又过了一年（1647年），清廷超拜胡统虞国子监祭酒。胡在国子监任上，创立规章制度，作明善四禁，激励诸生敦品力学。每个月，他到彝伦堂讲一次学，环桥门而听的诸生在太阳落山时还不愿回去。他对八旗子弟也是循循善诱。对不好好学习的人，他也是尽力规劝他们。于是教化大行，许多有识之士都衷心地佩服他。胡统虞在京城的名气更大了。
这一年秋天，胡祭酒把母亲和大夫人大儿子觐征二儿子泰征都接到京城来住。胡学古人之礼，准备了板舆象服，离开北京一百里迎接母亲大人的到来。自愿跟着胡祭酒一同来迎的国子监子弟有成百上千人。他们排着长长的队伍，伏谒在从城外到府邸的道路左边。看热闹的老百姓都感叹不已，认为这是一件多么荣耀的事情啊！
胡祭酒历来讲求德行，自律很严。他的大儿子觐征第二年秋天参加顺天的乡试。主考官是胡祭酒的门生。考试前，门生对胡祭酒说：“大公子学问高，我会留意的。”胡祭酒正色说：“我儿子绝不苟进。”结果，觐征竟然没有考上举人。见此情况，胡祭酒没有去责怪他的那位门生，而是要求大儿子觐征好好学习准备下一次乡试。还要二儿子泰征、三儿子献征都要发愤读书，凭真本事考取功名。
胡母到京城之后，与胡统虞有一次很深刻的谈话。
胡母：这次进京为什么没有看见你的恩师范大学士。
胡统虞：他出京去办一个重要差事了。
胡母：原来这样。我儿，这几年在京城当官，有什么体会？
胡统虞：在阁部翰詹的词臣之中，有恩师、钱谦益和我三人名气较大。若论德行，我自认不比他两人差。若论学问，钱公最高。若论从政，只有恩师水平最高。现今恩师辞官与朝中政局大有关系。我从政水平最低，只知实心干事罢了。虽然我今天荣耀，明天什么情况还说不定。
胡母：我一路北上，听说钱大人出事了，是不是有这回事。
胡统虞：有这回事，好像是受江南一些抗清案子的牵连。但我爱莫能助，只愿老天能保佑好人就行了。
胡母：政坛险恶，以后我儿说话办事可要千万留意啊！
胡统虞：谨尊母命。
原来在南明弘光政权灭亡后的那一年秋天，钱谦益北上充修《明史》副总裁。柳如是留居南京。仅仅一年时间，即清顺治三年丙戌（公元1646年）六月，钱谦益就称疾乞归，返回南京，又携柳如是返常熟。清顺治四年丁亥，受山东淄川县谢陛案牵累，钱谦益被逮锒铛北上，关入刑部大狱。柳如是扶病随行，上书陈情，誓愿代死或从死。
清顺治五年戌子四月，钱谦益又因江阴县黄毓祺抗清案被牵连，羁囚南京狱。经柳如是全力奔走营救，请托斡旋，钱谦益才得以免祸。出狱后，被管制在苏州，寄寓拙政园。清顺治六年已丑，钱谦益获准从苏州返回老家常熟，移居“红豆山庄”。从此，钱息影居家，在“绛云楼”藏书检校著述，也算明哲保身吧。
钱谦益晚年的家境窘迫潦倒，入不敷出。主要的生活来源是依靠钱谦益的文名，以润笔为生。如不卖文，则几乎不能维持生计。后来，钱谦益卧病于东城故第，已不能执笔，生活十分困难了。钱谦益在其《病榻消寒杂咏》中写梦的特别多，“补贴残骸为老病，折枝磨腹梦初回”；“荒疏寒雨打窗迟，愕梦惊回黯黯思”；“推窗剪烛梦悠悠，旧雨依稀记昔游”；“梦里挨肩争爆竹，忙来铺饭着秋千”。钱谦益晚年对自己的作为时时忏悔，并从降清立场又转变为同情抗清，二十年间自强不息，进行自身的检讨。
正当大学士范文程励精图治业绩显著的时候，朝中政局发生了重大变化，使他不得不抑制雄心壮志，置身中枢之外。原来，摄政王多尔衮率清军入主中原以后，权势急剧膨胀，初晋叔父摄政王，再升皇叔父摄政王，顺治五年竟当上了“皇父摄政王”，大有取代福临帝位之势。其亲弟多铎亦因入关和下南京之功，以及助兄治政，不断高升，初由郡王复封亲王，再晋德豫亲王。顺治四年又进封“辅政叔德豫亲王”，成为仅次于多尔衮的“辅政王”，具体主持日常政务。多尔衮极力压抑正黄、镶黄两旗忠于皇太极、福临与豪格的王公大臣，将肃亲王豪格革爵幽禁迫害致死，追革一等公图赖之爵，没其家产，革一等昂邦章京鳌拜世职，“免死赎身”，削二等昂邦章京索尼世职，罢其官，籍没家产，遣发盛京守陵。
范文程蒙受皇太极特恩殊宠，知恩图报，竭力效忠朝廷，誓死不忘故主。至是，见朝政日变，睿王权大逼帝，同僚刚林希宠背主转附睿王，福临之位岌岌可危，心中十分不满。兼之，几年以前豫王多铎谋夺己妻遭罚，难免有恨，恐将恃权报仇。形势非常明显，范文程要想晋爵加禄稳居相位，避免豫王谋害，就得离弃幼君，投靠皇父摄政王。要想保持气节，忠贞不渝，就会得罪皇父摄政王和豫王，如此可能身家性命难保。范文程左思右想，进退两难，不知如何是好。
