光和七年，黄巾起义爆发，十分凶猛。他们烧毁官府，杀害吏士，四处劫掠。一个月内，全国七州二十八郡都相继发生战事，黄巾军势如破竹，州郡失守，吏士逃亡，京都震动。
幽州，涿郡，夏侯惇看着墙上的招募乡勇的告示，不禁有些惆怅，心想黄巾起义爆发了，不知道有多少百姓会流离失所，多少将士会丢失性命。“唉。”不由得一叹。突然听到后面一声巨响，“大丈夫不为国家出力，何故长叹。”夏侯惇心中一喜，目标来了，回身一看，这人身高八尺，豹头环眼，燕颌虎须，声如巨雷，势如奔马。这可不就是张飞嘛。“不知壮士是？”该问的还是要问。“我姓张名飞字益德，是个屠夫，专好结交豪杰，刚才看你在这叹气，所以问问。”张飞说道。“黄巾叛乱，我本想去投我一个当官的堂兄弟，和他一起镇压黄巾贼，只可惜没有猛士愿意同行，所以一叹。”夏侯惇编了一顿话。“猛士？你看我如何，我颇有家资，可以招募一些乡勇一起去投你兄弟，怎样？”张飞说道。“如此，真是太好了。”夏侯惇大喜，没想到不仅能赚到张飞，还可以拉到一些人马。
管亥早就被夏侯惇派回去通知曹操准备了。就这样，在涿郡又待了几天，夏侯惇和张飞就出发了，至于张世平和苏双，这两个历史上资助刘关张的人，他也不等了，因为他见到了一个人，刘备，夏侯惇感到了不安。于是，他派人给了刘备一些钱，说要订三百双草鞋。就这样，在刘备还在家编草鞋的时候，他就已经带着张飞和三百乡勇跑了。
一天，队伍正在行军，派出去的斥候回来报告，前面几十里发现上万黄巾军。其实夏侯惇早看见了，但夏侯惇不愿意相信那是一只军队，没有整齐的队形，不，都没有队形，七八十的老叟，抱着孩子的妇人，骨瘦如柴的少年。这那是什么军队，这明明就是一大伙流民。
“益德，一会我们尽量招降他们，就不要多杀人了。”夏侯惇说道。“为什么？他们可是黄巾贼啊。”张飞感到奇怪。“他们不是什么黄巾贼，只是一伙流民，被黄巾军裹挟了而已。”夏侯惇猜测。“这些黄巾贼，真是可恨！”张飞开始大骂。“黄巾军最开始也是因为吃不上饭了，才造反的，他们又有什么错。”夏侯惇说道。但是，说什么都没有用，他们叛乱了，他们就有罪，就是得杀。
两军相对，夏侯惇和张飞骑着两匹马在最前面。黄巾军那边也有几个人骑着马在最前面，其中一个人说道：“我乃程远志，尔等区区百人，还不速降！”“叛国逆贼，还不前来送死！”张飞拍马出战。黄巾军那边也出来一个将领，来战张飞，刚过来，就被张飞一枪挑了下去，（张飞还没用上丈八蛇矛）只剩下马在那走着。“降者不杀！”张飞大喊道。这一嗓子喊出去，真有些黄巾军没拿住武器。程远志一看，这不行啊，于是拍马向张飞杀去，夏侯惇挺枪直出，直接刺中程远志心窝，落马。夏侯惇见黄巾军好像要跑，连忙挥军追赶，一边追一边高喊“降者不杀！”投降者不计其数，夏侯惇从黄巾俘虏中调出身体健壮的，编入队伍，其余的，交给周边官府，然后又上路了，现在越快越好，曹操还等着他们回去呢。
夏侯惇与曹操终于会合了，最有意思的是，冯贤改名了，冯贤在过潼关的时候，发现过潼关需要登记姓名，冯贤不知道该怎么办了，他看见天上飞过一只羽毛很漂亮的鸟，又看了看前面的关卡，有主意了“在下关羽。”曹操还出钱给张飞打造了一把丈八蛇矛，至于关羽的青龙偃月刀曹操早就给他造好了。
还没来得及好好歇歇，命令就来了。汉军将领朱儁、皇甫嵩首战不利，进驻长社防守，结果被黄巾波才率大军围城，汉军人少，士气低落。让曹操率军救援。曹操也不含糊，带着五千人马连夜出发，花了好几天，终于到达长社附近，找了个地方安营扎寨，几十里外就是黄巾军。
夏侯惇和曹操还有关羽张飞、管亥来到一个小山坡上，小心翼翼地观察着黄巾军的营寨。夏侯惇清清楚楚的看到黄巾军的营寨周围有很多的杂草，于是，回营后，夏侯惇说了自己的想法。“我看见敌军营寨周围有很杂草，我们可以用火攻破敌，黄巾军必败。”历史上也是这样的，不过是皇甫嵩用的火攻，曹操等人配合，这回反过来了。
傍晚时分，黄巾军正在造饭。他们并没有注意到附近有一些士兵拿着火把点燃了地上的杂草。黄巾军的首领波才也多次提醒军士和随行的民众，把营地内部和周围的荒草都铲干净，可是对于他们来说，枯黄后的野草正是垫着睡觉的好材料，所以黄巾军营寨里的荒草非但没有减少，反而越来越多。
“失火啦，失火啦！”黄巾军营寨内外各处都开始出现大火，无数黄巾军在乱窜和高喊，想躲避大火，军营中乱成了一团。波才从睡梦中惊醒，他冲出帐篷，看着眼前的景象，心中大惊。突然，营寨外鼓声大作，曹操军杀了进来，夏侯惇一马当先，看见了前面的波才，直接冲了过去，二话不说，一枪将其刺死。城中的朱儁、皇甫嵩也杀了出来，与曹操夹击黄巾军，黄巾军大败，被斩杀过万人，要不是夏侯惇让军士们高喊降者不杀，死的人更多。
战后，曹操因功被封为济南相，上任去了。而夏侯惇带着关羽张飞和管亥随皇甫嵩、朱儁追击汝南、陈国的黄巾，波才死后，黄巾军推举彭脱为帅，被朱儁和皇甫嵩大败，彭脱被夏侯惇一枪挑死。剩余的黄巾军想要逃去宛城，但是被孙坚大败，豫州的黄巾军被成功平定。之后，夏侯惇等人随皇甫嵩北上。
在东郡的苍亭碰上了一伙黄巾，七八千人，领头的叫卜己。两军杀到一起，夏侯惇和管亥带兵从西边冲入敌阵，关羽张飞带兵从东边杀入敌阵，这是以前就商量好的。管亥冲到卜己面前，二人战了起来，打了半天，卜己转身便走，正好碰到关羽，被一刀斩杀，黄巾军开始溃败。
之后，夏侯惇等人与皇甫嵩继续北上，到达广宗。这时，张角已经病死。皇甫嵩军与张梁军对峙。“现在我军与黄巾贼首之一张梁两军对峙，诸位有何良策？”皇甫嵩在大营中说道。“将军，我们可以闭营让士兵休息，同时派人观察敌军动向，等敌军松懈的时候，再出击。”夏侯惇说道。皇甫嵩同意了夏侯惇的想法，因为他其实也有这个想法，历史上他就是这么大败张梁的。
一天接近黎明的时候，皇甫嵩觉得差不多了，就下令出兵，夏侯惇仍然和平常一样，一马当先，关羽张飞还有管亥也紧随其后，皇甫嵩负责指挥他们。黄巾军大乱，张梁见势不好，晃动着手中的长枪，口中念起咒语，开始施展妖法。霎那间，周围变得黑雾缭绕，根本看不清东西，大家都不知道怎么办。除了夏侯惇，他的右眼即使在这种情况，也可以看的清清楚楚，夏侯惇向张梁杀去，张梁挥起长枪，只一下，夏侯惇手中的长枪便被张梁的长枪打断，这长枪是个什么宝贝，夏侯惇立刻对张梁使用了催眠，“乱臣贼子，你有何面目活在世上，还不自裁！”张梁听到这话，当即自杀，黑雾也随之散去。夏侯惇拿起张梁的长枪，这确实是个好宝贝呀。关羽张飞还有管亥接着追杀黄巾军，斩杀三万多人，黄巾军在逃跑到河堤时还溺死了五万多人，俘获人数不计其数。张角、张梁的尸体被砍下首级，运往了京城。之后，夏侯惇等人随皇甫嵩转战曲阳，张宝被夏侯惇所杀，黄巾起义平息了下去。
夏侯惇被封为魏郡太守，多少因为曹家和夏侯家的关系。关羽张飞去帮曹操了。管亥，被夏侯惇留在了身边。
