鲁王、唐王政权建立后，并没有很好地联兵破敌。
顺治三年（1646年）正月，清廷任命博洛为平南大将军，率兵进攻福建和浙江，派早已降清的明将洪承畴坐镇南京，以军事和招抚两手，征服东南沿海地区。在重兵进剿下，各地抗清义军先后被清军剿灭。六月，南明江防大将方固安降清，钱塘江防线被攻破，绍兴、温州、金华、台州等浙东要地相继失守。鲁王在张名振的护卫下，南逃浙江舟山。鲁王政权形同瓦解。八月，清军南下进攻福建，直指福建门户仙霞关。
隆武帝即位后，原是有心恢复明朝社稷收拾河山的。无奈他兵财两空、形同傀儡。郑芝龙控制的隆武政权，依闽浙交界的仙霞岭为天险，既不肯以实力声援鲁王和江上义军，也不出兵北上抗清，清兵得以顺利占据长江中下游广大地区。
此时，博洛决定接受洪承畴等人的献策，招抚郑芝龙。郑芝龙之所以拥戴唐王称帝，并非为中兴明室着想，很大程度上是政治投机。通过拥立，他希望在隆武政权中取得举足轻重的地位，为自己积累了更多的政治资本。现在，清朝大兵压境，南明国势岌岌可危。郑芝龙不再愿为保隆武政权而牺牲自己的实力和庞大的家产。他接到招抚信后，见清廷许以高官，便决定投诚。他私下许诺，当清军来时，肯定会“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师”。
察觉到父亲对明室心怀贰志，郑成功非常气愤。
不久，郑成功又向隆武帝递上他经过深思熟虑所写的抗清奏疏，其中列有“据险控扼”、“拣将进取”、“航船合攻”、“通洋裕国”等建议，隆武帝深以为然，晋封郑成功为忠孝伯，赐尚方宝剑，挂招讨大将军印，命他前往镇守军事重地仙霞关。
仙霞关位于浙江、江西、福建三省交界处，是福建的门户、隆武政权防御的要害。此关一旦失守，福建即失屏障。
对于郑成功率兵前往仙霞关镇守的举动，郑芝龙十分恼火。原来，郑芝龙已和清军暗中勾结，答应撤出仙霞关防兵，以便清兵长驱直入福建。
郑成功领旨后，便自带亲兵火速登程。郑成功到仙霞关后发现此处防守实已废弛。他决心重整防务，誓死守关。从此关上立刻呈现厉马秣兵、剑拔弩张的临战景象。
期间，他写信给郑芝龙，要求增兵增饷，郑芝龙不仅一兵不发，就是粮饷也时断时续。不久，郑芝龙又派心腹蔡辅来关，向之前防守仙霞关的守将其心腹施福传授密令：只要清军一来，立即率守军全线撤退。同时，蔡辅还向郑成功暗示了郑芝龙命他撤军之意，遭到郑成功严厉的斥责。过了几天，郑成功老家又有人送来急信，说是郑成功母亲田川氏病重，思子心切，要成功速归省亲。郑成功不知其中有诈，交待他的部将陈辉、张进等加意守关，自己急忙回乡探亲。
郑成功赶回家中，见母亲并未生病，也不知道送信的事，恍然大悟，知道中了郑芝龙的调虎离山之计。
他立刻辞别母亲，急速带领亲兵往回赶。途中，他们便听到了仙霞关失守的消息。原来在郑成功走后，施福立即拿出郑芝龙的手谕，命令守关兵马全部退进关来。
在郑芝龙下令尽撤仙霞岭200里防线之兵后，八月，清将博洛率军顺利越过仙霞关，进逼福州。在福州吃紧之际，郑芝龙给隆武帝朱聿键上奏，假称海盗侵袭安平，他必须回师急救。奏章递上，不等隆武帝批准，他便匆匆率兵而去。清兵南下如入无人之境，隆武帝失去依靠，只得带领少数人马，仓皇自福建向江西出奔，行至汀州，被清军俘获，绝食而死。至此，隆武政权宣告灭亡。郑成功怀着国破君亡，愤恨交加的心情，暂时回到了安平镇。
