夏立平的《对两岸政治军事议题谈判的几点思考》，提出了推动两岸政治军事议题谈判构想的主要内容，包括认为：两岸和平协定应该成为两岸“命运共同体”的基石，成为两岸关系和平发展框架的重要支柱，和平协定的政治基础是“九二共识”，两岸开展政治军事方面协商谈判可以先用两会管道。最后探讨了两岸建立军事安全互信机制问题。
史晓东《“建立信任措施”视角下的两岸军事安全关系问题探讨》，在辨析建立信任措施在两岸军事关系语境中的不同含义基础上，探讨建立信任措施的建构路径，认为既不能一味主张先军后政或者只军不政，也不能过于强调先政后军，相互结合，并提出建立信任措施可分为非对称型建立信任措施与对称型建立信任措施。
李鹏《论“不针对第三方”原则对两岸建立军事安全互信机制之适用》，作者认为“两岸军事安全互信机制”是一个比“信心建立措施”内涵更深、外延更广的概念，在两岸探讨建立“军事安全互信机制”的过程中，第三方的可能影响不容忽视，因此需要确立“不针对第三方”原则，且在机制协商中与协议的文本中以明示和暗示的方式予以体现，以昭示两岸军事安全互信机制的“单纯性”、“防御性”与“透明性”特征，化解相关国家与地区对此的疑虑，为两岸探讨建立该机制营造一个相对良好的环境。
郭隆隆《国家尚未统一前的一种过渡性安排——关于构建两岸军事互信机制的若干思考》，作者认为两岸军事互信机制的内涵在马英九上台后已经发生新的变化，不再是李登辉、民进党时代的企图约束大陆对台的军事行动，而是维持台海局势现状，为“不统、不独、不武”政策服务；作为一种过渡性的安排，两岸军事互信机制必须具备明显的中国特色；两岸军事互信机制内容应包括开展军事文化和军事学术的交流、军事安全、军事合作及军事互信机制文本协定的签署四方面，其中推动路径分为互信建立、增进互信及深化互信三个阶段。
朱松岭《论建立两岸军事安全互信机制的基础与途径》，通过对两岸军事安全互信机制概念、基础与途径的探索，论证了两岸建立军事安全互信机制的可行性。认为一个中国原则、维护共同的主权和领土完整及保护共同的人民利益是两岸军事安全互信机制的基础，应秉持排除外国干涉、先功能性合作后制度合作、从低到高、由易到难的基本原则，初级阶段是功能性合作的军事安全互信，高级阶段是制度性合作的军事安全互信。
张文生、李美霖《海峡两岸在厦金海域的非传统安全合作研究》，认为海峡两岸在厦金海域开展和加强非传统安全合作是巩固与推进两岸关系和平发展新局面的客观要求，两岸在厦金海域开展海洋环境管理、海洋资源开发、防治非法捕捞、打击海上犯罪活动、进行海难救助等方面存在较大空间，但也面临一些现实困境，包括管辖权的冲突、合作与联系的机制、合作协议的签署、突发事件的处理等问题。
台湾学者在这方面的研究早且深度与广度都比大陆学者强，张蜀诚、吴建德、王玮琦《中共党政军领导人对两岸军事互信观点分析》，系统分析了中国大陆方面对两岸军事互信的基本观点，包括基本原则、步骤及基本内容等。该三人的另一篇《两岸军事互信之推展与障碍》，提出了两岸军事互信推进的具体步骤与方式，同时分析了面临的问题与障碍，包括政治目标的矛盾、军事目标的难以和谐、双方诚信措施的冲突等，作者肯定军事互信机制的建构是两岸进则发展政治关系、退则确保经济合作基础的无法回避的议题。
赵哲一的《我国执行信心建立措施的现况与展望——以两岸建立“军事互信机制”为例》，由信心建立措施的缘起与定义着手，回顾了两岸在此议题上的基本考虑及未来前景等。
段复初的《两岸军事互信机制之建构——军事互动的可能模式》，透过分析军事信心建立机制相关理论与各国在实际上所采用的具体作为，探讨海峡两岸缓和军事紧张的可行方式，并将焦点集中在两岸军事活动互动的可能议题与方式上。
夏国华的《两岸和平发展的双赢战略：“接触”与“吓阻”之研析》，从台湾当前面临的综合性安全处境着手，论述了两岸和平发展对台方“预防战争”战略的影响，提出建立军事互信机制是两岸和平发展的保障，而其中政治互信至为重要。
张延廷的《我国国家安全目标与国家战略之刍议》，从政治、经济、军事及心理面的分析，认为马英九当局“国家安全目标”的设定以政治面为核心，借由淡化两岸政治议题与“搁置主权争议”，设定经济、军事及心理安全目标，进而建构由政治、经济、军事及心理所组成的“国家战略”。
王高成《两岸军事互信机制建立之探讨》，在概述军事互信机制的内涵与功能基础上，比较了两岸对军事互信机制的不同：台湾多数人对此的理解多以西方学界的看法为参考依据，认为军事互信机制的建立是两岸之间军事互动关系的安排，目的是稳定彼此军事安全关系，以降低敌意避免冲突，并非如大陆主张强调一个中国为前提。最后提出两岸未来推动军事互信机制的原则：维持最低的政治前提、及早进行军事互信机制的商讨、循序渐进推动两岸军事互信机制、大陆应展现较多的善意。
陈文政的《台湾推动两岸军事互信机制的进展与美国的角色》，从文献与概念探讨着手，讨论了台湾推动两岸军事互信机制的过程与策略，最后探讨了现阶段推动中存在的困难及美国的可能角色。作者认为，两岸关系的结构性问题使得信心建立措施或军事互信机制的推动缺乏足够的利基动机，且有相当潜在风险是形成这些困难与障碍的根本原因，因此，“要克服推动信心建立措施或军事互信机制的困难，取决于如何制造合作的动机并降低合作的风险”，尤其是“美国如果愿意改变其目前的旁观者角色，主动来协助两岸制造合作的动机并降低合作的风险，或可更有助并加速于两岸推动信心建立措施或军事互信机制的进程”。
曾复生的《美中（台）建构互信机制的关键要素》，认为：美国的战略规划圈正在深思如何转化大陆军队的战略意图，使其军力成为亚太地区和平稳定的贡献者而不是破坏者；随着台海两岸互动关系的演进，拥有关键性指标作用的台美军售关系，在三方建构互信机制的复杂过程中将益显敏感。
翁明贤《建构两岸军事互信集体身份之研究》，认为面临复杂多变的两岸态势，军事互信机制的研究应超越传统国关理论，可透过建构主义的“身份”决定“利益”的逻辑，探讨两岸是否能够建立一个“军事互信集体身份”，提出了未来两岸建构军事互信机制的途径与应对。
蔡明彦《两岸军事互信机制：认知落差与发展路径》，在分析军事互信机制的基本概念与在西方的发展历程后，指出两岸在此课题上的认知落差与歧见，提出两岸基本的发展路径是循序渐进，主张“二轨”先行以进行观念沟通，然后推展“广义”的信心建立措施的合作以累积互信。
（十二）关于两岸和平协议问题
郭震远《两岸签订和平协定之台湾视角》，文章罗列了台湾人士对于和平协议的态度与立场，包括两岸是否应签订和平协议、和平协议的定位及签订的条件及主要内容的不同意见，分析了影响台湾人士观点的主要因素，包括两岸关系发展、台湾政局发展变化等，最后剖析了台方人士各种观点对于两岸签订和平协议进程的可能影响。
余克礼《两岸应正视结束敌对状态签订和平协议的问题》，认为结束敌对状态、签订和平协议是突破两岸关系政治瓶颈、实现两岸关系全面正常化与和平发展的根本途径，而随着两岸关系和平发展，解决结束敌对状态、签订和平协议的条件渐趋成熟。
李家泉《签订两岸和平协议的可行性研究》，论述了签订和平协议的必要性与可行性，认为签订和平协议的基本原则是坚持台湾与大陆同属于一个中国的原则，主要内容包括台湾的“政治定位”、“九二共识”的表述、两岸政党关系、台湾“国际空间”、军事互信机制、两岸和解步骤等，而李家泉的“如何理解马英九提出的‘两岸和平协议’”？，该文章认为马英九在选举中提出这个议题是既了解两岸民众的期待，又怕被抓“辫子”，是对蔡英文提出议题的回应，也是着眼于未来发展需要；从历史角度看，和平协议有其必然性，和平是桥梁，统一是目标，从法律角度看和平协议是要把和平用法律形式固定化、制度化与合法化；和平协议签署时间与条件都是相对的。
仇长根《签订两岸和平协议，共享和平安全红利》，提出签订两岸和平协议，是中国共产党长期不懈努力的重要目标，是“先易后难”不断增进两岸政治互信的具体体现，是“循序渐进”推动两岸和平发展的重要安全保证，是两岸和平发展的最大红利，也有利于亚太地区乃至世界局势稳定的重大举措。和平协议虽然是政治议题，但与两岸和平统一政治议题是两回事，协议可以一个中国原则的“九二共识”为共同政治基础。
谢郁《对两岸达成和平协议问题的初步探讨》，认为两岸和平协议是两岸在尚未统一的情况下，为两岸最终迈向和平统一创造条件的阶段性协议，并非最终解决两岸问题的“终极协议”，和平协议的基本原则为一个中国、平等协商、求同存异、循序渐进、互惠双赢、不受外力干涉。
林冈《两岸和平协议研究》，作者认为两岸和平协议的核心精神是在双方均认同一个中国的前提下，维持台湾不“独”、大陆不武的现状，妥善处理双方的政治关系定位、军事互信、涉外关系和正常交流等四个领域的问题，文章从两岸和平协议的缘起及比较不同协议版本入手，探讨了和平协议的基本内容，认为应包括明晰两岸一中的关系定位、确立“不独”、“不武”的政治互信、规范两岸涉外活动及推动两岸正常交流，以确立两岸关系和平发展框架。
陈启懋《台湾政治生态与两岸关系和平发展框架的构建》，提出在当前台湾的政治生态下，两岸和平统一还谈不上，所以，现阶段两岸的共同任务是要构建一个稳定的和平发展的两岸关系框架，名称可以是“两岸和平合作框架协议”（PCFA），以区别于法律意义上的规范的和平协定。
杨开煌《两岸学者之“和平协议”文本比较》，从协议的名称、内容等入手，系统比较了目前两岸学者提出的9种草拟的文本，提出了签订政治协议对两岸和平保证的必要性，最后提出作者个人拟订的“台海两岸之和平发展协议框架”。杨开煌《马抛“和平协议”之意义及北京的评估》，认为马英九提出该议题有五大突破：一是主导选举议题的突破，二是“爱台湾困境”的突破，三是突破两岸政策“只经不政”的误解，四是对马英九“魄力”的质疑，五是以“马主席”突破“马总统”，因为黄金十年远超过马英九的四年任期。
林文程：《台海两岸签订和平协议之前景分析：并比较马英九与蔡英文对签订和平协议的立场》一文，在回顾两岸对和平协议的基本主张后，认为“随着台海两岸经贸关系走向正常化，签署和平协议以达成两岸政治关系正常化”，也是增进台海地区的和平稳定的一个理想结果。
朱新民《两岸关系和平发展成果的巩固与挑战——签署两岸和平协议之探讨》，在回顾2008年以来两岸关系和平发展成果基础上，分析了马英九提出“和平协议”的时机考虑与原因及蔡英文的立场，认为签署两岸和平协议固然是两岸未来不可回避的议题，更是台湾内部最敏感核心的议题，台湾内部需要形成共识，因此现阶段推动签署文化、教育、科技的架构协议更具必要性、急迫性与功能性。
李铭义《未来两岸政军对话之可行方案探讨》，作者在论述两岸军政对话的意义后，探讨了两岸对话的方案，包括结束敌对状态、政治对话程序性商谈、两岸信心建立机制及和平协议等，分析两岸军政对话程序与模式，最后草拟了两岸和平协议11条具体内容。
邵宗海《两岸和平协议的缘来与症结》，在分析两岸创议“和平协议”的历史背景后，解读了两岸对此的歧见，认为动机与目的不同，台方倾向于两岸各自单边宣布双方“敌对状态终止”，并先规范两岸政治定位，大陆倾向于协商两岸自1949年以来的内战结束，协议后共同承担中国主权与领土完整。
苏嘉宏《两岸和平协定：台湾可能的观点与争点》，文章系统论述了台方提议签署和平协定的具体过程，提出两岸和平协定应以“信心建立措施”为核心，目的在于“结束两岸敌对状态”的和平协定不会跳跃式地成为一个“统一协定”，而以“信心建立措施”为核心的和平协定的长期发展结果，会使一个未来的“统一协定”成为可能；作者最后试拟了10条两岸和平协定的基本条款。
周继祥：《关于达成两岸和平协议的一些想法》，文章由两岸和平协议的缘起切入，探讨了和平协议的基本概念，提出了达成和平协议需要的先期作为：一是透过两岸民间交流平台，初步凝聚双方共识，二是寻求现有合作机制的扩大，做为开展和平协议的基础，三是利用各说各话的政策表述，抛出两岸现状的单方宣示。
