两宫垂帘听政的头几年，慈禧处理政治颇有艺术和手腕，使性情温和的东宫太后逐渐退居幕后，同时又成功镇压了太平军，一度非常得意。太平军这支叛军在1850年揭竿起义，使千疮百孔的清政府受到摧枯拉朽的打击。中国的历史学家（他们通常相互借鉴）都认为镇压太平军全靠了曾国藩，他是儒学大家，忠勇之士，家喻户晓。当然他的幕僚左宗棠也功不可没。儒家思想影响着一代又一代的中国人，虽有弊端，但中国人从中受益匪浅。
作为统治者，慈禧知人善用，尤其是善于发现军事人才，除非有时候相信迷信才会犯错。慈禧一开始只是听说一些关于曾国藩的传奇故事，说他调兵遣将，运筹帷幄。后来与曾国藩熟悉后，慈禧非常钦佩曾国藩的人品和才华。除了荣禄，没有其他人能获得慈禧如此厚爱，而荣禄是满族贵族，曾国藩不过是来自湖南的一个乡绅。一个中国人告诉我们有关太平军的事，给我们印象深刻的是，那个时候曾国藩忠君报国，而年轻的慈禧已经掌握了独一无二的皇权。咱们先说说太平军的最后失败，我一个英国人，作为目击者，已经对此事有了非常清楚的认识，但是看了官方的诏书和文件，倒引起了我的怀疑，而且事实证明这些怀疑非常有历史价值。
1861年事比较多，先是咸丰八月驾崩于热河，然后英法联军洗劫圆明园，接着北京恢复和平，再有就是两宫皇太后垂帘听政。1860年10月恭亲王签订和平条约后，首要任务就是借用外国入侵势力打击叛军，这支军队在长江流域逐渐壮大，引起朝廷的焦虑。有件事很值得深思，即使在今天的中国也有意义，当时英法联军在上海集中兵力准备入侵中国北方，长江流域的各省官员竟然请求他们援助镇压叛军，请求遭拒后他们指责英国政府不明智，忽视他们在最重要的商业中心的本国利益。英军是常胜之师，这个就不用再解释了。1862年，他们把叛军围困在江苏省内，1863年英政府同意戈登将军参与指挥作战，战争形势立刻有利于清政府，为曾国藩扫清了障碍。1863年10月清军收复苏州，1864年7月收复叛军首都南京，叛军首领之子自杀身亡，这标志着叛军最终被成功镇压。一开始欧洲舆论普遍认为要严格保持中立，甚至还有人认为应该推翻中国腐朽的统治阶层，为了帮助清政府，英法联军牺牲了不少人，包括一位法国海军上将，然而，曾国藩在上报朝廷的捷报里，不仅没有提到戈登将军的功劳，竟然指责他残忍的对待手无寸铁的犯人。曾国藩认为战争胜利完全归功于咸丰皇帝的英明神武，这是中国人的传统，他们对皇权怀着无上的敬畏（日本人也有这种观念，在一个日本将军的捷报里几乎可以看见一字不差的表述），真实情况一般不会写入奏折里，更别谈我们这些外国人的那一点点帮助了。对于曾国藩这样绝顶聪明的人来说，事实并不重要，他知道这个戈登，帮助指挥围剿叛军一年多的人，正是那个刚刚洗劫了颐和园的戈登！
收复南京，慈禧非常高兴，以小皇帝名义颁发的诏书里，以她特有的文字风格描述了整个事件以及嘉奖令。以下内容是这份诏书的部分内容，这有利于我们加深对慈禧性格的认识：
收复南京诏书
刚刚收到曾国藩二百里加急捷报，胜利收复南京。叛匪头目之子自焚，彻底摧毁太平军主力，活捉叛匪首领两个。细读奏折，我们真是欣喜若狂，应该普天同庆。自道光十三年起，叛匪头目洪秀全带着这帮剪辫子的逆贼开始作乱，从广西迅速流窜至湖南、湖北、长江流域各省，一直到达直隶及山东，足迹遍布南北，真是无孔不入。咸丰三年（1853年），南京沦陷，叛匪就地另立伪朝廷，涂炭生灵，不计其数，恶贯满盈，人神共愤。
先帝龙颜大怒，命湖广总督官文为钦差大臣，负责督战。官文清剿湖北境内叛军后，继而东进，准备肃清江苏省内叛军。后来曾国藩收复南京，被任命为两江总督负责剿匪，他不负重托，功勋卓著。1861年，虽已收复江苏、浙江两省半数城镇，但是先帝仍悲痛不已，竟于当年驾崩，未能亲眼目睹彻底镇压叛军。我登基之后，遵照先皇及两宫皇太后旨意，任命曾国藩为协办大学士，钦差大臣，全权督办江南四省军务，统一指挥作战。
曾国藩有勇有谋，他命彭玉麟和曾国荃联手，水陆同时剿匪，收复城镇百余座，剿灭十余万去南京增援的匪军，并割下他们的左耳。使南京陷于完全孤立无援的境况。本月初，南京城外军事防御被摧毁，剿匪三万余人，叛匪称他们会在城内负隅顽抗到底。
据曾国藩奏报，自我军攻陷南京外城后，叛军在城内加强防御，我军成功登上龙脖子山，修筑炮台，对城内日夜轰炸，双方发生激烈对攻。16日黎明，我军集中兵力冲锋，在城墙上炸开一个六十尺宽的大口子，我军跨过裂口，一下涌进城内，叛匪引爆炸药库，我军伤亡惨重。我军将领杀一儆百，遏制住逃跑势头。
（此处略去战争详情）
凌晨一点左右，叛匪头目及首领住所火光四起，其中一人带着千余随从从主殿逃出，在南门附近的民房里避难，随从七百余人被杀，此人被俘，在他身上搜到玉玺两枚，金印一枚。凌晨三点多，大约一千多人的叛军身穿清兵服装，企图从天和门的地道出逃，被我军骑兵追捕，在湖熟村活捉干王李万材。据李万材交代，太平军有七个王爷准备趁黑逃出城，被我军诛杀。经其他叛军证实，叛匪头目洪秀全一个月前已经服毒自杀身亡，埋在伪皇宫的院子里。他的儿子幼天王继位，南京城被攻陷的时候，他自焚身亡。还有一个头目李秀成身负重伤，在他藏匿地方的附近，同时又抓获了洪秀全的兄长。三天之内，剿匪近十万余人，其中包括三千多的所谓的王、将军还有大小官员。战争胜利全凭老天保佑，祖宗庇护，靠的是两宫皇太后慧眼识珠，积极选拔人才，加上内外齐心协力，通力合作，才最终获胜。以此慰藉先帝在天之灵，举国同庆。先帝在世未能目睹胜利，我们深感不安，胜利之荣耀愧不敢当。叛乱持续十五年，南京已沦陷十二年，摧毁南方数省，占领城镇百余座，悲惨之状难以想象，我军将领栉风沐雨，克服艰难困苦才最终取得胜利，劳苦功高必须予以嘉奖。首先要给曾国藩记头功，他带领训练有素的湘勇，转战省内，挽救湖南多座城市免遭彻底摧毁。接着，收复武昌，肃清江西省内叛乱分子，继而东进，接连收复多座城镇。曾国藩智勇双全，才干卓越，领导有方，不辱使命，赐封太子太保衔，世袭一等毅勇侯，赏戴双眼花翎。
（曾国藩的弟弟也被封侯，下面还有长长的赏赐名单）
一旦发现匪首洪秀全尸体，立即砍下首级，在南方各省巡游，以平民愤。派两名官员去南京，把俘虏的叛匪头目押往北京，凌迟处死。
诏书还宣传，小皇帝将亲自前往太庙祭祀，纪念牺牲的勇士，感谢神灵的庇佑。
一个中国人记录了洪秀全自杀的过程：
自清兵攻克沐阳后，南京城里的叛军就像困在笼子里的野兽，绝望没有出路。四月初，南京城就被团团包围，毫无出逃的希望。口粮在减少，一天吃一顿，少得可怜，“天王”命人把树根和叶碾碎然后揉搓成丸子，还说“这是来自天堂的甘露，宫里也吃这个好久了”，他还命令每家每户都要收集十担这种食物，都储存到宫里去。有些愚昧的人还听他的，不过不少人根本不理会。
“忠王”李秀成从沐阳逃回南京，一进城，他就击鼓鸣锣，通知洪秀全和其他头目上朝议事，局势危急。洪秀全傲慢登上皇位，说“上帝神谕，圣父圣兄（基督）命我下凡，统治世界，我有何畏惧？去留你们选择，我的江山固若金汤，你们不保卫自会有人来保卫。我会指挥十万天兵天将，清兵怎么可能入城呢？”李秀成听到这番疯言疯语，泪如雨下，离开大殿。
但是还没到五月中旬，洪秀全就意识到南京城注定在劫难逃，彻底绝望，他把毒药混在酒里，举起酒杯，大叫“非天亡我，是我抗天命”！大叫几遍后一饮而尽。当夜毒发身亡。临终之言虽有愧意但无悔改之意。根据他们的宗教，不用棺材，而是用绣龙黄缎把他裹起来，埋在宫苑一角。他的部下封锁死讯，推举他的儿子继位，人称“幼天王”。但是纸终究包不住火，官兵士气重挫。
在奏折里，曾国藩提到挖出洪秀全尸体的经过：
尸体从头到脚都是用绣龙黄缎包裹着，光头，胡子灰白，验尸后砍下首级，焚烧尸体。据当时参与掩埋尸体的，一个黄姓妃子说，洪秀全已经很少上朝，所以死讯瞒了十六天。洪的伪印已经差人送往京城，以备存档。
