在中世纪，伊比利亚半岛上属西班牙的部分大多处于穆斯林统治下，北部基督教地区分裂成几个自13世纪以来就试图向外扩张的独立王国。14世纪，经济和政治上处于领先地位的卡斯蒂利亚，占领了加纳利岛，由此与葡萄牙政权分庭抗礼。
15世纪初期，伊比利亚半岛上的各个王国在可预见的时期里并未出现统一的态势。内乱削弱了卡斯蒂利亚的国力，使它把精力集中在收复失地运动（Reconquista）上，继续开展基督徒与穆斯林之间长达几个世纪的战争。阿拉贡王国关注的是如何保障他们在伊比利亚半岛以外，尤其是在意大利南部的利益。半岛北部的纳瓦拉王国致力于确保自身的独立。几个世纪前就已开始积极活动于大西洋区域的葡萄牙，彼时已有了民族意识。地处南部的摩尔人酋长国格拉纳达，是半岛上最后一个穆斯林王国，卡斯蒂利亚与其进行了几十年的消耗战。
卡斯蒂利亚无疑是这五个国家中最重要的国家，它包括半岛北部大部分地区、中部及整个西南地区，涵盖西班牙三分之二的版图，人口有600万，比阿拉贡王国人口的六倍还多。人们曾长期将后来兴起的现代“西班牙”等同于卡斯蒂利亚。如果说卡斯蒂利亚已基本形成中央集权制，那阿拉贡王国则是一个由加泰罗尼亚、巴伦西亚、马略卡等地共同组成的联邦，西西里岛、那不勒斯和撒丁岛亦属阿拉贡王国。
15世纪60年代以来，一场王位争夺战席卷卡斯蒂利亚，争端一方面是卡斯蒂利亚国王亨利四世去世后由谁继任的问题，另一方面是君主政体与贵族在强权政治上的关系所引发的争论。在这场纷争中，贵族派于1468年推选亨利四世（1454—1474在位）同父异母的妹妹、年仅17岁的伊莎贝拉为王位继承人。不过，她暂时需臣服于其兄长的权威。亨利四世没有将女儿胡安娜（胡安娜·贝尔特兰尼佳）列入王位继承人。仅一年之后（1469），伊莎贝拉极其秘密地与邻国阿拉贡王胡安二世（1458—1479在位）之子、王位继承人费迪南完婚，此举成为后来西班牙走向统一的关键转折点。1469年初，早在两人缔结婚约前几个月，费迪南就在一份协议中承诺，今后将与伊莎贝拉共同签署所有公告，并共同商议一切重大政治问题。
其兄亨利四世一去世（1474），伊莎贝拉就继承了卡斯蒂利亚的王位。妻子的迅速行动让费迪南感到措手不及，但他不久就认可了“赛戈维亚协议”。该协议虽然赋予费迪南国王头衔，却声明卡斯蒂利亚真正的女王和国家“所有人”是伊莎贝拉。这对国王夫妇想在所有统治事务上协作统一和不可分割的思想，既体现在共同的纹章格言“一致”（Tanto Monta）上，也反映在他们的统治象征（箭束、链子、轭、戈尔迪之结）中。两位统治者私人关系的和睦为他们成功的政治策略作了关键的铺垫。
王位之争并未因伊莎贝拉即位而随即停息。葡萄牙国王阿方索五世承认胡安娜（胡安娜·贝尔特兰尼佳）为卡斯蒂利亚合法的王位继承人，意图向胡安娜求婚并以武力推翻伊莎贝拉与费迪南，助胡安娜登上王位，一部分卡斯蒂利亚贵族支持他的这一冒险行动。如此一来，卡斯蒂利亚的王位之争一方面围绕王朝的争端——伊莎贝拉的继承权存有争议——另一方面则围绕贵族在国家中的地位展开。战争的结果显然有利于伊莎贝拉。1479年，王位之争平息，卡斯蒂利亚和葡萄牙在阿尔卡苏瓦什条约中彼此承诺不再改变疆界。同年，已故国王胡安二世的继承人费迪南成为阿拉贡国王。自此以后，卡斯蒂利亚和阿拉贡王国在这对夫妇的统治下结成一对君主国。另外，两国在很大程度上保有自治权。这种形式暂且称不上是民族联盟，文献中多用“婚姻联盟”这一名称。（两个王国在伊莎贝拉1504年去世后不久即分裂，待到伊莎贝拉之孙查理一世时才再度联合。）
西班牙王朝的“统一”让卡斯蒂利亚扩张的迫切需求慢下来了。所有力量仍集中在夺回伊比利亚半岛上最后一个伊斯兰的权力阵地——格拉纳达。直到收复失地运动取得全面胜利（1492），西班牙这两位在外交上已然落后于葡萄牙的国王才得以将注意力重新转移到外部，尤其是当时的海外活动上。收复失地运动尽管在长达几十年的时间里限制了西班牙国王外交活动的展开，但却巩固了君主制度，并由此确立了新的国家形象。此外，收复失地的成功无论是在战略、动机还是目标上，都为西班牙随即展开的对美洲的征服创造了重要的前提条件。
王位之争动摇了卡斯蒂利亚的内部秩序，经济和生活严重衰退，判决与管理松懈。因此，公共秩序的重建成为此时最重要的指令，中央管理和司法系统也得以扩建。军队摆脱了教会的影响，听命于国王；卡斯蒂利亚参议会受国王委托作为中央机构处理政务，枢密院充当国王的外交顾问，两法院行使最高司法管理权。作为中央合议机构的国家枢密院成为君主国的纯粹管理工具，国家事务由法学家（letrados）引导。国王夫妇尤其关注司法问题，两人主持的法典搜集与编撰为法律裁决提供了基础。他们派遣王室代表（corregidor）负责各地区的行政工作，并赋予代表很大的决定权。此外，度量衡的系统化也于1496年完成。
当时，在第一、第二等级，即神职人员和贵族退出之后，等级代表会议的参加者仅余卡斯蒂利亚（17个享有特权的）城市的代表，会议的意义已被减弱。即便如此，两位天主教国王仍极少召开等级代表会议，各等级代表共同磋商的机会少之又少。
教会事务方面也出现了集权化的措施：在对平信徒的法律判决问题上，国家的司法官员仍拥有相对于教会法庭的优先权；（西班牙的）出身于波吉亚家族的教皇亚历山大六世（1492—1503在位）——就是曾授予国王夫妇“天主教国王”荣誉头衔的那位教皇——承认伊莎贝拉与费迪南具有任命主教的权力，这样就为一种国家教会奠定了基础。
在经济政策上，国王夫妇大力支持当时最重要的支柱产业——羊毛贸易，羊毛在卡斯蒂利亚的贸易产品中占主导地位。15世纪下半叶，当地“漫游的”美利奴羊（trashumantes）数量可能高达300万只，牧羊业使上层贵族、修院和军团能够定期从他们广大的领地上获取利润。自1273年起，饲养者组成逐渐强大起来的羊主团，向阿拉贡王国及欧洲不同国家出口的羊毛总量增加，布尔戈斯——卡斯蒂利亚羊毛贸易的中心——以及坎波城等展会城市成为经济的中心。较之于羊毛贸易，卡斯蒂利亚的其他经济产业，如巴斯克地区的钢铁工业、坎塔布里亚的造船业、安达卢西亚的肥皂业等则处于从属地位。
与卡斯蒂利亚相反，在阿拉贡王国占主导地位的是联邦式结构。费迪南二世国王（1479—1516在位）很少干预各“成员国”（阿拉贡、加泰罗尼亚、巴伦西亚和马略卡）的行政机构，而是以书面形式确保区域特权（尤其是加泰罗尼亚）的存续。阿拉贡王国中的各个王国仅仅是以君合国形式暂时结为联盟，国王在其世袭领地内度过的时间并不长，他主要通过任命总督和成立“阿拉贡参议会”来治理国家，参议会成为包括西西里岛、那不勒斯和撒丁岛在内的各王国的最高行政机构。为促使城市经济复苏，费迪南二世一继位（1479），就在阿拉贡王国疆域内推行各项贸易保护的规定和改革措施。在这里萌芽的早期重商主义，后来成为卡斯蒂利亚的鲜明特征。经历几十年的萧条后，加泰罗尼亚从1484年开始重振经济，在接下来的几十年中，加泰罗尼亚的产品重新销往地中海及欧洲其他地区。但自16世纪初以来，逐渐瞄准“新世界”的卡斯蒂利亚开始征收关税，因此脱离了阿拉贡王国的地中海经济联盟。阿拉贡王国的臣民依旧不能与殖民地之间进行贸易，只有卡斯蒂利亚人享有该特权。
两位天主教国王的首要目标是对贵族进行约束，诚然，他们不可能完全收缴贵族的权力，相反，在诸多权力问题上，他们还需要表现出较强的妥协意向。不过，最终他们通过高明的政治策略赢得了大部分贵族的支持。这一过程虽奠定了君主专制制度的基础，但却伤害了一些群体的利益，首当其冲的便是教会及在等级代表会议中享有一席之地的城市。
采邑制的改革限制了贵族扩张自己的领地，着眼于对现状的维持，天主教国王实施的改革举措不仅巩固了现存的社会秩序，还加强了君主国的权力。1505年颁布的“长子继承法”，虽全然出于对贵族的考虑，但它确立了长子对大地产的遗产继承权及不动产的不可让渡性。这样一来，贵族的地产常常转化成“对遗产的收益权”，也就是不可分割、不可让与的祖业，即长子所继承的遗产。（需要注意的是，到了中世纪晚期，占总人口比例至多1.5%～1.7%的贵族和城市新贵阶层，与军队一共占有伊比利亚半岛上基督教国家里超过半数的地产。）
1476年，原为卡斯蒂利亚重要城市保护联盟的“神圣的赫尔曼达德”经历重组，成为地方警察和民兵组织，服从皇家参议会的监管，并于不久后取代了权力渐弱的等级代表会议的职能。
1492年是两位天主教国王执政期间令人瞩目的一年。从很多方面来看，它都是决定西班牙命运的一年，甚至是西班牙历史上最重要的一年：1月2日，伊莎贝拉和费迪南入主格拉纳达，为收复失地运动画上圆满句号；不到三个月，他们下令将犹太人逐出西班牙境内；又过了几个月，一位效忠于卡斯蒂利亚王室的热那亚航海家——克里斯托弗·哥伦布，发现了美洲。这三个事件注定对后来西班牙的历史产生最为重大的意义。
在内政方面，格拉纳达的收复奠定了两位君主作为帝国军事、政治领袖的地位。向地中海通道的拓宽具有战略性意义，从影响上看，十字军东征的思想在此复兴，为不久后拉开对“新世界”征服的序幕创造了重要前提。
收复失地运动结束后，已俯首称臣的穆斯林和犹太人的境况初看上去不会有多少变化。此前，摩尔人的城市被占领后，反抗的居民将被遣送到北非作为惩罚，而格拉纳达的权力交接却给人留下一种慷慨大度的印象。以勤勉著称的格拉纳达底层民众将过上与北部、尤其是阿拉贡的穆德哈尔人（即在基督教国家里生活的穆斯林）类似的生活，如统治者会允许他们保留自己的法律制度和风俗习惯，保障他们的宗教自由。然而这些规定只停留在理论上，实践中完全是另一番样子，因为此后对犹太人的驱逐开始了。
犹太人在1492年前的两个世纪里就遭到过迫害。15世纪初，伊比利亚半岛上的20万犹太人中有超过半数人认信基督教，人们称他们“改宗者”。这些改宗的犹太人在各个行业和职位上都取得了成功，这就成为社会矛盾的一个新的温床。“旧基督徒”（cristianos viejos）和“新基督徒”（cristianos nuevos）之间的差异并未消除。为禁止改宗的犹太人担任公共职务，15世纪中期以后愈来愈强调对非犹太背景的证明。“血统纯净”需要通过相应规程（estatutos de limpieza de sangre）加以证明，这就把种族方面的因素提到了宗教因素前面。
1492年3月31日，两位天主教国王签署了大审判官托马斯·德·托奎马达呈递的驱逐令，所有犹太人必须在四个月之内离开国境。这是宗教统一道路的第一步，也是国家利益至上原则的核心议题之一。
大批犹太人改宗基督教，也有相当一部分选择逃亡。早先的研究认为，这一时期整个地中海地区约有10万至20万赛法尔迪人（西班牙犹太人的自称）被迫流亡，新近的研究给出的数据在4万至5万人之间，他们主要逃往北非、中东和北海地区。
为解决改宗者的“问题”，方济各修士阿隆索·德·埃斯皮纳早在1460年就提议将这些“坏基督徒”和异端移交宗教裁判所处理。其时，阿拉贡的宗教裁判所已失去影响力，于是阿隆索·德·埃斯皮纳的提议就引发了在西班牙建立一座新宗教法庭的呼声。1478年，教皇下令在卡斯蒂利亚建立宗教裁判所，以“根除异端”，很快人们便开始四处搜查“有异端倾向”的改宗者。伊莎贝拉的丈夫费迪南随即在他的阿拉贡王国也设立宗教裁判所。于是，西班牙有了一个共同的政治和宗教机构——并且是除君主制度外唯一一个相同的国家机构。“西班牙宗教裁判所”是一种国家情报机构，旨在维护宗教学说的纯洁性，尤其是对有异端嫌疑的犹太、穆斯林改宗者进行控制。此外，宗教裁判所还是西班牙国家形成过程中确保内部统一的最重要的工具。
在占领最后一个伊斯兰王国格拉纳达之后，接纳穆斯林人的必要性开启了基督徒与穆斯林之间关系的一个新阶段。格拉纳达大主教赫尔南多·德·塔拉维拉认为，必须让这里的穆斯林改宗基督教，但只愿以和平方式达到这一目的。通过劝说使穆斯林改宗，显然没有取得很好的效果。15、16世纪之交，托莱多大主教弗朗西斯科·希梅内斯·德·西斯内罗斯（1436—1517）以严苛的手段迫使格拉纳达的穆斯林改宗。1502年，伊莎贝拉女王在卡斯蒂利亚境内取缔了她十年前在格拉纳达权力交接过程中向当地穆斯林承诺的宗教自由。穆德哈尔人只得在改宗或流亡之间作出选择，其中改宗基督教的人自此以后被称为摩里斯科人。
自1525年或1526年以来，摆在阿拉贡王国的穆斯林面前的只有两种选择——强迫改宗或被驱逐出境。尽管多数人选择了前者，但穆德哈尔人的问题却并未得到解决。与犹太人改宗的情形相似，无论教会还是国家都极不信任这些新天主教徒。从宗教裁判所的审讯，到16世纪下半叶发生的暴力袭击，绝望的摩里斯科人最终发动了起义。宗教裁判所将“血统纯净”的原则扩展到摩里斯科人，不断对其进行驱逐。1609年，大约27.3万名摩里斯科人遭到驱逐，此举据称是维护宗教统一和国家安定必不可少的措施。
对犹太人（1492）、穆斯林（1502）和摩里斯科人（1609）的驱逐导致西班牙失去了几十万熟练工。与此同时，宗教活动不时受到纠问式审查的潜在威胁，顺应时势和宗教不宽容的倾向开始在社会上蔓延，经济方面也受到了重创。不少史学家把西班牙在近代早期的经济衰退，归咎于对赛法尔迪人和摩里斯科人的驱逐。
1492年的第三个重大事件是美洲的“发现”，以及开启的对“新”大陆的征服和传教活动。哥伦布在他的航海日记里为收复失地运动的结束、对犹太人的驱逐和探险活动这三者之间搭建起一种联系，即他本想抵达东方，即亚洲，以便在契丹（中国古代契丹）与亲基督教、希望在信仰方面得到指导的大汗建立联系。这样就能使东西方基督教世界的政权结为联盟，从而战胜穆斯林，夺回耶路撒冷。哥伦布的构想显然对胜利入主格拉纳达、怀有十字军东征思想的国王夫妇产生了巨大的吸引力。
教廷从一开始就对西班牙国王的殖民目的予以支持。由于教皇将新征服地区的庇护权交给了世俗君主，因此，国王有在这些地区传播基督教的权利和义务。国王的权力包括教会各项事宜的管理和各级神职人员的任命，这样一来，修士成为国家公务员，教会在美洲发布的公告也需经过西班牙皇室的干预。教会经常为这种征服行为辩护，把野蛮的殖民统治称作印第安人通向永生道路上必须经历的尘世殉道。
另一方面，紧随殖民者来到美洲的修会团体认识到，殖民者对印第安人的残酷奴役给天主教信仰的传播造成很大障碍。于是修会中掀起抵制殖民暴行的思潮，巴托洛梅·德拉斯·卡萨斯（1474或1484—1566）多年来作为该运动的代表者，成了殖民者最顽强的敌人。他领导下的修会，尤其是托钵修会（包括多明我会、方济各会）与美洲以及王室中的殖民者进行抗争。在教会的劝说下，王室颁布了保护印第安人的法律，在一定程度上限制了西班牙殖民者的恶行。
倘若将上述三大事件并置考虑，则不难发现，“现代”西班牙是以与中世纪许多传统的决裂姿态出现的。1492年、1502年和1609年三次对异教徒的驱逐被认为是“现代”西班牙的开端。国家取消了曾经对少数持不同信仰者的保护，宗教不宽容成为国家信条；无论在西班牙还是在海外，基督教的传教理念都发展成了一项国家任务；谁拒绝皈依基督教，谁就被排除在政治共同体之外。自此以后，宗教构成了国家政治统一的基础，西班牙的中世纪结束了。
伊比利亚半岛上的收复失地运动结束后，西班牙以其他方式继续为天主教的信仰统一而战。国内有宗教裁判所，海外有美洲殖民地的传教，在东方与土耳其人作战，在北方与新教政权展开军事交锋。信仰问题是西班牙——这一有着坚韧不拔宗教使命感，自封为“西方的守卫者”之国——思想、政治和军事活动的中心。
1474年后，伊莎贝拉女王与费迪南通过婚姻联盟共同治理卡斯蒂利亚和阿拉贡王国。（阿拉贡与法国此前曾因纳瓦拉有过几次摩擦，1512年，费迪南索性吞并了纳瓦拉南部，将其纳入卡斯蒂利亚版图。）伊莎贝拉公主、费迪南之子唐璜是原定的王位继承人，他于1496年迎娶玛格丽特·冯·勃艮第（马克西米利安皇帝之女），次年去世，没有留下子嗣。由于唐璜的姐姐伊莎贝拉公主也早夭，妹妹胡安娜就晋升为王位继承者。1497年，胡安娜嫁给“美男子”菲利普——马克西米利安皇帝之子、勃艮第大公。1504年伊莎贝拉女王去世后，费迪南接管了王国的治理，因为胡安娜显出了心理疾病的征兆——史称“疯女人”（La Loca）。尽管胡安娜是合法女王，但她却被（先被其父，后被其子查理一世）幽禁于托尔德西里亚斯的宫殿直至1555年离开人世。“天主教徒”费迪南死后（1516），胡安娜（“疯女人”）和菲利普（“美男子”）的长子、1500年出生于根特的查理，继承了已统一的西班牙疆域（包括意大利南部的王国）。1515年，查理成为勃艮第大公。1519年，祖父马克西米利安皇帝去世后，查理获得了奥地利的领地，并当选德意志神圣罗马帝国的皇帝。
这一格局中的几个地缘政治因素注定会影响未来几个世纪欧洲历史的进程：其一，法国与哈布斯堡家族成对立之势，法国国王认为自己受困于哈布斯堡家族；其二，接踵而至的统治权和领地让哈布斯堡家族的势力得到前所未有的扩张，同时也带来了巨大的负担；最后，从西班牙继承来的领地不仅让哈布斯堡家族一跃成为欧洲范围内的强权，还成为海外利益的代表，哈布斯堡强权的崛起将对处在近代开端的欧洲产生决定性影响。
