四月，刘协在荀彧、张杨等人护送下，回至洛阳，逃往野王的董承也得以率兵还回。小皇帝的东归之路整整走了十个月。献帝以护驾之功，迁张杨大司马，董承为大将军，郭太为车骑将军、刘琦为骠骑将军、假司隶校尉，皆假节。
洛阳经历董卓之乱后，已成废墟，刘协居于新修之南宫杨安殿，百官皆无住所，“披荆棘，依墙壁间”。时州郡贡奉不至，洛阳粮荒，郡臣饥乏，或有饿死者。君臣处境十分狼狈。
建安元年（196）二月，曹操在兖州站稳脚跟后，开始向外扩展势力。时汝南郡、颍川郡，黄巾军何义、刘辟、黄邵、何曼等部，各有兵数万，趁曹吕相争起兵攻掠城池。曹操率兵进击，在许县一带击破何义等军，势力发展到豫州，军队实力也有所增强，汉廷拜曹操为建德将军。
攻下许县以后，曹操与众谋士商定迎接皇帝。于是派遣大将曹洪至洛阳迎接献帝，董承等拒险阻挡，曹洪未能如愿。
刘协回到洛阳后，荀彧暂留宫中听用，被命为侍中。大臣张杨、董承等互相猜忌不和。议郎董昭认为曹操是天下英雄，与曹操联系。董昭拉拢董承说张扬是袁绍党羽，而袁绍又不愿奉天子；而刘琦地处边塞，好征伐。正好这时董承把持朝庭兵马又无粮草，而朝中又没有党援，便假作曹操收信于董承，信中说曹操愿为董承外援，并说董承有兵，曹操有粮，正好互通有无。董承得信大喜，遂表曹操为镇东将军，袭父爵费亭侯。不久，董承因郭太、张杨等据功自傲胡作非为，暗中召曹操入朝，以制张杨等人。
五月，曹操带兵入洛阳朝见刘协，一碗鸡汤收买了刘协柔弱的心灵，然后奏郭太、张杨之罪。郭太再逃河东，献帝因郭太等护送之功，诏令赦免。献帝遂以曹操领司隶校尉、录尚书事、假节钺。曹操以护驾之功奏封卫将军董承等十三人为列侯，以罪杀侍中台崇、尚书冯硕等三人，初执朝政。荀彧看穿曹操狼子野心，多次劝谏刘协，刘协不从。荀彧心恢心冷，急发书信与刘琦。
建安元年（196）六月，曹操入朝执政后，本想迁都于许县，但因献帝久经颠沛流离，形势初定，怕再次迁都遭人非议，为此犹豫不决。于是问计于议郎董昭。董昭说，现洛阳诸将人多意杂，不一定服从，要成就大事，只有迁都。董昭又对曹操说，行非常之事，才能有非常之功，希望曹操深思熟虑，从大处着眼，早日决断。董昭建议曹操先遣使拜谢董承表自己为镇东将军的恩情，以安董承之心，然后对董承表示，洛阳粮食困难，先让献帝暂时到距离许县较近的鲁阳，以便保证粮食供应。董承居功自傲一定不会怀疑，然后将献帝直接迎至许县。
六月中旬，刘琦平定弘农全境，屯兵渑池，率三千神刀卫进入洛阳。
曹操、刘琦二人本就有旧，见面相互客套一番。
朝堂上，曹操已买通百官，劝说刘协迁都。荀彧已是百口莫辩，见刘琦低头不语，也住口不言。刘协见迎他东归的最大功臣不高兴了，就更加为难了，问刘琦道：“皇兄，这洛阳确实破败，实在不适作为国都。兄有何议？何不说出来大家商议？”
“陛下即欲迁都，何不迁往晋阳？颖川多贼乱，而并州安定多年，骠骑将军勤政爱民，晋阳城的繁华已不下当日的东都。”荀彧再次反驳。
曹操此时豪气纵生，对着满朝文武道：“我兖州如今兵强马壮，带甲三十万，战将数千员，平定颖川、汝南乱军只用了月余时间。且许县居中原腹地，地广人多，重建新都，聚华只不过年余时间。而并州地处边陲，山高路远，又有胡蛮边患，陛下九五之尊，岂可居于那苦寒之地？”
“是啊……”
“曹将军所言极是！”
……
满朝文武都怕了吃苦，又得曹操贿赂，纷纷应和。
刘琦低头在沉思，他不是在考虑如何夺走皇帝，而是在想如何让皇帝跟曹操走，而自己又能宽得荀彧的心，要让他觉得自己的心永远是忠于汉室的。只有荀彧服了，回去才好说服身后那一群学究们。
“……”荀彧还待辩说，被刘琦挥手阻止。
“陛下，臣奉圣命，出兵讨李傕，又派荀彧高顺护送陛下回京，只想护我汉室尊严，让陛下可以亲掌大权，重振汉室朝纲。文若所说亦臣所想。陛下是君，君有所想，臣没敢不从！”刘琦一席话说得慷慨激昂，好一副忠臣姿态。
众人眼中刘琦似乎有些愚忠，亦或怕了曹操大军。可荀彧眼中刘琦却是无比高大的，居功而不擅越的忠臣形象。
奈何刘协刚刚尝试独掌朝政，面对一群有功之臣，公说公有理，婆说婆有理。难以决断！
连议三日，最后还是选择了支持率效高的曹操。
刘琦目标达成，又赚得声望，本是欣喜万分，却又要顾及荀彧的失落，装着面色难堪。
曹操得天子应允后，心情愉悦，采董昭之计瞒过董承。
等董承获悉真情，起兵阻截时，已经来不及了。于是当年六月，曹操终于将献帝迎至许县，遂以许为都。刘琦留黄忠镇守弘农，带荀彧、典韦、高顺领六千强军渡过黄河，汇集大阳张白骑守军攻伐逃往河东盘踞的郭太、李乐所部。
离开洛阳后曹操哈哈大笑：“子玮虽有文韬武略，却行事过正，终归太年轻啊！哈哈……”
他哪里知道暂时的得志只不过是刘琦给他挖下的一个巨坑，他哪里会知道自己会从能臣变成汉贼。可刘琦知道，而且早早地算计了他。
七月，献帝以曹操为大将军、封武平侯。八月，曹操进讨董承，董承兵败投降，入朝为官。曹操攻占梁县，迁都于许，在政治上取得了挟天子以令诸侯的优势地位。
袁绍得知，遣使劝天子改都离冀州较近的鄄城，以便控制朝政，被曹操拒绝。不久，献帝拜袁绍为司空，袁绍耻于位在曹操之下，不肯接受，因袁绍实力雄厚，曹操一时还不敢得罪，于是将大将军名号让与袁绍，自己改任司空、行车骑将军。迁都许县之后，曹操将献帝紧紧控制在手，以亲信充任皇宫卫士，专断朝政，献帝备位，百官总己而听。曹操又以亲信谋士荀攸为侍中、守尚书令，自己出征，便由荀攸总理朝政。从此，大权一归曹氏，汉家天下已有名无实。
可怜大汉天子刘协，始终没有摆脱傀儡的命运。
