在可弃可取之间，康熙选择了取。如果说康熙是一位英明的皇帝的话，恢复台湾并将之纳入大清版图就是他无数个英明决策中至为耀眼的一个。台湾对于中国的重要性在今天不言而喻，但在康熙之后的长时间里并没有被充分认识到，这更显示出一个顶尖政治家能见人所未见的政治素质。
顺治十八年(公元1661年)二月至十二月，南明延平郡王郑成功命世子郑经留守金门、厦门等地，他亲自率师东征，驱逐荷兰殖民主义者，收复台湾。但郑氏政权坚持抗清立场，占据东南沿海。郑成功病死于台湾后，世子郑经继承王位，依然与清廷对抗。
康熙皇帝亲政以后，一心想收复台湾，但是因为“三藩”作乱，他忙于平定叛乱，所以对台湾郑氏主要采用招抚政策，但是郑经始终没有接受招抚。“三藩”之乱平定以后，康熙皇帝开始全心收台。在收复台湾的过程中，有两个人所起的作用最大，一个是姚启圣，一个是施琅。
姚启圣，字熙之，一字忧庵，原为浙江会稽人，后附族人籍，隶属汉军镶红旗。康熙二年考中了举人，当了广东香山知县，不久因故被革职。“三藩”叛乱后，他投进康亲王杰书军中，屡献奇谋，康亲王很器重他，官职也从代理知县升到了布政使。
康熙十七年(公元1678年)春，郑经为给清朝施加压力，以争取和谈中的有利地位，遣骁将刘国轩连败清兵，进围海澄。清廷驻守官吏对全局缺乏统一规划，遇事惊慌失措。康熙见他们“庸懦无才，职业不修”，便于五月初十将他们解职，通过康亲王荐举，破格提升姚启圣为福建总督。
姚启圣于六月初接任，认真贯彻康熙招抚郑经下属官兵民众谕旨，为争取投诚，特别注意对其家属及其亲族落实政策，并任用海上投诚人员。这一保护郑氏、团结海上投诚人员的政策，立即产生巨大效果。
姚启圣为了准备攻打台湾的武力，还整顿充实绿旗兵。过去“镇将各官，多以食粮兵刁民充伴当、书记、军牢等役，至临阵十不得七”。因此，他首先从直属总督之督标做起，革除了无用的兵员，新招募了一批生力军。康熙帝得知，予以表彰，认为此法很好，下令推广其他各省。
由于姚启圣采取有力措施，并与巡抚、提督、满洲将领、外省援军齐心合力，至康熙十七年九月，福建军事形势大为好转。九月二十日，姚启圣与将军赖塔等于漳州附近大败郑军主力，相继收复长泰、同安。此后又连败郑军于江东桥、潮沟等地，刘国轩逃回海澄。姚启圣见海澄深沟高垒，难以突然攻下，便全力开展招抚工作。他派遣漳州进士张雄赍书去厦门招抚。郑经以“海澄为厦门门户，不肯让还”。姚启圣于十月又遣泉州绅士黄志美赍书再次往厦门劝谕。郑经仍执前辞，拒不受抚。
康熙二十年(公元1681年)四月，姚启圣先后接到台湾傅为霖、廖康方密禀，郑经已于本年正月二十八日病故；其长子监国郑克也于三十日被绞死；年仅12岁的次子郑克塽即延平王位，现在台湾岛内人心浮动，可以乘机武力收复。姚启圣根据秘报上书康熙皇帝要求发兵收复台湾。可是，姚启圣的建议却遭到了很多人的反对。反对者中，竟包括闽海前线最高军事长官都统宁海将军喇哈达。而内阁学士李光地却坚决支持武力收复台湾。李光地是福建安溪人，他曾以在籍官蜡丸密封向康熙上平闽之策，因此深得康熙信任。他当上内阁学士后，积极推荐施琅。
施琅，福建晋江人，初为明总兵郑芝龙(郑成功的父亲)部下骁将，顺治二年十一月，随郑芝龙降清。因坚决不从郑成功抗清，他的父亲、兄弟和儿子都被郑成功所杀。康熙元年，被提拔为福建水师提督。他自幼生长海上，深悉水性及郑氏情形，一贯主张以武力围剿郑氏，攻取台湾。曾经于康熙初年上书，要求武力收复台湾，但是鉴于当时的条件还不成熟，他的建议被否决，并且裁撤福建水师提督，战船也被尽数烧毁，海上投诚官兵到外省垦荒，授施琅为内大臣，编入汉军镶黄旗，留于京师。
姚启圣上任之初也曾一再上疏保举施琅担任福建水师提督。但是因为他的长子施齐(化名工世泽)、族侄施亥都还在郑经手下当官，朝廷不太放心，所以迟迟未予任用。后经姚启圣核实施齐、施亥因“擒郑逆献厦门以报本朝”，于康熙十九年二月被杀，两家73口同时遇难。施琅这才重新得到朝廷的信任。康熙二十年七月，李光地再次推荐施琅，康熙皇帝也深感原来的福建水师提督万正色难当重任，便采纳李光地的建议，以施琅替换万正色。
康熙皇帝启用施琅之后，放手使用，大力支持。施琅为了能在征剿过程中加强与皇帝的联系，题请吴启爵“随征台湾”，兵部不准。康熙特批：“爵在京不过一侍卫，有何用处？若发往福建，依施琅所请行。”施琅任内大臣十余年，深知吴启爵受皇帝信任，请他随征，无异于钦差大臣。后来吴启爵在关键时刻往来于福建与北京，呈报前线情况，传达皇帝指示，对统一台湾起了重要作用。
施琅吸取前三四年间进军台湾失利的教训，为防止总督和水师提督之间彼此掣肘，极为重视专征大权。康熙二十一年(公元1682年)二月初一，施琅上《密陈专征疏》，再次要求康熙为自己颁发专征台湾之敕谕，康熙皇帝考虑到自己远在北京，对前敌的形势不熟悉，于是放权给施琅，让他总管攻台的军事作战，总督姚启圣负责管理政务，李光地负责管理钱粮后勤。这样，三个人分工明确，便于随机应变，处理各种事务。
经过几次大战，台湾军队放弃抵抗，郑克塽宣布投降。康熙二十二年(公元1683年)八月十一日施琅率官兵前往台湾受降。郑克塽闻讯，坐小船出鹿耳门迎接，并亲率刘国轩、冯锡范等重要文武官员，齐集海边，列队恭迎王师，然后会见于天妃宫。
施琅领兵登陆以后，禁止军兵骚扰百姓，维护社会秩序。十八日，郑克塽等剃发，施琅当众宣读皇帝赦诏。郑克塽等遥向北京叩头谢恩。从此，台湾回归祖国怀抱，与大陆重新统一。
施琅入台之后，不负康熙的期望，未对郑氏进行报复，却前往郑成功的庙宇行告祭之礼。他知道郑成功在台湾官兵心目中的地位。在台湾政权变换、人心浮动的时刻，这一举动，对于安定郑氏官兵的情绪、稳定社会秩序无疑产生了重要的社会效果。
捷报传到北京后，康熙精神异常振奋。将收到捷报那天所穿的衣物赐给施琅，并赐五律一首，写道：岛屿全军入，沧溟一战收。
降帆来蜃市，露布彻龙楼。
上将能宦力，奇功本伐谋。
伏波名共美，南纪尽安流。伏波指东汉名将马援，曾封伏波将军。康熙称赞施琅智勇双全，建立奇功，可与马援齐名，流芳百世，封施琅为靖海侯，世袭爵位。
康熙二十二年(公元1683年)十二月，郑克塽等奉旨进京。康熙对原台湾的官员都给予封赏，让他们在朝中为官。尤其值得一提的是，康熙对郑成功子女的态度，他不但认为郑成功、郑经并非“乱臣贼子”，命将其父子灵柩归葬南安，还亲自赠送了一副对联：“四镇多二心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠”，挽念郑成功收复中华故土的不朽业绩。
