刘宗周又用《大学》和《中庸》中“慎独”的“独”来释意，把意规定为绝对待的独然本体。“独体”能知善知恶，这就是阳明所谓良知；“独体”又能好善恶恶，他强调这就是作为心之主宰的意。“知善知恶之知即好善恶恶之意”，即知即意。与作为心之体的意和独相对应，刘宗周尤其强调诚和慎的修养功夫。王龙溪重正心而轻诚意，有解放思想的作用。
刘宗周要矫正这种作用，所以反其道而行之，尤重诚意。他说：“良知原有依据处，即是意。故提起诚意而用致知工夫，庶几所知不致荡而无归也。”他强调，独之外别无本体，慎独之外别无工夫。大学之道，一言以蔽之，日慎独而已矣。慎独也就是诚意。“致知工夫不是另一项，仍只是诚意中看出，如离却意根一步，亦无致知可言也。”总之，“端倪在好恶之地，性光呈露，善必好，恶必恶，彼此两关，乃呈至善，故谓之如好好色，如恶恶臭。此时浑然天体用事，不着人力丝毫，于此寻个下手工夫，有慎之一法，乃得还他本位，日独。”
刘宗周以其理论创造和德操，在当时产生了较大影响，他创立的蕺山学派及门弟子不下千人，象黄宗羲、陈确和张履祥等“学行不愧师门者卅五人，再传弟子一人。”其中又有象乃师一样殉明王朝而死且载于《明史》者有吴麟征、金铉、章正宸和祁彪佳等。然而，从后来的情况看，刘宗周的慎独之学几乎没有什么明显的历史影响，慎独之学基本上可谓随着刘宗周和明王朝一同去了。他的其他一些不自觉地反映了时代精神的思想，却对其后学有所影响，这又另当别论了。
由于缺乏唯物史观的指导，明末清初诸儒普遍犯了一个错误，就是把明王朝的覆灭归咎于理学和心学的无用，而不是从客观历史本身去寻找原因。由于这个错误，再加上满清政府的野蛮统治，清代儒学逐渐向经学复古方向发展。清初理学家陆陇其说：“至于启、祯之际，风俗愈坏，礼义扫地，以至于不可收拾，其所从来，非一日矣。故愚以为，明亡天下，不亡于寇盗，不亡于朋党，而亡于学术。学术之坏，所以酿成寇盗朋党之祸也。”
表现了彻骨的唯心史观。他的结论是：“每论启、祯丧乱之事而追原祸始，未尝不叹息痛恨于姚江，故断然以为今之学非尊程朱而黜阳明不可！”
明王朝的覆没，是中国封建社会由生长壮老到死的必然现象。阳明倡良知之说，正是封建王朝走向崩溃的表现。而由阳明，干启的思想解放思潮，确实破坏了封建教条和纲常名教，促进了明王朝的灭亡，这正是他的历史功绩所在。只有破坏垂死的旧制度，才能解放生产力，才能加速新社会的到来。清初理学正统派黜王学而尊程朱的事实表明，中国历史在无可奈何之中倒退了。
本已为心学破坏和取代的封建名教与理学在清代的复活，是中华民族的大不幸。然而，面对满清异族政治，以正统派自居的清儒除了复兴理学以汉化蛮族和保存传统文化外，似乎没有更好的办法。清代复古思潮除了理学的复兴外，还有经学的复兴，后者尤其被满清政府空前绝后的文化专制主义进一步加强，最终把儒家的哲学生命导向死亡之路。
在这种情况下，心学的生长是极其困难的。清初心学以变相的形式通过两个人表现出来，那就是黄宗羲和傅山。
黄宗羲是刘宗周的门人，但由于受明末东林党反腐败斗争和清初反清复明斗争的锻炼，他基本上抛弃了乃师的慎独之学，而继承和发扬了泰州心学的反封建启蒙精神。除了慎独之说外，刘宗周在改造阳明心学时还提出了“盈天地间一气而已矣”的命题，用一气的流行来释心，以说明喜怒哀乐的更迭变化。他说：“气即理也，天得之以为天，地得之以为地，人物得之以为人物，一也。”他反对有气外之理和气外之道，认为“理即气之理，断然不在气先，不在气外。”这一思想却为黄宗羲所继承。
黄宗羲认为：“理气之名，由人而造，自其浮沉升降者而言则谓之气，自其浮沉升降不失其则者而言则谓之理。盖一物而两名，非两物而一体也。”同时，他又说：“理不可见，见之于气；性不可见，见之于心，心即气也。”“人心以天地万物为体，故穷天地万物之理即在我心之中。盈天地皆心也，变化不测，不能不万殊，心无本体，功夫所至即其本体。”将心、理、气三者合一，以气释心释理，是黄宗羲的一个重大创造，这使他成为一个间于心学和气学之间的人物。一方面，他以心学的反叛精神猛烈抨击封建专制，设计理想社会，提出工商皆本的近代新思想，成为心学在清初的重要代表。另一方面，他又以气学的笃实精神研究历史和现实，提出“经术所以经世”的实学思想，成为清代气学的开创者。
与刘宗周相比，黄宗羲要激进得多，因而也深刻得多。十九岁时“人京讼父冤”和二十九岁时的反宦官斗争，使他真正认清了明王朝的反动本质，因而放弃了乃师那种对没落王朝的愚忠，而满清社会的野蛮统治则更进一步加深了他对封建社会的仇恨。所有这些，都激发了他的启蒙思想。
他说：“为天下之大害者，君而已矣。”封建君主屠毒天下之肝脑，敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以博其一人之产业，以奉其一人之淫乐，使兆人万姓崩溃之血肉曾不异夫腐鼠。所以，老百姓应该视之为仇寇，名之为独夫。为此，他设计了一个“天下为主，君为客”的理想社会，要求由学校来公断天下之是非，用法制代替人治，尊重个人权利，工商皆本，发展生产，强国富民。黄宗羲的这些思想在满清专制社会受到压抑和禁止，终于在近代晚清社会复兴，有力地推动了资产阶级革命。
清初心学精神的另一表现是傅山（1607～1684）。傅山出身于书香门第，从小受到严格的教育，十五为秀才，二十为贡生。然他少时即以为“举子业不足习”，广泛涉猎于经史典籍、诸子百家、佛经道藏和医武秘籍，多发反常之论。清兵人关后，他挥师入晋，同时加入道教，道号真山，自号朱衣道人，喻反清复明之义。他作诗说：“贫道出方外，兴亡着急拚。”表示追念黄帝老子，要象张良一样报效故国。在前j℃诸儒中，他尤其赞赏陈亮、阳明和李贽。他自称为老庄之徒，同时也和李贽一样以“异端”自居。临终作《病极待死》诗说：“生既须笃挚，死亦要精神。性种带自明，阴阳随屈伸。誓以此愿力，而不坏此身。”颇有泰州遗风。
泰州心学只是援禅入儒，以禅宗的主体精神为反封建的武器，傅山则佛道诸子无所不涉。他批评腐儒的固陋说：“失心之士，毫无餐采，致使如来本迹大明中天而不见，诸子著述云雷鼓震而不闻，盖其迷也久矣。虽有欲抉昏蒙之目、拔滞溺之身者，亦将如之何哉？”首开清代诸子学研究之风，极大地推动了经世实学的发展。
心学激进派发展到明末，已有公然援禅而不避讳之势，傅山则大量批注佛经和诸子书，思想更为解放。傅山医术极好，而尤精于妇科。傅山除了以《傅青主女科》驰名医学界外，还有《傅山拳谱》传世。梁启超说，傅山曾以“任侠闻于鼎革之交”。据说他的武功极好，因而为后来的小说家描绘成一代武林高手。
傅山的心学思想主要表现为一些反封建的“反常之论”，主要包括扫荡奴性、主张人性解放和反对专制、主张平等自由等观点，有较强的市民意识和启蒙精神。他对封建社会造成的奴才、奴儒、奴书生、奴师、奴君子之批判不遗余力。他说：“沟犹瞀儒者，所谓在沟渠中，而犹犹然自以．为大，盖瞎而儒也，写奴儒也肖之。”并作诗说：“天地有腹疾，奴物在其中。神医须武圣，扫荡奏奇功！”
为此，他大力提倡个性解放，强调“不拘甚事，只要不奴。奴了，随他巧妙雕钻，为狗为鼠已耳！”他的书法极为精妙，却提出如下的艺术理论：“宁钝无利，宁拙无巧，宁朴无抚。宁隘、宁涩，毋甘、毋媚；至于宁花柳，毋瓶钵，则脱胎换骨之法。”在学术思想上，他反对家法，而提倡野法，要别开生面，反对因袭。他说：“法本法无法，吾家文所来。法家为之野，不野胡为哉！”又说：“一扫书袋陋，大刀阔斧裁！”在政治思想上，傅山提出“非圣人能王”的平等观念，认为天下人心之所向背，王之则王，亡之则亡，定势定理也。“市井贱夫可以平治天下。”“言理财者可以平治天下。”反映了资本主义早期市民阶层的新理想和新精神。
总之，从学术思想的内在逻辑看，明末清初的启蒙思潮是明末心学激进派的继续和发展，是明末激进心学的变异形态。随着清初遗民的相继离去和满清专制政策的加强，南宋以来的心学思潮渐趋寂灭。直到晚清时期，由于西方资本主义的刺激，心学思潮才得以重新活跃起来，成为近代资产阶级启蒙运动的重要思想来源。
