说起来，努尔哈赤的功业是有限的，他所建立的后金政权毕竟只是一个雏形，范围所及也仅限于东北地区，但这不能掩盖他作为一位旷世英雄的光芒。英雄剧也有落幕的时候，但努尔哈赤的死却给我们留下了一个难解的谜团。
自宁远战败回来，努尔哈赤便陷入不可名状的苦闷之中。他开始变得沉默寡言，曾几何时的赫赫战功成了努尔哈赤唯一的安慰。作为后金汗国的汗父，努尔哈赤认为必须为宁远城的惨败洗刷耻辱，找回补偿。于是，他决定将战火烧到背金助明的喀尔喀蒙古巴林部。由于忧郁伤神，再加上劳师远袭和政治结盟，这些接连不断的操劳搞得努尔哈赤疲惫不堪，体力不支，积郁成疾，最后竟然染上了痈疽。
后金天命十一年(明天启六年，公元1626年)，努尔哈赤已68岁，即使不负伤，受到宁远战败的挫折，精神上也难以承受。因此在这之后，他有意以余力安排后事。他考虑的大事有：国家治道，人民甘苦，选贤任能，大臣是否勤于国事，敌国情形如何，以及诸子中谁尽心为国等等。其中主要的是稳定内部，为身后事着想。一次，他告诫子侄：“一、八家但得一物，八家均分之；二、诸王兄弟中有过错，能诚心力谏者，才可算是同心共事的人；三、诸亲王兄弟当严守法度，信赏必罚。”这些指示，对后来清朝的统治，在很长时间内起了作用。
七月，努尔哈赤前往清河温泉疗养，他让侄儿阿敏宰牛烧纸，祈祷天地神明的保佑。但是不久，努尔哈赤病重。他自知将不久于人世，一面命人传大妃阿巴亥前来，一面乘船顺太子河而下。在船上，努尔哈赤已经不省人事。八月十一日，这支队伍走到距沈阳40公里的云爱鸡堡，努尔哈赤终于走完了他的一生，享年68岁。
关于努尔哈赤的死，上述说法是比较常见的。但也有人认为努尔哈赤在起兵伐宁远时，明军在城上频频施放西洋大炮。努尔哈赤的部队伤亡惨重，连他自己也被袁崇焕的红衣大炮击中，最后不治而死。这主要是依据宁远大战前夕，朝鲜曾派遣使团来明，使团中有一位名叫韩瑷的翻译官，他说自己在宁远曾亲眼看见努尔哈赤身受重伤。但这种观点也受到反驳，他们认为如果袁崇焕在宁远之战中的确击中努尔哈赤的话，他一定会向明朝廷邀功。然而在袁崇焕给崇祯皇帝的奏折中，却丝毫未提及努尔哈赤在宁远受重伤一事。
此外，还有一种观点认为，努尔哈赤很可能因为宁远战败，积愤成疾，最后抱恨而终。因为努尔哈赤率领20万大军，一心攻下宁远。但围城三日，明军奋力抵抗，努尔哈赤只得弃城而走，退兵沈阳。努尔哈赤自征战以来，战无不胜、攻无不克。宁远战败，必定为努尔哈赤所愤恨。如果他确实是因愤懑而死，清朝方面的官书也只能含糊其辞、秘而不宣了。
另一种说法与前不同，认为努尔哈赤既不是死于炮伤复发，也不是死于积愤成疾，而是痈疽夺走了他的生命。最有意思的是，努尔哈赤的对手袁崇焕在写给明朝廷的奏折中说，正是努尔哈赤在宁远之战中失败，忧愤成疾，最后才患上痈疽而死，巧妙地将努尔哈赤的死与自己的指挥成功联系起来，不露声色地表白了自己的功劳。但是，努尔哈赤如果真的死于痈疽的话，为什么清朝的官书、正史中从未记载呢？其中是否另有隐情已经不得而知了。
