另一个大臣说：“可汗秦的大军一到，张格尔势必弃城遁逃。可汗秦自然要向我们追究。那时，我们将进退两难。与其这样，不如现在就派兵前往喀什噶尔。如果喀什噶尔城破，我们可以得之。如果城不破，我们也能以兴师问罪之名予以推脱。”
于是，“三千名士兵被派往喀什噶尔城下。”
《伊米德史》的这段记载，很难查证是否属实，但是浩罕汗国确实越过边境，参与了张格尔的军事行动。
“当时，喀什噶尔有汉、回两个城池。汉城在回城中。为了相让起见，第二天，张格尔将自己的军队退出了包围圈。把一切全让给了伊列汗。”
伊列汗的如意算盘打得好，却不料上了张格尔的圈套。
张格尔把战场全部让给了伊列汗。如同《伊米德史》描述的那样：“伊列汗的军队投入了厮杀。他们在汉城城墙下埋下了火药。时机一到，火药爆炸，一时天昏地暗，日月无光，城墙被抛人空中。伊列汗的军队乘硝烟弥漫，敌人神智尚未清醒之际，潮水般地向城中涌去。异教徒进行了惊人的抵抗，炮火发出了震耳欲聋的轰鸣声。双方军队厮杀在一起，号角长鸣，杀声震天。穆斯林被四次赶下城墙。第四天，因为尸体和伤员堵住了通往城墙的去路，穆斯林已无法接近城边。伊列汗看到自己的军队惨败如此，捶胸顿足，嚎啕大哭。”
张格尔不怕担当出卖盟友的罪名，是因这时他又有了新的支持者。他的身边开始有了英国顾问，在他的军队中也有些英国人充当教官，帮助他训练队伍，教授使用火器的技术。
张格尔有了新盟友，更是有恃无恐，公然火并伊列汗的部队，扩充自己的军事实力。
1826年9月，喀什噶尔城被张格尔攻克。喀什噶尔参赞大臣庆祥自杀身亡。张格尔举行隆重的入城仪式，宣布自己为“赛义德·张格尔·苏丹”，这个称号的意思是“圣裔世界之王”。
接着，英吉沙、叶尔羌、和田等地相继失陷。张格尔占领的地区，包括了喀什噶尔河流域、叶尔羌河流域、玉龙喀什河——和田河流域，以及克里亚河流域的广大地区。
天山以南的大势已去，清朝政府再不能坐视不管了。
由于那些平庸愚昧，缺才少德的清朝官员的失职而失去了新疆半壁河山，现在又要清朝政府损失大量兵力财力来挽回。治政不利、治军不严的苦果，由清朝政府自食。
1826年8月，清廷任命伊犁将军长龄为扬威将军，行使总．指挥权。任命陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为参赞军务。组成了高规格、强有力的前线指挥机构。同年10月，从黑龙江、吉林、四川等地调来军队近四万人，并从伊犁等地调拨马二万、牛驼数千，还从河西走廊及伊犁等地调运采办军粮，全部齐集于阿克苏河一带，很快完成了军队、物资调运和军事作战部署。
年底前在阿克苏河之南的柯坪打响了平叛的第一战役，叛军后撤至巴尔楚克（今巴楚县）一带。因严冬季节不便行动，双方就在这一缓冲地区对峙着。
严冬过去，长龄率清军主力二万二千人，首战巴尔楚克告捷。巴尔楚克是一个战略要地，喀什噶尔河流经它的西部，叶尔羌河则从它的东部流过。清军在这里建立了后勤基地，一是因为这里水草充足，二是可以预防叛军沿叶尔羌河北上威胁清军大本营阿克苏。
清军沿喀什噶尔河突击，击退张格尔布阵的五万守兵。在离喀什城五十里的地方沙布都尔，遭到叛军十万人的抵抗。清军一鼓作气，横扫千军，越战越勇，且战且胜，沿浑河下游直捣喀什噶尔。是夜狂风大作，飞沙蔽天，清军先在城下佯攻，集中炮火轰击敌阵。清军主力则强渡浑河，突入叛军阵地。在内外夹攻下叛军士崩瓦解，清军在拂晓时分一举攻克喀什噶尔城。
喀什噶尔战役之后，清军分兵进剿各地叛军，英吉沙不攻自破，叶尔羌城百姓配合清军活捉叛军头目，开城接应清军。随即，和田城宣告克复，黑山派信徒协助清军，将向克什米尔逃窜的叛军全数歼灭。
西四城即喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、和田等也被清军全部收复。
扬威将军长龄的英明之处，就在于从实际出发，否定了朝廷最初发出兵分两路各取喀什和叶尔羌的指示，而是相机集中全力先取喀什噶尔，然后对叶尔羌、英吉沙、和田各个击破，从而取得了决定性胜利。
为了除恶务尽，长龄将军对张格尔残余不是紧迫不舍，而是设计巧取。时值阴历年关前夕，清军派归附者进入帕米尔深山，对张格尔报告说：“官兵全撤，喀什城空虚，穆斯林翘首以望和卓。”走投无路的张格尔信以为真，于阴历年关率步骑五百经开齐山入卡，潜行至阿图什，企图乘清军过年不备突袭喀什噶尔。
不料，在阿图什立足未稳，张格尔就遭当地黑山派信徒的围歼。
张格尔率仅剩的三十人逃脱，当进入喀尔铁盖山，准备爬山岩潜逃时，被清军伏兵生擒。
据《清史稿》记载：“年冬，迫张格尔至喀尔铁盖山，舍骑蹑山巅。张格尔穷蹙欲自刭，超（胡超）与段永福夺其刀，生缚之。”
落网后的张格尔，被槛送北京，在皇宫午门前举行献俘仪式后，由刑部将其处以死刑。
这次平叛清朝政府下了决心，采取了限制宗教干预行政的坚决措施。同时，清朝官员的腐败无能也是造成塔里木河流域动乱不断的原因，清廷明智地考虑了派出官员的选拔问题，并对任职的各级官员实行定期考核制度。这些措施虽然起了一定作用，但终归是一些权宜之计。
左宗棠击退阿古柏
塔里木河听到了鸦片战争的厮杀声，帝国主义列强侵略中国的枪炮声。
塔里木河还听到了沙俄在帕米尔、喀喇昆仑山以西和天山以北侵略我国西北和新疆领土的枪炮声。
塔里木河与黄河、长江同呻吟，与伊犁河、额尔齐斯河共呜咽。
1840年鸦片战争之后，中国逐渐沦为半殖民地半封建国家，成为帝国主义列强奴役宰割的对象。以英国为首的资本主义势力从海上大肆进犯中国。睡在中亚大陆旁边的北极熊沙皇俄国自然不甘落后，将侵略的魔爪野蛮地伸向中国新疆和西北领土。
沙俄原来是一个欧洲国家，中国的处境给扩张者提供了大规模军事占领的机会，开始向中亚一带发动进攻，侵占了我国的古尔班阿里玛图（今阿拉木图）之后，进一步向伊塞克湖和巴尔喀什湖以东以南地区扩张，深人中国境内750公里，割去了这一地区大片领土，迫使我国这片领土上的柯尔克孜和哈萨克族牧民归属俄国。从1864年到1870年，中俄签订了一系列不平等条约，沙俄共鲸吞了现在划入吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦等地的中国西疆领土44万多平方公里。
在这样的形势下，天山以南、塔里木河流域及源流地区，也出现了割据争纷的混乱局面，喀什噶尔、库车、和田成为封建宗教头目各自为王的中心。
喀什回城由马木提艾来木占据称王，喀什噶尔又落人白山派首领手中。
不久，柯尔克孜部落头目司迪克，联络伽师回族封建主金相印，在乱中夺取了喀什噶尔，由司迪克称王。白山派头目投书浩罕，借助外部势力来驱逐司迪克。司迪克也派出金相印与浩罕联络，也想将流亡浩罕的南疆和卓后裔请回喀什噶尔，以增强自己的统治实力。
不料，此举的后果不堪设想，它造成了新疆历史上又一场毁灭性的大灾难。
司迪克、金相印引狼入室，成为新疆历史上的千古罪人。
他们不仅引来了潜伏浩罕伺机反扑的张格尔之子布素鲁克，而且引来了执掌一切的浩罕军官阿古柏。
布素鲁克自然称为喀什噶尔汗王，但只是个傀儡。阿古柏则被任命为“总司令”，手握一切实权。
1865年初，阿古柏一行由金相印亲自引领，入侵喀什噶尔。先是攻下汉城，纵兵屠城七日，血流成河。次年占领英吉沙、叶尔羌，年底入侵和田，遇到抵抗，阿古柏屠杀和田军民五万人，尸横荒野，填满沟渠。1867年相继占领阿克苏、库车、拜城、乌什、焉耆，塔里木河流域及河源地区全部落人阿古柏魔掌之中。
阿古柏废黜了他扶植的傀儡，公开出面自封“洪福之王”，建立了“哲德沙尔政权”。
野心勃勃的阿古柏占领南疆后，又向北疆地区扩张。1870年继续东进占领吐鲁番，接着攻入乌鲁木齐，大肆进行屠杀，见人就杀，连妇女小孩都不放过。守城回民军派出几百名儿童手捧《可兰经》去感化入侵者，结果被丧心病狂的阿古柏全部杀害。
1870年，阿古柏除占领天山以南全部领土外，还占领了天山以北大片领土。
1870年，伊犁被沙俄帝国占领。
至此，新疆全境几乎都沦人外寇的铁蹄之下。
物以类聚，入侵者气味相投。俄国首先于1872年派使者考尔巴斯来到喀什噶尔，受到阿古柏最热烈的欢迎。英国人包罗杰著的《阿古柏伯克传》，记载了阿古柏对沙俄使者的媚态。阿古柏说：“请坐在我的膝上，坐在我的怀里，或你们所喜欢的任何地方，因为你们是上天送到我这里来的贵宾。”他在请考尔巴斯阅兵时又说：“我把俄国人看作是我最亲爱的朋友，如果不然，难道我会把我的军事力量给你们公开吗？”
阿古柏与考尔巴斯签订了《喀什噶尔条约》，给予沙俄通商及旅行特权，并在南疆七城设立商务代表和商馆，沙俄公开承认了“哲德沙尔汗国”。
英国岂能容忍沙俄捷足先登，次年派出由弗赛斯率领的使团，“它具有一支小型军队的规模，营地里有三百人员和四百头牲口”。弗赛斯把带来的枪支、小炮和英国女王的亲笔信等交给了阿古柏。包罗杰记载说，阿古柏几次重复着“赞美真主”，接着又说：“你们的女王是一位伟大的君主，因为她总是以源源不绝的好处给予得到这种友谊的人。女王像太阳一样，在她温和的阳光里，我们这样的可怜人才能够很好地滋长繁荣。我特别希望获得英国人的友谊。从这里到伦敦任何人都可以自由来往。”
1874年阿古柏和英国签订了《英国与喀什噶尔条约》，英国承认“哲德沙尔汗国”为独立国，英国得以在“哲德沙尔汗国”设立“大使”、“领事”。接着，阿古柏又得到英国步枪六万支和修理厂的设备。
包罗杰评论说：“看来英国的巨大保护伞已经覆盖了他的整个国家。英国在喜马拉雅山外的政策中，第一次把它的保护伸延到它的自然边界以北的一个当地国家。”
阿古柏又派使者朝见奥斯曼帝国苏丹，表示愿意奉奥斯曼帝国为宗主国。奥斯曼苏丹立即封阿古柏为“艾米尔”，并给予“哲德沙尔汗国”大量军火援助。
阿古柏有恃无恐，打着伊斯兰圣战的旗号，疯狂地推行消灭“异教徒”的反动政策，四万多名不信奉伊斯兰教的汉族、满族人民，惨死于阿古柏的屠刀之下。由此，把自己妆扮一个宗教的维护者。
即使信奉伊斯兰教的柯尔克孜族人民，也被阿古柏推入水深火热之中。柯尔克孜族民歌唱道：
黑色的猫头鹰在头顶上狂叫，
罪恶的战火在草原上燃烧，
柯尔克孜人的家乡流着鲜血，
大地母亲，为她的儿子在痛哭号啕。
灰色的恶狼在白骨堆上嗥叫，
阿古柏的马队像黑风在咆哮，
柯尔克孜的太阳是谁抢去了，
大地母亲，为她的儿子在痛哭号啕……
阿古柏在实行中世纪的那种野蛮宗教仇视和残暴民族压迫的时候，他还下令掠夺各族人民的土地，分赏给他的爪牙。凡是较完善的水利设施和肥沃的土地，以至冬季草场和夏季草场，全部被没收，然后再卖给原先的权利人。
阿古柏政权横征暴敛，赋税和徭役名目繁多，农民四分之三以上的劳动成果被侵略者强取豪夺。阿古柏一伙在新疆各族人民的尸骨上筑起他们荒淫的“天堂”，他们寻欢作乐的宫殿、行宫遍布各地，被掠夺的六百多名各族少女充作后宫，供他们淫乐。
奴隶制在阿古柏时代重演，沦为奴隶的农民在喀什、叶尔羌的市场上被廉价出卖，阿古柏本人就役使着三千名以上的奴隶。
清军局促于塔城、奇台、巴里坤、哈密地区，自保不暇，只能坐视阿古柏和沙俄侵略者的铁蹄在新疆横行。
毛拉木沙在他所著的《伊米德史》中说：“南疆的维吾尔人在街头巷尾成群结伙地在一起议论着汉人要来了的消息，不管这些消息是真还是假，人们总是按照自己的心愿编织出许多故事，以悦人心，更悦己心。”喀什远郊有个农民在犁地撒种子时，有人问他：“喂！朋友！请问你在种什么？”撒种子的农民回答他说：“还有什么？种的是汉族人。”他们怀念汉人，企盼从侵略者的奴役中解脱出来。
这是新疆各族人民迫切的愿望和心声。
清朝政府终于把使用武力征讨阿古柏的入侵，提到了＋议事日程上。
受命于危难之时的历史功臣，是清朝著名将领左宗棠。
当时，是否要筹组大军西征新疆，对新疆是力保还是放弃，在清朝宫廷曾发生过一场激烈的论争。
直隶总督李鸿章借口海防筹饷困难，提出放弃新疆，把准备西征的费用移作东南海防之用。他认为，不收复新疆，“于肢体元气无伤，海疆不防，则腹心之大患愈棘”。他主张中国只能“力保和局”，不能因进军新疆而开罪英、俄两大强国。
