（嘉靖二十六年三月乙卯），朝鲜国王李峘遣人解送福建下海通番奸民三百四十一人，咨称：『福建人民，故无泛海至本国者。顷自李王乞等始，以往日本市易，为风所漂；今又获冯淑等，前后共千人以上，皆夹带军器、货物。前此倭奴未有火炮，今颇有之；盖此辈阑出之故。恐启兵端，贻患本国』。辽东都司具报，礼部议闻；诏：『顷年沿海奸民犯禁，福建尤甚；往往为外国所获，有伤国体。海道官员，令巡按御史查参奏处。仍赐朝鲜国王银、币，以旌忠顺』。
（六月）癸卯，巡按御史杨九泽言：『浙江宁、绍、台、温皆枕山濒海，连延福建福、兴、泉、漳诸郡，时有倭患。沿海虽设卫所城池、控制要害及巡海副使、备倭都司督兵捍御，但海寇出没无常，两省官僚不相统摄，制御之法终难画一。往岁从言官请，特命重臣巡视，数年安堵。近因废格，寇复滋蔓。抑且浙之处州与福之建宁连岁矿寇流毒，每征兵追捕，二府互委，事与海寇略同。臣谓巡视重臣，亟宜复设。然须辖福建、浙江，兼制广东潮州，专驻漳州；南可防御广东、北可控制浙江，庶几威令易行，事权归一』。事下兵部——集诸司会议，覆如其言；第广东潮、惠二府仍隶两广提督，有事则协心议处。上曰：『浙江，天下首省，又当倭夷入贡之路；如议设巡抚，兼辖福建福、兴、建宁、漳、泉等处，提督军务。着为例』。
（七月）丁巳，改巡抚南、赣、汀、漳都御史朱纨巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉等处海道。
（十一月癸巳），佛朗机国夷人入掠福建漳州，海道副使柯乔御之，遁去。巡按御史金城以闻，且劾浯屿把总指挥丁桐及 去任海道副使姚翔凤受金黩货，纵之入境；请正其罪。诏以桐及翔凤令巡按御史执来京究治；防禁事宜，兵部详议以闻。
（丁酉），日本国王源义晴遣使周良等求贡。故事，倭夷十年一贡，舡不过三、人不过百。良等以四船、六百人先期而至，欲泊待明春贡期；守臣阻之，以风为解。至是，疏闻。上曰：『倭夷不守贡期，又挟带人船越数；三司、巡海等官不遵例阻回，乃容潜住港外，引起事端。且往年宗设之叛，尚未正法；其令新巡抚官亟为处分——及宋素卿曾决否？一并查奏』。
（十二月辛亥），初，琉球国夷使陈赋与蔡廷会偕来。廷会者，其先闽人蔡璟；永乐中，拨往琉球国充梢水，而产籍在闽，与给事中黄宗概上世有亲。至是，廷会来，宗概与交通贿谒。事觉，逮下诏狱。礼部请并罪赋等，革其赏。上曰：『陈赋无罪，给赏如例。蔡廷会交给朝臣，法当重治；念属贡使，姑革赏示罚。蔡璟既永乐中从夷，何得于中国置产立籍？行抚、按官勘明处分具奏』。
（乙亥），海寇突犯浙江、宁波、台州，大肆杀掠，官军莫有御者。巡按御史裴绅等以闻，并劾分守参议郑世威、分巡副使沈翰、备倭都指挥梁凤罪。上命抚、按官逮世威等，勘明奏处；且令严为禁备。
（嘉靖二十七年四月）癸酉，诏给巡抚浙江兼管福建海道都御史朱纨旗牌——以海寇方剧，从纨请也。
（五月）己卯，巡抚浙江兼管福建海道都御史朱纨、巡按福建御史金城会奏：『去年十一月，覆鼎山贼四百余人乘官军无备，出劫同安、漳平、诏安等县，参将吴鹏、佥事徐爌等督兵战却之；请录鹏等功而治失事守臣之罪』。兵部覆：『纨、城功亦宜录』。上曰：『朝廷设官，欲其除盗安民耳。各官平日禁戢未豫，以致流贼猖獗为地方害。今贼既获，姑准赎罪。有功者 ，付抚臣量赏；而失事者，即令御史查明提问』。
（六月）戊申，日本国贡使周良等六百余人驾海舟百余艘入浙江界，求诣阙朝贡；巡抚朱纨以闻。礼部言：『倭夷入贡，旧例以十年为期，来者无得逾百人、舟无得逾三艘。乃良等先期求贡，舟人皆数倍于前；蟠结海滨，情实叵测。但其表词恭顺，且去贡期不远；若概加拒绝，则航海重译之劳可悯；若猥务含容，则宗设、宋素卿之事可鉴！宜令纨循十八年例，起送五十人赴京；余者留嘉宾馆量加赏犒，省令回国。至于互市、防守事宜，俱听斟酌处置；务期上遵国法、下得夷情，以永弭边衅』。报可。
（七月甲戌朔），初，浙江既设巡抚都御史兼管福建海道提督军务，以朱纨为之；乃御史周亮、给事中叶镗先后后俱言「不便」。亮谓：『纨原系浙江巡抚，所兼辖者止于福建海防；今每事遥制，诸司往来奔命，大为民扰』。镗谓：『纨以一人兼辖二省，非独闽中供应不便，即如近日倭夷入贡、舣舟浙江海口，而纨方在福建督捕惠安等县流贼，彼此交急；简书狎至，纨一身奔命已不能及矣。今闽、浙既设有海道专官，苟得其人，自不必用都御史；若不得已，不如两省各设一员』。吏部覆言：『浙江旧无巡抚，或遇有警，遣重臣巡视，事宁即止。今宜裁革巡抚，而复巡视旧制』。上曰：『浙江巡抚，去岁无故添设；一时诸臣依违议覆，以致政体纷更。今依拟，朱纨仍改巡视，事宁回京。凡一切政务，巡按御史如旧规行』。
（九月己亥），先是，六月二十七日，海贼啸聚福宁州流江等澳，拒伤官军。七月二十八日，仍流劫黄崎等澳；署印副使张谦率兵击败之。至是，都御史朱纨以闻，因追论兵备佥事翁学渊、把总指挥孙敖失事。得旨：『学渊调用，敖逮问；谦赉以银、币』。
辛丑，赏巡视海道都御史朱纨银、币。初，海贼久据双屿岛，招引番寇剽掠。二月中，纨密檄福建都司都指挥卢镗等以轻舟直趋温州海门卫伺；贼至，与浙兵夹击，败之，贼遁入岛。捷闻，兵部谓：『纨功宜先录；其余功罪，令御史再勘以闻』。从之。
（十二月戊辰），福建海贼林成等流劫至南直隶界，苏松兵备副使魏良贵檄太仓州署印同知唐凤岐等集兵捕之，擒斩三十余人。事闻，诏赉良贵银、币；凤岐等，操江抚臣犒赏。
（嘉靖二十八年三月壬申），巡视浙、福右副都御史朱纨奏：『二十七年三月，日本使臣周良等至宁波宾馆，有为匿名 书投馆中，称天子命都御史起兵诛使臣，可先发夜杀都御史。署府事推官张德熹知之，不以告臣。臣尝斩贼张珠——珠，德熹叔也；凡执福贼死者，德熹皆与殓之。御史周亮奏革臣巡抚浙、福之命者，又德熹乡人；疑德熹构其事。且臣整顿海防，稍有次第；而周亮乃欲侵削臣权，谓一御史按之有余，以致属吏遂不用命。愿陛下察臣先后奏词，非有私挟追究。德熹等窝贼倡乱、背公党私，废坏纪纲；诈传说旨，扇惑夷情，谋杀抚臣事，请明正其罪』。奏入，诏下巡按御史合同三司验实奏闻。
（四月戊申），巡按福建御史杨九泽以诏安擒获海贼奏捷。上以巡抚朱纨见司巡视，巡按不宜违例奏捷，下都察院参奏；已乃降九泽二级，调外任。
（庚戊），巡视浙、福都御史朱纨疏报诏安之捷，因言『闽贼蟠结已深，成擒之后，奸宄切齿，变且不测。臣讯得所俘伪千总李光头等九十六人交通内应，即以便宜檄都指挥卢镗、海道副使柯乔斩之』。部臣请下巡按勘核——已御史陈九泽劾纨不俟奏覆，擅专刑僇；请治其罪，并坐镗及乔等。诏兵部会三法司杂议；言『纨原奉敕许以便宜行事，顾贼擒于二月、奏发于三月，似非临阵者比，宜俟得旨行刑；镗、乔皆不得为无过。然事难遥度，请遣风力宪臣往验其事』。得旨：『令给事中一员会同巡按御史覆实具报。沿海居民，亟令所司安辑，毋致殃及无辜。纨罢职待勘，镗、乔等下所遣官讯之』。已乃遣兵科给事中杜汝祯往勘。
辛亥，先是，朱纨疏陈六事。一、明国是。言『国初，海禁甚严，地方宁谧。迩年豪民藉势通夷，当事者莫敢诘难，动为掣肘。惟庙堂烛其奸欺，不为动摇，然后法禁可立』。一、明宪体。言『都御史，职在总宪。比御史周亮奏言：「池城、仓库、钱谷、甲兵、刑名、狱讼及官吏臧否、利病兴革皆不得与」；则所谓「宪职」者安在！请申明之』。一、定法守。言『浙、福守巡诸臣既有专官，继又设粮储、屯田、巡海等道；职守参差，互相推诿。今宜檄分巡各道按地分驻，兼综诸务。专事者，惟理其绪而稽成焉；苟一道不治专事者，乃躬督之』。一、定要害。言『闽之要害，若月港，首宜创邑。安海原属晋江、同安二县，离县太远。南安迫近府郊，地偏民寡，宜移治安海；割其地近晋江、同安者附之二县，而以安海割入南安，似为两利。桐山、梅岭，闽之尽境，行部罕至。宜增置漳州通判一员，专驻梅岭；置福宁州同知一员，专驻桐山』。一、除恶本。言『通盗势家，往往窃发文移，预泄事机；及有捕获，又巧眩真赝：此恶本之难除也。请自今地方失事，即重创守土所司，俾知惩戒』。一、重决断。言『规画多方，奉行者鲜甚，或持异论以阻挠之。宜令各守臣持议坚确，凡事果行，或论两可』。疏下兵部——复议：『纨所陈，多忠愤激切。其言「定法守」，欲以专事者受成，似非分职之意。至于海滨立县、增官，亦嫌更扰。然其议守巡分驻要害、禁诘海滨，实有益也；宜下按臣计之』。因言纨今罢去，其巡视员缺，更请上裁。诏巡按御史熟计「巡视废置」以闻。
（六月甲寅），日本国王源义晴差正使周良等来朝贡方物，赐宴赉有差，以白金、锦币报赐其王及妃。初，日本入贡，率以十年为期，载在「会典」。嘉靖二年，宋素卿、宗设争贡相仇杀，因闭不与通。十八年，复来求贡，纳之；因与约：以后入贡舟无过三艘、夷使无过百人，送五十人（入）京师。至是，良等不及贡期，以六百人来，凡驾四艘。部议：非正额者皆罢遣之；而浙江巡抚朱纨力陈不便状。礼部欲赏其百人如例，非正额者皆罢勿赏。良因自陈：『贡舟高大，势须五百人。中国商舶入夷中，往往岁匿海岛为寇；故增一艘者，护贡舟也，非敢故违明制』。礼部不得已，请百人之外，各量加赏犒；百人之制，彼国势难遵行，请相其贡舟斟酌之。又，日本故有弘治、正德入贡勘合，几二百道；夷使前入贡时奏乞嘉靖勘合，朝廷令以故勘合纳还，始予新者。至是，良等持弘治勘合十五道，言其余七十五道为宋素卿子宋一所盗，捕之不得；正德勘合留五十道为 信以待新者，而以四十道来还。礼部覆：『其簿籍脱落，故勘合多未缴，请勿予新者。令异时入贡，持所留正德勘合四十道——但存十道为信，始以新者予之；而宋一所盗，责令捕索以献』。报可。
（七月壬申），初，巡视浙、福右副都御史朱纨既报浯屿擒获夷王之捷，随奏『夷患，率中国并海居民为之。前后勾引，则有若长屿喇哒林恭等；往来接济，则有若大担屿奸民姚光瑞等：无虑百十余人。今欲遏止将来之患，必须引绳批根，永绝祸本。乞下法司议所以正典宪、威奸慝者』。纨寻去任，都察院议：『下巡按福建御史转行巡视海道都司等官缉捕前项奸徒并土豪为渊薮者，悉正以法。至于见获佛朗机国王三人，亦宜审其情犯，大彰国法。仍移檄各处，有能告捕魁恶者，重赏；首改自新者，听免本罪。且浙、福海患相沿，出此入彼；宜令两省诸臣一体会议施行』。报可。按海上之事，初起于内地奸商。王直、徐海等常阑出中国财物与番客市易，皆主于余姚谢氏。久之，谢氏颇抑勒其值；诸奸索之急，谢氏度负多不能偿，则以言恐之曰：『吾将首汝于官』！诸奸既恨且惧，乃纠合徒党、番客夜劫谢氏，火其居，杀男女数人，大掠而去。县官仓惶，申闻上司，云「倭贼入寇」！巡抚纨下令捕赃甚急，又令并海居民有素与番人通者皆得自首及相告言。于是人心汹汹，转相告引，或诬良善。而诸奸畏官兵搜捕，亦遂勾引岛夷及海中巨盗，所在劫掠；乘汛登岸，动以「倭寇」为名，其实真倭无几。是时海上承平日久，人不知兵；一闻贼至，即各为鸟兽窜，室掳为空。官兵御之，望风奔溃，蔓延及于闽海、浙、直之间；调兵增饷，海内骚动，朝廷为之旰食。如此者六、七年，至于竭东南之力，仅乃胜之；盖患之所从起者微矣。
