在“满洲国”军官学校（校址在今中国长春）里，朴正熙继续保持他好学的作风。到1942年毕业时，他的成绩名列榜首，立即被保送进了设在东京的“日本陆军士官学校正规班”，于1944年6月毕业，被授予日本陆军少尉军衔。之后被分到日本关东军齐齐哈尔635部队。10月担任伪满洲第6军管区少尉副官，1945年1月随部队“清剿”抗日武装力量，在战斗中得到日军上司“果断处理对抗大日本帝国的破坏分子”的高度评价而晋升中尉。
尽管没有详细史料记载他在中国抗日战场究竟杀害多少中国的抗日军民志士，但从日军对他在作战行动中的嘉许评价看出他的双手沾满了中国抗日军民的鲜血，是不折不扣的战犯。1945年8月15日日本无条件投降后，朴正熙的第8步兵联队拒不投降，并枪杀苏军联络员。苏军展开围歼行动，朴正熙带同3名朝鲜籍军官逃出包围。之后他乔装难民来到北京，混入国民党中央军，军统调查知道他的真实身份后解除他的武装并羁押数月后于1946年遣返他回国。
一年后，日本宣布投降，朴正熙化装逃到北京，1946年6月，由天津乘船回南朝鲜。同年9月，朴正熙考入南朝鲜反动势力开设的“军事英语学校（后改名为南朝鲜陆军士官学校），12月毕业，成为南朝鲜自己培养的最早的军官之一。朴正熙留校担任教官，后任第十四团参谋长。
朝鲜分裂后，李承晚在美国的扶植下建立了南朝鲜政府（韩国），此时一大批被中国人称为“二鬼子”的日军朝鲜裔官兵进入南朝鲜军队中并执掌军政大权达40年之久，为首的就是发动军事政变坐上总统宝座的朴正熙。
由于李承晚对国内实行高压统治，激起了人民的强烈反抗。正是在这种背景之下，爆发了1948年10月的丽水起义。丽水起义的主力是南朝鲜第十四团的爱国官兵。该团原驻防在全罗道的丽水附近。
1948年10月16日李承晚命令该团派一个营的兵力去济州岛讨伐游击队，遭到十四团全体爱国官兵的反对。在朝鲜劳动党地下组织的支持下，该团成立了“拒绝出兵济州岛军人委员会”，并决定举行武装起义。10月20日凌晨，起义军兵分两路：主力3000人攻打丽水；另一部分奔赴距丽水不远的顺天，争取第四团的支持。
当天上午，起义军攻占丽水。下午，起义军在丽水召开有5万人参加的群众大会，宣布成立“丽水郡人民委员会”。与此同时，支持起义的第四团也解放了顺天。10月22日，由两团士兵组成的起义军，乘胜向北进军。
但是，在美李反动集团优势兵力的围追堵截下，起义悲壮地失败了。当时，朴正熙任十四团参谋长，自始至终参加了起义。起义失败后他被捕。为了保全性命，朴正熙供出了南朝鲜劳动党党员和爱国进步人士160多人，使这次起义的主要领导人均惨遭杀害。
丽水起义后，朴正熙继续在军中任职，但晋升极慢。
1950年朝战爆发后，作为少壮派军人的朴正熙凭着机敏的头脑和灵活的手段开始了他人生的黄金期。曾先后担任第9师参谋长，陆军本部作战局次长、第2军炮兵司令等职。1953年晋升为准将。此后几年，朴正熙在政坛上迅速崛起。36岁的准将朴正熙作为炮兵军官参加了设在美国俄克拉荷马的福特西尔美军炮兵学校高级班的学习，返回南朝鲜遂被任命为本国炮兵学校校长，后来又调任韩国第五步兵师师长。
1957年他晋升为少将，任韩国陆军第1集团军参谋长。1959年，朴正熙任第6军管区司令，1960年任韩国军需基地司令、第1军营区司令，韩国陆军本部作战副参谋长、陆军第2集团军副司令。至此，正当壮年的朴正熙终于在左右南朝鲜政局的军队中占据了重要一席。
此时，取代李承晚右翼集团而上台的张勉的民主党已无力控制日益动荡的南朝鲜局势。因此，1961年1月肯尼迪就任美国总统不久，便采纳了美国参议员外交委员会1959年《坤仑报告》中提出的美国在南朝鲜的“政党政治失败后用军人政治代替”的办法，和美国驻日本大使赖肖尔提出的“继承南朝鲜执政者的人应是在战场上成长起来的青年军人”的意见，以军人取代张勉。华盛顿当局很快选中了实权在握的朴正熙。
1961年已掌控军队大权的朴正熙发动5·16军事政变，推翻了民选政府。就这样，一个双手沾满中国抗日军民鲜血的战争罪犯君临南朝鲜的天下18年之久，并以军事独裁统治担任“战犯总统”，这是他人生的顶峰。
政变后，朴正熙等人成立了统治南朝鲜的最高权力机构“重建国家最高会议”。这时，朴正熙为了取得军队内部其他各派势力对政变的支持和稳定局势，就把南朝鲜的陆军参谋长张都映推选为“重建国家最高会议”的议长和军人内阁总理，并让尹谱善继续担任总统，他本人只担任了“重建国家最高会议”副议长。到了1961年7月，朴正熙在军事政权趋于稳定后，对军队内部其他派系进行了一次清洗。
他首先解除了张都映的一切职务，自己出任“重建国家最高会议的议长；接看，以“阴谋进行反革命活动的嫌疑”，逮捕了张都映和担任军政要职的高级军官40余人，清除了所有可能同他为敌的政客。
朴正熙上台之初，主要的任务是加强其军事独裁统治。政变的当天，他便以“军事革命委员会”的名义发布了“紧急戒严令”，解散了国会、所有政党和社会团体，禁止一切政治活动，南朝鲜全境实行军事管制。为了加强对南朝鲜的全面控制，1961年6月，朴正熙又设立了一个由他直接控制的特务和情报机构——中央情报部，委派他的亲信金钟泌任部长。
这时候，朴正熙还颁布了“重建国家非常措施法”、“中央情报部法”、“特殊犯罪处罚法”、“反共法”等反动的法令，动用大批军、警、特务，对南朝鲜人民反对军事独裁和要求民主的斗争进行血腥镇压。并查封了南朝鲜1200多种报刊。据统计，1961年5月中旬到9月中旬，遭到朴正熙军事独裁政权逮捕、监禁和屠杀的进步人士达10万人以上。
由于朴正熙的大规模清晰和内部高压政策有可能激起全国动荡，美国政府再也不能坐视不理，迫于以约翰·肯尼迪为总统的美国政府的压力，1962年底，民选政府恢复。
然而，1963年2月18日，朴正熙突然宣布退出大选，继而在3月16日宣布，军政时间再延长4年。肯尼迪政府得知消息后，大感意外和恼火，肯尼迪本人通过美国驻南朝鲜大使馆向朴正熙表示，希望他立刻结束军政。
无奈的朴正熙只能做出承诺：10月中旬举行总统选举，11月下旬举行国会议员选举，12月中旬召开国会会议。
在1963年10月15日举行的总统大选中，朴正熙暗中命人作弊，以微弱优势赢得选举，随后又在国会议员选举中舞弊，让民主党获得大多数席位。他当选总统后，假借民主之名，继续他的军政统治，并且进一步加强了对人民民主运动的镇压。
1967年到1971年，南朝鲜又举行过两次总统大选，毫无疑问，朴正熙继续连任，继续他的独裁统治。直到1979年10月26日，被韩国中央情报部部长金载圭暗杀，结束了他的罪恶血腥的生涯。
事实上，在金载圭准备刺杀朴正熙之前，北朝鲜政府（朝鲜）和美国政府都暗中实施过刺杀他的行动。
1968年1月21日，在天寒地冻的深夜，朝鲜（北朝鲜）31名秘密敢死队穿越南北朝鲜交界的封锁线，准备潜进韩国总统府青瓦台，刺杀朴正熙总统。这些刺客都伪装成南韩军人，但是他们不合时宜的黑色运动鞋被南韩军警发现，发生激战，除了一名逃回北韩外（目前担任军方高层官员），其余都被当场击毙或逮捕处死。
盛怒的朴正熙决定成立一支也是31人的特种部队以牙还牙，刺杀朝鲜的领导人金日成，于是找来死囚等重刑罪犯，在靠近西部仁川外海的实尾岛实施生不如死的严酷训练；军方承诺任务成功后将大赦并重金犒赏，由于在1968年4月成军，称为684部队，训练期间不堪折磨死亡或遭处决者有7人，存活者24名。这群杀人机器原定训练三个月后执行刺杀行动，未料在出发前一刻任务取消，原来在实尾岛外面的世界改变了，两韩互派密使调停，创造和解气氛。随着双方关系的缓和，三个月的魔鬼训练延长成三年，最后南韩高层担心这支秘密刺金部队曝光，影响和朝鲜的关系，居然下令悉数格杀，就地灭口。
负责训练的军官不忍屠杀这些改邪归正的超级杀手，因此透露消息。重犯部队获悉后愤怒又绝望，决定先发制人，1971年8月23日，他们杀死岛上20余名官兵，逃出实尾岛在仁川登岸，挟持一辆公车开往汉城，要刺杀朴正熙讨回公道。在与沿途围堵的警察多次激烈枪战之后，车上的杀手引爆手榴弹自杀，4名存活者后来都被处死。
这宗惨案真相在当时硬是被压下，尘封于历史档案里。1998年反对党的金大中总统上任后，事件真相才揭发。2003年圣诞节南韩将这段悲惨的史实拍成电影《实尾岛风云》上映，成为南韩影史最卖座的电影；2004年2月，韩国军方面对舆论压力，只好承认这段惨无人道的案件。
