陆遥又道，不过孙慎行到底死没死，锦衣卫不也还没有确认吗？朱由检道，先生有所不知，若依此推断，孙慎行必死无疑了，锦衣卫之所以模棱两可，也是因为虽然没有找到尸体，但是人死却是无疑，如果直接上奏被杀，便有欺君之罪了。陆遥这才恍然大悟的点点头。朱由检道，现在只有等毕自肃到了，与袁崇焕联手，方能平息此事。陆遥问，那毛文龙那边呢？就这么放过了？朱由检说，现在还不是打草惊蛇的时候，我已经让西厂暗中严密监视他们了。陆遥说，放长线钓大鱼？说不定能把幕后黑手找出来。朱由检摇摇头说，先生还是不谙此术啊，幕后之人一旦有所察觉，必然会舍卒保帅，怎么会趟这浑水。
到了八月初一，宁远那边还没有处理好兵变的事，薛国观、程国祥、洪承畴等觐见崇祯，因为方正化和毛文龙联合上了一道紧急军情折子：臣平辽总兵官毛文龙、臣内务处提督、皮岛监军方正化请陛下圣安，近日有探子来报，鞑子目前练兵五万，又借狐狸衬兵一万，打造盔甲战车无数，皇太极欲亲率大军自三岔河三路出兵，过宁远，攻山海、石门，我部已将鞑子动向知会袁总督，并令皮岛全岛戒严，坚壁清野，恳请陛下令渤海水师、平北军翟总兵提高警惕，以备不时之需。
看完军情折子，崇祯问，诸位爱卿可有什么意见？薛国观和程国祥都是户部出身，何曾懂的什么军事，支支吾吾说不出所以然来，洪承畴便道，臣以为，宁远城池坚厚，地势险要，易守难攻，又有红夷大炮驻守，且如今东蒙、朝鲜稳固，鞑子如何过宁远，攻山海关？只需坚守城池，在令各地坚壁清野，鞑子必定无功而返。
崇祯点点头道，那就让兵部拟折子，令袁崇焕、翟式耜、毛文龙多放哨探，随地设防，清野固守，无令不得擅自出兵，在令吴三桂小心防守广宁等地，若鞑子自广宁等处进攻，可令吴三桂率骑兵迎击，令袁崇焕从旁策应。
布置完后，崇祯又问薛国观，霍维华押解回京，你可去看他了？薛国观忙道，霍维华延误大事，罪该万死，微臣怎会去看他！崇祯冷笑道，依朕看来，何谓保皇？不仅仅是听朕的话，而是要真心的替朕分忧，否则只一味逢迎于朕，不但不是保皇，反而是谗佞小人也！如今复社大兴，保皇一派在不有所变化的话，那霍维华便是尔等日后下场！
薛国观身为暂代内阁首辅，竟然被吓得匍匐在地，冷汗直流，大气也不敢喘，崇祯又道，如今国事、军事繁忙，内阁目前仅有七人，而且又多兼以军机处，朕以为内阁可扩为十三人，各司其职，首辅以为如何？薛国观战战兢兢道，微臣，微臣全凭陛下圣裁。崇祯道，首辅可与次辅、内阁及在京四品以上共推阁员。停了一下，崇祯又道，霍维华面对哗变，迁延不前，骑墙中立，有负朕望，念在他乃先帝旧臣，且年老，着抄家去职，发回原籍！
三人这才退下，朱由检说，如果保皇党在这么下去，我就真的要铲除他们了，反正现在复社已经大兴，京察之后又基本控制各五品以下官员，如今给事中也消停了，足以与东林党平衡朝堂了。陆遥说，未必，两虎相争不如三足鼎立，我觉得还不能说的这么绝对，而且复社诸人都太年轻了，目前还是要多历练，而东林党经营多年，不是一时半会可以撼动的。朱由检道，所以我才给他们一点小小的警示，否则他们真以为高枕无忧了。
朱由检又说，真正需要担心的是毛文龙，先生不觉得这时候的这个奏折太巧合了吗？陆遥说，是啊，宁远兵变还没有处理好，他就报鞑子蠢蠢欲动，这完全就是养寇自重！要说他跟鞑子没有勾结，我都不信了！朱由检说，先生果然看的透彻，养寇自重也是说到点子上了，不过既然他还敢养寇自重，也说明他还没有下定决心投靠鞑子，所以还得赏，而且是重重的赏。
崇祯便对王承恩说，拟旨，毛总兵素以国事为重，驻守边关，劳苦功高，赐白银五百两，授从一品荣禄大夫。崇祯想了想又说，让魏朝亲自去颁旨，别人去朕不放心。
过了几日，袁崇焕、毕自肃上折子道：宁远兵变业已平息，诱捕首恶张正朝、张思顺，斩首十五人，布政使吴襄、宁远知州刘鸿训业已解救，按察使孙慎行大人殉职。同时，袁崇焕、毕自肃还有一道联名的密折道：张正朝、张思顺见时机败露，服毒自尽，其法与前日白莲教匪徒之法类似；孙大人被发现在宁远一偏僻之所，被捆绑在柱子上，被挖去双眼、割掉舌头，又被连砍五十多刀而死，其状惨烈。
陆遥说，这得有多大的仇恨啊，这不是一般的杀害，这是虐杀！朱由检说，这也说明了之前咱们的推断是没有问题的，孙慎行不但得罪了毛文龙之前的后台，还得罪了毛文龙现在的后台，新仇旧恨，也在情理之中了。陆遥道，只是张正朝等人一死，线索又断了，死无对证了！朱由检说，这也进一步说明了保皇党诸人的无能和睚眦必报，虽然他们不敢勾结毛文龙虐杀孙慎行，但是至少在这件事上，他们都睁一只眼闭一只眼，说不定他们也是知情者。
崇祯便对王承恩说，让东厂秘密逮捕郭允厚，严加审问，一定要问出有用的东西来！好好抚恤孙慎行家人。
想了想崇祯又道，迁翰林院翰林张同奎任辽东巡查御史，李鹏芳任辽东按察使，务必协助毕自肃和袁崇焕，肃清流毒！
没过几天，魏朝自辽东回来了，崇祯让王承恩屏退左右问，回来了？可曾见道刘兴祚和方正化了？皮岛情形如何？魏朝亲自递上密折道，陛下圣明，皮岛果然有问题，且不说别的，每年朝廷拨下那么多银子，但是臣看皮岛岛民却多有菜色，想来是吃不饱的缘故。而且刘兴祚将军虽为副将，但是却多为其手下架空，方老公更是举步维艰，唯有与臣道路以目，幸而臣还是见过些世面的，这才有机会与刘兴祚将军传递消息，面呈陛下。
崇祯道，卿做的好，朕亦知道此行艰难，非卿这样的老臣不能胜任，好生休息吧，切记此事不得对任何人说起，否则灭族之祸不远矣。
魏朝下去后，崇祯这才打开密折，上边写道：臣自到任以来，多为各方掣肘，幸而有方监军协助，又得袁总督暗哨相帮，探的自崇祯元年起，毛文龙便于皇太极暗通款曲，崇祯元年十一月初十，毛文龙曾派游击金首举和王子登携带金帛马骡前往鞑子处，所议之事不明；今年正月，毛文龙又派王子登秘密前往鞑子处，一直未归；三月，皇太极心腹曲虎以及王子登一同返回皮岛，毛文龙亲自见了曲虎，当时朝鲜使臣正好也在皮岛，毛文龙竟然胆大包天，毫不避讳朝鲜使臣，现有朝鲜使臣供词一同呈递陛下，随后又将曲虎引入密室，至于谈了什么，朝鲜使臣无从得知；三月底，毛文龙又派人持书同曲虎随从一起去了鞑子处，曲虎等留在岛中，此事岛上人人尽知；四月下旬，皇太极又派可可、牛录、马通事等前往东江面见毛文龙；五月十六日毛文龙送可可等五人和前次留岛的曲虎等人回鞑子处，当时户部辽东司员外郎姜曰广正在皮岛发放粮饷，或有见闻，陛下一问便知。
陆遥道，好个刘兴祚，去了短短的时间，竟然调查的如此详细。朱由检则说，这也说明毛文龙这厮何等猖狂，与鞑子勾结，竟然到了毫无避讳的地步！
