秋瑾在故乡绍兴度过了两三年自由奔放的少女生活之后，便跟随母亲离开故乡前往台湾，和她在台湾某地任知县的父亲一起生活。大约在1893年前后，秋瑾的父亲调往湖南任职，秋瑾和母亲也随同来到了湖南。第二年夏天，父亲调任湘潭厘金局（税务机关）总办，秋瑾一家又搬到了湘潭。这时，秋瑾已是待字闺中的大姑娘了。
湘潭在清末已是有近百万人口的大县，商业和手工业都很发达，时有“小南京”之称。当时住在十八总（街道名）的王黻臣，因帮曾国藩家管账目，随同曾国藩在镇压太平天国运动中发迹，成为有“百万富翁”之称的大富户。此人早就与秋瑾父亲秋寿南相识，秋寿南调到湘潭任职后，两人更是“时相过从，渐成莫逆”。再加上秋瑾素有“才女”之称，在亲朋之间很有知名度。所以，王黻臣便托朋友李某到秋家为小儿子说亲，要娶秋瑾当儿媳妇。男大当婚，女大当嫁，这是天经地义的事，况且秋王两家门当户对，又是莫逆之交，因此这门亲事一说即成。
秋瑾一开始就不情愿这门婚事，怪父母没有了解清楚男方的人品、性情、学问。然而，不论父母怎样爱怜自己的儿女，儿女都逃脱不了听从“父母之命，媒妁之言”的封建婚姻制度的束缚。就这样，在1896年初夏，秋瑾同比她小四岁的王子芳结婚了。这王子芳虽然生得面目清秀，潇洒风流，有点儿文名，但他是个养尊处优的纨绔子弟，为人妄自尊大，又不讲信义。热情奔放、豪爽不拘的秋瑾，同他根本没有感情可言，更谈不上有共同的生活志趣了。秋瑾的婆婆是个性格暴躁、思想守旧、对人极严的人，秋瑾服侍稍有不周，便遭她的斥责。这些，对于酷爱自由、性烈过男、自尊心极强的秋瑾来说，都是难以忍受的。但是，在那“出嫁从夫”的封建社会里，不管夫妻如何琴瑟异趣，甚至受虐待，女子都必须从一而终。此时的秋瑾痛苦极了，正如她后来在《精卫石》中所说：“重重地网与天罗，幽闭深闺莫奈何！”她无以排遣心中的抑郁，只能借酒浇愁或写诗泄愤。她在《梅》十章中借梅自喻，叹息此生未遇知音；在《谢道韫》中，她表达了对才女不得嫁诗人的惋惜；她写于新婚之夏的《思亲兼柬大兄》诗，更深刻地表达了缺少知音同调的痛苦和不满。
虽然秋瑾的遭遇不幸，内心痛苦，但是没有丝毫减损她的正义感和同情心。当时王家有个女佣人吴妈，她儿子在乡下老家租种了地主曾五爷的田。因为那年遇到旱灾，颗粒不收，吴家交不上租米。曾家上门逼租，吴家跪地求饶，也无济于事。可是曾家却想出一个狠毒的办法——诬告吴妈儿子是私盐贩子，写状子告到当时在湘乡任盐务督销的秋寿南衙门。那年头贩私盐是犯法的。这曾五爷是曾国藩本家，和王黻臣有亲戚，所以吴妈不敢把这事告诉主人王家，但是又怕儿子吃官司，只有暗中着急流泪。秋瑾知道这件事后，非常同情吴妈，就找借口回娘家，把实情告诉了父亲，请求父亲主持公道。秋寿南听完女儿所说，明白了事情的曲直，但是碍于亲家关系，觉得事情很难办。可秋寿南毕竟是耿直的人，清正的官，最后还是秉公处理了这桩案子，使吴妈儿子免去了一场灾祸。
正在秋瑾挣扎于王家的“网罗”中时，中国的政治局势发生了很大的变化。中日甲午战争，中国惨败；1895年4月17日，清政府与日本签订了丧权辱国的《马关条约》，日本割去台湾、澎湖及辽东半岛，还要中国赔款二万万两白银，开放四个商埠。消息传开，激起全国人民的强烈反抗。以康有为为代表的一千三百多名举人联名上书，要求“拒和”、“迁都”、“练兵”、“变法”。接着，康有为、梁启超等人，在北京、天津、上海、广东等地，创办报刊、组织学会，大力提倡变法救国。湖南省的变法运动尤为活跃，谭嗣同等一批维新人士开办“时务学堂”，设立“南学会”，办起《湘报》、《湘学新报》，宣传变法新事物，大大开通了以“守旧闭化名天下”的湖南的社会风气。这种社会风潮自然给秋瑾以积极的影响。她常叫人买来新报新书来读，使她大开眼界，接受了许多新鲜事物。
1898年9月，慈禧太后发动宫廷政变，戊戌变法运动很快就失败了。于是，一切都恢复了原来的样子。官场更加腐败，卖官鬻爵之风更盛。就在这时，王子芳花了近万两银子买了个户部主事的京官，带着秋瑾进京赴任了。到北京之后，秋瑾一家住在南横街圆通观斜对面的一所小宅子里。当时，正值戊戌变法运动失败，封建腐朽势力甚嚣尘上，帝国主义列强展开了疯狂瓜分中国的罪恶活动。秋瑾对从官场人物和王子芳那里所见所闻的那种满眼俗气、醉生梦死和各种腐败无能、勾心斗角的现象，非常厌恶；而危如累卵的国运，更使她忧心忡忡。有一天，秋瑾去北京附近的黄金台游览，借景抒情，写下《黄金台怀古》一诗。诗中说：“蓟州城筑燕王台，招士以财亦可哀！多少贤才成底事，黄金便可广招徕？”她借用历史故事，嘲讽了清末官场上卖官鬻爵的丑行。
国家正处于风雨飘摇之中，俄、日、美、英、德、法、意、奥八个帝国主义国家，组成联军开进中国，血腥屠杀中国人民，野蛮地抢掠中国财富。为了避难，秋瑾和王子芳匆忙离开北京，回到了湖南。早已对“红毛鬼”和清政府的反动统治深为憎恨的秋瑾，在湖南不断听到八国联军烧杀抢掠的消息，心中非常愤恨。她在这时写下《杞人忧》一诗：
幽燕烽火几时收，闻道中洋战未休。
漆室空怀忧国恨，难将巾帼易兜鍪！
这首诗的意思是：听说中国和洋人在京津一带的战争没完没了，我身居这黑暗的闺阁之中空怀报国之志，却很难脱下红装戴上盔甲上阵杀敌。
就在这国家、民族遭受大劫之时，又传来了家庭的巨大不幸。1901年11月26日，秋瑾的父亲秋寿南在湖南桂阳知州任上病逝了。秋瑾的兄弟将父亲灵柩护送到湘潭安葬，秋瑾的母亲也跟随来到了湘潭。办完丧事之后，秋、王两家就在湘潭合股开设了“合济钱庄”，以维持生计。可是秋家不善经商，再加所托非人，钱庄开业不到一年，本金亏折殆尽，宣告破产。从此，秋家在政治上、经济上都完全衰落不振了。
秋瑾在湖南避乱的这段日子里，心中仍然关心着国家大事。庚子之变后，慈禧太后为了登上统治宝座，一面向帝国主义屈膝投降，一面残酷镇压人民反帝斗争，激起全国人民的愤怒。一大批资产阶级民主革命人士纷纷起来，宣传反清革命的思想。这时，秋瑾看到了资产阶级革命家陈天华写的两本小册子《猛回头》和《警世钟》。陈天华以真挚的爱国热情、激愤的语言揭露清政府的腐朽反动本质，动员人民起来革命，把反帝爱国斗争进行到底。秋瑾读了这种书，受到深刻的启发、教育，她欣慰地称陈天华是使自己“启蒙开智”的人。她明确认识到，要挽救国家的危亡，必须追求光明——起来革命，推翻清政府的黑暗统治。
1903年春天，王子芳赴京复职，秋瑾随他“重上京华”。两年多以前八国联军在京、津一带的野蛮暴行，沿途城乡满目疮痍的情景，都使秋瑾对帝国主义和清政府的愤恨之情加深了，对祖国前途的担忧之情更加强烈了。她深深感到国家民族已经到了危急关头，作为一个中国人，岂能坐视不管？她虽然“身不得，男儿列”，可是她的“心却比，男儿烈”。尤其是当她想到历史上有名的女豪杰、女英雄时，一种胜过男儿的自信心与自豪感又油然而生，她认为：“肮脏尘寰，问几个男儿英雄？算只有蛾眉队里，时闻杰出。”于是，她走出了自我改革的第一步——放足（就是把缠裹着的小脚放开，尽量使它恢复原样）。她不但自己放了足，而且还在京城里联合几个女子组织了“天足会”，动员更多的妇女放足。与此同时，秋瑾还大胆地穿起了男装：上着男西装，足登茶色皮鞋，头戴蓝色鸭舌帽。当日本女友第一次见秋瑾时，都分辨不出秋瑾是男是女。后来，这位日本女友问她为什么要这样打扮时，秋瑾说：“我想变成比男子还强的人，首先从外貌上变，再从心理上变。”秋瑾自号“竞雄”，意思是要与男子竞赛争雄。
秋瑾日趋解放的思想和行为，使王子芳深为不安和不满。他时常干涉秋瑾的行动，甚至厉声呵斥、责骂，这自然引起秋瑾的憎恶，加深了本不和谐的夫妻感情的裂痕。在他们回北京的这年中秋，王子芳叫秋瑾准备酒菜，要宴请客人。秋瑾忙碌了一天，准备好了宴席，可一直等候到傍晚，也不见王子芳和客人的面。原来王子芳被人拉去逛妓院了。秋瑾是个刚烈女子，何况她又受了新思想的熏陶，于是她就以行动来反抗丈夫的言而无信、纨绔恶习。她穿着西装，带着仆人看京戏去了。这一大胆的举动惹恼了王子芳，当晚，他竟然动手打了秋瑾。实际上，秋瑾会武功，王子芳本不是她的对手，可是她暂时忍让了。夜深了，她对着孤灯，回顾几年来的婚姻生活，感到无限的悲伤，难道就这么一辈子幽囚在家庭中？难道就这么同那卑鄙、无所作为的丈夫生活一辈子？不能！第二天一大早，她带上必需的生活用品，离家出走了，到泰顺客栈住了下来。秋瑾的这一反抗行动，使王子芳非常难堪。他大小也是个京官，妻子离家出走，这不但有损他的面子，而且还有社会舆论的压力。因此，他再三恳请秋瑾的女友们从中调解，又派丫环仆妇们三番五次地前去劝说。秋瑾被花言巧语劝说回家后，才知自己又上当了。原来王子芳并无悔改之心，反而对秋瑾的限制、管束比以前更严了。秋瑾在忍无可忍的情况下，第二次出走，来到新宅纱帽胡同的女友家住了下来。
秋瑾第二次住进京城时，结识了一位女友名叫吴芝瑛。吴芝瑛是清末著名的“桐城派”学者吴汝纶的侄女。她的丈夫廉泉也是一个思想开明的人物。两人因近邻关系而相识，一见如故，情趣相投，便成为了志同道合的朋友。在吴芝瑛家里，秋瑾经常看到当时出版的一些新书、新报。这些书报大多是由一些进步青年在日本或上海等地出版的。她如饥似渴地用心阅读，眼界不断扩大，思想境界不断提高。她经常写诗来抒发情感、表明志向。她在《宝刀歌》中说：
赤铁主义当今日，百万头颅等一毛！
沐日浴月百宝光，轻生七尺何昂藏？
誓将死里求生路，世界和平赖武装。
诗的大意是说：今日世界通行铁血主义，战争不断，杀人百万如同儿戏。久历沧桑的宝刀闪闪发光，我个人身躯何足珍惜，决心拼命为祖国杀出一条生路，世界和平只有靠刀枪！
她在《宝剑歌》中写道：
炎帝世系伤中绝，茫茫国恨何时雪？
世无平权只强权，话到兴亡眦欲裂。
千金市得宝剑来，公理不恃恃赤铁。
死生一事付鸿毛，人生到此方英杰。
这首诗的大意是说，真痛心炎黄子孙面临断绝的境地，这茫茫的国恨何时才能昭雪？世界上没有平等的权利而只有强权，说到国家兴亡之事我眼眶都气裂了。花了许多钱买来这把宝剑，为的是世界不靠公理而靠武力。我把生死一事看做轻如鸿毛，人到这时才能成为英雄豪杰。
如果说以前秋瑾是为不幸的婚姻而苦恼，那么现在，她却为祖国的前途而深切忧虑了。她不愿意守在王子芳身旁，再过碌碌无为的日子了。她对吴芝瑛说：“一个人生活在世界上，应当救国救民，对社会作出贡献，以实现自己的抱负，怎么可以一辈子都把自己的精力放在柴米油盐这类生活琐事上呢！”于是，她开始苦心思索如何追求光明，怎样实现理想抱负。恰在这时，中国出国留学的青年日益增多，仅到日本一国去的，就从每年二三百人增加到一千三四百人。秋瑾下决心要出国留学，到国外去寻求真理，结识更多的同志，回国后为追求光明而战，为挽救祖国而战！
王子芳坚决反对秋瑾出国。他不但没有给秋瑾以资助，反而偷走了秋瑾陪嫁的珠帽、珠花等财物，以此来断绝秋瑾的经济来源。秋瑾心志已决，万难转回，她把剩下的一些首饰变卖了，艰苦地凑集了一笔留学经费。
正当秋瑾为筹集费用而各处奔走时，忽然听说前礼部主事王照因与维新派有牵连而下狱。秋瑾出于对维新派的同情，便不顾自己留学经费不足，从中抽出一部分，托人送给狱中的王照，让他上下打点，好早日出狱。秋瑾和王照素不相识。她的侠肝义胆、慷慨济人的行为，深深地感动、教育了许多人。
1904年6月28日，秋瑾与回国探亲的日本女友服部繁子一道，乘火车离开北京到塘沽，搭乘法国客轮“独立号”东渡日本，迈出了她人生中具有决定意义的一步。
