一六二九年四月一日，崇祯刚看过宋王，心中正是高兴，曹化淳匆匆赶来道，陛下，军机处众大臣、内阁诸位阁老现在太和殿外候着，请求见陛下。崇祯问，可是有事？曹化淳道，陛下，方正化回来了。崇祯知道事情成了，便匆忙回宫。
到了太和殿，一众大臣侍立两侧，方正化将折子递给王承恩，然后道，陛下，三月二十六日，辽东总督以十二大罪斩平辽总兵官毛文龙！此言一出，下边的大臣一下子炸了窝。
韩爌忙出列道，敢问陛下，可是内廷的旨意？内阁从未给袁崇焕下过旨。王承恩站出一步道，放肆！韩爌忙跪下道，臣莽撞了，只是此事牵扯重大，望陛下赎罪。
崇祯这才假意皱皱眉头说，这个袁崇焕怎么回事，朕并未发明旨给他。
杨景辰便道，既然如此，那袁崇焕便是私斩大臣，按律当斩！史可法也道，陛下，袁崇焕身为地方大员，无视国法，无视君威，私斩大臣，已有不臣之心，请陛下速斩此獠！
郑以伟等人也道，望陛下速速决断！但是崇祯却道，将袁崇焕奏折传给给位看看。一个太监便将袁崇焕奏折传到韩爌手中，韩爌看完后传给徐光启然后说，即便毛文龙有此种种大罪，但是也应该奏报内阁，奏报陛下，岂能私自处决？倘若下边人人如此，那国家法度威严何在？陛下君威何在？
周延儒此时也看完奏折了便道，倘若不果断行动，若毛文龙狗急跳墙，真的投了鞑子，如何是好？说完便暗中看了崇祯一眼，见崇祯满意的点了点头，心中便有底了，知道之前从周家传过来的可能并不是谣言，便继续道，袁总督虽然鲁莽了些，但是事从权益，况且将在外，君命有所不受也，袁总督镇守辽东，乃抵御鞑子的前沿，若一味按部就班，岂非延误战机？也有负陛下知遇之恩也，臣以为，袁总督固然有错，但亦是有功。
杨景辰道，周阁老说的什么话！功劳再大，也是欺君之罪，君大于天，欺君之罪便是赦无可赦的死罪！周延儒讽刺道，吆，杨阁老一向不爱在朝堂说话，怎么这次如此激动，莫不是受了毛文龙的种种好处，拿人家的嘴短吧？杨景辰恼羞成怒道，周延儒，你不要血口喷人！只是我掌管刑部，就不能容许此等小人占据朝堂。
周延儒冷笑道，要说起小人来，杨阁老可谓始作俑者，我听说当年魏忠贤得势，杨阁老可是以礼部侍郎之尊三次上疏称颂此贼，后来又任《三朝要典》副总裁，此书纂辑万历、泰昌、天启三朝关于梃击、红丸、移宫三案的示谕奏疏档册，加上案语而成。奉承魏忠贤，颠倒是非，前日陛下已下旨毁《三朝要典》，又令编译局重修《熹宗实录》，不知杨阁老作何感性？
这话说的不可谓不毒辣，杨景辰气的直哆嗦，崇祯见这些人说着说着就偏了方向，便咳嗽一声道，杨爱卿之前编要典，也是先帝的意思。周延儒便道，是臣孟浪了，请陛下赎罪。杨景辰却被气的老泪纵横，说不出话来。
崇祯便摆摆手道，此事干系重大，待朕了解清楚了，在召众卿商议，众爱卿先跪安吧。说着便起身离开了，韩爌等人无奈，只能退下，方正化便跟着王承恩来到一旁的暖阁。
崇祯问，说说吧。方正化道，臣也摸不着头脑，虽然袁总督与毛文龙多有不合，但是也没想到怎么就把他给杀了。崇祯道，恩，朕也不甚明白，所以你要把前后经过说仔细了，以备朕知。
方正化便道，是。之前袁总督从未来过东江，不知怎的，三月二十日就传令给毛文龙，说要在双岛阅兵，毛文龙便带臣和孔有德等到了双岛，袁总督倒是很热情，一连几天设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢。
方正化停了停继续说，到了二十四日，袁总督又与毛文龙设宴，并同他商量更改营制，并仿照各省戍卫军实行三定，但是毛文龙很不高兴。袁崇焕又说什么急流勇退的话，毛文龙便说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部的战事，如今辽东形势大好，好男儿合该建功立业，如何个退法？岂非辜负了陛下知遇之恩？”两人便在席上争论，臣便赶忙劝和，这才不欢而散。
崇祯派人赐了一杯茶给他，方正化谢了恩，又抿了一口茶继续说，二十六日的时候，袁总督又请毛文龙来观看将士们射箭，又先在山上设了帷帐，毛文龙来后，又只令臣一人陪同进帐，手下的士兵不能进帐，说实话，臣此时也觉出不对劲来了。
方正化有些迟疑的继续说，刚没说几句话呢，袁总督就问毛文龙：“听说你与鞑子私开马市？可有此事？”毛文龙大怒，直叫骂说栽赃陷害，要袁总督说出此人要与他对质，袁总督便高声喝斥他，然后参将谢尚政便领着一队士兵从帐外把毛文龙抓了起来。袁总督又让人扒下他的帽子和袍带，袁总督说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀；大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀；大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀；每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀；擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀；部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀；从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀；强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀；驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀；用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀；铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀；设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。说实话，臣也被吓坏了，不知道这是唱的那一出。
崇祯便问，那又怎么了？方正化道，袁总督便把毛文龙帐外的部将召来问：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？只有孔有德说了几句，称道毛文龙数年劳苦，袁总督便训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就跪下说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”于是取下宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。还传下令去说：“只杀毛文龙一人，其他人都没有罪。”
崇祯满意的点点头，方正化继续道，乖乖，毛文龙从皮岛带了几千人，但是都被袁总督的威风吓怕了，没有几个敢轻举妄动的，臣虽然不明就里，但是也知道毛文龙十二条里，多半也是却有实事的，所以有几个想蠢蠢欲动的，臣也用监军的名号弹压下去了，还请陛下赎罪。
崇祯便说，爱卿做的对。方正化抬起头，有些不可思议的看着皇帝，沉默片刻后说，袁总督杀了毛文龙，又令刘兴祚将军暂代毛文龙之职，又分拨其手下二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、参将孔有德分别为首领。袁总督对臣说这些人事安排事从权益，没来得及启奏陛下，又不让写在奏折里，说怕被内阁和军机处看了，生出枝节来，所以让臣口述给陛下，还说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”
崇祯点点说，朕知道了，朕自有道理，爱卿既然回来了，便不必回去了，朕擢你为内务处提督、领宋王府总管事。方正化便叩头道，臣谢陛下天恩，在皮岛就听说小王爷的事了，臣心里高兴的很，一心想着在小王爷面前磕头，这不正好就遂了臣的愿了。
