么人让他死心塌地保护，也是个谜。
“这个人或这些人对杨彦明来说可能非常重要，如果杨彦明被判处死刑，那么最终得益的，将是这些隐藏在幕后的人。”钱列阳律师认为，出于判决的社会意义，法院可以考虑不判处杨彦明死刑，“毕竟抓出那些幕后人具有更大的社会意义”，同时也有可能为国家挽回巨额经济损失。
但钱列阳的观点遭到了公诉人的反驳：“如果不严惩犯罪者，那么就会向社会传递一种错觉，即认为只要不说就可以免灾。”
钱列阳接着指出：以贪污罪对杨彦明判决没有问题，但死刑案件的证据标准比普通案件要高，而6000多万元贪污数额的指控均来自同案犯章蓉一方的指认，虽然杨彦明说收到过章蓉的钱，但到底收到多少钱还缺少客观的证据。虽然证人证言曾证实营业部账面亏损达五六千万元，但不等于杨彦明贪污了五六千万元，这二者之间不能画等号，并且证人同时也表示并不知道章蓉为杨彦明提取现金一事。因此，以贪污罪判其死刑，证据还不够。
在这次激烈的庭审辩论中，公诉方和辩护方争议的焦点，是杨彦明贪污的巨额款项到底有多少，杨彦明该不该杀。
北京市第一中级人民法院审理后认为，杨彦明于1998年6月至2003年8月间，利用先后担任中国长城信托投资公司北京证券交易营业部、中国银河证券有限责任公司北京虎坊路证券营业部、北京望京西园证券营业部总经理的职务便利，以为本单位运作资金的名义，多次指令时任上述营业部财务部经理、总经理助理的章蓉，从营业部的70余个资金账户内，提款共计人民币6536万元，杨彦明将这些款项予以侵吞，案发后拒绝交代赃款去向。
2008年7月17日，北京市第一中级人民法院再次以贪污罪和挪用公款罪判处杨彦明死刑；章蓉以国有公司人员失职罪，判处有期徒刑6年。
一中院判决书认定，1998年6月至2003年8月间，杨彦明多次指令时任上述营业部财务部经理、总经理助理章蓉，从营业部的72个资金账户内提款400余笔，共计6536余万元，都由章蓉交给杨彦明。
对于杨彦明及辩护人关于指控杨彦明将公款6536余万元予以贪污的证据不足，章蓉将钱交给杨彦明的说法缺少客观证据及赃款下落尚未查明的辩解及辩护意见，经查：章蓉证实其按照杨彦明的指令将提出的每一笔现金均交给了杨彦明，在案发前杨彦明承认收到了章蓉给予的钱款，营业部副总经理亦能够证实，对此杨彦明在被抓获后也多次予以供认。因营业部部分资金运作由杨彦明负责，并且杨彦明是章蓉的上级领导，章蓉接受杨彦明的指令进行提款，在将款交给杨彦明时，双方之间没有财务手续的事实与其他事实中的提款手段一致，符合一定的客观实际。杨彦明作为营业部的负责人，在章蓉提取的资金所涉及的金融业务到期，客户催要资金时，采取既不审查，又不说明理由，长期拖延的行为，与其曾经承认收到相关钱款的供述相吻合。杨彦明拒绝说明巨额赃款去向，但并不因此影响其将赃款侵吞的构成要件。因此，法院认定杨彦明和律师的辩护意见不予采纳。
最后一搏，赃款行贿引发各种猜测
两次一审，两次死刑。杨彦明心有不甘，再次向北京市高级人民法院提起上诉。杨彦明只对一审判决中四项犯罪事实中的第一项提出了异议，认为一审判决认定他将章蓉提取的6536万元予以贪污的事实不清、证据不足。杨彦明只拿过他向章蓉要的钱，但仅凭章蓉的证言不足以证明客观事实。
杨彦明的辩护人也提出，现有的证据只能证明章蓉从账户中提取了6536万元，但不能准确证明章蓉将6536万元如数交给了杨彦明。另外，巨额款项去向不明，其中相当一部分是向有关官员行贿了，保留着杨彦明的生命，也就能为将来查处其他受贿案件提供有效线索。本案为经济犯罪，不宜处以死刑立即执行。
与此同时，章蓉虽然对一审判决认定其犯国有公司人员失职罪不持异议，但她认为自己有自首情节，请求从轻处罚。
