一、太极图抄引
生生子曰：天地万物，本为一体。所谓一体者，太极之理在焉。故朱子曰：太极只是天地万物之理。在天地，统体一太极；在万物，万物各具一太极。即阴阳而在阴阳，即五行而在五行，即万物而在万物。夫五行异质，四时异气，皆不能外乎阴阳。阴阳异位，动静异时，皆不能离乎太极。人在大气中，亦万物中一物尔，故亦具此太极之理也。惟具此太极之理，则日用动静之间，皆当致夫中和，而不可须离也。医之为教，正示人节宣天地之气，而使之无过不及。攻是业者，不能寻绎太极之妙，岂知本之学哉！故具太极图抄于首简。
二、太极图
太极
三、太极图说
（附中和集太极图说）山阳度氏曰：上之一圈者，太极本然之妙也。及其动静既分，阴阳既形，而其所谓上之一圈者，常在乎其中，盖本然之妙，未始相离也。至于阴阳变合而生五行，水火木金土各具一圈者，所谓分而言之，一物一太极也。水而木，木而火，火而土，土而金，复会于一圈者，所谓合而言之，五行一太极也。然其指五行之合也，总水火木金而不及土者，盖土行四气，举是四者以该之，两仪生四象之义也。其下一圈，为干男坤女者，所谓男女一太极也。以见太极之妙，流行于天地之间者，无物不在，而无物不然也。
中和集曰：上之一圈者，释曰“圆觉”，道曰“金丹”，儒曰“太极”。所谓无极而太极者，不可极而极之谓也。释氏云：如如不动，了了常知。《易·系》云：寂然不动，感而遂通。《丹书》云：身心不动，以后复有无极真机，言太极之妙本也，是知三教所尚者，静定也，周子所谓主于静者是也。盖人心静定，未感物时，湛然天理，即太极之妙也。一感于物，便有偏倚，即太极之变也。苟静定之时，谨其所存，则天理常明，虚灵不昧，动时自有主宰，一切事物之来，俱可应也。静定工夫纯熟，不期然而自然，至此无极之真复矣，太极之妙应明矣，天地万物之理悉备于我矣。
四、不知《易》者不足以言太医论
生生子曰：天地间非气不运，非理不宰，理气相合而不相离者也。何也？阴阳、气也，一气屈伸而为阴阳动静，理也。理者、太极也，本然之妙也。所以纪纲造化，根柢人物，流行古今，不言之蕴也。是故在造化，则有消息盈虚：在人身，则有虚实顺逆。有消息盈虚，则有范围之道；有虚实顺逆，则有调剂之宜。斯理也，难言也，包牺氏画之，文王彖之，姬公爻之，尼父赞而翼之，黄帝问而岐伯陈之，越人难而诂释之，一也。但经于四圣则为《易》，立论于岐黄则为《灵》、《素》，辨难于越人则为《难经》，书有二而理无二也。知理无二，则知《易》以道阴阳，而《素问》，而《灵枢》，而《难经》，皆非外阴阳而为教也。《易》理明，则可以范围天地，曲成民物，通知乎昼夜；《灵》、《素》、《难经》明，则可以节宣化机，拯理民物，调燮札瘥疵 而登太和。故深于《易》者，必善于医；精于医者，必由通于《易》。术业有专攻，而理无二致也。斯理也，难言也，非独秉之智不能悟，亦非独秉之智不能言也。如唐祖师孙思邈者，其洞彻理气合一之旨者欤，其深于《易》而精于医者欤，其具独秉之智者欤。故曰：不知《易》者，不足以言太医；惟会理之精，故立论之确，即通之万世而无敝也。彼知医而不知《易》者，拘方之学，一隅之见也；以小道视医，以卜筮视《易》者，亦蠡测之识，窥豹之观也，恶足以语此。
五、问三才所同者于人身何以见之
生生子曰：人之与天地万物同者，同此理气也。朱子曰：人之与物，本天地之一气，同天地之一体也，故能与天地并立而为三才。《皇极经世》曰：天有四时，地有四支。四支各有脉也，一脉三部，一部三候，以应天数。神统于心，气统于肾，形统于首，形气交而神主其中，三才之道也。《撄宁生卮言》曰：天地非大气鼓 ，则寒暑不能以时，潮汐不能以讯，霜露冰雪不能以其候；人身非此气鼓 ，则津液不得行，呼吸不得息，血脉不得流通，糟粕不得传送也。
《内经·阴阳应象大论》曰：“天气通于肺，地气通于嗌，风气通于肝，雷气通于心，谷气通于脾，雨气通于肾。六经为川，肠胃为海，九窍为水注之气”。《卮言》曰：人首尊而足卑。天地奠位也，脾肺相为母子，山泽通气也；肝胆主怒与动，雷风之相搏也；心高肾下，水火不相射也。此人之所以与天地参而为三也。
六、命门图说
生生子曰：天人一致之理，不外乎阴阳五行。盖人以气化而成形者，即阴阳而言之。夫二五之精，妙合而凝，男女未判，而先生此二肾，如豆子果实，出土时两瓣分开，而中间所生之根蒂，内含一点真气，以为生生不息之机，命曰动气，又曰原气，禀于有生之初，从无而有。此原气者，即太极之本体也。名动气者，盖动则生，亦阳之动也，此太极之用所以行也。
两肾，静物也，静则化，亦阴之静也。此太极之体所以立也。动静无间，阳变阴合，而生水火木金土也，其斯命门之谓欤。
《素问》曰：“肾藏骨髓之气”。又曰：“北方黑色，入通于肾，开窍于二阴，藏精于肾”。《难经》曰：“男子以藏精”，非此中可尽藏精也，盖脑者髓之海，肾窍贯脊通脑，故云。
生生子曰：三十六难言肾有两脏，其左为肾，右为命门。命门者，诸神精之所舍，男子以藏精，女子以系胞，故知肾有二也。三十九难言：“五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也。其左为肾，右为命门。命门者。
精神之所舍也。男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通”。细考《灵》、《素》，两肾未尝有分言者，然则分之者，自秦越人始也。追越人两呼命门为精神之舍，原气之系，男子藏精，女子系胞者，岂漫语哉？是极归重于肾为言。谓肾间原气，人之生命，故不可不重也。《黄庭经》曰：肾气经于上焦，营于中焦，卫于下焦。《中和集》曰：阖辟呼吸，即玄牝之门，天地之根。
所谓阖辟者，非口鼻呼吸，乃真息也。越人亦曰：肾间动气者，人之生命，五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原。命门之义，盖本于此，犹儒之太极，道之玄牝也。观铜人图命门穴不在右肾，而在两肾俞之中可见也。
《难经》虽有命门之说，并无左右水火之分，何后人妄臆指命门属相火耶！顾《灵》、《素》三阴三阳、手足十二经配合，皆有定偶，以象十二时、十二月、十二律之意，今又以命门为属火，则当统之于何经？十二经既无所统，则两肾皆属少阴水可知。《黄庭经》曰：两部肾水对生门（左肾为壬，右肾为癸。
生门者，脐也）。或曰：然则《脉诀》何谓命门配三焦，属相火也？余曰：此高阳生之误，戴同父辩之已详。三焦是手少阳经，配手厥阴经为表里，乃手经配手经，火配火为定偶也，岂有手配足，火配水之理哉？！滑伯仁《难经本义》注曰：命门其气与肾通，则亦不离乎肾，其习坎之谓欤（坎者，水也。易谓上下二坎相重，阴而又阴，故曰习坎）。手心主为火之闰位，命门即水之同气欤。命门不得为相火，三焦不与命门配，亦明矣。虞庶亦云：诸家言命门为相火，与三焦为表里，按《难经》只有手心主与三焦为表里，无命门三焦表里之说。据此，则知诸家所以纷纷不决者，盖有惑于《金匮真言篇》王注，引《正理论》谓“三焦者，有名无形，上合手心主，下合右肾”，遂有命门三焦表里之说。夫人身之脏腑，一阴一阳，自有定偶，岂有一经两配之理哉！夫所谓上合手心主者，正言其为表里；下合右肾者，则以三焦为原气之别使而言之尔。知此，则知命门与肾通，三焦无两配，而诸家之说不辩而自明矣。或曰：如子所云，则命门属水欤？予曰：右肾属水也，命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极。五行由此而生，脏腑以继而成。若谓属水属火，属脏属腑，乃是有形质之物，则外当有经络动脉，而形于诊，《灵》、《素》亦必着之于经也。或曰：然则越人不以原气言命门，而曰右肾为命门何也？予曰：此越人妙处，乃不言之言也，言右肾则原气在其中矣。盖人身之所贵者，莫非气血，以左血右气也。观《黄帝阴符经》曰：人肾属于水，先生左肾，象北方大渊之源；次生右肾，内有真精，主五行之正气。越人故曰原气之所系，信有核欤。
或曰：《灵》、《素》命门有据乎？予曰，《阴阳离合篇》有“太阳根起于至阴，结于命门”（至阴，穴名，在足小指外侧）。启玄子注曰：“命门者，藏精光照之所，则两目也。”《灵枢》亦曰：“命门者，目也。”盖太阳乃肾之表，目者宗脉精华之所聚，故特以精华之所聚处，而名之为命门也。（上释命门）
七、右肾水火辩
或曰：人皆谓右肾属相火，相火即少火，观坎之象，则知肾具水火之道，一阳居二阴间为坎，水火并而为肾，故惟坎加习也，子以右肾为属水，然则其说非与？余曰：以惟坎加习，斯其说所以非也。夫坎，水也。上下皆坎，《易》故曰习坎。观先天图，干南坤北。后天图，离南坎北。五行火高水下，故仙家取坎填离，以水升火降，既济为道，谓采坎中之一阳，填离中之一阴，此还乾坤本源之意也。坎离，是兑待之义，如彼谓一阳居二阴之间，无乃指一阳为火耶？然则离以一阴居二阳之间，又作何说也？夫物物具五行，五行一阴阳，阴阳一太极，五脏均有此金木水火土，何乃指坎中之阳为火，指右肾为少火也。坎中之阳，即两肾中间动气，五脏六腑之本，十二经脉之根，谓之阳则可，谓之火则不可，故谓坎中之阳，亦非火也。二阴，即二肾也，肾既皆阴，则作一水一火并看者，亦非矣。不然，坎中之阳，尚不可以火目之，而右肾又何可以属水哉？！或曰：子是之言固矣，彼北极玄帝象下有龟蛇者何说也？且昔沙随程可久曰：北方常配二物，故惟坎加习，于物为龟为蛇。余曰：此何可以证水火并而为肾之谬也，盖龟蛇，乃道家寓意处，谓蛇属心火，龟属肾水，能降此二物，不使妄动，庶坎离得以交 ，而身中之丹可成。若肾则封藏之本，精之处也，安可牵扯龟蛇而与之同类并观哉！断乎其不可矣。
九、《难经正义》三焦评
（附东垣三焦论）或有以马玄台《难经正义》问于生生子曰：马氏谓《难经》所言三焦，乃上中下之三焦，故曰无形之气；若于手少阳之三焦，乃是有形，引《灵枢》、《素问》经旨及东垣等论为证。而以手厥阴配合，俱寓诊于右尺。子以其说为何如？幸条悉之，以诏来学。生生子曰：马玄台搜究经旨甚博，考证诸篇极工致、非苦心者不能也。但谓三焦有二，上中下之三焦，行脉道以通十二经，手少阳之三焦，惟司决渎之职而已。谓东垣能疑之，而不能正之。又引《三因方》谓脂膜如手掌大者为三焦，而寓诊于右尺。斯言不能无弊，何也？上古文本，不容易看，亦有不可强解者，亦非聪明所可臆度，不可辩者宁缺之，不敢妄议，恐增后人一障也，姑即所疑，条陈于左，以俟明哲。
马氏曰：手少阳三焦，焦、当作 ，是有形物也。上中下之三焦，焦字从火，谓能腐熟水谷变化也。余按“焦”字亦不一，《灵枢·背 篇》有云：肺 在三焦之间，心 在五焦之间。据铜人图，肺 在三椎下，心俞在五椎下，是以“焦”字作“椎”字看也。椎、槌也，节也。斯上中下之三焦，亦是以地段三停而言，如云上中下三节也。“焦”“ ”同用，如“藏”“脏”同用也，不必拘从火从肉，但观上下文义何如尔。推马氏之意，不过谓从肉则是有形，从火则是无形，盖为有形无形生疑也。
马氏曰：《三因方》云：古人左为肾脏，其府膀胱，右为命门，其府三焦，三焦有脂膜如手大。且曰：宋有举子徐遁者，医疗有精思，曰：齐尝大饥，群丐相脔而食，有一人皮肉尽而骨脉全者，视其五脏，见右肾之下有脂膜如手大者，正与膀胱相对，有二白脉自其中出，夹脊而上贯脑，意此即导引家所谓夹脊双关者，而不悟脂膜如手大者之为三焦也，由是知三焦为有形也（按导引家夹脊双关，正是两肾，非别有物也）。愚谓此言无稽，不必信也。盖医以《灵》、《素》为宗，《灵》、《素》不载，如张仲景、华佗、王叔和、孙思邈，皆擅名古今者，未有一言及此。史载秦越人隔垣洞见人脏腑者，假令三焦如手掌大，何不言之，而反曰无形之气。又观手少阳经起止散络，亦无夹脊贯脑之说，独陈无择言之，岂无择之神知，出《灵》、《素》诸公之上，而操议以胜之哉，愚故谓无稽之言，不必信也，余惟人身禀赋，有肥瘠，有长短，有男作女形，女作男形，脏腑亦有浓薄之不一。人脏内景，殆与猪相类，两肾即两腰子，两腰子皆裹于脂膜之中间，或有偏长短者，不可因脂膜之垂长者，便指为脏腑也。两白脉自中出者，正肾之脉络尔。膀胱中处腹下，亦非偏于左者，抑何相对若是之偶耶？据云大饥而相脔，安有舍美肾而不食，尚从容乎有所待也，此不待辩而可知。若脂膜左右长短不同，由人之肥瘠也。且如平人之胆，仅藏汁三合，姜维之胆大如斗。
