顺治六年正月初，济尔哈朗大军从荆州往南，进入湖南的常德和益阳。因为沿途都是空城，兼之长沙城危急，济尔哈朗大军没有停留，直接往长沙城方向行军。何腾蛟部下诸将如惊弓之鸟，纷纷拉起队伍就跑。何腾蛟身边只有马进忠部少数兵力，自知难以迎敌。他在无可奈何之时，给永历朝廷上疏奏称：“湖南千里一空，前恢复诸城一旦尽弃，引罪自劾。”顺治六年（永历三年）正月二十日，济尔哈朗统率清军，没有遇到任何抵抗，已进抵长沙城西的道林市。清军从活捉的明摆塘兵口中审问得知，何腾蛟和马进忠正在湘潭城内。
在长沙城的清朝众将官渡过湘江来迎济尔哈朗大军。济尔哈朗说：“诸位，坚守长沙城有功。本王原应进城犒劳众位将士。只是战机稍纵即逝。为减少大军伤亡，及早平定湖广，这次不能让何腾蛟跑了。本王命令：偏沅巡抚线缙带众将官回长沙城；总兵徐勇带本部五千兵马立即进抵湘潭城湘江南岸劫杀逃敌；多罗贝勒勒克德浑即刻率三万满蒙铁骑出岳麓山间道包围湘潭城，务必生擒何腾蛟。其余大军暂驻长沙河西的岳麓山下。众将速速行动，不得有误。违者军法从事。”各将依帅令而动。
清军勒克德浑率三万铁骑马不停蹄，出其不意地包围了湘潭县城。南明马进忠见清军势大，率部西撤，营垒多空。后来马进忠进止失据，徘徊宝庆、武冈、黔阳间。湘潭城内，南明阁部督师何腾蛟成了缺兵少将之帅。腾蛟方巾便服坐堂上，流泪痛心地说："五年督师，心血呕尽，而结果落得这样地步，这难道是天意吗?"二十一日，清总兵徐勇以轻骑突入湘潭城。徐勇率众罗罗拜劝腾蛟投降。徐勇原是左良玉部将，曾追随过腾蛟。腾蛟见其为虎作伥，怒火中烧，骂不绝口，举剑要砍徐勇。徐勇只好退避。清军从四面八方涌来，掳腾蛟而去，将他安置在城外慧德庵中。南明宣威将军杨进喜不知腾蛟去处，想寻找救护他，曾七次冒险单骑入危城寻访，终不可得，竞被流矢击中殉难。
满洲贵族固山额真佟养和礼请何腾蛟谈话，劝他归顺清朝。腾蛟膝地而坐，一言不发。清军将他的家属40余口(包括他的继母孙大夫人及正妻徐夫人在内)带来胁迫他投降。何腾蛟不动声色地说："老母耄矣，余无足惜，一惟命。"佟养和又强迫他投降，他说："我国不幸，大臣被掳，我肩负大明三百年纲常的重任，岂能以一身事奉两主?我是个血性男子，百折不回，你们为何还吝惜一剑，不把我杀死?"佟养和见他意志坚决，不可动摇，便退出。何腾蛟居庵中，正襟危坐，谈笑自若，几次请他不去，几次馈送饮食不吃。有一天，庵中一僧将一钵清水献给他喝，他马上用手挥去说："烦劳大和尚，为我另取一壶江心水，饮了好上路。"僧人立即舀来一钵江心水奉上，何腾蛟接过，望南流泪说："这江水自衡山流来，是桂王那里流来的水啊！这水可以洗涤我的肠胃，死了也好瞑目。"何腾蛟饮了江水后，开始绝食。
满清郑亲王定远大将军济尔哈朗统率征讨大军进入湘潭城。因南明守城兵士拼死抵抗，凊军死伤很多。郑亲王济尔哈朗下令屠城，湘潭城中的百姓几乎全被杀光，尸坟起，与垣檐平。当时逃到乡下的文人汪辉记载：“清军从正月二十一日开刀，屠至二十六日封刀，二十九日方止。”半个月后他进城看到的是一场惨不忍睹的局面：“近前则足软，欲退又不能。魂飞魄散，心胆惧寒矣。时血迹尚鲜，腥臭逼人，立身无地，有食亦不能下咽。但见尸骨纵横，惨不可言。……市上人民不到二三十，城中不满百人，受伤未死者数十人。”
济尔哈朗亲自来劝降何腾蛟。何腾蛟拒绝说："孔曰成仁，孟曰取义，衣带之遗，彼则行之，我则继之，吾志决矣，勿复多言。"济尔哈朗叹息道："真是个硬汉，他的志向是不能改变的了，由他自裁。"当时微雨初过，何腾蛟从容慢步，一面以袖拂巾，一面吟七律(绝命诗)一首：“天乎人事苦难留，眉锁湘江水不流。炼石有心嗟一木，凌云无计慰三洲。河山赤地风悲角，社稷怀人雨溢秋。尽瘁未能时已逝，年年鹃血染宗周。”此诗表达了他悲亡国的沉痛心情和至死不渝的民族气节，以及对祖国人民和三湘父老兄弟的深切怀念。何腾蛟就义前举手拍地，两掌皆碎，大呼：“可惜！”大概他认识到由于自己贻误战机导致全局隳败，追悔莫及吧。正月二十七日，何腾蛟被杀害于湘潭流水大埠桥边。何举家40余口同时被残暴的清军杀害。
腾蛟死难噩耗传出后，湖南各郡县的老百姓，莫不流涕哀悼。桂王闻讯，令三军缟素，望祭痛哭，三军皆哭，声闻数里。遂追赠何腾蛟为"中湘王"，谥号文烈，设位于肇庆天马寺，并授其长子何文瑞为佥都御史，袭定兴侯。后文瑞被俘至京城，软禁直至罹难。
济尔哈朗在湘潭擒杀南明阁部督师何腾蛟以后，利用湖广的南明军队不战自溃，分兵大举进攻。由尚书阿哈尼堪、固山额真刘之源领兵往攻宝庆（邵阳），固山额真佟图赖、伊拜领兵往攻衡州。永历三年四月，胤锡率部与清军战于衡州的草桥，不利，退驻来阳。北书又至，谓“大者王，小者侯”。胤锡痛哭，坚决拒绝。五月，胤锡部与清军对峙，他刺血书疏，把刀藏靴中，对诸将说：“此战如不胜，我只有以死报国了!”将士们深受感动，主动出击，斩杀清兵无数。然而清军势众，最后堵胤锡被迫率部撤退。
当时，李赤心率领的忠贞营驻于湖南郴州地区，济尔哈朗亲自带领主力前往征讨。忠贞营兵力不敌，战败后向南撤退。李赤心、高必正率军南撤，从临武、兰山、江华、永明（今湖南江永县）经广东星子（属连县）、阳山，退入广西贺县、怀集（今属广东）、开建、封川（今广东封开县），准备屯驻梧州。五月二十四日前锋进抵梧州。南明广西各地文武官员虽然明知李赤心、高必正早在隆武时即已封侯爵，这次由夔东入湘作战又是奉永历朝廷调遣而来，还是将处境艰难被迫退入广西旳忠贞营将士斥为犯境之贼。五月二十五日，忠贞营将士乘八桨船数百艘到达梧州附近，南明总兵叶承恩、兵备道刘嗣宽、梧州知府东玉如临大敌，飞舸逆战，箭炮交加。赤心与必正统舟师泊于江口（今广东封开市，距梧州约四十里），叶承恩、刘嗣宽见兵力不敌，飞檄德庆总兵杨大甫率所部来援。由于忠贞营兵多势众，加上永历朝廷内部意见分歧，李赤心、高必正等部终于经过梧州，进至浔州、横州。当时，明庆国公陈邦傅正同所招义勇军徐彪部争夺南宁。从去年九月打到今年五月，陈邦傅兵败，南宁府城被徐彪占领。陈邦傅知道忠贞营兵精将悍，进入广西以后又没有立足之地，就派人邀请李赤心、高必正驻扎南宁横州一带。忠贞营将士暂时有了安身之所，可以徐图进取了。
阿哈尼堪、刘之源部在宝庆击败明军王进才、马进忠军，占领府城邵阳，接着向西进攻黔阳，在该县的洪江（今黔阳县南）击败袁宗第和刘体纯（二只虎）部，进占沅州（今芷江）、靖州。佟图赖、伊拜部在衡州击败明军，南明总兵陶仰用阵亡。胡一青、周金汤退入广西全州。佟图赖乘胜追击，占领全州。由于全州是由湖南进入广西的门户，直接关系到永历朝廷的安危。南明将领焦琏等领兵分三路反攻全州，被清多罗顺承郡王勒克德浑部援军击败。焦琏等调整兵力后再次反攻全州，济尔哈朗亲自带领主力往援，明军不敌，退回桂林。清军在勒克德浑率领下进攻道州，明将曹志建战败，道州失守。曹部虽曾反攻道州，都被清军击退。
济尔哈朗、勒克德浑在重新占领湖南大部州县后，还曾派出一支军队西入贵州境内。当时明将郝永忠部还沉浸于内讧之中，在黎平府东南的中潮地方包围远安伯陈友龙残部，陈友龙战败被杀。清军的突袭使郝永忠措手不及，被击败，清军占领黎平府。郝永忠带领部众退到广西庆远（宜山），又辗转于贵州独山一带。郝永忠在永历朝廷直接控制区内几乎没有容身之地，被迫率领部众由贵州转入夔东山区，与刘体纯、袁宗第等会合，长期坚持抗清斗争。
清军占领湖南和广西全州后，永历朝廷几乎已无招架之力。这时清廷因为姜瓖等领导的山西反清运动还未全部平定，京师兵力空虚。多尔衮于顺治六年八月间下令济尔哈朗班师还京。
