八月二十九日，薛国观、朱舜水求见崇祯，崇祯正陪着皇后在御花园散步，此时皇后已经有六个多月的身孕，崇祯便顺势在钦安殿召见二人，薛国观道，陛下，福建总督熊文灿上折子，盘踞台湾北部的大海盗头子郑芝龙请求归降朝廷。
崇祯道，哦？之前一直招安都不见动静，怎地忽然要归降了，其中不会有诈吧？朱舜水道，陛下圣明，臣一开始也颇有怀疑，便派人多方打探，这郑芝龙现在的日子可不好过啊，此时归降倒是也在情理之中。
崇祯道，哦？既然如此，爱卿不妨说来听听。朱舜水便道，目前郑芝龙盘踞台湾北部，南部则是被荷兰人占据，荷兰人多以南洋贸易为主，而郑芝龙则以对日本贸易为主，并没有多少交集，自去年开始，荷兰人竟然也开始插手日本贸易，郑芝龙多为不满，便有心挑动日本人与荷兰人之间的关系，日本负责跟台湾有贸易来往的名叫滨田弥兵卫，今年春天的时候，滨田弥兵卫率船队来台湾，同行者共四百七十余人，不知道荷兰人吃错什么药了，竟然在派员登船检查，还真搜出大量武器及火药，因此荷兰人便将武器及火药全数扣留，并软禁了滨田弥兵卫。
薛国观道，不会这么凑巧吧？朱舜水笑道，薛阁老果然看出问题了，这里边还真有可能是郑芝龙搞的鬼，因为滨田弥兵卫带的人里边有十几名台湾原住民，只怕就是郑芝龙的内应了，没想到这滨田还是个亡命之徒，竟然采取暴力措施，率领数十名日本人闯入荷兰东印度公司负责人彼得.奴易兹住处，挟持了彼得.奴易兹及其儿子。
薛国观倒吸了一口凉气说，这些倭寇果然是亡命之徒，当年犯我海疆，杀了不少我朝子民。朱舜水道，正是如此，最后以彼得.奴易兹之子为人质，随同滨田返抵日本，结果最后，日本封闭了荷兰在平户的商馆，还把彼得.奴易兹的儿子关进了大牢，荷兰好不容易打开的日本贸易路线也没了，荷兰人为此记恨郑芝龙，为此在海上打了好几次了。
朱舜水接着说，到了今年七月，西班牙人又派军舰到台湾沪尾（今淡水），修了座叫什么圣多明哥城，荷兰人直接让出了三分之一的南洋贸易路线拉拢西班牙人，就是要跟西班牙人合作，然后灭了郑芝龙。在加上开海之后，日本也开始直接跟我朝贸易往来，一来比绕台湾近，二来也不用过一遍郑芝龙的手，赚的也更多了，郑芝龙贸易中转的地位更是大大降低了。
薛国观道，最重要的是，在陛下的圣明领导下，我澎湖水师也不断在福建沿海剿灭海盗，给了郑芝龙不小的压力。朱舜水忙道，这个是自然，我天朝水师一到，海晏水清，郑芝龙多面受敌，自然只有归降这一条路了。
崇祯听后道，如此说来，是郑芝龙有求于朝廷了？可有什么具体要求？薛国观忙说，熊总督折子里言之不详，想来此等大事，非得面授最佳了。崇祯道，既然如此，那就招熊文灿进京吧。
九月十日，熊文灿抵达京师，在文华殿面见崇祯，崇祯惊讶的问，福建至京师不下千里，爱卿何以来的如此迅速？熊文灿道，全赖陛下圣明，徐大人去年就下了函，道陛下有旨，可令各地自行修筑驰道，一时之间，江南震动，各地富户无不纷纷解囊，官府也有全力支持的，也有亲自入股的，目前福州、泉州到应天和松江府驰道早就贯通，其他大小州县，也是如火如荼，没想到到了应天，还有更新鲜的玩意，叫什么铁轨马车的，不但能运货，而且路桥缮营局还弄了一些可以坐人的马车，这一路风驰电掣，一两日就到了济南府，听说济南府至天津港府的铁轨马车也修着呢，臣又自济南府从驰道北上进京，这才十几天，便从泉州到了京师，真真是想也想不到，一路上各处商户、百姓无不夸耀陛下，端赖陛下德被天下。
崇祯笑道，这铁轮马车倒是跟朕关系不大，都是格物处院士们从实践当中研发出来的，古人说格物致知，确实是没有错的。
熊文灿道，古人固然不错，但是也全赖陛下圣明。崇祯道，此次召爱卿前来，只为郑芝龙归降一事，之前薛阁老、朱阁老已经将因果对朕说了，爱卿可还有什么要说的？
熊文灿道，陛下圣明，自天启六年，蔡善继大人就开始招降此人，如今三两年便过去了，上个月闽南百年不遇的大旱，饥民甚众，虽然有内阁急调的粮食、布匹和银钞，但一来闽南多山，能种粮食的地方本来就少，二来人口又多，郑芝龙为表示诚意，便招纳漳、泉灾民数万人，每人给银三两，三人给牛一头，用海船运到台湾垦荒定居，这才算解了危局。
崇祯道，如此说来，此人虽为海盗，但是还算有一颗爱民之心。熊文灿道，陛下圣明，之前郑芝龙虽多侵扰沿海，但是对于普通百姓确是从未有所侵袭的，还多番劫富济贫，所以才有福建海民不畏官而畏盗的说法，倘若不是如此，朝廷也必不会招降于他。
崇祯问，这郑芝龙可有何要求？熊文灿道，郑芝龙表示可以为朝廷剪除夷寇、剿平诸盗，请求朝廷能宽恕他之前所犯之罪、准其继续率领原来的兄弟和部队、请求能将朝廷将日本贸易线分一半给他，不设市舶司，他每年上缴府库司一千万两银钞。
崇祯沉吟片刻道，现在参与日本贸易的不但有各地商户，更有朝廷的船队，还有各处王爷的船队，郑芝龙想分走一半，只怕朕的案头上就得堆满弹劾他的奏折了，不如这样，朕可以将整个琼州省对他开放，他可以此为基地开展对南洋的贸易，以五年为期，五年内，每年上缴一千万两银钞即可，五年后，朝廷要在琼州设立市舶司，便要照章纳税。至于荷兰人、西班牙人，朕可以令澎湖水师和南海水师解决，打一打他们的嚣张气焰，让他们多跟葡萄牙人学着点，老老实实做生意就好了，在我天朝家门口还想舞刀弄棒的，朕可以封他为琼州都指挥使、闽海游击将军领剿匪事，授其子国子监荫监，待弱冠后可直接入国子监，之前种种既往不咎，准其仍带原班人马，不设监军，可自行任免本部同知以下官员，爱卿以为如何？
熊文灿道，陛下隆恩，郑芝龙何德何能。崇祯便道，爱卿可回去安排种种事宜，朕自会让内阁全力协助。
一六二八年九月三十日，郑芝龙率所部3万余人，船只千余艘归降，离开他多年经营的根据地台湾，坐镇琼州，任琼州都指挥使、闽海游击将军领剿匪事。为朝廷守备沿海、剿灭海盗、对南洋贸易，并不断率军讨伐其他昔日结拜的海盗力量。
