五月，耿继茂等奏：三月初六日，臣与总督李率泰、提督王进功、海澄公黄梧等领兵先后至八尺门，伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款。十四日夜半渡海，进拔铜山，斩首三千二百余级；伪都督余宽等率伪官兵家属人等三万二千四百余名出降，所获船只、盔甲、器械无算。郑经仅存数十艘，乘风遁走台湾。计闽海地界凡数十岛，贼巢布列，至是扫灭殆尽。授投诚周全斌为承恩伯，食三等伯俸。
六月，李率泰以病求罢，谕留之。
以朱昌祚为福建总督（由浙江巡抚迁）。授投诚黄廷为慕义伯。加致仕福建总督李率泰为正一品。
李率泰奏：总兵官李长荣等出洋会剿张煌言，击败五千余人，擒伪总兵张贤等，并获船只、器械。
七月，管理福建安辑投诚事务贲岱奏：自康熙元年至三年止，合计投诚文武官三千九百八十五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余名口、大小船九百余只（以上东华录）。
八月，李率泰上疏议取台湾，以福建水师提督施琅为靖海（一作南）将军，承思伯周全斌、太子少师左都督杨富副之，整舟师数百号候风开洋（海上见闻录、皇朝年表）。
十月，耿继茂奏：荷兰国出海王于八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾（东华录）。
四年（永历十九年、一六六五）正月，李率泰奏：闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、佛潭桥一带余孽盘踞；总兵刘进忠等进剿，于三年九月初四日亲统官兵，阵斩七千有奇，招抚男妇一万三千余名（东华录）。
水师提督施琅疏请攻台，与周全斌等出洋，未至澎湖，飓风大作，各船飘散，不能相顾，皆引还。未几，琅、全斌入京。进琅伯衔，为内大臣，归旗（海上见闻录、三藩纪事本末）。
五月，议政王等会议吏部奏请裁并督抚一疏，得旨：福建仍留总督一员。
六月，李率泰奏：漳、汀地方辽阔，请以守漳道仍驻漳州，巡建道仍兼辖延平，守建道自建宁府改驻汀州，兼辖郡武；从之。
八月，兵部议叙康熙二年进取金门、厦门、康熙三年攻克铜山等处功，加靖南王耿继茂俸银一千两，赏海澄公黄梧大蟒、貂裘、鞍辔等物，加黄顺等二十人为左都督、施琅等六人为右都督、陈斌等十一人为都督同知、黄英等十一人为都督佥事。总兵杨富以进援中伤，落水复出，授拜他喇布勒哈番，准袭二次。各将士加等授职有差。
九月，李率泰奏：水师右路总兵官杜永和连破海寇，斩伪将乌角车等。
上谕：设立水师提督、总兵官等，原为防御海寇。今福建铜山、炫钟等处贼船挽泊，提镇官等并未带领官兵扑剿，至贼船飘往广东，并未跟踪追杀，又不豫檄广东各官在前截杀，则设立水师提督何用？以后若再如此，定行治罪。
五年（永历二十年、一六六六）正月，李率泰卒。遗奏闽海余氛远窜台湾，奉旨撤兵，与民休息，洵为至计；惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶，太迟又恐贻患。目下当安反侧之心，日久务防难制之势。红毛夹板船虽已回国，然往来频仍，异时恐生衅端。闽省兵马、钱粮专望协饷，倘若外解不周，即有意外之虑。至数年以来，海禁甚严，迁移之民尽失故业；宜略宽界限，俾获耕渔，稍苏残喘。
以张朝璘为福建总督（原任江西总督）。
十一月，福建巡抚许世昌以病乞休，命以原官致仕。以刘秉政为福建巡抚（以上东华录）。
是年，曾养性补福建巡抚（逆臣传）。
六年（永历二十一年、一六六七）三月，以祖泽溥为福建总督（贰臣传）。
七年（永历二十二年、一六六八）四月，海澄公黄梧奏：海疆底定，非昔日强寇出没可比。福建全省之兵并归经制，独同安城守一营官兵，尚属臣标；请将城守营副将一员、兵一千名悉归经制，听总督、提督管辖。从之（东华录）。
八年（永历二十三年、一六六九）正月（纪事本末作七年事），浙江投诚将孔元璋请往台湾招抚；京中遣大臣明珠、蔡毓英至泉州，加兴化知府慕天颜卿衔，渡海往议。郑经遣柯平、叶亨到泉州，议照朝鲜例称臣奉贡，不剃发、不登岸。议竟不成。经在东宁，以陈永华理国政，冯锡范管侍卫、刘国轩等管兵。洪旭病故，其子洪磊及永华侄绳武等皆任用。置凤山、诸罗二县，课耕种、通鱼盐，安抚土番、贸易外国，数年间海上亦相安无事（海上见闻录、三藩纪事本末）。
三月，以刘兆麒为浙江福建总督。
九年（永历二十四年、一六七〇）闰二月，复设福建总督一。
四月，复设福建分守兴泉道、巡延建邵道，其福州府、福宁州海防事归驿盐道兼管，兴、泉二府海防事归兴泉道兼管。
以刘斗为福建总督。
十月，浙江福建总督刘兆麒奏：伪宁远将军林柏馨、伪都督施轰率伪官百四十四员、兵千六百九十名、船三十只自台湾赴浙投诚。
十年（永历二十五年、一六七一）正月，耿继茂奏：旧疾日剧，请以长子精忠管理军务；从之（以上东华录）。
耿继茂卒，子和硕额驸精忠袭（皇朝年表）。
五月，予故靖南王耿继茂谥「忠敏」。
八月，福建总督刘斗奏：海寇自撤水师之后，帆樯出没，侵犯靡常，甚至在各岛屿盖造房舍。臣等密商机宜，配发水陆官兵陆续搜剿。今已搜剿六十余岛，斩溺贼众五千三百八十余人（以上东华录）。
十一年（永历二十六年、一六七二）九月，命福建总督自漳州移驻省城（东华录）。
是月，范承谟为福建总督（东华录）。
十二年（永历二十七年、一六七三）二月，郑经将刘国轩下海澄，遂围漳、泉。先是，都统胡图复漳、泉，经奔厦门，国轩亦弃惠州去，凡七府一时俱溃。至是，国轩复出，沿洲堡连下十余处；兵仅数千，飘骤驰突，锋锐不可当。于是都统穆赫林败于湾腰树，将军喇哈达、都统胡图败于镇北山，将军赖塔、提督段应举败于福山头。国轩遂取平和、漳平，进破海澄，斩应举及总兵黄蓝，兵士死者三万余、马万余匹，军势益振；乘胜下漳平、长泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化诸邑。国轩自围漳，遣兵围泉。康王杰书时驻军福州，不敢进。已而在籍学士李光地为乡导，引赖塔兵由安溪间道出同安，泉州围解，国轩退入海澄；时出窥漳州，相持年余不决（清史纪事本末）。
七月，靖南王耿精忠奏请将部下官兵撤回安插（东华录）。
议政王大臣等议奏：福建今已底定，地方有防守官兵；靖南王既请自福建迁移，应将王本身并标下十五佐领官兵家口均行迁移。从之（东华录）。
十一月，吴三桂反，止闽、粤两藩勿撤（皇朝年表）。
十三年（永历二十八年、一六七四），三藩难作，耿精忠据福建以叛。三月十五日（李文襄年谱作二十九日），精忠传各官入府议事。总督范承谟不屈，被拘，以巡抚刘秉政为统制使，萧震为布政司，自称总统兵马上将军，移檄各府县；望风降。泉州提督王进功夜纵诸将焚劫；马惟兴劫兴化、郭维藩劫惠安，独同安城守张学尧、晋江水师营李尚文所部无犯。初，精忠遣通事王镛至台湾乞师，请以舟师由海出江南，而自统陆师出浙江；镛回言海上船不满百、兵不满万，精忠轻之。经遣协理柯平至福州报命，精忠谩应曰：『世藩来甚善，各分地自战可也』。台湾侍卫冯锡范、镇将刘国轩率舟师数十、兵数千至厦门。精忠调诸路兵出关，以黄梧为平和公。梧病疽，受印不数日，疽溃而死；子芳度遣黄翼带兵千余人，从精忠兵出关。海澄总兵赵得胜与锡范密约，以海澄降。精忠召泉州提督王进功至省，以张学尧镇泉州、花尚兰守同安。锡范等至同安，尚兰迎降，获学尧家口。学尧闻变趋回，俱降于经（海上见闻录）。
郑经至思明州，以赵得胜为左都督，封兴明伯张学尧为左先锋镇、花尚兰为仁武镇。遣人于精忠借漳、泉二府，并议拨船；精忠不许，又禁买船料货物。耿、郑交恶，精忠遣王进率部卒千人入泉州。进原为漳州副将，时提标五营不应调。王进至，与城守赖玉相结，以提标守备戴国用为爪牙，勒令王进功家眷入省。进功子藩锡与杨青等以藩锡母命召诸将议事，赖玉、戴国用、李尚文至，执之，率兵攻王进。进走登涂门楼，意气自若。提标兵无统帅，相持竟日。进恐海船至，更深整队出城而去。六月三日，范锡至，杀赖玉，分其尸。四日，绞杀戴国用，释李尚文，迎经入城。经以范锡为指挥使，暂理提督军务。遣人谕黄芳度降，封德化公、授前提督，漳属钱粮听其征给。芳度终不自安，差人间道赍密疏入京。潮州总镇刘进忠降于精忠，密请漳浦镇刘炎率兵会之；夜攻同城，续顺公沈瑞并其兵（海上见闻录、三藩纪事本末）。
七月，以郎廷佐为福建总督，以杨熙为福建巡抚（东华录）。
尚可喜遣兵围刘进忠于潮州，精忠不能援，因求救于经；经遣援剿后镇金汉忠率舟师援之。以进忠为右都督，封定虏伯（海上见闻录）。
八月，黄芳度间道赍奏，言父梧于三月病故，不得已权送敕命于精忠，仍密行招募，合旧兵共得六千余名。六月初四日，斩伪城守都督刘豹等三人，保守漳州。惟望大兵入闽救应，随往迎接。得旨：大兵由浙江、江西、广东三路进闽，黄芳度侦何处先到，即来迎会。寻芳度兄一等侍卫芳世乞随大兵进剿，救援伊弟；因授芳世为随征福建总兵官，进剿福建（东华录）。
九月，精忠遣王进以步骑三万攻泉州，并命漳浦降总兵刘炎与进为犄角。进至惠安，肆行焚掠；经命刘国轩统营兵御之。王进退屯枫亭，列营二十余里。十月，国轩至涂岭，严阵会战。进见前阵皆新募之兵，直前击之，新募兵殊死战。国轩令许耀分兵袭其营，进大败。国轩追至兴化城外而还，刘炎以兵会上。经檄黄芳度击走其兵。精忠复遣徐鸿弼会云霄镇刘成龙兵入漳浦。经以冯锡范、赵得胜督诸军迎战于罗山。右虎卫何佑挥军击之，鸿弼等败回漳浦城。锡范以冲天炮击入城，炎大惧，同鸿弼、成龙等出降（海上见闻录、三藩纪事本末）。
十二月，金汉忠一军歼于潮州。郑经遣赵得胜督军援之，与尚可喜兵战于黄花冈，广兵败走，潮围解。
经设六官：洪磊为吏官、杨英为户官、郑斌为礼官、柯平为刑官、杨贤为工官，兵官缺。置六科都事、察言司、承宣司、宾客司等。陈永华为总制，留守，兼管勇卫；冯锡范为侍卫；二卫皆亲军。薛进忠为左武卫、刘国轩为右武卫、何佑为右虎卫、施福为五军，其左右先锋及诸镇营皆听五提督调遣。凡文武事宜，皆参军陈绳武、侍卫冯锡范主之。经之来思明州也，兵饷取给于东宁。洪磊承其父遗命，助饷银十万两。至是兵众饷多，乃以六官督比绅士富民以充之。以郑省英为宣慰使，督理各府县钱粮。百姓年十六以上、六十以下，每人月纳银五分，曰「毛丁」；船计丈尺纳税，名曰「梁头」。及设各府盐引，分管盐场，以给兵食（海上见闻录）。
黄芳度奏：臣练劲卒满万，坚守漳城及龙溪五县。耿逆潜师援漳浦，臣分兵邀击，贼众大溃。郑经复遣伪侍卫赵得胜来攻漳浦。乞发大兵，不拘何路进闽，与臣会合。得旨：尚可喜即发兵应援黄芳度，康亲王杰书、将军希尔根由浙江、江西作速进剿福建。大兵一到，移知黄芳度速赴会合（东华录）。
十四年（永历二十九年、一六七五）正月（三藩纪事本末作十三年事），耿精忠遣张文韬至泉州郑经处贺正议和，送船五只。经遣郑斌报使，约以枫亭为界，始通好（海上见闻录）。
二月，永春冯眺峰寨民吕华不服征派，郑将薛进忠围之，三月不下。知县郑时英谕之出降，钉杀之，家族发淡水充军。续顺公沈瑞驻骁平，广兵来援，何佑遇于百子桥，破走广兵，瑞出降，封怀安公（海上见闻录）。
五月，郑经至海澄，遣郑斌入漳慰谕芳度。东兵入见，芳度不受命，密调回黄翼出关兵。精忠移檄召之，亦以疾辞（海上见闻录）。
六月，经自海澄移檄万松关。芳度令其下俱剃发据守，遣其兄芳泰入粤请援，自与诸将守四门。经进攻不利，援剿后镇万宏登梯中炮死，乃筑屯围之。调何佑从潮州先攻平和县，守将赖升降，诸属皆下（海上见闻录）。
十月，海澄标将吴淑以漳州降郑氏。初，淑归清，属海澄公标，黄梧待之厚。梧将死，呼淑托曰：『吾儿年少，君可保全之』。及城被困日，淑谓其弟潜曰：『我本海上旧将，公虽待我厚，我负罪于先藩实深。今世藩待我眷族尤有加，岂可反图逆命』？遂以十月六日开城，芳度仓皇投开元寺东井而死（三藩纪事本末作十三年事）。经兵入，获其将黄翼等斩之；没其家，剖黄梧棺戮尸斩首，及芳度首揭以徇众。有议发梧祖冢者，经曰：『罪止其身，于先世何与』？不许。芳泰会其兄芳世，由州汀至永定，闻漳州降，大掠而遁。经以吴淑为后提督，出江右（海上见闻录、逆臣传、皇朝年表）。
十五年（永历三十年、一六七六）五月，精忠汀州守将刘应麟以州款于郑经。经使吴淑入据之，以应麟为奉明伯，始叛盟也（三藩纪事本末）。
七月，以郎廷相为福建总督（由原任河南巡抚迁）。
九月，福建总督范承谟陷贼三年，耿精忠多方偪诱，誓死不屈。至是，与稽永仁等并遇害（海上见闻录、东华录）。
