巡抚都御史刘尧诲亦言：『贼凤回潮，全赖闽兵追击，犁沈大半，擒斩多功。淛不胜嫌忌，反称妄虏，计阻闽师；乞赐勘以昭激劝。至于吕宋虽非贡国，而能慕义来王；所献方物，应为代进』。下兵部，覆如闽抚议。上曰：『人臣若肯同心为国，嫌忌自无』。兵科给事中萧彦又言：『林凤为闽兵所击，区区余烬不即就歼而坚欲示弱，可虞一；或抚、或否，可虞二；置之腹心之地，可虞三；彼无意听招而我招之，可虞四；有云「凤死」、有云「凤生」，揭报支吾，踪迹诡秘，可虞五。总之，惠、潮重地，非淛轻率寡谋、拂众自用者所能胜任。乞量移别地』！吏部覆「淛宜留任」；上命供职如旧。
（二月辛未），罢广东参将吴京，下总督讯；以纵贼林凤，为督臣所劾也。
（三月癸丑），总督两广侍郎凌云翼以广贼林凤弃众投番，抚散余党二千报。下兵部议，谓凤既远遁，宜听便宜计取，或修备以待之；而贼党尽散、地方宁谧，于例并得论功。因论凤在吕宋，非闽中用间谕夷，岂有潜遁之日；及其党回潮，非广中相机谕抚，宁有底定之期！事在相左，实则相成；均宜查叙，为苦心任事者劝。许之。
（丁巳），惠潮参将魏宗瀚、王如澄及碣石把总朱相俱论死。先是，贼曾一本犯潮州，瀚等拥官兵行二十日始至，贼从碣石卫莺州夜遁去；复犯雷州，与瀚等遇，伪以众降。瀚等堕计，焚戮舡兵殆尽。朱相自碣石来与贼冲战，沈其舡；再战，再胜之。瀚等不为应，李茂才、李节、林清先溃，瀚等望风而奔，相亦退走；贼遂横行海澳中。于是议造闽舡、募闽兵，仍以瀚统之。比贼方抵省，而闽兵已相机投贼，并各舡悉为贼有矣。会城之败，其祸盖尤烈云。
（九月丙申），巡抚福建佥都御史刘尧诲奏报：把总王望高等以吕宋夷兵败贼林凤于海，焚舟斩级；凤溃围遁，复斩多级——并吕宋所赍贡文、方物以进。下所司。
辛亥，叙平广东海寇林凤功，升福建巡抚佥都御史刘尧诲为右副都御史，总兵胡守仁、参议乔懋敬、参政陶幼学等各赏赉有差。礼部议赏吕宋番夷例以闻；报可。
（十月丙寅）（？），加授福建总兵胡守仁都督佥事；以督闽兵过广追剿海贼有功，故首叙之。
（十二月乙亥），先是，逋寇林凤率党回潮，先犯潮州之海门港踏头埔，继犯惠之碣石东海〈氵窖〉。时闽帅胡守仁统师追剿，而广兵之在海丰诸处者亦有擒捕；贼见两省舟师盛集，潮州道参政金淛又推诚谕抚，遂分〈舟宗〉散泊，束身待招。凤知众心已散、己罪不赦，掣舡夜遯；抚散过马志善、李成等一千七百十二名，收回被虏男妇六百八十八名口，舡只、器械、火药称是：御史詹贞吉勘报以闻。兵部覆：『一剿一抚，其功则一；闽功近巳升赏，广功委不宜迟。其言修我武备以听凤酋、尽我抚绥以化余党，尤为善后确论。侍郎凌云翼除盗安民，厥功懋矣；金淛抚散多贼，心力亦殚：虽经升任，仍应与总副道府等官张元勋、赵可怀、晏继芳、何子明、刘经纬、夏道南、侯继高、孙光祖、徐汝阳、萧遍、李畿嗣、杨寅秋等同论。其失事偏将蒋柏清，当重罚示惩』。上赐云翼银三十两、纻丝二表里，淛等以下各二十两，子明等以下各十五两，遍等以下各十两；蒋柏清夺俸半年。
（万历六年二月壬辰），巡按福建御史商为正奏称：『本省滨海，密迩岛夷。顷倭寇窃发，尚募他省之人以充战守；况各军生长于斯，熟知地理、惯事舟楫，选之以当水寨之役，较召募实为便益』。部覆如议。
（九月己未），兵科都给事中光懋题：『海贼林道干驾船泊潮阳河渡门港，令贼徒具状告报——及被虏逃回之人称虏去于万历六年打暹罗国乌椎船不胜，贼众杀死甚多，被番赶逐，乏银乏人，议复回河渡门旧巢取原埋银物，议要打劫海门各所；候东风一转，即欲驾回外夷。夫此贼之计亦狡矣，假投降以缓我师，得以从容旧巢；欲招安而不肆劫掠，得以潜迹观衅。诚恐当事诸臣急于靖乱，甘受投降之计；而堕彼术中，贻祸匪细。乞敕兵部马上星驰转行总督等官殚纾筹算，克期会兵；务出万全之计，以收一鼓之功。待渠魁授首，然后徐从议抚，散其余党以靖地方』。部覆如议。
壬戌，定海洋擒斩倭功。不拘外洋、登岸，贼至五百名之外、船至十只以上为一等；所获真倭、从贼一名颗升署职一级，二名颗升实职一级，获汉人胁从贼三名颗升署职一级。贼至三百名之外、船至五只以上为二等；所获真倭、从贼及汉人胁从贼，各以名颗多寡，上下其赏。或败后散遯、零星擒斩者，各赏有差：着为定例遵行。
（十一月）辛亥，兵部题：『国初，于闽、广、两浙设三市舶，不徒督理贡事，亦以牵制市权；意固深远。寻以浙江多故，旋设旋罢；惟闽、广二舶尚存。而广南番船直达省下，禁令易行。福建市舶专隶福州，惟琉球入贡一关白之；而航海商贩尽由漳、泉，止于道、府告给引文为据。此皆沿海居民富者出资、贫者出力，懋迁居利；积久弊滋，绿为奸盗者已非一日。今总督凌云翼议将下番船舶一一由海道挂号，验其丈尺，审其货物。当出海、回籍之候，俱欲照数盘验，不许夹带违禁货物。巡抚福建刘忠问一谓漳州澳船须令赴官告给船由丈引，并将货物登记。二谓泉、漳商船无可辨查，要行该有司将大小船只编列字号，每船十只立一甲长，给文为验。三谓沿海居民间有通贼接济，宜立保甲，互相稽察。如一家接济，则九家报官；敢有容隐，则九家连坐，其甲保长另行重处。四谓南日山寨新移吉了巡司之旁，道里不均，应接不及；须移置平海卫南哨澳地方，以便策应。臣窃谓近日剧贼林道干、林凤等逋逃岛外，尚漏天诛；更有黠猾豪富托名服贾，勾通引诱，假造引文、收买禁物，藉寇兵而赍盗粮、为乡导而听贼用，诚有如督、抚二臣所言者。伏乞敕下闽、广该地方官查照前议，斟酌施行』。得旨：『海禁事宜，着该省抚、按官会议停当具奏』。
（万历七年九月丙寅），总督两广侍郎刘尧诲会同巡按御史龚懋贤条陈：一、禁遏通番，以徒私交之党；一、查编海船，以诘接济之奸；一、稽查保甲，以清接济之源；一、察验商船，以防混迹之患四事。巡抚福建都御史耿定向会同巡按御史敖鲲谷条议：一、清查船只，稽察货物；一、编刻船号，照对文引；一、稽核保甲，禁缉接济；一、商船分番出海，量留防守； 一、漳、潮互相关会，稽察船只五事。部覆均为闽、广沿海要务，从之。
（万历八年闰四月壬子），海贼林道干者，窃据海岛中出没为患，将士不能穷追；而大泥、暹罗，为之窟穴。既而逼胁大泥、侵暴暹罗，有通事言彼国愿往擒自效；总督两广刘尧诲议重立赏格，期于必获。部覆为请，上从之。
（五月己卯），闽、浙、广三省，多倭奴出没海上；虽时有斩获，而浙之南麂诸洋与广之抱虎诸处尚有屯泊者。因饬两广总督刘尧诲、浙江福建巡抚吴善言、耿定向各严督将领防剿之。
（八月壬戌），柬埔寨酋郑青捕逆贼杨四并金书牙蜡来献——四，逋贼林道干党也。先是，福建巡抚耿定向谍知干奔暹罗，谕寨酋计擒之。酋见谕，因执四并归原兵陈廷寀等乞通贡于内。部臣谓「俟获道干后再议」，上是之。
（万历十年七月乙亥），先是三月二十一日，倭寇温州，副将陈涧、参将沈思学率兵击走之；夺其二船，生擒倭贼四十七名，斩首五颗，焚溺死者不可胜计。至是，巡抚张佳胤以闻；且议有功文武各官及阵亡军丁纪录恤赏。部覆，从之。
（八月戊申），兵部覆福建巡抚劳堪题：『倭寇一自北洋、一自广海突入，意在窥犯兴化、漳南地方；又有伙船出没东涌、彭湖，欲图联势劫掠，实系内地奸徒勾引。各官兵奋勇扑灭，两战皆胜；共擒斩倭贼三十余人，争回被虏男妇六十余人。乞将效劳被伤官军分别赏恤及将倭贼枭示』。从之。
（十一月丁已），先是，广东数苦倭，而蛋贼梁本豪后聚众挟倭焚剽郡邑，流毒已久。总督尚书陈瑞击破之，斩本豪；后先擒斩倭贼一千六百有奇，犁沈倭船、蛋艇二百余只，歼余孽殆尽——而建州逆杲遗子阿台勾连北虏抢掠孤山，阴图大逞；总督吴兑檄镇、巡提兵袭击，俘斩一千八百余人并歼名王十六，获达马几五百。露布先后至，上喜，命同日宣捷。
（万历十二年正月己丑），福建巡按御史龚一清查核过南澳、铜山功：官兵冲沈倭舡四只，生擒倭贼二十八名、斩首十二级，夺被虏者六十余名；文武官于嵩等优叙、奖赏有差。
（万历十三年三月丁丑），录福建十二年春汛斩获功，赉海坛山名色把总黄道、分守参政顾褒、南日山水寨把总白斯清等银两有差。是役也，获生倭深酉梦等十有九人。
（万历十四年二月乙酉），录广东南头、碣石二寨擒斩海洋倭贼功，赏总督吴文华等银、币有差。
（万历十七年二月丁未），先是，有倭船三突至浙江外洋，官兵亟击之，沈其船，斩首四十八级，生擒者六。巡抚滕伯轮以闻，行巡按勘报；伯轮已故，赠兵部左侍郎，将士赏赉有差。
（四月戊寅），广东琼州贼李茂、陈德乐等与林凤各据海岛肆行劫掠，林凤不知所往，茂等阳就招抚，尚拥众据住海南铺前，其党屡盗珠池；有司计散之，留者买田归农。茂自投督府，宥罪；久之，为盗如故。所司收其船、器，拆毁庐舍，移居府城，终弗悛也；因捕治之。参将陈居仁、杨友桂各利其资，纵去；贼党扬帆入海，袭破清澜城，又犯万州、陵水，毁民居及兵船、商舶。总督刘继文先后以闻，兵科都给事中张希皋囗友桂可罪者四、贼势可虑者四；俱下兵部。
丙申，福建巡抚周寀言：『漳州沿海居民往贩各番，大者勾引倭夷窥伺沿海，小者导引各番劫掠商船。今列为二款：一、定限船之法。查海禁原议给引五十张为率，每国限船二、三只。今照原禁，势所不能；宜为定限。如东洋吕宋一国水路稍近，今酌量以十六只；其余大率准此。以后商贩告票造船应往某国者，海防官查明数外，不准打造。一、薄税银之征。商饷规则，每货值一两者税银二分，又西洋船阔一尺税银六两、东洋船阔一尺税银四两二钱；既税其货，又税其船，无乃苛乎！除船税照旧，其货物以见在时价裒益剂量』。兵部覆：东、西二洋各限船四十四只。
（万历十九年闰三月丁卯），福建所属建安、瓯宁、政和、浦城诸铁炉，旧已禁开。其宝丰、遂应二银坑邻近有支提寺，奸宄易藏；僧大迁等称奉赐藏经，将铜物、旗仗等件贮住。又海上有番僧欲效香山故事，乞内地建寺。抚臣赵参鲁请将支提寺僧移入省城寺中，并申矿禁。其海上勾番者分别首从，照私通日本禁例重治；贩广商船，许至高州。部覆，从之。
（七月）癸未，大学士许国等题：『昨得浙江、福建抚臣共报，日本倭奴招诱琉球入犯。盖缘顷年达虏猖獗于北、番戎蠢动于西、缅夷侵扰于南，未经大创；以致岛寇生心，乘间窃发。中外小臣争务攻击，始焉以卑凌尊，继焉以外制内；大臣纷纷求去，谁敢为国家任事者。伏乞大奋干刚，申谕诸臣各修职业，毋恣胸臆』。上谕六部、都察院曰：『祖宗设官分职，使之上下相统、内外相维，体式俱存，纪纲攸系；是以官守、言责各有司存，岂容紊乱！近年以来，人各有心，众思为政；或以卑凌尊、或以新间旧，或以僚属而〈哭，言代犬〉官长、或以外吏而排阁臣：以致国是纷纷，朝纲陵替。大臣解体，争欲乞身；
国无其人，谁与共理！内治不举，外患渐生；四夷交侵，职此之故。但有干名犯分、抵冒诬蔑肆无忌惮者，宪典昭然，定不轻贷。仍行与南直隶、浙江、福建、滇、广镇守督抚等衙门预讲调度兵食之计，申严备御海汛之方。钦哉！故谕』。
（八月甲午），福建巡抚赵参鲁奏称：『琉球贡使预报倭警，法当御之于水，勿使登岸；奸徒勾引，法当防之于内，勿使乘间。岁解济边银两，乞为存留；推补水寨将领，宜为慎选。至于增战舰、募水军、齐式廓、添陆营，皆为制胜之机，足为先事之备』。部覆，从之。
（乙已），福建沿海船只水陆主客官兵，向以承平减设。至于倭报洊至，抚臣赵参鲁请于五寨共添福、乌船四十只，海坛游增福船一只、鸟船四只，浯铜游增福船二只、乌船四只：共享船价银五千九百余两；应增器械、火药，约用三千余两。北、中二路共增浙兵三营共一千九百名有零，岁增饷二万四千七百余两。其银宜留解边钱粮支用』。部覆，从之。
（九月癸亥朔），给事中胡汝宁题称：『倭夷与浙直、闽广相对，乘风扬帆，数日即至。宜选求名将、多增战船、广募水兵及梭枪、榔筅、火器等项制造演习』。部覆，从之。
（十一月丙寅），朝鲜国国王李昖具报：『本年五月内，有倭人僧俗相杂称：关白平秀吉并吞六十余州，琉球、南蛮皆服。明年三月间，要来侵犯；必许和方解』。有旨：『着兵部申饬沿海堤防。该国侦报，具见忠顺；加赏以示激劝』。
（万历二十一年六月庚子），以蓟辽、保定、山东等处防海御倭副总兵署部督佥事陈璘协守潮、漳等处。
