秋七月；新巡抚熊文灿接泉州府王猷条陈时事称：『郑芝龙两次大胜洪都司而不追，获卢游击而不杀；败俞都督师于海内，中左弃城逃窜，约束其众，不许登岸，不动草木：是芝龙不追、不杀、不掠者，实有归罪之萌。今一时剿难卒灭，抚或可行。不若遣人往谕退船海外，仍许立功赎罪。俟有功日，优以爵秩』。文灿即批巡道邓良知酌议。良知接批；即传王猷问曰：『贵府所详招安郑芝龙一事，抚台业已批下，着本道酌议，遣人招安。但查旧按前道系差黄昌奇去的，今者昌奇已死，不知欲差何人』？猷打恭曰：『卑府此详，原有其故：前日卢游击被获，郑芝龙业将衷曲一一吐告。迨后历观芝龙行事，实有受招之意。今剿既不能行，日见猖獗，将为东南所患，故卑府详请。今抚宪既批允，以卑府管见，还该令卢游击去的，其事方济』。良知曰：『贵府所言诚是。但卢游击此时在省候旨，如何得去』？猷曰：『须宪台禀请，一可以救援卢游击之危，二可以造生灵无数之福，一举两得』。良知是之，随飞禀巡抚文灿。文灿接良知禀，内称：『芝龙就招意既已吐露于卢游击之耳，今可着其前去。成功之日，许赎前罪』等语。文灿立调卢游击面询曰：『卢毓英！查汝履历，屡建劳勳，堪称宿将。为何反遭此小寇所获』？英禀曰：『罪弁奉令出征，敢不竭力？奈郑芝龙年少猛勇，船只最坚牢。毓英所统军士，未经战阵，一见即溃，故罪弁独力难支，所以被获。此等情由，还求宪天救援』。文灿曰：『今有泉州王知府详文招安，巡道禀请委汝前去。若能招安芝龙，本军门自为汝救解』。英曰：『招安芝龙，固是不难；但芝龙以前抚未加官爵，恐遭势宦凌辱，是以逸去。今欲再去招安，若无官爵，恐不能服芝龙之心。宪天为国为民，必须酌议妥当，庶罪弁好去』。文灿曰：『芝龙不过一小寇耳，欲加大职，难以题请；若与之职小，他未必如意』。毓英曰：『凡事当相经权，苟有利于社稷，「春秋」许之。今日招安郑芝龙，不但安民生，且为国家得人用』。文灿曰：『本军门给尔令牌，前到泉州与道府相议，酌量而行』。毓英叩谢，出领文牌。下泉州，先见知府王猷，致谢提拔大恩，次及招安事。猷曰：『将军此去，自然成功』。英曰：『芝龙自然受招。第去招抚尚有一事最要者未妥』。猷曰：『请明其说』。英曰：『前见抚台，弟亦面陈，若无官职，难买芝龙之心。抚台着弟前来与公祖并道尊商量』。猷曰：『弟前文业已详明，着其退师海外，将功赎罪。俟有功之日，另优以爵秩。况今李魁奇（有刻李芝奇者，误也）。并了陈衷纪，杨六、杨七叛去（有云杨禄、杨策者，误也），肆行乌洋，褚彩老劫掠沿海，刘香老扰害惠、潮及南澳地方。将军此去谕其招安，擒灭诸盗，抚台自然特本加以重爵，为朝廷股肱。岂不胜于游荡波涛乎』？英曰：『公祖所谕极是，足以服芝龙之心』。遂随王猷谒巡道。猷入，将所议招安始末陈明。良知大喜，立传毓英。英谢救援毕，良知曰：『抚台发文前来与本道同知府商议，王知府所回之话甚然有理，汝可前去。事妥之日，本道自然申请为解前愆』。英曰：『今日得起白骨而肉者，皆老大人之赐，世世衔结』！遂辞起身，竟往旧镇。先差人通知芝龙，龙随遣芝鹏引接到船，各相致意。龙曰：『今日何幸得将军驾临，实慰芝龙素愿』。英曰：『弟老而无能，前荷将军不杀。回到中左，被俞都督申报失机。迩蒙泉州王府尊详请抚台，抚台委弟前来招安。业将将军衷曲一一剖明，甚是欢喜。着将军退师海外，立功之日，定然保题，决不负将军归诚之意』。龙拱谢曰：『此皆将军游扬之德，异日自当厚报！须烦将军婉回，通行各处，庶使将士便于采买粮食』。英曰：『此自然之理。但将军亦当严饬诸人，登岸毋得放纵，以累名誉』。龙曰：『谨受大教』。尽欢而散。
九月，芝龙举其众降。差芝燕、芝凤带金银币帛，同毓英入泉州城。先见王猷，次见邓良知，代芝龙陈始末，愿拜门下，缴上厚礼。各大喜，即行文本府沿海卫所，许芝龙军士登岸采买。又为申请军门，内称：『芝龙倾心向化，情愿自新立功赎罪，从此沿海地方得以宁靖』等语，交毓英上省。英至省投缴文灿，文灿即传英进问。英一一代芝龙禀上：愿充辕门犬马报效，所有福建以及浙、粤海上诸盗，一力担当平靖，以赎其罪。并呈重礼。文灿大喜，收之。立即通行全省，准芝龙招安，候旨定夺；遂以义士「郑芝龙收郑一官」功题，委为海防游击。又委毓英为监督，督芝龙军平诸盗。立功之日，再为题请（按芝龙与思齐为盗时，名一官，迨齐死，问天筊时，改名芝龙。当道缙绅受赂庇护，无可为辞，故以「芝龙收郑一官」题请）。
毓英齎军门檄谕同芝凤回泉，见府道。府道亦为英喜，嘱其速督芝龙立功。英星驰到旧镇，会芝龙。龙询凤、燕，同道府口气，并观军门题禀，大悦，致谢毓英。即整顿船只，以便征剿。英曰：『将军此行先平何人』？龙曰：『陈衷纪等原有八拜之交，今为李魁奇所并，当誓师先除此贼，则公私可以两尽』。英曰：『将军情义深重，调度有方，真令人感激敬服』。龙随差快哨出洋，侦探魁奇住处（李魁奇者，渔父也，泉州惠安人。从幼出入湄洲沿海。深识水性，身藏水底，半日不起，口能转气，眼见诸物。年二十九，两臂有七百斤之力，纠合诸渔船，劫掠商艘。适会集澎湖，候截吕宋洋艘。其陈衷纪等自与芝龙分别，复往台湾。因众咸沾疫症，及知芝龙逸出，不能前进。后诸人略痊，方统船过来聚首。不料至澎湖遇李魁奇，奇即挥船围击。陈衷纪、杨天生、陈勳等原虽猛勇，终是新病才好，安能敌奇新出之犊，随为所伤。仅存李英同通事何斌一船，仍回台湾。故此李魁奇独霸横行，目空群盗）。
崇祯二年四月，奇正率诸船在辽罗地方候劫商艘。郑芝龙得报，令芝虎、芝豹为先锋，芝彪、芝鹏为应援，自领芝鹗、芝豸等同卢毓英为合后。时彪、虎、燕、豸四船齐到，各逞夙威，两相攻打。守金门之哨船忽听炮响，亦驾船从城仔角出，而芝龙大队亦至。魁奇寡不敌众，就转舵欲遁。适南风起，龙一船牵舵乘势冲下。芝蟒持火罐抛过，魁奇忙将木棍打落水中。芝豹藉风合击，赶将搭钩搭住，被魁奇一刀洗断开去。芝麟又将火烺喷筒烧来，魁奇遂将船舵摆开，悉为横风吹散。不提防芝虎船从后赶杀，声如巨雷，大喝：『死贼！今日决难饶汝』！搭钩搭住，执牌跃过。魁奇接敌，互相交鬪。奇伙合并，虎逞力支御，势已危迫。幸陈霸、陈秀亦跳过。霸砍散环众，秀一枪刺倒魁奇（陈秀，海澄人，后封武功伯。献仙霞关投诚。陈霸，南安石井人，吕姓，为陈氏养子。人品肥矮，浑号「三尺六」，踞南澳。入粤东投诚，封忠勇侯）。芝虎乘势连砍二人，余悉伏舱或赴水者。龙见魁奇被砍，遂大呼：『降者不杀！你等原是良民，投顺自然重用』。是以所有船只咸落头帆降，龙收其众。令割魁奇首级，设位哭祭陈衷纪等。然后回师，申报军门。文灿接捷，知龙阵斩李魁奇，收其全伙。差旗鼓张彬齎谕帖银牌，前到辽罗犒赏，并许转题参将。巡道与泉府，亦差知事林旭齎银牌羊酒犒赏，并安插魁奇党。芝龙大悦，各答厚礼，具禀伸谢。
六月，芝龙斩叛贼杨六、杨七于浯洲港（浯州，金门别名），收其众。
八月，褚彩老掠闽安，文灿檄芝龙。龙追于南日，灭之。
崇祯三年庚午夏五月，芝龙因忆火光梦中之异，修书遣芝燕驾船往日本，迎接翁氏并其子回来。日本国王因颜思齐集船谋夺不成，从此加意防范唐人。而翁氏与芝龙倏尔别去，虽屡翘首云山，其奈盈盈带水何；惟日抚其子。喜子颇可人，又举止异众。一日报唐船到，父女正在计念间，突闻呼叫之声。翁翊皇出接，两未谋面；询其由来，方知为芝龙差，欲接其女与甥回也。芝燕曰：『奈与国王再三说无此例，岂不徒费其劳』？翊皇曰：『国王见书欢喜，抑有怒色』？燕曰：『国王见书甚喜』。翊皇曰：『见书若喜，再作商量』。燕曰：『自然还要恳求国王，难道就回么』？唤从人将所带物件行李悉迁上翊皇家，住下。
