在浩瀚的宇宙中的一颗星球上一位紫色的奥特曼，没错，它就是本小说的主角潘多拉奥特曼。正在与一只百慕拉（此怪兽在初代奥特曼第一集出现）搏斗，奥特曼飞起一踢把百慕拉打倒，又摆出十字，他的面前出现了一个巨大的眼睛，发射出一道紫色的光线（这个是潘多拉射线），百慕拉随即粉碎当场。他的手上出现奥特曼的身影，他看着：“这是，奥特曼前辈的力量？”“潘多拉、潘多拉……”这时他听到一个声音在呼唤他，奥特曼将手一挥，他的面前就出现一个巨大眼睛，“喝！”奥特曼飞进了眼睛里。
此时，在地球的某处一个男人手上出现了能够成为初代奥特曼的贝塔魔棒………
在地球上，一个少年，骑着自行车，没错他就是本次的主角九堂梧，他是个超市收银员。“完了完了要迟到了。”他一边看手表一边拼命踩着车。没过多久他就在一家超市刹车。他急忙下了车，跑了进去对门口的老板鞠躬说道：“对不起，我迟到了。”老板看了看手表：“快点吧。”九堂梧赶紧回到岗位。“九堂早”。一位清秀女生向他打招呼。她也是员工名叫芽衣。“早呀，啊呜~”九堂梧打了个哈欠。芽衣捂嘴笑了笑：“九堂，昨晚又熬夜了吧。”九堂梧挠挠头：“嘿嘿，打游戏过头了。”“可这样，不仅伤身体，工资也会被老板扣光的吧。”芽衣担心的说。九堂梧双手合十：“好好好，我以后注意。
中午，吃饭了，九堂梧和芽衣，在饭店吃饭，这个时候，电视上正报道着一出事件，记者:“今天早上，本市郊外的一座名叫仙人湖的湖泊，突然沸腾并且发生异动，现在让我们听听目击者怎么说。”说完记者把话筒移到一个中年男子这里：“我今天早上本来想去捕鱼，却发现，湖有动静，我就过去看，发现水全部都在沸腾。”
记者又说：“现在，地球护卫队S战队已经封锁这片区域。”这个时候，S战队的队长派出潜水员下水探查。
潜水员在水下探查，突然发现两只血红的眼睛，急忙游出水面，队长跑过来：“怎么回事。”潜水员惊慌的说：“有……有有怪物！”这时湖又开始沸腾，一只庞然大物浮了上来，所有人四散逃跑，队长拿出对讲机：“准备战斗！”在空中盘旋的飞机将怪兽团团围住，当怪兽全部浮上了时，它的真面目显露出来，它就是百慕拉只不过比上一只多了两只角（出现于欧布奥特曼第十八集硬汉涩川）战斗机（S战机分为一号、二号、SX号）立即摆成三角进行攻击，而队长在地面用激光枪（S战队特制，可转换为攻击模式与防御模式并且可以开启最强状态，）攻击。
怪兽被被这些攻击打的嗷嗷叫，突然怪兽的两只角发出光，将光线反射，而战斗机巧妙的避开，队长则往有掩体的地方躲去，怪兽趁机往湖那边走。
“快阻止怪兽！”队长朝着对讲机吼道。可是怪兽还是沉入湖底了，队长叹了口气又对着对讲机说道：“原地待命。”
此时在另一边的小梧，一直紧紧盯着画面，因为那个渔夫正是他的父亲。芽子用手在他面前晃了晃:“小梧你怎么了?”小梧顿时反应过来：“啊?我没事。”可芽衣看着他心不在焉的样子还是有点担心，在下午工作的时候也不专心，将少算和多算给别人。老板看到了非常生气：“你不舒服的话，回去休息一下吧！”九堂梧换下衣服，骑着自行车，在路上摇摇晃晃的，突然，一个脚刹，转过车头，往郊外开去。
而在远处郊外，队长和队员们，多次向湖面骚扰，可就是没有反应，最后他们决定使用水下炸弹。
仙人湖被警戒人员封锁起来，而一号机和二号机携带着炸弹，飞到湖的上空，地面上队长用着对讲机指挥着：“二号机进行投掷，一号机警戒。”两架战机的驾驶员回复道：“明白！”就在要投掷的时候一个人冲出封锁线，原来是那个渔夫，他的网忘记收了，那里还有许许多多的鱼，不好的是炸弹已经投向了湖底，就在千钧一发之际，又一个男子骑着自行车冲破封锁线，他便是九堂梧，他向前一扑，将那个男子扑倒说道：“爸，这里危险。”男子挣扎着：“你怎么在这，快回去！”“beng”一声巨响，湖面溅起浪花，百慕拉再次出现，队长赶紧拿出激光枪并拿对讲机说：“准备战斗！”怪兽彻底被激怒朝着飞机喷出青白色的炽热光线，但都被躲过。
这时怪兽看到了，在地面上的两人，便朝着两人喷出光线，九堂梧急忙扑在他爸身上，突然光芒遮住他们两个，九堂梧睁开眼，一个紫色的奥特曼站在他面前。“你是?”九堂梧问道。“我是宇宙的旅行者，潘多拉奥特曼。接受奥特之父委托来保护这颗星球，我看见你为了你父亲，不惜性命，所以我选择你，来吧！收下这份力量”。
说完潘多拉奥特曼从计时器中取出一道光飞往九堂梧的手上，当光芒消失后成为一个巴掌大小的宝盒。“这是潘多拉宝盒，打开它你就能成为无敌的巨人，潘多拉奥特曼！”九堂梧看着他重重的点头，将宝盒高高举起，握在手心，光芒包裹他。此时，怪兽向着他们踩过来，“喝啊”一个巨大的拳头飞出去把百慕拉打倒，潘多拉奥特曼半跪在地上缓缓的站起来。队长惊讶的看着眼前的巨人：“这是……奥特曼。”战机也停止攻击，看着眼前的巨人，此刻电视也在播放：“特别新闻，郊外仙人湖，出现神秘巨人攻击怪兽。”
而芽衣也在电视机前看着心里默默地担心。潘多拉奥特曼看了看自己的手：“感觉还行。”说完甩甩手，朝怪兽冲过去，“”吼吼吼”怪兽朝着奥特曼喷出光线，奥特曼纵身一跃躲过光线，翻个跟头一个飞腿踢倒怪兽，又跳到怪兽身上猛打。而队长也发出命令：“支援巨人。”“明白！”各队友回复。
三架战机一齐发射，队长也将激光枪调成最强模式发射，奥特曼及时跳开，光线全部击中怪兽被打的嗷嗷叫，突然它的角发出光，将部分攻击反射回去，一号机不幸击中，“报告飞机失灵！”队员叫道。队长躲在石头后面吼道：“快跳伞！”“喝”千钧一发之际，潘多拉奥特曼飞过去将飞机接住，用奥特屏障挡住怪兽的攻击。他将飞机放下，对怪兽摆出战斗姿势，怪兽又朝他喷出光线，奥特曼跳起一个空翻飞出两个八分光轮，切掉了怪兽的两只角，潘多拉奥特曼抱住它放倒进行捶打，最后将它举起丢到一边，摆出十字，释放奥特曼的斯派修姆光线。“碰！”怪兽原地爆炸，潘多拉奥特曼往身前放置一个巨大的眼睛，飞了进去。这时，在树林的人影，手中拿着一个与潘多拉一样的盒子上面浮现出百慕拉的影子，他嘴角上扬：“好戏开场了。”说完便消失了。
九堂梧扶着他的父亲从树林里走出来，他看着父亲：“爸，你为什么非要那些鱼呢?”父亲笑了笑：“你在超市当收银员不容易，所以我就想捕点鱼给你减轻负担嘛。”九堂梧惭愧说：“父亲，我会努力让你过好的。”父亲摸摸他的头：“傻孩子。”
这时，队长跑过来：“你们没事吧。”“没事没事。”九堂梧笑着说。“那就好。”说着队长拿出一张名片:“我看你挺勇敢，有兴趣可以来这，工资好商量。”说完队长跑去人群。
九堂梧看着名片上面写着“中山大岛，S战队队长和基地地址。”他把名片收起来扶着父亲往市区走去。此时此刻他成为奥特曼的战斗正式拉开序幕……
