刘浩然对地方行政机构也做出了调整，由于此前官职品轶定得不是很合理，严重的降低了地方官的品级，使得中央权柄过重，而地方力量太小，无法制衡。毕竟很多政策、律法都是从上而下而来，地方权职太小就不敢得罪上官，只好诺诺唯命从事，许多错误也不敢提出和反驳。
因此刘浩然准备将地方官员的品轶升上去，根据他的调整方案，各省布政使为行政主官，参政为行政副职，原本的一省一个布政使、三四个参政继续保留，重要的职能厅，如内政厅、吏务厅的佥事加参议衔，直接组成省布政司参议会，而加参议衔的佥事则比一般厅的佥事高半级；府县也是如此，府衙由知府、同知、加协赞衔的主事组成府协赞会，县衙由知县、县丞、加协理衔的主簿组成县协理会，各自为各级地方处理政务的最高机构。
副相大学士为从一品，只有首相大学士为正一品；直学士为正从二品，各部尚书为正三品，侍郎为从三品；各省布政使为正三品，参政和加参议衔的佥事、首府知府为从三品；知府为正四品，同知和加协赞衔的主事、首县知县为从四品；知县为正五品，县丞和加协理衔的主簿为从五品；各县局主簿为正六品，副主簿从六品，各县局下属科室主官佐郎、乡正为正七品，副佐和乡保（副乡长）为从七品；八品和九品不分正从。
大家仔细看了一下，很多宦海沉浮的官员很快就看出名堂了，首先这各省布政使、参政、参议都无形中升了一级，和阁部的尚书、侍郎都是平级的，而知府、同知和各省职能厅佥事、阁部的诸司员外郎都是一个级别的。看来皇帝陛下是准备加强地方权职了。以后到地方去任职，这才算是一员封疆大吏了，不像以前，与阁部大佬们品级差了一级，都不好意思抬头了。
第二是这升职看来要分为几个关键门槛了，按照调整的制度，司政考举成功后，一年“见习期”一过，自然是九品，优秀者直接为八品。熬两年磨堪期，升到正从七品是个关键，表现好的，动作快的，下到乡里当个乡正、乡保，正从七品就到手了，比别人要快一步。要是差一点，恐怕只能多熬一两个磨堪期，上司看在你资历足够的份上，给你一个从七品级，可是不到乡里历练，恐怕没有那么顺利升正从六品，迈过第二道门槛。毕竟正从六品都是佐郎官，都是有些实权的。从正从六品升正从五品是第三道门槛，而且难度极大，可能有些人一辈子也不见得能升上来。正从五品升正从四品，恐怕更难，只有升上四品官，你才算是踏上仕途青云。要是能升上正从三品，那真是要万中挑一。想到这里，这些人不由想起那些国试庶吉士，翰林院一年下来，直接授正从六品官，比人家足足快了好几步，就算考不上庶吉士，一个中举起码也是正从七品，比省试的举子们快两步。
公布这些调整方案之后，大家都知道，皇帝陛下接下来恐怕是要进行职位大调整。今年已经是明历六年了，很多布政使、尚书、侍郎都已经做了好几年了，也该挪挪位置了。
果然，刘浩然先从地方调整起，浙江布政使、湖北布政使、湖南布政使、江西布政使、广西布政使、广东布政使、贵州布政使等纷纷易人，由其他省参政表现出色者或阁部侍郎出色者接任。
接着刘浩然宣布孙炎出任吏部尚书，加直学士衔，罗复仁出任学部尚书，加直学士衔，宋思颜出任计部尚书，加直学士衔，杨元杲出任商部尚书，詹同出任农部尚书，章溢出任户部尚书，胡琛出任工部尚书，郭景祥出任营造部尚书，范常出任出任运转部尚书，所遗河北、山东、山西、陕西布政使则由原浙江省布政使汪睿、湖南布政使王濂、福建布政使詹同等人接任。其余各省布政使、参政又是一番换防，每省都要动两三个人。
内政部尚书这一热门由原法务部侍郎，调查局都事刘存礼出任，还加了直学士衔，一家伙迈入从二品大员。没办法，谁叫人家是童子营第一批出来的，是皇帝陛下嫡系中的嫡系，这么重要的部门，交给别人，不要说皇帝陛下放心，就是别人也不敢接手。原外务部侍郎，都知司都事杨宪终于当上了外务部尚书，让一直与他暗中相争的夏煜嫉妒不已，不过好歹他也被放任广东省布政使，成了一员封疆大吏，也不差到哪里去，也是正三品官职。他俩所遗留的都知司、监察局由刘浩然的国务秘书，第二次国试科举探花-陈志远和童子营出来的刘存久接任。
在会上，刘浩然严厉批评了主管“新闻监管”的礼部侍郎何谦之，夏时安上书一案原本闹得不大，就是因为“新闻监管”不力，让两封上书居然见报，结果酿成了一场事件。
何谦之被训得满头是汗，他的前任是刘存信，由于北方战事，刘存信被抽调去顺天府担任同知，而刘浩然出于拉拢江南学派支持他对北元作战，于是让出身江南学派，立场还算中立的何谦之接任。想不到出了这么大的篓子。
刘浩然话落音，何谦之站起身来，拱手向刘浩然道：“陛下，臣自知失职，不敢再恭据要职，现向陛下请辞。”
“准了！”刘浩然毫不犹豫地答应道，“就由徐茂诚接任吧。”
徐茂诚字昌信，是首次科举榜眼，也做过刘浩然的国务秘书，后来转职吏部、礼部行走，又后出任地方知府，现在为江苏省参政。
听到这里，礼部尚书钱用壬也站起身来向刘浩然请辞，也被准了，出人意料的是礼部尚书由原贵州省布政使胡惟庸接任，还加直学士衔，直接步入中枢。胡惟庸在贵州省干得不错，将整个贵州省治理得井井有条，不仅配合着贵州都指挥使击退几次云南梁王的进攻，还平息了好几次省内土司造反，更绝的是他一手协助进剿，一手大玩手段，鼓惑大批山民走出深山老林，到指定的坝子居住，建立城镇，加上他年年走李善长的门路，李善长对其印象不错，每年磨堪都有优，又几次向刘浩然推荐，因此入了帝心。
周祯也交卸了法务部尚书一职，交由法务部侍郎左泉道接任，专心当他的“政法高官”去了，因为他分管的部门除了内政部、法务部之外，还有新设的专门负责监管大明国家机密的保密局以及监察局等机构。
各部尚书、侍郎换了一大半，就陆军部、海军部没动，直学士也换了一批，就大学士没有动，还是那四位。刘浩然以国事军政不可分开为由，补冯国用为大学士，凑足了五人，补刘存孝、缪大亨为直学士，加上吏部尚书孙炎、陆军部尚书刘基、海军部尚书俞廷玉、学部尚书罗复仁、计部尚书宋思颜、内政部尚书刘存礼、礼部尚书胡惟庸、应天府府尹杨元杲，凑足了十人，比原来少了六个，原本要凑足十一个单数，但是属意的参军总长让冯国用兼领了，只好空缺一位。
而刘浩然让军方进入大学士和直学士是经过深思熟虑的，军政现在已经划分得很清楚了，而且也各成体系，不相往来。但是过于分割了又不太好，进入热兵器打得就是钱粮，没有行政单位的财政支持，军方也难，现在预算和开支都掌握在内阁计部和陆海军部手里，军方必须在大明最高国事会议上有自己的声音，不能事事靠皇帝陛下去争取。
而削减直学士也是为了避免内阁中互相钳制，有的侍郎加直学士衔，比尚书还要牛逼，这让高一级的尚书如何处理和协调事务？
刘浩然还指定了各地方必须加衔的官职，如各省，除了一个布政使、三个参政，都指挥使，吏务厅佥事、内政厅佥事、礼事厅佥事必须加参议衔。这四个官职换到另一个世界，一个省军区司令员，一个是省组织部部长兼人事厅厅长，一个是省政法高官兼公安厅厅长，一个是省宣传部部长兼统战部部长，不入常委行吗？还有一个必须加参议衔的就是省治所在府的知府，而府加协赞、县加协理衔就以此类推。算下来，地方上各级都是九个“常委”，只有县比较特殊，因为它不可能让一个乡正加协理衔，只好补了一个计事局主簿。
刘浩然接着宣布，所以退仕的尚书侍郎均加授荣禄资政大夫之职，虽然是个虚职，但是刘浩然新设资政院，请这些荣禄资政大夫就职，赞襄国事，尤其是在律法制定上，刘浩然言明会重点考虑资政院的意见。同时，刘浩然也宣布将从大明各地各界中选出贤能达士，授予资政大夫一职，代表各界百姓的利益，参与到律法制定上来。
讨论完这些东西，刘浩然又提出一个让众人议论纷纷的调整，那就是设立几大卫戍区。刘浩然在心里其实不愿意搞这种大军区制，因为这样很容易引起将领拥兵自重，唐朝节度使就是一个例子。不过刘浩然考虑了很久，最后还是决定采取这种大军区制，这是因为在当前的通讯条件下，建立美国那种只设几个指挥司令部，打起仗迅速调集兵力就行的体制是不可能的，必须建立一套有一定应变能力的区域军事防御指挥机构。
刘浩然计划在东北成立辽阳卫戍区，负责辽宁、三江、省的防务，并负责对朝鲜的监视；在华北成立北京卫戍区，负责顺天府、河北、集宁、山西的防务；在漠北成立和林卫戍区，负责和宁、益兰、岭西的防务；在西北成立西安卫戍区，负责陕西、甘肃和将来将收复的青海的防务；在北方还成立东京卫戍区，负责河南、山东的防务；在东南成立南京卫戍区，负责江苏、浙江、安徽、江西的防务；在中南成立武昌卫戍区，负责湖南、湖北和贵州的防务，在南方成立广州卫戍区，负责广东、广西和福建的防务。至于耽罗岛、琉球岛、台湾岛、海南岛则直接交由海军负责防务。
这几大卫戍区的主官为大都督，各自下属有录事长、参军长，有各自独立的参军署、军政署和军辎署。负责各卫戍区防务建设规划和各所属常备、守备部队的日常管理和训练，实施联勤保障，战时即为该卫戍区指挥机构，负责对该区下辖的各陆军指挥作战。
为了防止卫戍区大都督拥兵自重，刘浩然设定了各种措施。首先严禁各卫戍区对辖区各省地方官府和司法机构进行任何的干涉；军费军辎下拨制，各卫戍区的军费和辎重物资均由军辎司下拨，各区不得向陆军部索要和订购；平时没有调兵权，除了经过枢密院批准，军令司下达指令进行军事演练；换区招募兵源，也就是北京卫戍区下辖的各省招的兵必须到辽阳卫戍区入伍；军官轮换制，即军官从哨长升到都营都可以在原部队，但是一旦升到团统领，必须换到另一师，升到师统制，必须换到另一卫戍区；枢密院直接监控，枢密院参军总署、军政司、军令司平时可以直接对常备军师一级进行监管和调遣，对各省都指挥使所部进行监管和调遣；军衔权限制，所有军官升军衔，必须交由军令司监管和批准，各师、各都指挥使司只有对尉级军官进行升衔，但必须报卫戍区和军令司核准报备，各卫戍区只能对校级军官进行授衔，但是必须向军令司报批，等等若干条。
设立卫戍区和大都督的确引起了众人的议论，但是这是军方的事情，文官们不好发表意见，既然皇帝陛下坚持，军方又没有什么意见，这事就算这么定下来了。
御前全体会议开了一整天，让与会的众人都有些疲惫不堪，但是宋濂依然拉着刘基到自己府邸坐一坐。
“伯温，你说陛下今日这番大调整是为何意？”宋濂有些郁郁不乐道，今日大调整，淮西派可谓是大获全胜，大学士、直学士、各部尚书占据优势，江西派也有所斩获，只有江南学派不但没有收获，反而“失地”不少，勉强保住了几个侍郎和省布政使、参政的位置。
“巩固军权。”刘基默然了许久才低声答道。
“巩固军权，那又设立内政部和巡防营干什么？”宋濂不解地问道，内政部和巡防营这两大强权机构已经设立，但是要发挥作用还要等到《大明内政法》正式颂布。御前全体会议之后，除了各机构调整之外，最关键的是相应的律法制定和修正。
“陛下深意，伯温不敢妄猜，只是略悟一二。”
“伯温请说。”
“军对外，此两机构恐怕要对内了。”
宋濂不由一惊：“你是说……”
“漠北已定，天下初定，大明上下的注意力恐怕会移向内，将来不会太平的。”刘基悠然说道。
宋濂默然了，他已经想明白刘基所言，大明大的战事已经没有了，境外的大敌也基本消除了，接下来的就是扩张疆域。但是这些对于国内各派势力来说过于遥远，他们恐怕会将注意力放在政治斗争中来，各种被北伐、漠北战事压制的矛盾会接连不断地出现。难道皇帝陛下开始为此做准备了。
“这到底有何用处？”宋濂不是穿越人士，当然不知道类似公安部和武警部队的内政部、巡防营到底可以派上什么用场。
“当时就知道了，我只知道，武有武的战法，文有文的斗法。不敢妄言猜，不敢妄猜！”刘基说了几句，便告辞离去。
