第二时期：耿、郑交恶与其媾和耿、郑以起兵异趣故、壤土相接故，遂生种种冲突之原因。一、经东迁后，安逸日久，故兵甲钝敝，舟亦不多。耿以为易侮，欲离郑氏独自进取。二、经向耿借漳、泉二州地募兵，耿难之。三、耿使海澄总兵赵得胜起兵，得胜不役，降于经，经授得胜为兴明伯左都督，耿衔之，遂构兵。郑将取同安、降守将张学尧。王进者，清勇将也，降于耿。王进功子藩锡逐之以降于郑，进功亦寻降。于是耿命进与郑师争泉州。是时合从军且解散，而吴三桂之仲裁大使适至。是年十月，吴命礼曹周文骥平耿、郑。时耿、郑方战于兴化，得三桂命，以强敌未灭、内相争非谋，各议罢兵。翌年正月，耿遣使台湾，正疆境，以枫亭为界，通盟好，修婚姻焉。
第三时期：三王降灭与郑氏之孤立自合从军兴，清廷大震，几殆矣。然未尝合围，又未尝各以兵北向，清廷得分兵应战，且又以各有顾恋也。
尚虽约合从，然不敢出兵，又翻覆无常。其弟之孝又不从命，清授为平南将军。之信心动，乃以康熙十六年再降于清，至十九年被诛。
耿虽与郑通好，内实不慊。十五年八月，耿出兵仙霞岭，其将士大半亡归于郑。耿氏故封，日渐削减，清攻其外，郑攻其内，耿忧愤不知所出。适清康亲王招耿，耿遂降；时亦为康熙十六年。
是时清以攻耿兵攻郑，郑氏将屡败，经遁入台湾。郑去而吴三桂益孤。康熙十七年八月，三桂死，其孙世璠立，兵力益弱。清得专意于郑氏军。
综此三时期，前后凡五年，而合从军解。而其影响及于郑氏者，则使清廷对于郑氏而生二大主义。
第一为弃地主义，清将赖塔主之。方经归于台湾也，赖塔以书与经曰：『自海上用兵以来，朝廷屡下招抚之令，而议终不成，皆由封疆诸臣执泥。台地本非中国版籍，足下父子自辟荆棘，生聚教训，有年于兹。本朝亦何惜海外一弹丸地，不听田横壮士逍遥其间乎？今三藩殄灭，中外一家，若能保境息民，则从此不必登岸，不必易衣冠，称臣入贡可也，不称臣入贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜、为徐市之日本，于世无患，于人无争，而沿海生灵，永息涂炭。惟足下图之』！第二为略地主义，清将姚启圣、施琅等主之。姚屡阻梗和议，施本郑将，善水战，亡归于清，自陈台湾必可取之。此主义属于外臣者多。
而使清廷从第二主义以行者，其分因则以经对于第一主义而要求海澄为互市之地。至其总因，以是时海外孤岛，又忽有意外之风云，而与清廷以大好机会。国家多难，重以内忧，明王不兴，既伤逝者。呜呼！此何事？此何事？吾闻之故国民，明招讨大将军郑经以归台后五年，即永历三十五年正月，卒于台湾之东宁府。
第十六节台湾亡
呜呼！我掷笔何忍言！成功之卒也年三十有九，经之卒也年三十有五。吾国民前途之运命随郑氏尽矣！南溟巨浸之中，绵延故明正朔垂二十余年，天厌朱德，元臣隤丧，吾国民奈何无滴泪溅之！经之卒也，其长子克囗〈臧上土下〉次当立。克囗〈臧上土下〉严肃沈毅，有成功风。或曰非郑氏子，乃立其次子克塽。克塽者，顽儿也。
于是清廷侦知之，且用兵矣。顾以南征辽远，动辄丧师，风涛险恶可怖，北人南来不谙水战，迟之又久而未得水军将其人。越二年，以闽督姚启圣之荐，授万正色为陆路提督、施琅为水师提督，内外决议，以明年大举攻台湾。
时郑氏水军将曰刘国轩。国轩素有将略，行军略仿成功。永历三十二年之役，国轩尝以寡兵亡满汉士卒三万余人。闻清师且大至，定以澎湖为第一防御地，募集民兵，修整战舰，自妈祖、台屿以次列炮城二十余座。沿海设短墙，置矢石，连亘三十余里。厉兵秣马，以待大战。
明年六月，清大军发自铜山，国轩自督兵二万应之。既战，南潮涨荡如山，清军前锋船冲折不可收拾，国轩乘之，清前锋军蓝理伤焉。十八日，清进取虎井屿。明日，施琅誓师，分兵大进，压清师而下，战酣，自辰至申，清兵势益励，国轩败，急乘舸自吼门佚。清军遂得澎湖。是役也，郑氏失部将一百六十五人、士卒四千八百五十三人、战舰二百余艘，兵尽力竭，殆不可战。
已矣！故明四百年之余烈，郑氏三十余年之辛苦经营，一朝乃大去！越一月，郑克塽遣冯锡珪、陈梦炜赍降表以投于清将施琅之军，附缴延平王金印一、招讨大将军金印一、公侯伯将军银印五，版籍数千里，户口百余万。琅驰奏清廷，清主许之，授郑克塽汉军公，以下有差。自郑成功起义，凡三世，三十八年，迄明永历三十八年，台湾亡。
呜呼！吾闻之台人，台之南安，成功庙在焉。庙有像，相传甚肖成功。距台亡十七年，清以成功明室遗臣，非乱臣贼子，诏改葬成功及子经于南安。今日台南、南安两地闻郑氏遗裔犹绵绵众且多也。
第十七节郑氏亡后之台湾
自甲午以前，凡吾中国之民始终不负我祖国者，台湾人也。始郑亡之年，迄甲午之岁，中间仅二百年，而台人奋身思起、求复郑氏之基业者，历史氏犹能道之。请述概略可乎？
第一：康熙三十五年七月，台南新港人吴球拥朱佑龙为主，称朱明后裔起师，事发被诛。
第二：康熙四十年十二月，诸罗人刘却谋起师。先时置樟脑屋瓦间，中夜焚之，台人大感动，推却为盟主。翌四十一年二月，事平。
第三：康熙六十年，台人朱一贵自称故明后裔，四月举兵罗汉门，迫台湾府城。时在台文武吏争遁。同时南路杜君英起于下淡水，北路赖地起于诸罗。七日全台悉定。一贵自称中兴王，改元永和。既，闽督满保、水师提督施世骠、南澳总兵蓝廷珍讨之，一贵被擒，越二年乃平。
第四：雍正九年三月，凤山人吴福生起师，越一月平。
第五：乾隆三十五年九月，台南大穆降民黄教据冈山谋乱，翌十月平。
第六：乾隆四十八年，漳人严烟至台湾，创立天地会，未几，党徒弥漫全台。其北路（诸罗、彰化间）以林爽丈为主，其南路（台湾府城以南）以庄大田为主。五十一年十一月，南北路相应起师。林爽文置盟主府于彰化，改元顺天。五十二年十月，陕甘总督福康安讨之。十一月，林爽文被擒。未几，庄大田亦就缚。十二月平。
第七：乾隆六十年二月，天地会员陈周全起师于彰化，未几平。
第八：嘉庆十年，海寇蔡牵掠福建沿岸，乘间入台湾，自称镇海威武王，改元光明。五月寇竹堑，十一月犯淡水，遂袭凤山东港。翌十一年三月，犯噶玛兰（今宜兰）之乌石港，败，遂遁去。
第九：嘉庆十二年九月，朱濆据噶玛兰之苏澳以起师，未几遁去。
第十：嘉庆十六年，高夔起师于台北之柑园，事发被诛。
第十一：道光二年，噶玛兰人林永春起师，未几平。
第十二：道光四年十月，凤山人许尚谋起师，事觉被诛。其党杨良斌自称元帅，攻凤山城，未几平。
