六月十四日，施琅自铜山开船，大小五百余号，姚启圣拨陆兵三千随征。十五日，到八罩。十六日，进攻澎湖。国轩帅兵屯风柜屿、牛心湾，别遣林升等屯兵鸡笼屿，沿岸筑垒环二十余里，间垒列炮，星罗碁布，并巨舰数十以待。诸将皆望风逡巡，惟提标蓝理、曾成（一作诚）、张胜、正黄旗侍卫吴启爵、同安游击赵邦试、海坛游击许英、铜山游击阮钦为以七船冒险深入鏖战，纵火焚舟。琅恐有失，急将坐船冲入，内外夹攻。国轩分两翼击之，集矢琅目几殆，力战始解，琅同七船随流而出。时天色将晚，遂在西屿头洋中抛泊。明早，舟次于八罩。国轩闻而喜曰：『谁谓施琅能军？天时地利，莫之能识。诸君但饮酒，以坐观其败耳』！盖澎湖六月数起飓风，无三日晴朗；而近澎湖岛，下有老石槎枒若铁树，削利无比。凡泊舟，遇风起立破。乃停泊数日，竟浪静风恬。十九早，移至虎井；琅聚小舟于内外堑峙间，密觇形势。澎水故咸，乃王师云集，泉水忽甘，众有益奋。于是再申功令，严明赏罚。命总督陈蟒等领船五十号从东畔峙内直入四角山，又令总兵董义等领船五十号从西畔内堑直入牛心湾，以为疑兵，示以若登岸者。琅自率诸镇将，部署大船五十六号居中，分为八股排；入余船以次而进，以为后援。二十二日巳刻，南风大发，南流涌起，遂下令扬帆联进。国轩发火矢喷筒，烟焰蔽天。官军裹创力战，无生志；风利舟快，瞬息飞驶，居上流、上风之势，压挤攻击，一可当十。亦多用火器火船，乘风纵发；国轩舟焚毁殆尽，阵斩林升、邱辉、江胜、陈启明、吴潜、王隆等，兵士死者万余人。国轩见势蹙难支，遂乘小舟从北面吼门逸去。琅前锋朱天贵中炮而死，水陆官兵亦阵亡三百二十九员，带伤者千余员名。然国轩败回，群情汹汹，魂魄俱夺。先是，有道士黄性震自言能得国轩要领，启圣官以千户，使奉密书招之；国轩以书报性震，故泄之，于是上下解体。琅驻师澎湖，休劳士卒，收拾船只，为进取台湾计。下令：有戮降卒者抵死。于是诸岛投戈者数千人皆厚恤之；有欲归见妻子者，令小船送之。降卒相谓曰：『施军门肉我白骨矣』！归共传述之，台湾民众惟恐王师之不早来。克塽与锡范泣相谓曰：『民心既散，谁与死守？浮海而逃，又无生路！惟有求抚一策耳』。乃遣郑平英、林惟荣、曾蜚、朱绍熙赍乞抚书表，于闰六月八日至军前，且求听居台湾；琅不许。七月十五日，克塽复遣冯锡珪、陈梦炜、刘国昌、冯锡韩同至军前，一遵教令。琅令侍卫吴启爵及笔帖式常在同冯锡珪等前往台湾见克塽，谓之曰：『足下退居岛屿，原与三王不同（谓吴、耿、尚）。三王国家叛臣，罪在不贳；足下三世仗义于海澨，亦人所难。今若向化归德，使海宇廓清，朝廷必有格外殊恩，当不失爵禄也』。国轩曰：『澎湖之役，天也，非人也。谁敢复有异志』？遂下令兵民剃发（海上见闻录、三藩纪事本末、小腆纪年）。
八月十三日，琅至鹿耳门；国轩使人除道，迎入。十八日，赍延平王金印一、招讨大将军金印一、公侯伯将军银印五，籍土地、户口、府库、军实诣军门降。克塽嗣立凡二年，时年十五。自成功至克塽凡三世，奉永历正朔三十八年，而明朔亡。其故明监国鲁王世子桓、泸溪王慈旷、巴东王江、乐安王俊、舒城王着、奉南王熺、益王宗室镐亦诣军门降。宁靖王术桂叹曰：『是吾归报高皇之日也』！具冠服北面再拜二祖列宗，招台人别饮，舍所居为佛寺，从容投缳死；妾袁氏、王氏、秀姑、梅姐、荷姐殉之（台湾府志云：术桂字天球，太祖九世孙，辽王后长阳郡王次支也）。先十日，台湾有大星如斗殒于东南。至是，施琅刑牲告于延平王郑成功之庙曰：『自同安侯入台，台地始有居人。逮赐姓启土，始为岩疆，莫敢谁何。今琅赖天子威灵、将帅之力，克有兹士；不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独琅起卒伍，与赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。琅于赐姓，翦为仇雠，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已』。语毕，投地大恸。疏请经略台湾，略云：『所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人，郑经之子克塽及其弟囗〈与上土下〉伪恭谨侯郑克等九人，伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟及明裔朱桓等十七人，并绩顺公下官兵家口、海澄公家口，俱拨船配载官兵，陆续护送，归之京师，听候安插。其余伪文武各官家口，见在趣令起行。兵丁有愿入伍及归农者，听其自便。至于江、浙、闽、粤各省被获男妇，已悉令回籍。其册印札付，已次第追缴。仓库、人民、户口、册籍、船艘、军器俱令巡海道等察收，下所司知之』。克塽至京师，授汉军公，锡范汉军伯，国轩天津总兵，亦封伯，何佑梧州副将，克塽弟克囗〈与上土下〉准开牛禄，叔郑聪等俱以三品、五品食俸，随旗收其地。琅受降时，由海道报捷，七日抵京；而姚启圣由内地驰驿，后二日至。上加授琅靖海将军，封靖海侯世袭（三藩纪事本末、东华录、小腆纪年、皇朝武功纪盛、台湾旧志）。
十月，命吏部侍郎杜臻等往闽、粤、江、浙勘沿海边界，招垦荒地，复诸迁民业。初，康熙十九年六月，福督姚启圣上疏，言投诚之众，率皆前日迁徙之民。若不给与俸饷，无以安其身心；欲给之，则有限金钱，不可为继。若令归农，又多无农可归，势必复去而为盗。以臣愚虑，莫若将界外田地，尽行给还。方今海外要地，已设提督总兵大臣，重兵屯守，是官兵在外，而投诚在内，夫复何虑。且彼等乐得故土，人人有安土重迁之思，即迫之为盗亦不可得矣。至是，得旨：沿海田地，应给民耕种；其紧要地方，仍应防守。因议当行四事：察濒海之地以还民，一也；缘边寨营锋堠向内地者，宜仍徙于外，二也；海壖之民以捕鲜、煮盐为业，宜并弛其禁，三也；故事：福建漳州府通市舶，行贾外洋，以禁海暂阻，应酌其可行与否，四也。于是福州、兴化、泉州、漳州等四府、福宁一州所属十九州岛县原迁界外田地共二万五千九百四顷零，自康熙二十年展界，至二十二年止，已经垦复四千八百八十六顷零。尚余未垦田地二万一千一十八顷零，并额外老荒七百零顷，共二万一千七百一十八顷零，并交地方官；有原主者令其复业，无原主者招徕劝垦。据州县陆续呈报，归业丁口四万八百有零，承垦田地一万七千一百三十二顷零。其丁口花名及地荒、老数目并盐田、灶田、屯田分晰数目，听该府造册另报，令其照例起科。惟海禁仍行禁止（粤闽巡视纪略、东华录）。
十二月，调施维翰为福建总督（东华录）。
二十三年（一六八四）四月，差往福建料理钱粮侍郎苏拜会同福建督抚、提督等奏：台湾地方千余里，应设一府曰台湾，三县曰台湾、凤山、新罗，一厅曰澎湖，设巡道一分辖。应设总兵官一、副将二、兵八千，分为水陆八营。澎湖应设副将一、兵二千，分为二营。每营各设游、守、千、把等官。从之（东华录、三藩纪事本末）。
五月，调王国安为福建总督，裁浙江总督。
九月，兵部题：原任福建提督姚启圣修理兵船兵器，浮冒钱粮四万七千余两，应行追赔。得旨：姚启圣攻取台湾有劳绩，着免其追赔。
二十四年（一六八五）三月，福建提督侯施琅奏请恤赏进剿澎湖伤亡兵丁。上谕：此等贫兵，早给一日恤赏，使得早受一日实惠。此后着一概速行议恤（以上东华录）。
——录自福建通纪卷十三。
二十五年（一六八六）四月二十日，台湾地大震（东溟文后集）。
以张仲举为福建巡抚。
二十六年（一六八七）三月，大学士等奏：浙江福建总督一缺已改为福建总督，然浙江、福建皆系近海地方，请仍改浙江总督为浙江福建总督，似属有益；从之。
调王新命为浙江福建总督。
丙申，以王隲为福建浙江总督。
二十七年（一六八八）九月，命台湾文职员缺准该抚于闽省见任官内拣选调补。
四月，命台湾铸钱。
五月，以兴永朝为福建浙江总督。
二十九年（一六九〇）六月，以卞永誉为福建巡抚。
三十一年（一六九二）十二月，以朱宏祚为浙江福建总督（由广东巡抚迁）。
三十四年（一六九五）二月，以郭世隆为浙江福建总督（以上东华录）。
三十五年（一六九六）七月，新港民吴球谋乱，伏诛（台湾志略）。
三十六年（一六九七）四月，以宫梦仁为福建巡抚。
十一月，福建巡抚宫梦仁居官劣，着解任。以张志栋为福建巡抚。
三十八年（一六九九）二月，免福建台湾府属上年水灾额赋有差（以上东华录）。
台湾吞霄土官卓个、卓雾、亚生作乱。五月，淡水土官冰冷杀番社主账金贤等。七月，水师袭执冰冷。八月，署北路参将常泰以岸里社番击吞霄，擒卓个、卓雾、亚生以归，斩于市。初，通事黄申于吞霄征派无虚日，社番苦之。土官卓个、卓雾、亚生鸷而骁，阴谋作乱。会番当捕鹿，申约计日先纳钱米而后出。卓个等鼓众大噪，杀申及其伙十数人。镇道遣使招谕，不得入；乃发两标官兵，委常泰进剿。而新港（属台湾县）萧垄、麻豆、目加溜湾（属诸罗县）四社番（在郑氏时为四大社。其子弟能就乡塾读书者，蠲其徭，欲以渐化之。四社番亦知勤稼穑，务蓄积。又近郡治，习见城市居处礼让，故其俗于诸社为优。萧垄近海，不当孔道，尤富庶）为前导，个、雾等阻险据守，四社番死伤甚众。有献计者曰：『岸里社番穿林箐、越阔谷如飞，擒个、雾非此不可』。时岸里社尚未内附，乃遣译者入说其魁，多致糖烟银布。番大喜，自以收捕为功；绕出吞霄山后，日有擒获；官军攻其前。个、雾等大窘，逃入山内，岸里番设伏擒之；至郡，尸诸市，传首以示诸番。是役也，劳师七阅月，官军被瘴死者数百人。冰冷者，淡水内北投土官麻里郎吼婚姻也。麻里郎吼有女字主账金贤，贤将娶之，其父怜其女幼也，弗与，告贤曰：『俟长以归汝』。贤缚丈人于树而挞之，麻里郎吼以愬冰冷而泣。冰冷故凶悍，率众射杀贤；诸与贤善者皆杀之。时方征吞霄，冰冷遣使与个、雾等通。有水师百总者，巡船至淡水，闻变，潜泊海口，冰冷未之觉。百总遣他社番诱以货物，伏壮士水次，缚之，亟登舟。比诸番出护，已挂帆矣。会吞霄平，诸番以首恶既诛，因通事求抚。百总惜失其名（台湾旧志）。
三十九年（一七〇〇）十月，以梅鋗为福建巡抚（东华录）。
是年，仁皇帝诏曰：朱成功系明室遣臣，非朕之乱臣贼子，敕遣官护送成功及子经两柩归葬南安，如田横故事；置守冢，建祠祀之（考曰：云归葬者，挈棺入京，行献俘礼。小腆纪年）。
四十年（一七〇一）十二月，诸罗刘却作乱，伏诛。却为管事，以拳棒自负，日与无赖恶少往来，歃血为盟。久之，其党有谋不轨者，以为非却众莫从，乃深夜燃樟脑，窃置却屋，瓦火上烛，召同盟者示之曰：『刘大哥舍中每夜红光烛天，非常兆也』。会却家神炉无故发火，众曰：『此不君、即帅耳』。却心动，穴地于舍，佯置田器，冶铁为刀鎗各械，约日举事。腊月七日，扬旗击鼓，毁下加冬营，散其兵；乘夜抵茅港尾，掠市中货。乱民及诸番乘机四出劫掠，破家者甚众。却退屯急水溪，北路参将白通隆整众御之，镇、道两标并发兵应援。越五日，官兵大集，战于急水，却大溃，生擒其党陈华、何正等。却走匿山薮，常昼伏夜出。四十二年二月，擒获于笨港之秀庄。师还，斩却于市，并其长子杖杀之，妻孥皆发配（台湾旧志）。
四十一年（一七〇二）十月丙午，以金世荣为浙江福建总督。
四十三年（一七〇四）十月，以李斯义为福建巡抚。
四十五年（一七〇六）三月，福建巡抚李斯义奏报台湾、凤山、诸罗三县旱灾。上谕：台湾地方洼下，一遇亢旱，即至歉收；着将台湾等三县粮米全行免蠲。
五月，谕：闽省海疆与台湾相近，总督职任，必得才兼文武之人乃可。原任总督金世荣为人忠厚，居官虽无恶处，然无才不能治事；去年福建小有旱灾，金世荣并未举奏。其奏改海中商舶式样，虽奉准行，亦不能改，殊有忝总督之任矣。
四十六年（一七〇七）三月谕吏部：福建巡抚员缺甚为紧要，张伯行为人笃实，即在行间亦非退缩者，着升为福建巡抚。
四十七年（一七〇八）二月，免福建台湾等三县上年旱灾额赋有差（东华录）。
是年，巡抚张伯行疏请将台湾县康熙四十六年分应征额粟三万三千八百九十二石六斗零、凤山县应征额粟四万二百五十八石四斗、诸罗县应征额粟三万三千五百四十五石三斗零，于四十七、八两年带征。所征前项额粟，仍汇入各年奏销册内一并报部查核，以舒民力（正谊堂文集）。
四十八年（一七〇九）十一月，以许嗣兴为福建巡抚。
四十九年（一七一〇）九月，谕吏部：福建巡抚许嗣兴才力不能任事，着解任；福建巡抚着浙江巡抚黄秉中调补（以上东华录）。
五十年（一七一一）九月十一日，台湾地震（东溟文后集）。
十月，谕福建巡抚黄秉中：台湾府属五十年应征稻谷已经征完，在官虽蠲免，于小民无益；其应征康熙五十一年稻谷，着行蠲免。
十一月，以觉罗满保为福建巡抚。
