公元一六二六年八月二十四日，朱由检在太和殿登基，年号崇祯。虽然天启皇帝还是少年早逝了，但是由于陆遥的进入，朱由检提前一年登上了皇位。
崇祯皇帝看着太和殿广场上呼啦啦跪倒一片的大臣，“万岁！万岁！万万岁！！”的呼喊声响彻云霄，志得意满的同时内心又忧心忡忡，这个十五岁的少年，终于如愿的成为这个古老帝国的统治者，与他的年纪不相称的巨大责任如一块巨石，使高坐在宝座上的崇祯喘不过气来。
朱由检对陆遥说，先生，今后全赖先生助我一臂之力了！说完，对着陆遥长长的作了一个揖，陆遥说，你我既然有缘共生一体，你就是我，我就是你，何况我已经没有退路，你我一起联手，打出个新的朗朗乾坤出来！
朱由检便问，那接下来，应该如何？陆遥没有回答而是反问道，你觉得接下来应该如何？朱由检说，我刚刚登基，朝臣们肯定是在观望，魏忠贤他们要看我的态度，东林党人也要看我的态度，我必杀魏忠贤，依附与他的，有用的便继续用，没有能力的便罢黜，然后按之前先生说的，广纳贤才，不论他是东林党还是什么阉党、齐党、楚党。
陆遥想了想说，但是你有没有想过，杀了魏忠贤，他的余党肯定忧心忡忡，必须得找一个接替他的，来稳定这些人，毕竟这些人才能真正制衡东林党人。朱由检说，恩，这些都不急，所谓“治大国如烹小鲜”，必须慢慢来，以稳为主。
陆遥又说，不过有一件事却是慢不得，最起码，你得另起炉灶，办起一件事来。朱由检问，何事？陆遥说，在后世，科学技术才是第一生产力，所谓科学，便如格物致知之学，又好比王阳明所谓的知行合一，比方说，今后要平蒙古，退后金，是不是光靠人就可以？这次宁远大捷，最主要的就是用了葡萄牙的红衣大炮的缘故，所以要富国强军，必须依赖科学，我这几天也思考了一下，如果以科学命名，还需要加以解释，不如用格物之名，就定格物处，召集天下能工巧匠，汇聚一堂，分门别类，加以研究。
朱由检略皱皱眉头说，格物之学，圣人以为乃“奇技淫巧”，当真需要？陆遥肯定的点点头说，不但当真需要，而且是迫切需要，要以全国之力兴办这个机构，我印象中，有几位，是必须要召来的，历史上的明末人才济济，比如徐光启、宋应星、方以智、茅元仪、李之藻等等，都要用起来啊。
朱由检见陆遥言之凿凿，便说，好，既然如此，明日就即刻去办理此事。
登基大典拖沓又冗长，令人昏昏欲睡，随后，崇祯又下旨，尊李太妃为皇太后，居永寿宫；张皇后为先皇后，居慈宁宫；太子妃周氏为皇后，居坤宁宫；侍妾袁氏、田氏为贵妃。
当天晚上，崇祯皇帝没有去内宫，而是留在了中和殿，魏忠贤就跪在他的面前，这次魏忠贤已经没有了过去的神采，浑身哆嗦成一团，崇祯问道，你可知罪？魏忠贤强装镇定的说，老臣万死，老臣昏聩，还望陛下明示。
崇祯冷笑一声，将一份口供丢到他面前，魏忠贤打开一看，上边是王顺的口供，崇祯道，其他不说，单说你滥用迷情之物，诱惑亲王，这一条便是罪无可赦的死罪。
魏忠贤知道彻底完了，忍不住嚎啕大哭道，陛下饶命，罪臣罪该万死，还请陛下赎罪！崇祯冷冷的说，朕今日刚刚登基，杀害臣僚，显得朕刻薄贪吝，但是你的罪过，又不得不惩处，朕今日免了你司礼监秉笔太监提督东厂之职，无诏不得入内，且回家思过去！
魏忠贤连连叩头道，谢陛下不杀之恩，谢陛下不杀之恩！此时的他，连站起来的力气都没有了，崇祯挥了挥手，两个锦衣卫过来像拖死狗一样的把他拖下去了。
陆遥问，你不是势必要杀他吗？怎么却没有杀？朱由检说，我又何必亲自杀他？皇兄刚死，倒显得我更弦易章了，我何必为这厮坏了我的风评，想杀他的人何止万千。陆遥笑着说，典型的借刀杀人啊，自己还落了个好名声。
当天，崇祯并没有去坤宁宫，毕竟客氏还在里边，皇后还未挪宫，此时他并没有心思去管理后宫的乱七八糟的事，不过太后、先皇后都对客氏恨之入骨，想来她未必有什么好下场。
第二天上午，崇祯在太和殿偏殿集体召见阁臣，顾秉谦、黄立极、施凤来、张瑞图、李国见过皇帝后，崇祯问，朕刚刚登基，政事还赖诸位爱卿，不知诸位爱卿对天下大势，有何见解？几位阁臣面面相觑，不发一言，崇祯又说，今日广开言路，诸爱卿可畅所欲言，言者无罪。
阁臣们依然是眼观鼻，鼻观心，一言不发，崇祯有些发怒的说，首辅大人，你且说说。顾秉谦赶忙跪下道，老臣无能，一切但凭陛下圣裁！其他阁臣也忙跪下道，但凭陛下圣裁！
崇祯气的将茶盏“啪”的摔到地上，陆遥忙说，别着急，你一着急就着了他们的道了，再说现在的内阁大部分都是魏忠贤的人，你刚处置了魏忠贤，这些人谁还敢说话。
崇祯这才稍稍平息了片刻道，李爱卿，你来说。李国道，陛下圣明，以雷霆手段处置魏忠贤，然而魏党众多，残害忠臣，天下哗然，当除恶务尽，以正清明。
崇祯这才说，恩，爱卿言之有理，着进李国为吏部尚书、中极殿大学士，进内监曹化淳提督西厂，办理魏党之案。李国忙连连谢恩道，老臣定鞠躬尽瘁死而后已。
阁臣们走了后，张彝宪拜见道，陛下，太后娘娘有请。崇祯便来到永寿宫，李太后一改之前萎靡的样子，颇有些趾高气扬的坐在正中，张先皇后则坐在左侧，下边还跪着一个太监，看背影颇魁梧强壮。崇祯见过太后，张先皇后又站起来行了礼，李太后并没有起身，只是让人搬了一个绣墩，让崇祯坐下，崇祯脸色稍微变了一些，但也还是坐下了，张先皇后这才坐下。
崇祯问，不知道母后招朕，有什么要紧事？李太后笑着说，听说皇帝雷霆手段处理了魏忠贤，果真是大快人心，本宫想着这样一来，皇帝身边连个可心的人儿都没了，心里着实不安。太后又对着那跪着的人说，高起潜，你抬起头来让皇帝瞧瞧。
高起潜抬起头来，此人两眼圆睁，炯炯有神，面大四方，鼻直口阔，如果不是太监，必定是一个英雄男子，高起潜道，微臣见过陛下万岁，万岁，万万岁！太后又道，皇帝看此人可好？正好让他顶替了魏忠贤的缺儿，皇帝也好安坐...
陆遥说，这人历史上还有点名气，可以一用。崇祯便不等太后说完，站起身来说，既然如此，你便到朕身边听差。
太后还想说什么，崇祯道，母后自重！后宫不得干政。又对张先皇后说，皇嫂只该颐养天年，少费些心思，“嫂欲效武则天事故，然朕岂是高宗、中宗耳？”（皇嫂即使想要当武则天，但是朕可不是唐高宗、唐中宗）。
说完，崇祯便拂袖而去，高起潜也站起身，跟着一起去了，只留下了面面相觑的李太后和张先皇后。
下午，崇祯又在保和殿偏殿召见了王承恩、张彝宪、曹化淳、方正化、杜勋、高起潜等，这些太监可以算是崇祯内监中的心腹了，崇祯道，有朕一日，才有尔等一日的荣华富贵，没有了朕，尔等想要自保也是不可能的，尔等可明白？
这些太监跪下道，微臣等明白，微臣定以陛下马首是瞻，死而后已，万岁！万岁！万万岁！
崇祯又说，所谓“覆巢之下，安有完卵”，又所谓家国一体，如今天下疲敝，民不聊生，内有灾祸，外有敌寇，朕欲振兴大明，尔等为朕的亲信，当以忠君事，当以天下事，尔等可明白？
太监们又齐声道，微臣敢不效死！但凭陛下驱使！崇祯便说，好，都平身吧，化淳，此次你提督西厂，与李阁老办理魏党一案，只须留意犯案官员的家财人口，其他不可干涉，你可明白？曹化淳道，微臣明白。
崇祯便道，听宣吧！一个太监道，“奉天承运皇帝，诏曰：王承恩为司礼监秉笔太监提督东厂；张彝宪为南京留守太监；曹化淳为司礼监掌印太监；杜勋为九门提督监军；高起潜为提督太监。钦此。”众人叩头谢恩后，崇祯又说，夷宪啊，是不是认为朕把你派到南京去委屈了？
张彝宪才有点抱怨的说，微臣不敢，只是微臣舍不得离开陛下。崇祯笑着说，你这老货，放心，朕派你去可是有大大的重任，你且去南京稳住脚，培养出一批忠君之人，朕后边有大用处。
张彝宪这才高兴的说，微臣就说嘛，陛下请放心，微臣一定不负众望。
方正化抬起头看了看崇祯，崇祯知道他的意思，便说，正化放心，朕还有大用，如今承恩加了恩宠，你且和他替换着在朕身边伺候。其他人颇有些羡慕的看着方正化，方正化的眼泪都要流出来了，忙谢恩。
崇祯又对杜勋和高起潜说，你二人里应外合，把魏忠贤的人剔除出去，要将京城和皇宫牢牢控制在朕手里，听明白了，是朕的手里！朕会命东厂、西厂密切配合你们。
