十二月初，捷报传至贵阳，崇祯这才心头的大石头落了地，陆遥便问：死了这么多人，值得吗？朱由检道：先生有所不知啊，如今看来确实是死了几十万人，甚至整个西南都被打的一团糟，但是最起码土司势力被一扫而光、连根拔起，今后在西南推行改土归流的政策也会事半功倍，倘若不如此，只怕整个西南都永无宁日，若想往日一般两年一小叛，三年一大乱，死的人又岂止几十万，况且西南之地，物资富饶，只有边陲稳定，才是大明之福啊。
陆遥沉默良久说：或许你的选择是对的吧，也但愿你的选择是对的，接下来你有什么打算？朱由检道：如今西南虽然战事已了，但是接下来的分拆、建府，才是重中之重，不单单是将云贵拆分，更是牵扯撤昆明、贵阳两府，另外，巴州位置紧要，我的意思是在巴州设重庆府，以为西南监视。陆遥便问：你既然想的明白，那便推行下去也就是了。朱由检笑道：此事可不是那么容易的，我现在愁的是由谁来主持此事。陆遥便道：你如今不就在贵阳，如何主持不得？朱由检笑道：一来若我直接主持，中间没有缓冲，若有问题，只怕难以收场；二来此事干系重大，必得找一个上上下下都拿的稳的才行。
陆遥便问：王铎如何？朱由检摇摇头说：他虽说身世背景过硬，但是资历太浅，不能服众。陆遥又问：秦良玉呢？朱由检道：她虽说久在西南，资历定是没问题的，不过一来毕竟是个女流之辈，二来西南还得用她，若因此事得罪了云贵上下，今后如何做事？两人正发愁的时候，忽然两人相视一笑，同时说：朱舜水！
朱由检笑道：这真是英雄所见略同了，他果是最合适的人选，资历高、背景深，又是我潜邸出身，忠实可靠，又有京城工作经历，又有地方大员工作经历，况且主持内廷多年，对各级官员底细也摸的清。陆遥也笑道：我也是想到这里了，况且他如今在甘肃，又离得不远，正是不二人选。
想到这里，崇祯便对王承恩说：立刻去甘肃传旨，命朱舜水即刻来贵阳见驾，不可迁延懈怠。王承恩便忙着去传旨，不多时，许士扬进来道：启禀陛下，翰林院安排云贵各级官员及张献忠等降将本月十日至贵阳见驾，不知陛下意下如何？
崇祯想了想说：云贵、昆明、贵阳凡正四品以上官员可来贵阳，各州可暂令州丞代政，翰林院务必拨出官舍，好生接待，且不可妄自尊大，目中无人。许士扬忙下去准备，自十二月二日至十日，西南各正四品官员陆续到了贵阳，等着崇祯皇上的召见。
十二月九日，朱舜水风尘仆仆，从甘肃到了贵阳，来不及歇息便到贵阳行宫面见崇祯，崇祯便笑道：本来应该让你歇息一夜的，但是明日便是廷议的日子，只怕是来不及。朱舜水忙起身道：皇上此言，令臣惶恐不安，为陛下分忧，岂敢言累。崇祯又问：跟程国祥配合的可好？他毕竟是几朝的元老了，又素在京里任职，便是有些脾气，只须面上敷衍过去，也便是了，且不可让外人觉得督抚不合。朱舜水笑道：程阁老入阁的时候，我才不过是个小小的翰林，尊敬还来不及，怎么会起争执，便是有些小摩擦，自有布政使从中担待。崇祯笑着挥挥手说：滑头，你若觉得他碍事，朕就把他调回京里，本来朕也是怕甘肃新建，你自己一个人不好弹压，派他下来压压场子的，你既然心里有了更合适的，朕心里也有数了。
朱舜水也笑道：皇上言重了，我对阁老断断没有不满，不过若陛下执意，臣自然是不敢置喙的。君臣两个打着哈哈完成了甘肃人事的交易，彼此心里有了数，朱舜水这才道：不知陛下唤臣来，可是有什么要紧事？崇祯便道：朕决意将云贵拆了，同时撤昆明、贵阳两府，在巴州新建重庆府，但是随朕过来的并无朝里的大员，朕再三思量，从京里在派人过来，只怕来不及，你虽人在甘肃，但毕竟还是翰林院掌院，过来处置此事，再好不过的。
朱舜水心中道：我就知道过来没有好事，若不是得罪人的事，也想不起我来，不过我越得罪的人多，皇上的恩宠才会越多，又想到谨贵妃和朱慈焕，若自己表现的好，妹子在后宫里边越是得意，只盼着将来朱慈焕能登上大宝，那朱氏满门才算妥了。想到这里，朱舜水便笑道：臣这几日倒是也琢磨着这些事呢，心里倒是有个了章程。崇祯便笑道：朕就知道，爱卿不愧是“万花筒”，心里自然有打算，不妨说说。朱舜水便道：万岁且容臣禀，其实西南一地大大小小的官员，可分为三类，一是原有的官员；二是投降之人；三是原来的土司知州，臣觉得可以区分对待，对原有的官员，可尽量按原职安排，能不动的就不动，实在必须要动的，最差也要平级调动，能升的绝不降级使用，对于投降之人，又分为原来是我大明官员，先降叛贼后又投降朝廷的，这些人不论在那里，基本已经算废人了，也不论什么职位，随便安排也便是了，还有一些是一直跟随叛贼的，且不可安排在重要职位上，最好是将过去的土司知州安排在他们近前，让他们互相仇视监督，陛下想，若不是这些叛贼，这些土司们如今还当着他们的土皇帝呢，现在成了泡影，岂不是要恨死他们了，这样一来，基本西南大势可定。
崇祯不由得拍案叫绝道：好！好！好！只是张献忠此人，素来狼子野心，必是留不得的，朕想着先将他放在重庆，以后寻个借口处置了也便是了。朱舜水便笑道：那不如趁跟万岁讨个机灵，此人虽说心狠手辣，但还算是一员猛将，不如把他放到甘肃，用他收服哈密等卫，事成后在行处置也不迟，陛下以为如何？
崇祯笑道：那真可谓物尽其用了，只怕你弹压不住他。朱舜水笑道：臣听说当初劝张献忠下决定的一人，名刘洪祖，不妨也派到甘肃。崇祯便道：他二人沆瀣一气，若到甘肃，岂非如虎添翼？朱舜水便道：那就得靠陛下了，可以如此这般...崇祯听后笑着骂道：这些下作点子，你都是从哪里学的。朱舜水便道：前些年，京里风靡的话本，名《三国演义》，臣因要往西北，只怕发闲，便寻了一套带过去，看后甚有启发。崇祯便道：哦？朕竟不知。陆遥也道：这可是后世的四大名著呢，其实我觉得笔录编译司一直以编译教材为主，不妨也搜罗一些民间的话本，整理出版，只怕又是一笔不小的营生呢。朱由检便道：既然先生如此说了，想来总是错不了的。
崇祯便道：若果然是有趣的，那朕回京必寻来瞧瞧，此外还有几个临阵脱逃的，爱卿还有什么章程。朱舜水便道：对于此类，陛下必要严惩，西南之地，政治环境过于宽松，才导致多年来，烽烟四起，必要重典不可。崇祯也都一一允准，君臣二人又讨论半晌，最后崇祯便道：既然谈的差不多了，那还得辛苦爱卿今夜与随侍众臣在拟出细本出来。朱舜水应了，这才款款退下。
第二日上午，朱舜水等人又拿着详细的奏本交崇祯过目，崇祯又略改几处，商议了细节，赐了午膳，才命众人午后至行宫觐见。
首先觐见的便是原来云贵、昆明、贵阳的官员，一入大殿，众人便发现皇上盘膝坐在软榻上，微闭双目，王承恩和王拱极侍立两侧，其他随侍大臣更下立在一侧，当头的不是别人，正是朱舜水，众官员心中不由很是狐疑，一一参拜过后，便立在另一侧，因为早已与秦良玉等几人通过气了，他们倒是不甚惊讶。
只见朱舜水笑吟吟的出列，面向众人道：诸位同僚，如今战事已了，整个西南几为碳土，正是需要诸位同心戮力的时候，不知诸位同僚可有什么看法？众人有的面面相觑，有的小声议论，有的则抬眼往崇祯这边看，只见崇祯仍是闭目养神，不发一言，众人心里更是狐疑，只能是不发一言。
只见秦良玉首先出列道：启奏皇上，普天之下莫非王土，但有皇命，臣等唯有遵命而已，不敢妄加置喙。王铎也道：内相大人若有章程，只管说了便是。朱舜水这才笑道：既然如此，那我便直言不讳了，这两日我跟许大人、方大人、郭大人、练大人、魏大人、赵大人等商议许久，初拟将云贵分为云南省和贵州省，分别以昆明和贵阳为省会，同时将原巴州增设为重庆府，不知诸公以为如何啊。一语即出，石破天惊，一片哗然，朱舜水咳嗽几声接着说：过去西南之地仅有一省两府，官府之力所不能逮，才有连年祸事，此次拆合，亦是为了加强管制而已，对于诸位同僚，原则上是以平级调动为主，以升调为辅，绝不会降级使用，诸位可以安心。
此言一出，众人才安静下来，朱舜水环视一圈又道：初拟秦良玉大人为贵州总督、普名声大人为贵州戍卫军总兵、王铎大人为贵州巡抚、黄成大人为锦衣卫贵州镇抚使；徐可求大人为云南总督、彭万里大人为云南戍卫军总兵、史永安大人为云南巡抚、齐昌国大人为锦衣卫云南镇抚使；秦世英大人为重庆知府、丘瑜大人为重庆戍卫军总兵、林增志大人为重庆布政使、刘应袭大人为锦衣卫重庆镇抚使。
话音刚落，普名声便道：内相大人但闻，下官不求别的，只求还让我回临安便是了，总兵之职下官实不敢当。朱舜水笑道：普名声大人平叛有功，本官怎么忍心让大人仍回临安？况且临安如今与焦土无疑，若允了大人，外人岂不说朝廷赏罚不明，况且本官与诸位大人商议，不在设临安州，临安州都没了，大人又要回去哪里呢？普名声面色苍白，这招名升暗降实在巧妙，自己的势力被一扫而光，如今到了秦良玉手下，她的威望如日中天，自己今生只能夹着尾巴做人了，之前想着替安武功求情的话也再也不敢说了，只得强装笑容说：内相思虑的是，是下官孟浪了，下官孟浪了。
朱舜水笑着点点头，继续说：云南暂设昆明市、大理市、昭通市、曲靖市、文山市、红河市、丽江市、迪庆市、怒江市、保山市、德宏市、临沧市、普洱市、楚雄市、玉溪市十五市；贵州暂设贵阳市、遵义市、铜仁市、凯里市、都匀市、毕节市、安顺市、六盘水市、兴义市九市；重庆暂设巴州、武胜州、涪陵州、荣昌州、綦江州五州。又一一将各州市长官唱名，殿内各官员要么是原职不动，要么是平级调动，要么是升半品留用，总之都是欢喜万分。崇祯这才道：方才内相所言，朕心甚慰，不加更改，一应照准。当即便命用印、誊副，发下明旨。崇祯又道：朕知西南百姓苦久亦，特准云贵两省将税银提留增致五成，用于西南百姓民生，各级官员务必勤俭爱民，若有不法，两省御史、按察使、肃政廉访使当检行不法，一律从严从重从快处置！众人便跪倒在地，口称皇上圣明。
处理完这批官员，外边才令张献忠、宋万化、刘洪祖、陈其愚等降将入内，众人进了殿，跪倒在地，崇祯并不理会，朱舜水亦不理会，只是厉声道：将赖垓、高崇德押上来！士兵将两人押上殿来，朱舜水便道：此二人身为朝廷命官，望风而降，致使昆明失守，罪不容赦，特判斩立决，押下去立刻执行！士兵将两人押下去，不多时，两颗血淋淋的人头便被捧了上来，唬的众人心惊肉跳，朱舜水便道：这便是贰臣的下场，拿下去，挂在城门示众三日！
接着又道：将白王廷、卢宝忠带上来！两人被押上来后，朱舜水又道：白王廷身为昆明知府，临阵脱逃，念其并未降敌，减一等判绞刑，留个全尸。白王廷听后身子一软，吓昏过去，直接被拖了下去，朱舜水又道：卢宝忠身为学政使，不以身垂范，反而望风而逃，实在是天下读书人的败类，不过皇上圣明，不忍加血光与其上，特判绞刑，以为天下读书人戒！
两人被带下去后，朱舜水又命人带上安武功、安位，朱舜水道：安武功实为贼首，安位实为帮凶也，当为西南几十万冤魂负责，特判极刑，凌迟处死！普名声面色苍白，嘴角动了又动，求情的话终于还是不敢说，安邦彦机关算尽，后路留尽，却还是高估了人情，落了个灭门绝后之祸。
处理完了这些人，深深的震慑了张献忠等人，宋万化吓的浑身发抖，陈其愚更是冷汗直流，倒是张献忠表面上没有波澜，崇祯突然道：来人，将张献忠拖下去砍了！
张献忠一时手足无措，高声喊道：罪臣实在冤枉，实在冤枉！朱舜水便忙道：且慢！陛下，臣有一言。崇祯才道：说来。朱舜水便道：张将军虽有罪，但此次西南战事能以平息，张将军也确实有功，不如将其发往甘肃，将功补过，求万岁给臣这个恩典。崇祯便道：此贼狼子野心，只怕不肯敬服，来人，赐剑！只见王拱极捧出一把宝剑，崇祯道：朕将此尚方宝剑赐给爱卿，若此贼但有反心，爱卿可先斩后奏，即刻斩杀之！朱舜水接过宝剑，谢恩不止，张献忠留了一条性命，也忙不迭的说：罪臣万死，一定好生为陛下效劳，万死不敢再有反心，多谢陛下不杀之恩，多谢内相救命之恩。朱舜水收服了张献忠，又对其他降将一一安排妥当。
朱舜水最后说：原贵阳知府赵烈，守土有功，特升为礼部右侍郎。崇祯也都一一照准，最后崇祯说：行了，西南之事已了，朕不日也要返京了。不免又叮嘱众官一番。
退到内室，陆遥颇不解的说：只有一事我没太明白，就是对赵烈的处置，连我都看得出来，知府和礼部右侍郎的权力可是天差地别，看上去是升官了，但其实是在惩罚，这是为什么。朱由检笑着说：因为他是吴家举荐的，若他一直在西南，我还是不能安心啊。
