己丑，诏停巡抚福建都御史刘焘俸，令戴罪刻期剿贼；夺邵武知府邵德久、参议黄朏、佥事秦宗道、舒春芳等俸半年，下都指挥张弼、王梦麒等于御史问；恤录阵亡把总沈讲如例。先是，焘报捷称水陆皆全胜，地方略平。未几，贼攻永春陷之，流劫德化、长乐、漳平之间；而内地群盗如大埔之窖贼、南澳之水贼、小溪之山贼、龙严之矿贼、南靖工运等处之流贼各乘间蜂起，而窖贼张琏等最强。焘应接不暇，但杀牛飨贼、拥众自防而已。时闽、广皆为贼巢，焘报功既不实，性复贪吝，不给广兵行粮；广兵等寻叛，与群盗合。于是，闽清、尤溪、大田、将乐、泰宁、建阳、归化、新城、乐安诸县无不被残破者。官军每战辄败，惟报效把总沈讲率水兵遇贼于马溪，俘斩数百人，力尽死之。……焘，山东伧健，敢勇，善骑射；素无士行，亦鲜驭众应变之略。遭时氛曀，遂冒开府。历观其前后章疏，皆滑稽诞谩，恬不知耻；真小人之雄也。
（嘉靖四十年五月丙戌），总督浙、直、福建尚书胡宗宪及巡抚福建都御史刘焘言：『广东饶平、大埔、程乡三县贼首张琏、萧雪峰、林朝曦等纠众侵越汀、漳，为乱日久；乃贼巢在广，兵至则退入巢穴，兵退则复肆剽掠；必须绝其盗源，然后祸患可息。请敕两广、南赣、福建三省抚臣发兵会剿』。兵部覆请，从之。
（闰五月）庚戌，巡按广东御史潘季驯勘上三十七年倭寇广东诸臣功罪，言『倭自正月中犯潮州府蓬州、鮀浦等处，所至将官不能御，或败或走；独千户魏岳、百户蒋囗明、镇抚陈浚等战甚力，斩首八十余级，生擒九十余人，贼始遯去。我兵失亡者亦二百人，岳等死之』。……
（六月）癸未，以倭警，免福建福州、泉州、漳州、汀州、兴化等府所属州县正官入觐。
（七月癸巳），以倭贼侵陷广东潮州府大城所，诏夺惠潮参将张四维俸三月，分守参议冯举谟、海道副使郑维诚、分巡佥事齐遇俸各二月；下本卫所掌印捕盗等官董越等九人于按臣论罪，知府何镗等准赎。先是，潮州败倭自福建囗入诏安大城，海夫刘伍等及上底东界客兵因挟之为乱。去年十二月乘除夜城中无备，伍等先袭入城，群倭继之；守城诸将各弃印遁走。至是年二月，知府何镗等督兵追捕，伍等始就擒，斩首三百余级。事闻，因有是命。
江西巡抚都御史张元冲疏报去年十二月至今年闰五月闽、广流贼由光泽、宁化等处突入江西境，窥新城、广昌，转掠万安、泰和；请敕南赣军门协剿。福建巡按御史李廷龙亦报山贼吕尚肆、李占春等与福、兴、漳、泉残倭四出剽掠，自建宁以北、福宁以南无处不为盗薮。乞申饬福建都御史刘焘、南赣杨伊志、两广张臬刻期平定。疏并下兵部，议覆。上以群寇猖獗，祸连三省；切责诸臣怠玩不行设策剿灭，姑令各戴罪杀贼，期以九月报平。如再误事，御史指名参奏重治。
（九月）己亥，福建山贼袭破镇海卫城；事闻，诏下各卫所掌印巡捕、镇抚等官田有麟等二十五人于巡按御史问。
（十一月丁亥朔），巡按福建御史李廷龙类奏：『七月至九月，广东之程乡贼、三饶贼、塘下南安之倭贼及各路之流贼出没诸郡，无日不报警。其福、兴、泉三府则苦海贼，汀、漳二府则苦山贼与流贼；迭出为患，而内地奸民佐之。今崇安、南靖二城相继告陷矣，延、宁二府近亦苦兵矣；时事至此，宜痛绳失事诸臣以法，然后灭贼可期』。上从部议，降福建行都司掌印署都指挥佥事张岳、漳州府知府桂嘉孝、海道副使邵楩、建宁兵备佥事曹司贤俸各三级，下漳州等卫指挥、百户等官覃显等八人于巡按御史论罪。
（庚戌），南京给事中马出图等言：『闽中八郡群盗充斥，巡抚刘焘纵寇殃民；请加切责』。兵部覆：『焘北人，不便于南；恐督责难效。宜更置之，而专责宗宪径略闽事』。上谓：『闽寇猖獗，数陷城池，流劫邻省。焘巡抚二年，讨贼不效，本宜治罪；既言风土不宜，姑调外任』。
（嘉靖四十一年二月壬戌），福建同安倭寇夜袭破永宁卫城，胁指挥王国瑞、锺埙、蔡朝阳降之。
（辛未），巡按福建御史李廷龙奏：『去年十月中海寇破宁德县，参将王梦麒、知县李尧卿自城上御之，皆死』。因参巡 抚刘焘及指挥张铨等十人各失事罪。时焘已被论调外，上命御史逮铨等。赠梦麒都督同知，荫一子指挥佥事世袭；赠尧卿太仆寺寺丞，荫一子为国子生。
（己卯），提督两广侍郎张臬奏：『逆贼张琏，势甚猖獗。臣已调集狼兵十万，与福建、江西会兵进剿；分定信地，臣臬 驻惠、潮，巡抚福建都御史游震得驻漳州，南赣都御史陆稳驻永定』。得旨：『如拟。仍令协力进兵，克期殄灭；不许延玩』。张琏者，本饶平县乌石村人。以殴死族长，惧诛，亡命入窖贼郑八、萧雪峰党。后郑八死，琏与雪峰分部其众，而琏为最强。知县林丛槐尝亲至其巢约降，给以冠带。琏骄甚，与雪峰兵合，纵掠汀、漳、延、建及江西之宁都、连城、瑞金等处，攻陷云霄、镇海卫、南靖等城，三省骚动。先是，守臣以琏巢介三饶之间，四面皆山，未敢讼言剿之；琏虽叛，犹扬言听抚以缓我师。至是，臬等始议大征云。
（五月丙戌），巡按福建御史李廷龙类奏二月中三卫兵乱、永宁失守及尤溪、永安、古田、惠安、南安、同安诸县各被新旧倭寇抄掠状；部覆：『指挥王国瑞、锺埙、千户蔡朝阳身为降虏，宜重论；兴泉兵备佥事万民英疏为防守、福州兵备副使汪道昆不能御众，宜并罚』。得皆：『民英、道昆各夺俸三月，国瑞等下御史鞫实奏闻』。
（乙未），提督两广侍郎张臬等以闽、广、江西兵剿三饶贼，平之；贼首张琏、萧雪峰俱就擒，斩首一千二百有奇。
（十月）丙辰，福建新倭大至，突犯福清、福宁、政和等处。
（十一月）丁亥，南京户科给事中陆凤仪劾奏总督胡宗宪欺横贪淫十大罪，……。疏下，吏部请下巡按御史勘报；上特命锦衣卫系宗宪至京问。于是浙直总督缺遂罢不补，而以都察院左副都御史赵炳然为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，提督军务、巡抚浙江。
己酉，改伸威营副总兵俞大猷为镇守福建总兵官，令其仍驻本营，兼辖全省；而以镇守福建副总兵改为分守，听总兵节制。初，伸威镇城之建，专辖漳州一府。至是，巡抚游震得荐大猷才勇可任大将；乃即其地改设总兵，以大猷为之。
福建倭攻兴化府城，陷之。倭自十月初犯福建，其自浙之温州来者，则合福宁、连江登岸海贼，攻陷寿宁、政和、宁德等县。自广之南澳来者，则合福清、长乐登岸海贼，攻陷玄锺所；蔓延及于龙岭、松溪、大田、古田之境，无非贼者。初，浙江参将戚继光与总兵刘显等既破贼于林墩港等处，闽之宿寇尽平。继光引兵还浙，遇倭自福清东营澳登岸，麾兵击之，斩首一百八十有奇；遂行。而闽倭至者日众，始攻兴化城，不克；乃合兵薄城下，围之且匝月。至是，城守卒劳罢；贼瞯其懈弛，夜以布梯傅城入之，开门放火，城中方知贼至。百姓恇扰，参将毕高、参政翁时器悉缒城宵遁，同知奚世亮为贼所杀，贼遂入据府。至来岁二月，始败。是时刘显在会城，闻兴化危急，提兵往援；至则城已为贼所破。显大兵留江西剿广寇，所提入闽卒不及七百人，且疲于屡战；倭新至，势众且锐，显知不敌，乃逼城为营以伺贼隙。显有威名，兴化人。初闻显至，以为旦夕破贼；既而相持日久，疑其养寇，深以为恨。
（十二月乙亥），以倭寇犯福清县，罢副总兵杨缙回卫闲住，下参将黎鹏举巡按御史问。
（嘉靖四十二年正月壬辰），巡抚福建都御史游震得奏上御倭三事：『一、浙江温、处与福宁州接壤，实倭夷出没之地。而一时将官莫贤于将参戚继光，宜进继光为副总兵，兼守其地；而于福宁州添设守备一员，隶继光节制，仍令募兵三千以备战守。又，漳州月港亦通倭要地，并宜添设守备一员，即以指挥欧阳深升署都指挥佥事充之，而听节制于总兵于俞大猷。一、八闽之地，延平、建宁、邵武乃其上游；宜令建宁募兵一千、延平邵武各五百，使指挥乐埙统之，以备警急。其分巡武平佥事，亦加以「兵备」，重其事权。一、闽中自被倭患以来，其官军之以死勤事与妇女之死节不辱者，宜悉表扬，以励人心』。兵部覆如其言，诏可。
癸巳，广东倭寇犯潮、惠二府黄冈、大澳等处。壬寅，福建巡抚游震得以去年十一月倭寇攻陷兴化府状闻：『初，贼至，先犯邵武，杀指挥齐天祥；转掠罗源、连江等县，杀游击将军倪禄；遂攻玄种所城及宁德县入之，乘胜直抵府城下。会都督刘显兵未至，贼遂袭入城，杀同知奚世亮等；又分兵攻陷寿宁、政和二县。乞函命该部计处兵食、浙直总督发兵应援』。部覆：『贼以旬日内连破数城，如蹈无人之境；帅府而下，职守谓何！顾事急之际，请姑令戴罪立功。其各省援兵，请调浙江新募义乌兵一枝，以戚继光统之；江西兵一枝，令抚臣
自择良将：各星驰应援。仍起丁忧参政谭纶以原官兼按察司佥事，统浙江兵千二百人与都督刘显、总兵俞大猷同心共济，以收奇功。又，广东南澳为贼渊薮，宜令两广提督张臬引兵捣之，使贼退无所归。以其地丁、料、屯、盐诸钱谷约二十余万悉留用，以佐军兴；仍令南京兵部发马价银十万两济之，本部仍备银十万两俟缓急督发』。上悉命如拟行。因夺震得及文武大小诸臣俸，许其自效。谭纶等依拟用。戚继光、刘显各令奋勇建功，以副委任。仍诫浙江巡抚赵炳然、江西巡抚胡松、两广提督张臬各协力策应，毋分彼此。
（二月乙亥），福建兴化倭寇结巢崎头城，与都指挥欧阳深相拒，久之不出。深望见其兵，少轻之，直前挑战；伏发，深与其下数百人皆战死。贼乘胜，攻陷平海卫。
