努尔哈赤的下一个目标是统一女真各部。在这个过程中，他把一个天才军事家的果断、勇敢和智略展现得淋漓尽致，而努尔哈赤的一世威名正是在这一城一地的争夺中打出来的。他要打出一块自己的根据地，进而打向全国。
努尔哈赤杀死尼堪外兰后，明廷为了安抚他，每年发给他银800两，蟒缎15匹作为例赏。同时他掌管了建州500道敕书，独占了贡赏之路。他还控制了建州所有各部的狩猎、牧养和采集的经济货源。在关市的贸易活动中，他已控扼了互市交易。当时建州的互市地占有抚顺、清河、宽甸、云爱阳四处马市，仅抚顺一市，努尔哈赤在每年的交易中，获得貂、参之利就不下数万。这样，再加上市赏、贡赏、车价等，多达十几万两银。在短短的几年中，建州就初步出现了民殷国富的大好形势，为努尔哈赤兴兵讨伐奠定了坚实的经济基础。
建州的统一和强大震动了女真各部，他们相互之间加紧联盟，企图孤立努尔哈赤。尽管努尔哈赤得到迅速发展，但女真其他各部也在搞横向联合，形势对努尔哈赤非常不利。明万历二十一年(公元1593年)九月，叶赫贝勒布斋和那林孛罗与哈达贝勒猛骨孛罗、乌拉贝勒满泰之弟布占泰、辉发贝勒拜间达里联合长折山赫朱舍里、讷殷二部，蒙古科尔沁、锡伯、卦尔察三部，结成以叶赫部为首的九部联军，号称3万人，分兵三路，浩浩荡荡杀向建州。
这是一场生死存亡的大决战。尽管努尔哈赤自起兵以来身经百战，但还从来没有面对过这么多的敌人，而且自己的兵卒只是敌人的一半，明显处于劣势。
为确切掌握军情，他派最有经验的武理堪前去侦察。这天夜里，武理堪匆忙回报说：“九部联军于傍晚时分自扎喀方向已经来到浑河北岸，营火密集，多似繁星，烟云缭绕，埋锅造饭，饭后将越沙济岭而来。”努尔哈赤毕竟非同凡人，在大敌当前，镇静若定。他传令诸将，立即休息，天明出兵，然后安然入睡。
拂晓在即，大军压境，人心惶惶。努尔哈赤的继妻富察氏十分惊慌，便推醒努尔哈赤，埋怨他说：“现在九部联军就要杀来，你竟然安睡，真不知你是昏昧，还是畏惧。”努尔哈赤强睁睡眼，笑着说：“畏敌者心不安枕，我不畏敌，故熟睡耳。前闻叶赫兵三路来侵，来期未定，我心不安。今日叶赫大军已到，我心始定。”说完，安睡如故。
第二天，努尔哈赤率领诸将祭拜上天。他说：“天地三光，万灵神祇在上，我努尔哈赤与叶赫部素来无仇，今天他们竟纠合他部发兵攻我，请上天明察。”拜过天地之后，努尔哈赤披挂整齐，部队集结在渡口处的平坦大地上后，他又向众军进行战前动员。他说：“你们把手臂上带的护腕，脖子上带的护项，都取下来，放在这里，我们凭天命。如果因没有这些而在战斗中伤了手臂、脖子，那是命中注定。不然的话，碍手碍脚，不便杀敌。我们轻装上阵，定获全胜。”
九部联军进入建州女真境内后先包围了扎喀寨。扎喀寨地势险要，易守难攻，经几次攻击后，仍然攻不下。九部联军显得不耐烦，转而攻打黑济格城，并在那里安营扎寨。
努尔哈赤率兵登上了距黑济格城不远的古勒山，据险列阵。次日，派勇将额亦都率精骑百人，前往黑济格城附近挑战。叶赫兵见建州兵来，放弃攻城前来应战。额亦都匹马而出，战几回合，拨马佯装败阵而走。联军不知是计，尾随至古勒山下。突然额亦都回马连杀9人。当叶赫首领布斋和那林孛罗及蒙古科尔沁三名首领冲杀而来时，努尔哈赤命令放滚木礌石。于是木石俱下，已冲到最前面的布斋战马触木而倒，布斋还未来得及爬起，被山上冲下来的建州兵一刀刺死。后面的那林孛罗见兄长被杀，痛哭失声。各部首领看见这种情况斗志大减，无心恋战，纷纷策马逃离战场。
努尔哈赤见联军败退，即命吹响螺号。刹那间，伏兵四起，建州军如猛虎下山，截断了联军的退路。骑涛呼啸，矢石如雨，杀得联军人仰马翻，鬼哭狼嚎。这场惊心动魄的大战，后人称之为大败九部联军之战。这次大捷之后，努尔哈赤威名大振，远近慑服。
大败九部联军以后，女真内部形成新的力量对比，海西女真四大部中，叶赫、乌拉部势力仍然强盛，而哈达、辉发两部势力已经开始减弱，出现建州、叶赫、乌拉“三足鼎立”的局面。而三者之间又以建州与叶赫之间的矛盾最为突出。
面对这一形势，努尔哈赤采取“远交近攻”策略。
万历十六年(公元1588年)，他娶了哈达万汗的孙女为妻。对叶赫部也通过结亲缓和了矛盾，他娶该部部长杨吉砮的小女儿孟古哲哲，即后来清太宗皇太极的母亲。正是这个策略的成功，使他冲破重重阻力，打下了统一的基础。从万历十七年(公元1589年)起，他把统一战争扩大到呼伦四部，及东海、长白山等部。万历十九年(公元1591年)，他一举攻克长白山鸭绿江部。叶赫部首领纳林布禄出面干涉，要求努尔哈赤服从他们，并献出一个城。努尔哈赤严词拒绝。两年后，以叶赫部的布斋、纳林布禄为首，纠集乌拉部布占泰等共九部11名首领，率兵3万，分三路大举来攻。努尔哈赤的部下听到这一消息，都很恐慌。但他却镇定自若，向部下说明：“来兵部长甚多，杂乱不一。这种乌合之众，必然畏缩不前，领兵在前者，必是头目。我们战之，只要伤一二头目，彼兵自然退走。我兵虽少，并力一战，可以必胜。”努尔哈赤领兵布阵于古勒山险要之处，命猛将额亦都领100兵挑战，引来叶赫兵，一战将其头目射死，将他们打得大败。同来的其他诸部首领都不顾本部兵马，只想自己逃命。努尔哈赤纵兵追杀，尸满沟壑。又过了一天，乌拉部布占泰被活捉。此役，史称“古勒山大战”。从此，努尔哈赤威名大震，所向无敌，招收朱舍哩部，攻下讷殷部，蒙古科尔沁部、喀尔喀部主动前来通好。
古勒山大战之后，努尔哈赤主动出击，展开了统一呼伦四部的战斗。万历二十三年(公元1595年)，他发兵攻辉发部的多壁城，克城斩将，大获全胜。比这更有意义的是，万历二十七年(公元1599年)，哈达部与叶赫部交战，势力受到削弱。这年九月，努尔哈赤派弟弟舒尔哈赤、大将扬古利，领兵冲锋陷阵，一举擒获猛格布禄，尽收其众，将哈达部灭亡。接着又于万历三十五年(公元1607年)灭辉发部。在统一呼伦四部中，比较艰难的是征乌拉部。乌拉部在今吉林省吉林市以北60里处，所辖范围很广，首领布占泰倚仗地广兵众，一再阻挠努尔哈赤的统一进程。
后来布占泰战败被俘，被押入佛阿拉。努尔哈赤非但没有杀掉布占泰，还将侄女额实泰许给布占泰为妻。明万历二十四年(1596年)七月，因满泰被杀，布占泰回乌拉继承贝勒。当时布占泰对努尔哈赤放回自己十分感谢，于是年末送妹妹滹奈给努尔哈赤为妻。两年后，布占泰再赴建州，隆重地迎回努尔哈赤的侄女额实泰完婚。
乌拉与建州的联姻，引起叶赫的不安。于是，他们以本部有名的美女东哥为诱饵，亦向布占泰示好。
真是鬼使神差，历来精明强干的布占泰，面对东哥的诱惑，突然发起狂来。他竟然忘记了一贯坚持的原则，为拜倒在东哥的石榴裙下要与建州为敌。
努尔哈赤闻讯大怒，亲率大军征讨乌拉。明万历四十三年(公元1615年)正月十八，布占泰统兵3万人，出富尔哈城迎战。努尔哈赤拍马舞刀冲杀，乌拉兵抗不住建州大军潮水般地冲击，阵脚顷刻大乱。兵溃如山倒，乌拉兵弃盔卸甲，四散奔逃，布占泰只率百名亲兵逃回城里。这时城上建州大旗迎风飘扬，他大惊失色，正想拨马脱逃，被代善团团围住。布占泰无心恋战，杀开重围，夺路逃往叶赫部，乌拉部至此灭亡。
布占泰投奔叶赫，叶赫贝勒布扬古以布占泰失国无用为理由，并没有把东哥嫁给他。布占泰最终在感情的煎熬中死去。
布占泰逃往叶赫部之后，努尔哈赤向海西联盟最后一个目标发起进攻。九月，努尔哈赤统帅4万大军突袭叶赫部，先后攻克璋城、吉当阿城、乌苏城等大小19座城寨，叶赫部受到惨重的损失。明廷见叶赫部可能瓦解，出面干涉，派出游击官马时楠、周大岐等带领枪炮手1000人，分别驻守叶赫的东西城，努尔哈赤只好暂时放弃攻取叶赫部的计划。
明万历四十七年(公元1619年)，努尔哈赤终于攻破叶赫城，叶赫灭亡。从此呼伦四部及科尔沁等28个部寨，统归努尔哈赤管辖。
