湖南全境恢复，吴军残部大都已溃退到云贵去了。清军的下一个战略目标，立即指向了四川。在扫荡湖南残余吴军，追逐吴应麒、胡国柱之际，康熙皇帝料到了四川叛军必然闻风震慑，便不失时机地发动了对四川叛军的总攻击。
对四川的总攻是从兴安、汉中开始的。康熙十八年(1679年)六月二十五日，康熙皇帝敕大将军图海速取兴安，平定四川。八月，图海分四路进兵：图海与将军佛尼勒由兴安出击，总兵官程福亮为后援，驻守旧县关等处；将军必力克图、提督孙思克由略阳进兵，西宁总兵官朱衣客为后援，驻守西河等地；将军王进宝、汉中总兵官费雅达等由栈道进，延绥总兵官高孟为后援，驻守宝鸡；宁夏提督赵良栋等由徽州经巴都山进兵。图海请定于九月四日四路并进，后改为十月初二日，先取汉中，圣祖则命将军噶尔汉等自郧阳进取兴安。
张勇、王进宝、赵良栋这三员汉将，已经威镇西北，所部绿旗兵皆精锐。圣祖把最难征剿的四川交付他们去攻取，并让他们打头阵，满洲兵继其后而进。圣祖在给张勇的敕谕中说得很明白：“自古汉人逆乱，亦惟以汉人剿平，彼时岂有满兵助战哉！”他用的还是入关前清太宗所定“以汉攻汉”的政策，让强健敢战的陕西汉将士去平定四川，而满兵仅是“助战”。
早在进剿四川及武冈、辰州前，圣祖曾给三桂的核心人物王屏藩、胡国柱、马宝、郭壮图、夏国相、吴应麒等人各写了招抚的谕旨。圣祖强调：“背恩反叛之罪在吴三桂”，你们都是“附和之人”。朝廷愿意赦免和保全你们，同他人一样“论功录用”，条件是必须归顺，接受清朝的名号。康熙皇帝想错了，王屏藩这些人非同他人可比，他们与三桂结成了密不可分的联盟，在反清的根本立场上完全一致，采取了毫不妥协的态度。即使三桂已死，他们始终坚持到底，直至彻底失败而罢休！他们不投降，康熙皇帝的政策是，那就把他们全部消灭！
在图海的统率下，清兵冒着寒冷，四路并进。王屏藩拥众数万于兴安、汉中等地，实力相当雄厚，吴之茂据守松藩(今仍名)地区。十月下旬，王进宝部克武关，二十七日追剿叛军，直抵汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清兵收复汉中府。赵良栋部恢复徽州，败叛军于巴都山，收取略阳。圣祖催令湖广提督徐治都率舟师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐会师，协力进剿。不久，图海报告，清军收复兴安，吴军总兵王永世率众献城降。
平定兴安、汉中后，圣祖马上发出命令，诸路兵马进川作战，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。
康熙十九年一月初，赵良栋率一万一千人，直逼成都，而王进宝已于去年十二月分兵三路，进逼保宁。两将军一路势如破竹，进展迅速。良栋部于八日至绵竹，叛军“劲武将军”汪文元迎降。十一日，至成都郊区，叛军巡抚张文德率文武官员二百余人迎降，清兵入城。王进宝一路遇到了叛军的顽强抵抗。王屏藩、吴之茂、陈君极等人都坐镇保宁。王进宝部进至保宁城二十里地方，占据孔道安营。正月十三日，王屏藩出动二万余人向清军进攻。进宝分兵迎战，大败叛军，追至锦屏山，破叛军营垒四座。叛军退至宝桥，清兵再次发起攻击，夺桥斩关，一拥而入城。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身死。其余如吴之茂等三人及总兵郭天春等十七名将官被活捉。圣祖命将王屏藩、陈君极的头割下，并同被俘的吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物解送北京。
三月，这一行囚犯押解至京，康熙皇帝马上作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为三桂旗下属员，康熙皇帝赦免一死，命他赴云贵招抚，以赎其死罪。
再说四川的战事。继克保宁之后，王进宝部于同年正月十八日抵顺庆(南充)，叛军知府彭天寿携众出降。于是，蓬州、广安州、合州、西充、岳池、营山、渠县、邻水、仪陇、遂宁、蓬溪诸州县相继而定。
提督徐治都部也取得了重大进展。康熙十九年二月一日，恢复夔州，守将刘之卫、总兵瞿洪升等出降。十三日，据守云阳的谭洪以及“左将军”谭天秘到徐治都军门投降。十六日，另一部清军至重庆，没经战斗，守城文武将吏出城迎降，达州、东乡、太平、新宁、南江、安岳等州县随之而降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等各派人至清营缴印投诚。
四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂置不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将率师入川。趁此清兵大胜，吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。当王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全入清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云贵又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。
西北边疆的噶尔丹在三藩之乱时，乘机四处征战扩张。康熙十六年（1677年）五月，噶尔丹与鄂尔齐图车臣汗相互攻战，“噶尔丹台吉攻鄂尔齐图车臣汗，以阵获弓矢等物来献”，康熙帝“止收其常贡之物”。1678年，噶尔丹完成对准噶尔的统一，建立了政权。1679年，五世**喇嘛封噶尔丹“丹津博硕克图汗”称号。同年，五世**喇嘛任命桑杰嘉错为第巴。这段历史中的重合不是偶然的，其中有着**喇嘛的主动促进这个必然因素。这样，西藏政权内有第巴忠实地执行着五世**期望的政策，外有噶尔丹准噶尔政权的随时援助，在**喇嘛看来格鲁派掌权局面会愈亦稳定。
最初噶尔丹是为准噶尔部众的物质需求，为发展准噶尔政权的经济而出兵。“富庶甲于西域，而使命往来无虚日。乌斯藏时有黄衣僧来，人咸莫测其所以。嘎尔旦取沙油汁，煮土成硫黄，取泻卤土煎硝，色白于雪。铜、铅、镔铁之属出地中。碛岸产金珠，则屏而不用。马骏而番庶，四方莫或过之。”诸夏馈以缯帛，亦色盘以及织金大蟒、立蟒刺绣等等，准噶尔政权只能回赠“马数百骑”。噶尔丹把所得展示给各部族的头人，连夸东西好，各头人也认为物品很好，但是噶而但说“我国独少此，此中国物也。”
此后，开始备战，准备战争掠夺这些资源，“资用极备，不取给远方，乃悉巧思，精坚其器械。作小连环琐琐甲，轻便如衣。射可穿，则杀工匠。又使回回教火器，教战，先鸟炮，次射，次击刺。令甲士持鸟炮短枪，腰弓矢佩刀。橐驼驮大炮，出师则三分国中人相更番，远近闻之咸慑服。”按照这个说法，噶尔丹初步执政，就四向出击，是要尽快改善部众的生活状况，得到民心。
“是时诸夏有滇、黔变，秦、蜀间蜂起，嘎尔旦谋所向。**喇嘛使高僧语之曰：‘非时!非时!不可为。’嘎尔旦乃止，其谋臣曰：‘立国有根本，攻取有先后，不可紊也。李克用之先世，发迹金山，根本不立，遂不能成大事。我太祖初兴，灭国四十，奄有四方，然后促夏执金，混一称尊。”嘎尔旦善其言，乃为近攻计。”从中可以明确的信息有，**喇嘛让噶尔丹在时机成熟的时候四处扩张，建立一个****政权，以武力和强权保证格鲁教的传播，但是这个时候出击，不合时间的气候，并不是事件不对。
噶尔丹依据谋士的建议出兵迅速征服了周边各小政权。这个过程中也有五世**喇嘛的直接支持，比如噶尔丹出兵天山南路，是接受**喇嘛旨意而为，而能顺利接手，也是**喇嘛直接插手天山南路黑山派与白山派争斗事宜的结果。同样，噶尔丹的每次行动都要先请示**喇嘛然后依计行事，对事情的结果也是要给**喇嘛有所交待。比如，攻入哈萨克后，迫其缴税、改信黄教，赋税交给了**喇嘛，迫被征服者改信黄教是对黄教发展事业的贡献。这些都是大来喇嘛最需要的。铁鸡年（1681年）正月初二，噶尔丹丹增博硕克图汗将缠头人的疆域收归自己统治下之后，把以鸭儿看（即叶尔羌——引者注）为主的一千五百座城镇、二百万户人口奉献给五世**喇嘛。可见，噶尔丹的军事行动的成果都交给了**喇嘛，这不能简单地看作是在还**喇嘛作为长辈、老师、教长等等的情，从更高的意义上来看，甚至可以视为**喇嘛为战略指挥者噶尔丹为前线指挥官的一种联合军事行动的结果。
需要指出的是，虽然噶尔丹的步步行动是在西藏**喇嘛作为强大的精神后盾支持下进行的，但是，噶尔丹也加入了更多自己的想法，我们从过程和结果中可以看出许多历史事件的形成原因。返回准噶尔的噶尔丹一登场就拥有了政治权力，余就是怎样巩固并扩大**喇嘛授意建立的****政权的事宜了。
从噶尔丹所进行的一系列工作来看，是有计划有目的有组织地进行着的。先是借**喇嘛给予的宗教力量复仇成功，接着清理内部政敌，坐上汗位，被部众崇拜。之后，整顿内政“招徕归附，礼旧臣，相土宜，课耕牧。”定法令，设立奖罚制度，备战。进一步稳定人心，强化凝聚力。第四，打击消灭与僧格有矛盾的部族。第五。借助清朝的政权号召力，扩大自己的影响。
康熙十八年1679年九月，噶尔丹以**喇嘛加封他为博硕克图汗之号而向清廷“遣使贡献锁子甲、鸟枪、马、驼、貂皮等物，”并要求清廷予以承认。清廷“准其纳贡，授以赦印，并加恩赉。从无以擅称汗号者，准其纳贡之例。但噶尔丹台吉，敬贡方物，特遣使入告，应准其献纳。”清廷是迫于平定“三藩”战事正烈，希望西藏配合清朝攻打吴三桂，故对**喇嘛大力支持噶尔丹的举措只能暂且默许。照理，西藏此前已经向清朝表示过归顺之意了，然而，**喇嘛册封噶尔丹却没有事先让清廷知道。这一点，正如笔者前面谈到的，清廷自认为西藏早已经归顺了，重要事情应该让清廷知道，但是西藏方面把这种归顺的内涵理解为只要定期朝贡即可。由于清廷此时驾驭周边的能力还不是很强，所以不管清廷主观意图如何，最终是默认**喇嘛册封噶尔丹为汗了。
康熙十八年，桑结嘉措就任西藏第五任第巴（政务官）。桑结嘉措，自幼便被第五世**喇嘛当作眼珠一样地疼爱，在宗教、政务两方面给他以极好的培养。以后，他与和硕特部蒙古汗王、**共同执掌西葳政教大权的20多年。
第巴桑结嘉措于公元1653年（藏历第十一绕迥水蛇年），生于吉雪娘程地方的仲麦村。父名阿苏，母名普赤杰姆。第五世**喇嘛为其取名叫桑结嘉措。他8岁时初次晋见**喇嘛，以后便随第五世**喇嘛、赤列嘉措等诸多贤哲彻底修习各类学问，遂臻学者之极顶。尤其是第五世**喇嘛关于深奥的显、密佛法次第及施政之道的教导，使其在宗教及政治事务等方面获得上乘的知识，所以，当他23岁时（公元1675年，藏历木兔年），第五世**喇嘛便命他担任第巴。但是，他特请求不担任第巴一职，暂时得到了**喇嘛的应允。27岁时（公元1679年，藏历土羊年），桑结嘉措再也无法推托受命担任了第巴。五世**喇嘛专心于佛教经典。
桑结嘉措担任第巴这个行政职务3年以后，到了藏历第十一绕迥水狗年（公元1682年），第五世**喇嘛圆寂。桑结嘉措与和硕特部蒙古汗王、**共同执掌西葳政教大权的时期正是中国政、教方面的多事之秋。他怕触怒清朝康熙皇帝。他又与驻西藏的硕特部蒙古汗王之间形成矛盾，且日益尖锐。因此，他长期严守五世**喇嘛已经圆寂的秘密。**喇嘛弥留之际，留下遗嘱，教导第巴要维护西藏、朝廷、蒙古人之间关系，圆寂之事要暂时保密，难于决断的情况，占卜决定。
**喇嘛圆寂的当天晚上，第悉便召集格隆·江央扎巴等人在班丹拉姆像前占卜，结果是，要保密至转世灵童诞生，并迎请到拉萨时为止。于是，第巴密不发丧，对外声言五世**喇嘛在严格闭关修行。对康熙皇帝虽未直接奏明**喇嘛已经圆寂。有时遇到皇帝派来人员或是蒙古的重要施主前来，而**喇嘛不得不予以接见的情况，他便令长像与第五世**喇嘛相似的布达拉宫朗杰扎仓的僧头翟热出面接见，手谕等文字东西，则由桑结嘉措亲自动手撰写。在保密期间，还暗设法多方寻访转世灵童。这样做主要是为了执行第五世**喇嘛的遗教，更是桑结嘉措认为这是政、教事务的需要，所以才采取了这种巧妙的方法。
