崇祯便对熊文灿道：爱卿此言颇合朕意，不过朕要略改一改，不是联合荷兰人打西班牙人，而是联合西班牙人打荷兰人。熊文灿想了片刻，便道：陛下果真圣明远略，臣不及也！崇祯点了点头没有说话。
史可法进言道：陛下宽纵夷子，有失我天朝风范也，还望陛下三思！崇祯冷冷的说：爱卿只需管好都察院即可，此等军国大事就不必过问了。史可法不卑不亢道：臣虽管都察院，但亦忝列内阁，如何不能过问？此话一出把崇祯气的不轻，曹化淳站出来道：大胆！史阁老是没待过诏狱怎地？
史可法冷笑道：诏狱大名赫赫，本官还真没去过！崇祯见越说越偏了，便打住道：钱爱卿以为如何？钱谦益忙道：此等大事，但凭陛下独裁！说完便垂手立在一旁，史可法虽然生气，见钱谦益如此说，只得也退到一旁。
福建省诸位官员见大臣们吵起来了，不由惊的目瞪口呆，又不敢插嘴，直到钱谦益平息了争吵，才恢复过来，崇祯便道：连番跋涉，众位也辛苦了，各自跪安吧，熊爱卿留下便可。大小官员便纷纷退下，崇祯见只剩下熊文灿了便说：刚才人多口杂，不便讨论大事，爱卿可说说，西班牙和荷兰人双方的情况。
熊文灿道：陛下一路劳顿，不如暂且休息，明日在谈？崇祯道：如今大军云集福州，一日无军令，便要耗费一日粮饷，如今陕北大旱，朝廷为了赈灾，耗费钱粮无数，不当家不知柴米贵啊，能省则省，朕何惧己身之疲惫哉！话说完了，熊文灿竟然泪水湿润了眼眶道，哽咽道：陛下如此专心国事，臣感愧万分，还望陛下珍重龙体啊！
崇祯点点头，熊文灿便说道：如今西班牙的司令名瓦德斯，前年率船队自马尼拉而来，首先是在台湾东海岸鸡笼湾内的小岛建立圣萨尔瓦多城作为首府，但是后来岛上原住民因为村落被西班牙夺了，拒绝出售食物。马尼拉的补给船又无法适时抵达，不少西班牙人因此生病或饿死，幸存的人只得吃狗、老鼠来充饥。去年，瓦德斯便派士兵进攻淡水，修了多明哥城。之后便这两地为据点，逐步侵占台湾北部。
熊文灿顿了顿继续说：荷兰人就不一样了，万历四十七年他们就占据了台湾南部，好像不是他们朝廷派来的人，叫做什么东印度公司的，一如本朝路桥缮营局之类，这东印度公司总督名叫科恩，多又见识，便派范德龙在台南修筑热兰遮城和普罗民遮城作为首府，后便任命这范德龙为台湾总督，又多招募福建沿海和澎湖居民迁往台湾开垦。不过这荷兰人着实可恨，不但把原住民土地据为已有，强迫当地百姓缴纳各种租税，更是掠夺台湾的米、糖，将其收购的中国生丝、糖和瓷器经台湾转口运往各国，牟取高额利润，所以这些年来，原住民一直都没有少了起义，不过都是小股势力，没成大气候。
崇祯问道：哦？这些义民中可有领头的？熊文灿道：势力最大的一支义民中，领头的叫郭怀一，之前臣曾派人多有接触，也多方资助，不过终究没有成事，目前只得搞一些敌后破坏活动，被荷兰人追的满山里跑。
崇祯便道：恩，既然如此，郭怀一可以继续用起来，搞搞敌后破坏也是可以的，另外，可以派人跟西班牙人商议，咱们可以帮他们打败荷兰人，还可以将台湾北部他们之前占据的土地租借给他们，但是朝廷要在台北设城，并设立市舶司、税司等，朝廷保护他们的合法贸易，但是要照章纳税，还要开放吕宋给我朝，用以对等贸易，倘若不照办，那我天朝便要一并收拾了他们。
熊文灿知道崇祯惜时如金，便忙下去安排，没几天，便带来一人，后边还跟着一个翻译，熊文灿道：陛下，臣已经派人与瓦德斯取得了联系，瓦德斯已派阿尔卡拉索前来具体商议。崇祯道：先不急，先让人带他去看看朕的宝船，让将士们都打起精神来，给西夷人看看。
熊文灿心领神会，安排下去，带阿尔卡拉索看了一圈，又是放枪又是放炮，吓得阿尔卡拉索面色苍白，直对熊文灿点头哈腰的，熊文灿这才安排他觐见崇祯，陆遥对朱由检说：一会你先把控制权让给我一会，我来镇他一下！
不一会儿，熊文灿领着阿尔卡拉索觐见崇祯，阿尔卡拉索忙跪倒在地，用西班牙语道：Véase el emperador（参见皇帝陛下）。崇祯便用西班牙语回他道：De pie（平身）。这可让熊文灿震惊了，没想到皇帝竟然还会这鸟语，但是他怎么知道，陆遥身为语言学博士，对西班牙语也略通一二呢。
阿尔卡拉索也大吃一惊，没想到这个庞大帝国的皇帝竟然如此年轻，更没想到这个年轻皇帝竟然会西班牙语，崇祯这才点点头，陆遥也便将控制权又交给了朱由检，朱由检也不由的佩服陆遥了。
阿尔卡拉索便道（通过翻译）：瓦德斯总督已经知道贵国诚意，只要能把荷兰人赶出台湾，西班牙人愿意付出任何代价，我神圣帝国国王已经全权将战和之事委任给瓦德斯总督阁下，总督阁下的意思可以代表国王。
崇祯便道：如此甚好，你刚才也见了，我天朝水师威震四方，绝非荷兰人可以比拟。当下，阿尔卡拉索便拿出商议的文件道：如今战事紧张，我来前总督阁下已将贵国给的文件签名，命我带来，希望贵我双方精诚合作，也希望贵国能速速出兵，否则圣萨尔瓦多城就要保不住了！
崇祯这才点头示意熊文灿，熊文灿命人取来纸笔，用毛笔端端正正的签上了自己的大名，又盖上大明福建行省总督、福建戍卫军总兵的官印，一式两份，将其中一份交给了阿尔卡拉索。
崇祯又道：我水师不日即将发兵，届时你方可趁机反攻，不过西以大安溪为界，东以大浊水为界，倘若过界，视为与我大明为敌也！阿尔卡拉索唯唯诺诺，连连称是。
他走后，崇祯又对熊文灿说：咱们可以来个围魏救赵，令谭文率澎湖水师直发淡水城，正面应敌；在令郑芝龙率旧部向金门、澎湖挺进，自台南登陆，偷袭荷兰人后方！
一六二九年八月二十日，谭文、郑芝龙在福州举行祭天、礼地、祭江仪式，谭文率水师北上，郑芝龙率军南下，正式拉开了与荷兰人的战争序幕！
一连几天，不断又前方战况传来：郑芝龙率将士两万余人、战船数百艘自金门料罗湾向东挺进；二十二日晨，部队横越台湾海峡，陆续到达澎湖群岛；二十四日，郑芝龙大军驶抵柑橘屿海面时，突然刮起暴风，只好返回澎湖。而谭文部则按约定开始围攻淡水，但是荷兰人抵抗强烈，这次进攻西班牙人，荷兰海军上百艘战舰几乎全军出动，与澎湖水师在淡水以北海面上展开激战，谭文又派人多方催促郑芝龙出兵。
于是二十六日晚，郑芝龙亲率船队冒着暴风雨横渡海峡，于二十七日拂晓航行到鹿耳门港外，开始炮轰赤嵌城（即普罗民遮城），然后又利用涨潮的时机，在鹿耳门登陆。
郑芝龙兵分两路一路登上北线尾，一路驶入台江，准备在禾寮港登陆。郭怀一也率领义军不断破坏敌后设施，一方面又发动台湾的汉族和高山族百姓，百姓们箪食壶浆，慰问郑芝龙的部队。
在这种情况下，郑芝龙快速包围了赤嵌城，并割断了赤嵌城与台湾城（即热兰遮城）之间的联系。因为荷兰军队大部分都北上打西班牙人了，留守的荷兰人没想过明军竟然跟西班牙人站在了一起，见大军到来，惊恐万分，只能龟缩在城中；北上与谭文作战的荷兰主力听说老窝被抄了，士气顿时涣散，溃不成军，谭文便联合西班牙战船，在淡水海域全歼荷兰舰队，俘虏百余人，缴获战船四十余艘。
揆一此时手下仅有一千余人，还妄图据城坚守，郑芝龙便派人围住两座城，每日炮轰两个时辰，九月一日，台湾城守城阿尔多普投降，郑芝龙收复台湾城；谭文等击溃荷兰舰队后，立刻自淡水登陆，西班牙人由淡水沿西海岸南下，按照约定在大安溪屯驻，谭文则由淡水沿东海岸南下，过大浊水，一路收复花莲、台东等。
荷兰海、陆作战均告失败，赤嵌城已成为孤城，自九月三日起，郑芝龙根据崇祯指令，围而不打，不断劝揆一投降，但是揆一仍幻想范德龙会来救援，坚持不投降。
九月六日，荷兰殖民当局匆忙拼凑了700名士兵、10艘军舰，由雅科布率领，抵达基隆以南海域，郑芝龙派战舰应敌，雅各布见郑军战船阵容雄壮，踌躇不前，不等开战便仓皇后撤，在撤退途中因为风浪太大，竟然有五艘战舰触礁沉没。
崇祯随即写了一封亲笔劝降信交给揆一，信中道：此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。此处离尔国遥远，安能久乎？藩主动柔远之念，不忍加害，开尔一面:凡仓库不许擅用；其余尔等珍宝珠银私积，悉听载归。如若执迷不悟，明日环山海，悉有油薪磺柴积垒齐攻。船毁城破，悔之莫及！
此时赤嵌城被围已近半个月，荷军死伤千余人，能参加战斗的士兵仅剩一百余人，且弹尽粮绝，疾疫流行，形势已完全绝望。此时谭文也率军到达赤嵌城与郑芝龙部会师。揆一走投无路，只得投降。
一六二九年九月十日，荷兰驻台湾长官揆一签字投降，崇祯改台湾城为台南市、改淡水城为台北市，并派熊文灿在台北市接受揆一投降，并在台北市签署了《大明帝国与尼德兰王国关于台湾问题的议定书》，条约规定：双方停止一切敌对行动，并忘记仇恨；荷方将城堡、大炮、军用物资、商品和现金等交出，不得私自夹带，荷兰人只可携带返回爪哇所必需的食物、工具等；大明帝国释放所有荷兰俘虏，并允许荷兰士兵以扬旗、鸣炮、荷枪、击鼓、列队上船，尼德兰王国亦应释放大明帝国所有俘虏；凡在台湾定居之荷兰人，准许来去自由，仍在台湾定居者，须遵守大明帝国法律；尼德兰王国赔偿大明帝国军费六百万两白银；大明帝国许诺开放琼州行省，并授予尼德兰王国东印度公司西夷独家贸易中转权，尼德兰王国东印度公司须依从大明帝国法律照章纳税。
九月十五日，崇祯颁诏：在台湾设立台湾巡检司，归福建行省管辖；大安溪-大浊水以北地区以租借形式租借给西班牙人，在租借地设立台北市，作为台湾巡检司衙门治所；升台南市为台南港府，擢黄道周为台南港府知府，澎湖水师移防台南港府，不在驻扎福州港府；擢周立勋为台湾巡检司巡检，擢杨英为福建布政使、台湾巡检司布政使，擢何延斌为福建按察使、台湾巡检司按察使，擢郭怀一为台北市知州，并责令郭怀一遣散手下义军，令其各归乡里，由朝廷分拨土地、银钞，以安其居。
九月十六日，揆一率领卢斯杜南号、唐堡号和罗南号启程离开台湾，结束了荷兰在台湾近十年的统治！
