晋愍帝投降后，刘琨等180名北方将领怀着各样的目的联名上书给司马睿，进行劝进。司马睿拒而不受，一则由于愍帝未死，二是愍帝的附加的北伐条件对他有很大的压力。恰巧这时，祖逖在收复大片北方领土之后，又在谯县（今安徽亳县）打败石勒大军。建兴六年（317年），司马睿借势传檄天下，声称要派遣其子司马裒统率三万大军、水路四道，增援祖逖。然而队伍尚未出发，司马裒旋即被召回建康。再一次表明司马睿的所谓北伐仍是在故作姿态。这年年底，刘聪将备受羞辱的晋愍帝杀死。愍帝之死，使司马睿的称帝不再存有任何障碍。司马睿一面斩缞居庐，表示对愍帝的哀悼，一面积极筹划即位前的事宜。这时，南渡的北方大族周嵩上疏，劝说司马睿不要忙于称帝。他认为，司马睿当务之急是出师北伐，“雪社稷大耻”。实际上，他是在要求司马睿履行愍帝诏书的附加条件。上疏后，周嵩很快遭到报复，先是被贬出朝廷改任新安太守，后又以“大不敬”之罪几乎被杀。
太兴元年（318年）三月丙辰日，司马睿名正言顺地坐上了皇帝的宝座，东晋王朝正式建立。
二、“王与马，共天下”
“永嘉之乱”后，以王导为首的琅玡王氏士族集团辅佐司马睿，王导的堂兄弟、王羲之的亲生父亲王旷认为：当时北方夷族太多，建议司马睿南渡，把首都定在南京，实施战略转移，而此前，王导、王旷已经南下“开辟”了根据地。
“永嘉之乱”后，发生了历史上著名的永嘉南渡，整个中原地区的北方名门望族和精英，以及政府机构、官员甚至士族家中的佣人和鸡鸭牛马都被带过了长江。这次以门阀士族为主要力量的大迁徙共有90多万人，琅玡王氏是其中最重要一支。王氏一门出身中原著名士族，王导、王旷、王敦都是老练的政治家，是东晋朝的实际创造者。司马睿向来缺少才能和声望，在晋室中又是疏属，他能够取得帝位，主要靠王氏家族的支持。司马睿因此把王导比作自己的“萧何”。
司马睿移镇建业后，三吴的大族豪强都不肯依附，士大夫们都不来拜谒。王导十分忧虑。正在这时，王敦来到建业，王导与其商量说：“琅玡王虽有很高的仁德，但是知名度不高。兄的威风远扬，应该予以匡助！”三月三日这天，王导利用司马睿要去水边观禊的机会，精心准备了一副肩舆，让司马睿高高坐在上面，派人抬着，两旁排列仪仗，自己与王敦等名流骑着骏马紧紧跟随，前呼后拥，好不威风。三吴大族中的代表人物纪瞻、顾荣等人目睹此状，又惊又惧，一齐拜倒道旁。王导趁机向司马睿献计：“顾荣、贺循在本地最有名望，应该引荐他们出来做官，以结纳人心。这俩人来了，其他人就没有不来的了。”司马睿立即派王导亲自拜访顾荣、贺循，二人皆应命而至。于是，以贺循为吴国内史，以顾荣为军司马、加散骑常侍，凡军府中的大事，都与他们商量。果不出王导所料，顾荣、贺循出仕后，三吴的大族豪强纷纷投靠司马睿。王导又带头与江东士族联姻。他曾向陆玩请婚，陆玩却说：“小地方长不出大松柏，香的熏草和臭的莸草不能放在一个容器里。我陆玩虽然不才，也决不首先做**的事。”王导只好作罢。陆玩拒绝与王氏联姻，也许是三吴习俗所致，也许是对这批亡国失守之士的藐视和戒备，或者兼而有之，反正王导这次碰了个软钉子。但王导并不灰心，仍坚持与陆玩往来。一次，陆玩到王导家做客，王家用北方人爱吃的酪浆招待客人，陆玩吃得稍微多了些，回去后就病倒了。第二天，陆玩致书王导，信中说：“仆虽吴人，几为伧鬼。”“伧”“伧父”“伧鬼”是南人对北人的蔑称，陆玩之言颇为幽默，也未必认真，但却不无轻鄙之意。王导是中原人士，不通三吴方言，为了加强与江东人士的感情联络，常常自学吴语。名士刘惔第一次见王导，时值盛暑，只见王导在自家客厅里光着膀子，用腹部在弹棋盘上熨来熨去，自言自语地说：“何乃渹！”“何乃渹”是三吴方言，意思是“真凉快！”刘惔访问归来，有人问：“王公这人怎么样？”刘惔风趣地回答：“没有别的不同，只听到他在讲吴语。”在王导等人的共同努力下，江东士族的思想感情也逐渐转变过来，成为支持司马氏政权的一支重要力量。
永嘉五年（311年）六月，汉国大将刘曜、王弥攻破洛阳，俘晋怀帝，杀王公以下士民三万余人，北方陷入空前的战乱之中。为了躲避战乱，中原士民渡江而南的占十分之六七，王导劝司马睿从中收罗有道德才能的人，与他们共图大事。司马睿听从了王导的建议，一次就辟举掾属一百多人，时人称之“百六掾”。刁协、王承、卞壶、诸葛恢、陈頵、庾亮等人都是这次被辟举的，后来在东晋政治舞台上扮演了极重要的角色。当时南方战乱较少，社会相对安定，荆扬二州，户口殷实；但形势异常复杂，政局不稳，流民问题严重，王导为政务在清静，每每规劝司马睿要“克己励节，匡主宁邦”。司马睿初镇建业时，嗜酒废事，王导劝他不要喝了，司马睿请求再喝一次，喝完后，把酒杯翻过来往桌上一扣，从此戒了酒，以示励精图治。王导又提出四条重要建议：“接纳士人要谦虚，日常开销需节俭，为政要力求清静，南北之人应安抚。”司马睿把这四条作为施政方针，从而逐渐赢得了南北士族的共同拥戴。王导的威望越来越高，朝野人士无不倾心，都尊称他为“仲父”。桓彝初过江时，见司马睿力量微弱，曾说：“因为中原战乱，我来这里是想找条活路，想不到这等寡弱，将来怎能成就大事！”于是终日忧惧，心中闷闷不乐。后来，桓彝去看望王导，俩人畅谈世事，回来后高兴地对周顗说：“刚才见了管夷吾（管仲），再也不用发愁了！”南渡的北方士族，每到空闲日子，便相邀出城登新亭游宴，新亭临江，风景秀丽，周顗触景生情，感慨万千，长吁短叹地说：“风景不同啊！举目有江、河之异。”众人一听，相对无言，潸然泪下。王导脸色一变，厉声地说：“应当并力扶助王室，克复神州，怎能作楚囚相对而泣！”大家只好收住眼泪，齐声道歉。司马睿有了王导作辅，可谓如鱼得水。一次，他对王导说：“你真是我的萧何啊！”王导回答说：“过去秦皇无道，老百姓讨厌乱政，以致农民暴动，诸侯并起。汉代与民休息，倡导‘无为’政治，故能由乱到治。自曹魏以来，直至太康之际，公卿世族，比豪斗富，政治败坏，不遵法度；上自王公，下至士人，无不贪于安乐，遂使奸邪之人有隙可乘。大王正要建立不世功勋，如同齐桓公那样，九合诸侯，一匡天下，必有管仲、乐毅之类的贤相、猛将存在，岂是小小的王国臣僚所能事前揣测议论的。愿大王深谋远虑，广择贤能。顾荣、贺循、纪瞻、周顗都是江南的杰出人物，愿待以优厚礼遇，江东就安定了。”
司马睿称晋王，以王导为丞相军谘祭酒。不久，又拜右将军、扬州刺史，监江南诸军；随后迁骠骑将军、加散骑常侍、都督中外诸军事、领中书监、录尚书事。王导以大将军王敦已经统领六州军事，故辞去了中外都督。其时，司马睿忙于削平江南割据势力和镇压流民起义，征战不息，学校未立，王导上表称：“夫风化之本在于正人伦，人伦之正存乎设庠序。庠序设，五教明，德礼洽通，彝伦攸叙，而有耻且格，父子兄弟夫妇长幼之序顺，而君臣之义固矣。自顷皇纲失统，颂声不兴，于今将二纪矣。……先进忘揖让之容，后生唯金鼓是闻，干戈日寻，俎豆不设，先王之道弥远，华伪之俗遂滋，非所以端本靖末之谓也。殿下以命世之资，属阳九之运，礼乐征伐，翼成中兴。诚能经纶稽古，建明学业，以训后生，渐之教义，使文武之道坠而复兴，俎豆之仪幽而更彰。……今若事遵前典，兴复道教，择朝之子弟并入于学，选明博修礼之士而为之师，化成俗定，莫尚于斯。”司马睿采纳了这一建议。
司马睿登基那天，鸣钟击玉，百官陪列，大典隆重。元帝命王导升御床共坐，王导坚决不答应，再三推辞说：“如果太阳与地上的万物等同，老百姓怎能得到阳光的普照！”司马睿只好作罢。元帝自出镇江左以来，王敦、王导同心拥戴，出力最多；元帝也推诚相见，委以重任，让王敦总征讨，掌管全国军事；让王导总机要，总管朝政；王氏子弟布满朝廷，显耀无比。当时人形容这种局面说：“王与马，共天下。”
三、“王敦之乱”及对王氏宗族的影响
东晋建立后，司马睿希望减弱琅玡王氏的影响力，于是提拔刘隗、刁协等其他士族人士，用以制衡王氏势力。司马睿亦忌惮掌握军事大权的王敦，亦疏远了曾经极力扶持自己的王导。同时，王敦亦渐见专擅，如自行选置属下州郡官员，自行加任割据险处的何钦为将军，更意图安插亲信任州刺史。后司马睿渐渐重用刘隗，同时疏远一开始扶持他而名声似乎比皇族更高的琅玡王氏士族，王敦因而上疏为王导抱不平。太兴三年（320年），司马睿任命湘州刺史甘卓改任梁州刺史，王敦要求以从事中郎陈颁代替甘卓担任原本湘州刺史的位置，但遭拒绝，司马睿更派谯王司马承移镇湘州。王敦见此，上表陈说古今被皇帝猜疑的忠臣和小人如何离间忠臣和皇帝的关系，想要感动司马睿。后王敦写信劝刘隗与他修好，刘隗亦拒绝。司马睿见奏表后更为忌惮王敦，表面上增加他的属官和尊贵待遇，但同时又任命刘隗和戴渊领兵到外，表面上是要抵抗北方胡族政权的入侵，实际上是要防备王敦。这都令王敦十分愤怒。太兴四年（321年）豫州刺史祖逖病逝，令王敦以为再无人可以在军事上威胁他，最终决意举兵动乱。
永昌元年（322年），王敦上奏刘隗的罪状，并以诛刘隗为名举兵向建康进发。王敦部属沈充亦在吴兴举兵响应王敦。王敦到芜湖时又上奏另一位宠臣刁协的罪状。司马睿对王敦的行为十分愤怒，于是决意与他决战，要亲率六军与王敦对抗，并召命刘隗和戴渊回建康准备防卫王敦的进攻，又下令斩杀王敦就可封为五千户侯。在朝中任光禄勋的王敦兄长王含见此偷偷乘船投奔王敦。
被召还建康防守的刘隗入宫后与刁协要求司马睿因王敦叛乱而尽诛王氏，但遭到拒绝，刘隗因而有惧色。同时王导亦率宗族子弟二十多人请罪，亦被司马睿原谅，并任王导为前锋大都督，戴渊任骠骑将军，周札为右将军、都督石头诸军事。又命王廙劝止王敦，但王敦不听，更留下王廙自行任用。王敦逼近建康时，刘隗被指派守金城，周札守石头城，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。王敦兵临石头城，周札开城门投降。王敦因而占据石头城。司马睿于是命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。
王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠，当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。司马睿亦只好脱下戎服，派使者向王敦求和。同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。但刁协因年老而不能骑马，亦平素对人无恩情，元帝招募刁协随从时竟然全都推辞。刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。
司马睿后命令百官到石头城见王敦。及后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公；王敦假意辞让。王敦见太子为人勇敢而有略，朝野中人都支持他，王敦于是打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政，但遭到温峤的大力反对，其他人亦同意温峤，王敦无法得逞。但王敦却因周顗和戴渊二人有很高的名声和才能而十分忌惮，将二人杀害。王敦掌握朝政后，四方的朝贡大多都进了他的府第，将相州牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的亲信或琅玡王氏的族人。重用诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等人，更纵容沈充等人胡作非为。王敦亦更置百官及军镇，但决策朝令夕改，只是随心而作。不久王敦即回到武昌，并遥控朝政。后又自行加领宁、益二州都督。王敦及部属先后又杀死反对他的周该、周崎、刘翼、司马承、虞悝、易雄、甘卓及堂弟王棱等东晋重臣。同年司马睿忧愤成疾，最终病死，由太子司马绍继位。
太宁元年（323年），王敦谋求篡位，讽谏朝廷征召自己，司马绍于是手诏征召王敦。王敦及后移镇姑孰。司马绍因畏惧王敦，想以郗鉴作为外援，于是任命郗鉴为兖州刺史，都督扬州江西诸军事，并镇守合肥。王敦忌惮郗鉴，表他为尚书令还朝，途中王敦与郗鉴相会，二人意见不合，王敦党众劝王敦杀死郗鉴，但王敦不肯。及后郗鉴回朝，与司马绍共谋讨伐王敦。
