二月十二日，澎湖有法船六只，泊在珠水、乌嵌开边海面。十三日，六只内分一大船泊近莳里澳，三船驶至妈宫、西屿，二船至观音亭后，齐开大炮，纵横轰击。总领前路各军代理澎湖副将周善初、管带练军澎湖都司郑渔出队抵御，各炮台亦开炮还攻；法兵将四角山、观音亭等处炮台及妈宫协署街道营房一律轰毁。周善初等不能抵敌，退往大城。十四日，法泊莳里澳大船近岸，渡兵三百余人登岸，攻扑珠母水澳；管带绥靖副中营副将陈得胜率队相持，未久即退。十五日，法兵八、九百人复由双头跨登岸，径至大山城下；周善初率守备冯楚燊接仗。陈得胜带队来援，手骽受伤。又调同知关镇岳、通判梁岳英来援；关镇岳为飞弹中伤，周善初等退往赤嵌北山。澎湖遂失（刘壮肃奏议）。
谕：已电孤拔于三月初一日停战，开台湾北海封口（东华录）。
四月，法和议成；二十七日，画押。五月六日，李士卑斯送信至苏得胜营，约请亲到基隆交还。九日，法兵全调往澎湖（刘壮肃奏议）。
五月，台澎道刘璈革职，听候查办。初，刘铭传由京渡台，道经上海，适有记名道朱守谟恳随东渡，月给薪费银一百五十两。该道素性奢侈，未及一月，即禀称不敷用度，月需银三百余两；声明实报实销，不能限制。当经批驳，月增公费银五十两，旋即给假。通商委员李彤恩兼办沪尾营务，朱守谟嫉之如仇。守谟又擅用库银二百余两，并未报销，特至台南招摇播弄。复至福州省城，左宗棠听守谟一面之词，不能无惑于基隆之退；奏参知府李彤恩不审敌情、虚词摇惑，以致基隆被踞。奉旨：将李彤恩革职。于是刘铭传覆陈台北情形，请将彤恩开复原官，另折奏参朱守谟倾陷李彤恩等情。奉旨：着杨岳斌将朱守谟饬提赴台，归入前案秉公研究。刘璈之任台澎道也，拥兵二万，皆湘人。台湾进口洋药、厘税归董事陈郁堂包办；十年九月法人封口，照常征收，丝毫不解。十一月底，刘禀报台南饷竭，溃散堪虞，截留台北协饷五万两。十一年三月，由粮台沈应奎查出中路鹿港等口隐匿厘金四万六千余两，禀请查追；陈郁堂始报称台南征收一万五千余两。刘铭传札提陈郁堂来辕讯究；璈复禀请全台洋药、厘金每年加征十万元，仍由郁堂包办，抗延不到。于是檄令刘璈撤任，听候查办；专折严劾军务之坏、盐务之坏、厘金之坏、矿务之坏、吏治之坏自刘璈始及其耸各军以图内乱、激强敌以绝台援、诳朝廷以陷督师、拥巨饷以速军变四大罪，贪污狡诈，劣迹多端；请旨革职，特派大员渡台逐款查办。刑部尚书锡珍、卫荣光偕杨岳斌到台确查覆陈，李彤恩驱逐回籍；朱守谟革职，永不叙用；刘璈查抄、斩监候，后改遣戍。
六月十二日，法兵退出澎湖（以上刘壮肃奏议）。
杨岳斌、刘铭传、孙开华奏：台北解严，请将历年战守尤为出力将弁、官绅及筹运出力人员奖励。奉旨：量行核减阵亡之总兵曾照礼、副将刘义高、千总段有升、把总尤运农、祁文等均着交部照阵亡例从优议恤。
七月，命穆图善来京陛见，以古尼音布署理福州将军。
八月，刘铭传奏：台湾南路率芒、董底两番社与七家山番械斗，副将潘高升不为伸理，并纵勇袒助七家山番，致两番社聚众滋事，请旨将潘高升惩办。奉旨：潘高升着即行革职，归案审办。
大学士军机大臣二等恪靖侯左宗棠薨于福州（以上东华录）。
九月，奉旨将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎；福建巡抚事，即着闽浙总督兼管。所有一切改设事宜，该督、抚详细筹议奏明办理。嗣经会议：台湾本隶福建，应照新疆巡抚关防名曰福建台湾巡抚；学政应照前议归巡抚管理，文武闱援照安徽汇考之例仍归福建应试。旗后、沪尾两海关可否援照浙江之制改归巡抚监督，应请敕下将军奏办。澎湖须设重镇，拟将澎湖副将与海坛镇对调。台湾改设行省，必须以彰化中路为省垣，方可南北兼顾。抚标左右两营，省垣未定，暂留闽省，仍归总督兼管。添设藩司一员，综核钱粮、兵马，整顿厅县各官；并设库大使一员，兼经历事。台湾道向兼按察使衔，一切刑名由道审转；其驿传事务，亦由道兼治。添设司狱一员，毋庸另设臬司。台湾盐务，场产不足，由内地运售，名曰唐盐；长泰、南靖等县澳引额定例拨台湾代销，每届奏销由盐法道汇核造报，应请仍照旧章办理。销去总兵「挂印」字样（刘壮肃奏议）。
十月，淡水马来番就抚。淡水东南三十里屈尺庄、拳山堡、大溪一带迫近内山，生番总目马来号称骜桀，前巡抚岑毓英招抚未成。法兵既退，台南副将潘高升残杀无罪番，刘铭传疏劾之。马来谓新帅一视民番，遂降。定规约十条，以社目为社丁，月给勇粮如营制；总目银六两，按月至县署亲领。提督刘朝佑自马来辟险百里为巨道，通宜兰。于是新竹、彰化一带生番，亦招抚。新、彰交界罩兰庄东南全系生番，新设埔里社在生番之后；副将周鸣声带练兵一营屯扎埔里社，令译人前往劝谕。旋据沙里兴等七社至营乞抚，章程即照马来八社办理。台湾向有抚番经费，在屯租项下拨给；刘铭传奏将屯兵一项酌量裁减，无须另筹经费（同上）。
福建台湾巡抚刘铭传因病乞休，不允；命赏假两月。
十二月，杨昌浚奏：奉谕台湾地舆袤延甚远，应否添设台北道，悉心妥议；添设台北道，不如添设藩司。从之（以上东华录）。
是年，由两广总督张之洞代台湾购制造枪弹机器一副，经记名提督刘朝干在台北府城北外买民田积方三千八百九十丈七尺八寸，并砌筑基址；分赴内地采办木料，督造机器局。自六月兴工，至次年二月讫工，建成正、侧各屋小机器厂一百十七间，通计筑墙、浚井、砌路、开沟、填河工料银二万三百二两五钱。台北军械无处存储，即就偏西地方建造军械所七十三间，需工料银万六千三百七十二两七钱八分（刘壮肃奏议）。
——录自福建通纪卷十九。
十二年（一八八六）正月，淡水大科崁与新竹菜瓮诸番既就抚，肆杀如初。刘朝佑率军进扎头寮，大科崁十三社咸就抚，惟猫里翁八社不下；朝佑瘴疾归。巡抚刘铭传督同唐仁元等三营由东路入、章高元等两营由西路入，菜瓮以南六十余社番毕下。春深瘴作，方息军，而三角、屈尺诸化番忽见杀；侦其为加九岸竹山番也，乃命唐仁元深入百五十里，涉蚕丛绝险拔之，而北道以靖。林朝栋之壁罩兰也，武荣十余社番杀人抗拒；饬哨官苏益元潜入东势角绕出武荣社之后，提督柳泰和又率师克带目二十余社。武荣等社均惧，乞降。新竹大湖番迭出火民居，朝栋与泰和辟道四十里，深入拔之。南路嘉义土匪构行，提督章高元壁嘉义，别遣将抚后山花莲港六十余社；后山统领张兆连亦抚恒春、埤南番百七十余社。复请自嘉义开道达埤南，减恒春道数百里。半岁间，招抚四百社，暑作兵乃归。七月，苏鲁番既就抚，突杀罩兰民，复结马那社缴归化旗以叛。林朝栋、柳泰和困山中，刘铭传檄总兵吴宏洛督兵踰绝险，环攻一月，拔其巢。番酋誓天不复反，乃诉官民侵虐状；刘铭传为易垦吏，划其地而还。北路白阿社复杀民勇二十余人，内阁侍读学士林维源请讨，复合诸将深入袭之；其酋马来诗昧率妻子以降，赦不杀。分遣诸将拔余社，毕下之（刘壮肃公奏议）。
二月，命内阁侍读学士林维源前赴台湾帮同刘铭传办理台北开垦抚番事务。
三月谕：刘铭传奏澎湖为闽台门户，非特设重镇，不足以资守御。杨昌浚与该抚意见相同，拟将澎湖副将与海坛镇对调，仍归总督管辖等语。即着杨昌浚、刘铭传会同筹议具奏（以上东华录）。
四月，刘铭传奏将全台田亩一律清丈，南北两府各设清赋总局。调官吏三十余人履各县，合正绅数人先行会查保甲，逐户问田园多寡，然后勘丈以校之；前匿者免其罪。私租悉革，一入公家。严官吏赏罚为策励，善者按异绩补署，贿匿者劾之。嗣以嘉义、凤山两县因原丈未能核实，覆丈需时，彰化土匪滋事，业户不无观望；虽经扑灭，必须另行分别办理，奏请展限六个月（刘壮肃奏议）。
刘铭传奏：各路生番巳招抚四百余社、归化七万余人，请将开山剿抚尤为出力官绅给奖。允之。
七月，杨昌浚等奏：台湾现在整顿海防，百废待举，加于改设行省，经费浩繁。如澎湖一岛办防需银八十万两，业经臣等先后奏请，敕部指拨。此外办防、制械、设电、添官、分治、招垦、抚番，在在均关紧要。至建立省城衙署、坛庙各项工程虽不妨稍缓，惟既经分省，亦不能不次第举办。台地防营，除裁撤外，尚存三十五营，分防沿海二千余里，势难再减。臣等悉心筹划，拟由闽海关本年照旧协银二十万两，经臣铭传咨请福州将军古尼音布嗣后由厦关径拨解台。其闽省各库局，无论如何为难，每年按限协银二十四万两，陆续筹解。并请旨饬下粤海、江海、浙海、九江、江汉五关每年协银三十六万两，共成八十万两，以五年为度。统计闽省及闽海关所协四十四万，合之台内岁入百万两，专为防军月饷之需。其五关每岁各协银七万余两，尚属轻而易举；而台事稍得藉手，庶不致尽托空言。仍求朝廷宽以时日，容臣铭传次第举办。现已奏明清理田赋，并随地随事力求整饬，变私为公。如三、五年后能照部议，以台地自有之财供台地之用，即当奏请停止协款。
九月，刘铭传奏：台湾产樟脑、硫磺两项，民间私煮私售，每多械争滋事。经内阁学士臣林维源、道员林朝栋等筹商收归官办，以助抚番经费。臣查硫磺一项，历由已革浙江候补知府通商委员李彤恩兼办，饬令该委员会同候补知府丁达意将樟脑、硫磺筹议办理章程，以收自然之利。据李彤恩等禀称：樟脑一项，近来日本出产甚多，香港脑价日落；若归官办，每石可获利二、三元，台产每年可出樟脑万石。硫磺，台产最佳，经前两江督臣沈葆桢奏请开禁，采备官用，历年办有旧章；每石成本洋一元，官买每石价洋三元，每年出产六、七千石，上等硫磺每年约出千石，均解归官用。其次积聚三千余石，官既不用，商禁未开，不能出口；日久愈积愈多，不独糜费、弃置可惜，且香港年销硫磺至万余石，运至江南、天津一带熏炙葵扇、草帽，蒸炊饽饽，制造爆竹，销路甚广。台湾磺产甚佳，奸民私煮，私运出口，不一而足。以自采之磺，禁不出口；既听日本畅销，又不能禁止奸民私煮。若设法经理，虽获利无多，于抚番经费不无少补等情前来。臣查台湾樟脑、硫磺两项，每年可获利三万余元；以后若能出产多、销路畅，经理得人，日渐推广，实于国计民生两有裨益。相应请旨一体开禁，以畅销路，而免堆积。允之。
十三年（一八八七）二月，以邵友濂为福建台湾布政使（以上东华录）。
四月，李鸿章有议覆醇亲王台湾铁路借款函，略云：查台湾筹办海防、开扩商务，必以兴修铁路为根基。光绪初年，丁雨生早有此议，而未果行。兹省三招商集议，幸有成局；殿下主持大计，自应乐观厥成。核其所拟章程，系由商人借本百万，俟车路造成，在于所收脚价内分年偿还本利；此固外洋恒有之事。议息周年六厘，虽较津借德债利息稍重，而台路成后，货物出产，转运必多，获利亦必较厚；息从路出，似尚无妨。且闻该官商已与洋行定议，亦难再令核减。至所请林学士专折奏事一节，自因该学士殷实正派，为商民所信服；但止可责令督饬商人委员认真筹办，勿任滋弊失信，省三必当综其纲要；应如钧谕，仍由台湾巡抚领衔会奏为妥（海军函稿）。
六月，予故台湾副将张东麓等二十八人照军营病故例，从优议恤。
八月，福建台湾水底电线成（以上东华录）。
台湾巡抚刘铭传奏：改设事宜，拟照前抚岑毓英原议，分彰化东北之境设首府曰台湾府，附郭首县曰台湾县。将原有之台湾府、县，改为台南府、安平县。嘉义之东、彰化之南，自浊水溪始、石圭溪止，添设一县曰云林县。新竹西南各境添设一县曰苗栗县。合原有之彰化县及埔里社通判四县一厅，均隶台湾府属。其鹿港同知一缺，应即撤裁。淡水东北四保之地，拨归基隆厅管辖，将原设通判改为抚民理事同知。后山形势，北以苏澳为总隘、南以卑南为要区，控扼中权，厥惟水尾，拟添设直隶州知州一员曰台东直隶州；左界宜兰、右界恒春，计长五百里，宽三四十里、十余里不等，仍隶于台湾兵备道。其卑南厅旧拟改设直隶州同知一员，水尾迤北为花莲港所垦熟田约数千亩，拟添设直隶州判一员，常川驻扎，均隶台东直隶州。
初，章高元自拔埔社开至丹社岭，造路一百二十二里；张兆连自水尾开至丹社岭，造路六十里。峭壁深溪，自冬及春，悬崖伐木，一律告竣。兆连复招后山二百十八社、高元抚前山二百六十社，都八万八千人，可垦田园数十万亩。遂颁宪书、设条教，薙发，立社长束之。五、六月间，疫疠大作，守隘勇丁避疫山外，山番被疫尤重。其俗：杀人禳灾；于是北道大埧诸番复肆杀，竿其头于门。诸将请讨。八月，暑气稍退，提督李定明以四营随林维源就近剿办。九月，维源率将讨平之。而中路里冷白茆复肆杀，林朝栋、朱焕明并往讨之；连战二十日，军且殆，卒攻其穴，迭败之。番埋石誓天不反，乃归。
