德王与淮王走后，天启下旨查抄福王府，福王世子从宗人府中除名，削夺藩籍，发配云南。天启此举在民间议论纷纷，坊间传闻，皇帝彻底扫除福王一系，其实是在给泰昌帝报仇，发泄万历时二王争位的怨气。
同时，携胜归来的孙传庭，在朝中搏得了一个“知兵”的名声，天启顺势将他从兵部主事的位置上摘下来，安插进都察院，任兵科给事中。
没过几天，首辅叶向高肺疾恶化，咳喘日甚，连上三折请归故里。天启看他年纪确实大了，再这样折腾也于心不忍，于是便准了他的请辞。九月初二，首辅叶向高去职，周嘉谟继为首辅。
此时内阁又只剩下两个人，而且没有一个是浙东一系，这自然引起了朝中许多人的担忧。九月初四，左佥都御史左光斗上疏，“今首辅去职，周次继之，阁臣唯二人，恐有独相之嫌。请陛下即刻增补，划割权筹，以为制衡。”天启看后，欣然接受，命吏部上荐表以供参考。
然而，这份荐表却引起了浙东党人的不满。东林党和以地域为核心的乡党不同，它是一个以政治纲领为核心的近代化政党，党徒来自全国各地，三藩之乱时，盐商集团与货商集团的合作并不算成功，特别是徽商的中途跑路，让东林党内部对徽派也甚为不满，左光斗作为安徽人，提出增补阁员的意见本来是为了讨好党内要人，但是吏部尚书周嘉谟却存了别的心思。
周嘉谟虽然没有被裹挟进入楚党，但是作为湖北人，他对楚党是天然同情的。天启皇帝命吏部提交荐表，周嘉谟便趁此机会，将尚在狱中的熊廷弼给写了进去，这让浙东党人大为光火。当年辽东战败，浙东党人集合全部火力对准熊廷弼，甚至不惜将杨涟递上来的求情奏折私下扣留，费了九牛二虎之力才把这人个整到牢里去，斩掉了楚党在朝廷中最大的一股军事力量，现在周嘉谟又要放虎归山，而且是摆进内阁这么一个关键的位置，这让他们怎么能同意。
九月初八，御史吴应奇弹劾内阁首辅周嘉谟，“…嘉谟任人唯亲，为阁首而不思正，事天官又不得圭。廷弼戴罪下狱，嘉谟反荐其阁，岂不为同党谋脱身耶？……”随后，又有七八个御史接连弹劾周嘉谟，这让周嘉谟自己都有点坐不住了，他亲自跑到乾清宫跟天启说，“臣居首辅，百官皆不忿，不如罢臣官，以平悠悠众口。”
天启心说，好不容易熬死叶向高，怎么可能把你放走呢，于是劝周嘉谟，“卿居中阁，朕心甚安，鸾台劾奏不过风闻，做不得真。”刚把周嘉谟劝回去，九月初十的朝会，浙东党人又开始搞事。
天启坐在太和门里，百官站在门下窃窃私语。就在刚才，御史冯三元当面弹劾周嘉谟，“吏部、内阁皆掌于一人，其权何隆焉，今日安插一人，明日排挤一官，后日朝廷皆是周相亲眷矣！”冯三元的话气的周嘉谟横眉怒目，“万岁明鉴，臣今日便可挂冠还乡，以绝谣言！”
一众大臣在下面叽叽喳喳吵得人脑壳疼，天启朝魏忠贤招了招手，悄悄跟他耳语两句。魏忠贤转身一溜烟跑进宫里去，没过多久，却提着一个铜锣跑了回来。
“铛铛铛……”魏忠贤举起锣就是一顿敲，门下的百官吓了一跳，顿时安静了下来。
“这县衙里都有块惊堂木，太和门里摆桌子却太局促了些，索性，朕就用这惊堂锣来给大家提个醒，吵够了，就该朕说话了。”门下的大臣们都抬着头，看天启到底如何决断，“吏部尚书和内阁首辅加封一人，确实不妥，这样吧，免去周嘉谟吏部尚书一职，由吏部右侍郎张问达接任，如何？”
张问达是东林党人，由他接任吏部尚书，浙东一系自然是不会反对，而周嘉谟能保住内阁首辅的位子，齐楚党人也不好再得寸进尺。于是，天启命张问达重新拟一份荐表上来。
天启本以为事情到此应该能平息了，但是显然，周嘉谟的一手操作让齐楚和浙东两派都想起了大牢里还躺着一位熊大人。九月十三，刑部尚书黄克瓒上疏，请再审熊廷弼案，黄克瓒本是福建人，但是因为和东林党人不和，因此转投了楚党，他和熊廷弼交情不错，私下经常到刑部大狱去看望他，这次周嘉谟的荐表让他觉得是时候重新“审一审”熊廷弼的案子了。
黄克瓒的奏折一上，顿时又引爆了浙东党人的火药桶。
“这些湖广的蛮伢子真是不讲道理，熊廷弼摆明了是个死人，还非得跟我们过不去，这不是自讨苦吃么？”望春楼里，一群科道围坐在一桌酒菜前，侃侃而谈。
“嘿，他们要审，可以啊。”冯三元摇着折扇，“不过，这么大的案子，总不能由他刑部一家说了算，我都察院和大理寺都得掺一脚才行。”
“对对对，不能他一个审！”冯三元的话让姚宗文颇受启发，“三堂会审，看谁的声音大！哈哈哈……”
“浙东一系在都察院占了大半，大理寺卿潘文又是个东林党人，这三堂会审，只怕是会送熊廷弼上菜市口磨闸刀。”乾清宫里，天启的桌上摆着两封奏折，一封是新的入阁荐表，一封则是都察院请求三司会审熊廷弼。天启考虑再三，与其让东林党轻易把熊廷弼弄死，还不如自己下旨处罚熊廷弼，这样起码能保他一条性命。
九月十六日，天启下诏：“熊廷弼督师辽东三年有余，战事起伏，然关口巍然不坠，此时败军非战之罪，然丧师而回亦不可轻恕。着免其官身，革去功名，查抄家产，发配台湾充为庶民。”天启这旨意一下，浙东和齐楚都不太满意，浙东希望熊廷弼死，这下没死成，齐楚又希望熊廷弼起复，这下彻底没戏了。于是两边的御史都跟天启打报告，说这旨意不行，您再考虑考虑，天启统一回复：“不听。”
九月十七日，关押近一年的熊廷弼终于从狱中释放，天启特意召见他。
天色阴霾，幽风渐起，天启站在乾清宫门前，五味杂陈，“熊卿，此去三千里，多保重。”
熊廷弼穿着一身灰蓝布衣，跪拜在乾清宫前院中，头发已经大半花白，“草民苟且性命，已是万岁隆恩，再不敢做他想。”
“你到台南去投奔淮王，他不会亏待你的。”天启说着，将一个青色的布包裹递给魏忠贤，让他交给熊廷弼，“别在淮王面前提朕，他怨气大着呢，这包裹里是三百两银子，拿去路上打点押解的狱卒吧，莫要受罪。”
熊廷弼接过包裹，泣不成声，“草民……谢过吾皇，吾皇万岁万岁万万岁……”
熊廷弼的事情料理完了，朝臣的视线又回到内阁增补上来，张问达新推荐入阁的人选就两个，孙承宗和杨涟。孙承宗自不必说，杨涟现在还在辽东当巡抚呢，他要入阁，得先从辽东调回来才行，不过显然张问达早就考虑到了这个问题，他提议让陕西巡按阎鸣泰到辽东去接任辽东巡抚。可是阎鸣泰走了，谁又来接任陕西巡按呢？
巡按甄选不经吏部，而是由都察院从监察御史中直接挑选，作为地方最高监察长官，这可是个凌驾于巡抚之上的重要职位，都察院里为此自然又开启嘴炮模式，齐楚一系非常想要拿到这个位子，毕竟陕西可是西部重镇，西安更是自古繁华的地界儿，能在这里扎下根来，对齐楚一系大有裨益。奈何，都察院中浙东党人的势力总归是要比齐楚强上一些，论吵架，人家就是比你声音大。朝廷里官员这么多，皇帝也不可能人人都认识，总归是谁举荐的多就用谁，最后便把袁可立给抬了上去。
九月二十日，天启下旨，召杨涟回京，加礼部尚书衔，授文渊阁大学士，加孙承宗为东阁大学士，任次辅。同时调阎鸣泰赴辽东任巡抚，监察御史袁可立接任陕西巡按。
